Optimalisatie van borstbiopsie en borstamputatie Monsterafnameprocedures voor biobankieren, gepersonaliseerde geneeskunde en onderzoekstoepassingen

De scope heeft als doel de verzameling van kankermonsters voor biobanking te verbeteren, zodat een betere gepersonaliseerde behandeling mogelijk wordt door hoogwaardige RNA-sequencing en organoïdekweek uit Filipijnse borstkankerweefsels. Recente ontwikkelingen omvatten het gebruik van door patiënten afgeleide organoïden en RNA-sequencing om de behandelingsrespons bij borstkanker te voorspellen in een recent artikel, met name bij gevallen met lymfovasculaire invasie die in verband is met geneesmiddelresistentie. We gebruiken ultrasoon geleide biopten, RNA-sequencing tumorpercentageschatting en 3D-organoïde kweken om borstkankerweefsels nauwkeurig te analyseren.

De belangrijkste uitdagingen zijn het verkrijgen van hoogwaardige RNA uit kleine biopsiemonsters, kwaliteitsproblemen voor organoïde conservering. Dus na de start met borstkanker zullen we verdere genexpressie onderzoeken in een grotere Filipijnse cohort en organoïden gebruiken om therapieën te testen voor de volgende vormen: schildklier-, eierstok-, alvleesklier- en zeldzame kankers zoals filodentumoren. Om te beginnen zet u een naaldbiopsie van 14 gauge kern op onder echografie in een polikliniek, operatiekamer of andere aseptische omgeving.

Voor elke kern wordt een borstmonster van ongeveer twee centimeter lang van het centrum van de tumor en één centimeter verwijderd genomen voor aangrenzend normaal weefsel. Verzamel twee soorten monsters, normaal weefsel en tumorweefsel, van elke patiënt. Geef elk monster aan de onderzoeksassistent voor plaatsing in een petrischaaltje met PBS-oplossing.

Sorteer de negen tumorweefselmonsters in zes kernen voor RNA-analyse en drie kernen voor biobanking. Snijd elke kern in de lengte of dwars af met een steriel mes. Plaats de drie normale weefselkernen in petrischalen.

Snijd de kernen doormidden en wijs ze toe voor analyse. Verdeel monsters over de buizen volgens prioriteit. Plaats de helft van de kernen in aangewezen twee milliliter cryo-flesjes met 1,25 milliliter RNA-stabilisatieoplossing.

Bevestig de andere helften in monsterflesjes met 10% neutrale gebroerde formaline. Vul de formulieren voor chirurgische pathologie in met de vaste monsters en dien deze in bij de pathologieafdeling. Na de mastectomie plaats je het monster na documentatie in een schone monsterzak en vervoer je het direct zonder formaline naar de pathologie van de afdeling laboratoriums om de koude ischemische tijd te verkorten.

Verkrijg tijdens het verkrijgen van minimaal één kubieke centimeter tumorweefsel en snijd het in twee helften. Verdeel het verse halfblok gelijkmatig voor RNA-sequencing, biobanking en organoïdecultuur. Plaats het weefsel voor RNA-sequencing onmiddellijk in vijf milliliter voorgekoelde en voorgelabelde cryo-flesjes, vooraf gevuld met 2,5 milliliter RNA-stabilisatieoplossing.

Voor biobanking gebruik je vijf milliliter cryo-flesjes met dezelfde oplossing. Voor organoïdecultuur gebruik je 15 milliliter kegelvormige buisjes, vooraf gevuld met vijf milliliter weefselopslagoplossing en 0,01 milliliter primocine. Trek een derde van alle tumorblokken in één kegelvormige buis.

Neem minimaal één kubieke centimeter normaal weefselblok en snijd dit doormidden voor RNA-biobanking en routinematige histopathologie. Breng het weefselblok over in vijf milliliter voorgekoelde en vooraf gelabelde cryo-flesjes die vooraf gevuld zijn met 2,5 milliliter RNA-stabilisatieoplossing voor RNA-sequencing en biobanking. Daarna sluit je alle cryo-flesjes af met parafilm.

Bewaar het 24 uur op vier graden Celsius. Daarna zet het over naar min 20 graden Celsius voor twee tot vier uur. En tot slot, bewaar bij min 80 graden Celsius.

Sluit de cryobuisdoppen af met parafilm. Plaats de afgesloten cryoflesjes in een reageerbuisrek en bedek met absorberend middel en bubbelplastic. Plaats het ingepakte rek in een hersluitbare zak met een temperatuurlogger.

Plaats gelpacks op de bodem van een polystyreen doos. Leg dan de zak over de gelpacks. Leg nog een laag gelpacks bovenop de zak.

Zorg ervoor dat de buisjes tussen gelpacks worden geplaatst zodat de monsters koud blijven tijdens het transport. Doe de gesloten polystyreen doos in een kartonnen verzenddoos en voeg het manifest toe in een Ziploc-zak. Sluit en label de doos voor verzending.

Let vóór de overdracht van koerier op het aantal flesjes en de vertrektijd uit de biobank. Twee monsters met variërende RIN-waarden en concentratie faalden in de bibliotheekvoorbereidingsstap tijdens de sequencing en werden uitgesloten in de eindanalyse. Alle monsters hadden uitstekende sequencing-kwaliteitsscores, waarbij meer dan 90% van de basisgesprekken een nauwkeurigheid van minstens 99,9% hadden. Bright-field imaging toonde succesvolle organoïdevorming uit stadium drie borstkanker mastectomieweefsels na neoadjuvante therapie, met overvloedige sferoïde-achtige structuren zichtbaar bij lage en hoge vergroting.