Name: High-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T14:20:00.000+00:00
Duration: 11 min 24 s
Description: Leer een high-throughput beeldvormingsworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in muizenweefselmonsters. Deze methode combineert IBEX met Click-iT EdU labeling.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Eming, S. A., Martin, P., Tomic-Canic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%3A+Mechanisms%2C+signaling%2C+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration: Mechanisms, signaling, and translation.</a> Sci Transl Med. 6 (265), 265sr6(2014).</li>
<li>Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+-+aiming+for+perfect+skin+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Wound healing - aiming for perfect skin regeneration.</a> Science. 276 (5309), 75-81 (1997).</li>
<li>Gurtner, G. C., Werner, S., Barrandon, Y., Longaker, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration.</a> Nature. 453 (7193), 314-321 (2008).</li>
<li>Harsum, S., Clarke, J. D. W., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+reciprocal+relationship+between+cutaneous+nerves+and+repairing+skin+wounds+in+the+developing+chick+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">A reciprocal relationship between cutaneous nerves and repairing skin wounds in the developing chick embryo.</a> Dev Biol. 238 (1), 27-39 (2001).</li>
<li>Barker, A. R., Rosson, G. D., Dellon, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+in+denervated+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Plast+Surg%22%5BJournal%5D)">Wound healing in denervated tissue.</a> Ann Plast Surg. 57 (3), 339-342 (2006).</li>
<li>Rinkevich, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+analysis+reveals+nerve-dependent+and+independent+roles+on+mammalian+hind+limb+tissue+maintenance+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Clonal analysis reveals nerve-dependent and independent roles on mammalian hind limb tissue maintenance and regeneration.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (27), 9846-9851 (2014).</li>
<li>Donnerer, J., Schuligoi, R., Stein, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+content+and+transport+of+substance+P+and+calcitonin+gene-related+peptide+in+sensory+nerves+innervating+inflamed+tissue%3A+Evidence+for+a+regulatory+function+of+nerve+growth+factor+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Increased content and transport of substance P and calcitonin gene-related peptide in sensory nerves innervating inflamed tissue: Evidence for a regulatory function of nerve growth factor in vivo.</a> Neuroscience. 49 (3), 693-698 (1992).</li>
<li>Ashrafi, M., Baguneid, M., Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+neuromediators+and+innervation+in+cutaneous+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Derm+Venereol%22%5BJournal%5D)">The role of neuromediators and innervation in cutaneous wound healing.</a> Acta Derm Venereol. 96 (5), 587-597 (2016).</li>
<li>Johnston, A. P. W., Naska, S., Jones, K., Jinno, H., Kaplan, D. R., Miller, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sox2-mediated+regulation+of+adult+neural+crest+precursors+and+skin+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sox2-mediated regulation of adult neural crest precursors and skin repair.</a> Stem Cell Rep. 1 (1), 38-45 (2013).</li>
<li>Napoli, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+central+role+for+the+ERK-signaling+pathway+in+controlling+Schwann+cell+plasticity+and+peripheral+nerve+regeneration+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">A central role for the ERK-signaling pathway in controlling Schwann cell plasticity and peripheral nerve regeneration in vivo.</a> Neuron. 73 (4), 729-742 (2012).</li>
<li>Johnston, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dedifferentiated+Schwann+cell+precursors+secreting+paracrine+factors+are+required+for+regeneration+of+the+mammalian+digit+tip%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Dedifferentiated Schwann cell precursors secreting paracrine factors are required for regeneration of the mammalian digit tip.</a> Cell Stem Cell. 19 (4), 433-448 (2016).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+An+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: An iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nat Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Uxa, S., Castillo-Binder, P., Kohler, R., Stangner, K., Müller, G. A., Engeland, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D)">Ki-67 gene expression.</a> Cell Death Differ. 28 (12), 3357-3370 (2021).</li>
<li>Sun, X., Kaufman, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67%3A+More+than+a+proliferation+marker%5BTitle%5D)+AND+%22Chromosoma%22%5BJournal%5D)">Ki-67: More than a proliferation marker.</a> Chromosoma. 127 (2), 175-186 (2018).</li>
<li>Peng, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+BaSiC+tool+for+background+and+shading+correction+of+optical+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A BaSiC tool for background and shading correction of optical microscopy images.</a> Nat Commun. 8 (1), 14836(2017).</li>
<li>Chalfoun, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIST%3A+Accurate+and+scalable+microscopy+image+stitching+tool+with+stage+modeling+and+error+minimization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">MIST: Accurate and scalable microscopy image stitching tool with stage modeling and error minimization.</a> Sci Rep. 7 (1), 4358(2017).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>Parfejevs, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Injury-activated+glial+cells+promote+wound+healing+of+the+adult+skin+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Injury-activated glial cells promote wound healing of the adult skin in mice.</a> Nat Commun. 8 (1), 14396(2018).</li>
<li>Peña, O. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+and+molecular+mechanisms+of+skin+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Cellular and molecular mechanisms of skin wound healing.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 25 (8), 599-616 (2024).</li>
<li>Eming, S. A., Wynn, T. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+metabolism+in+tissue+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Inflammation and metabolism in tissue repair and regeneration.</a> Science. 356 (6342), 1026-1030 (2017).</li>
<li>Dowsett, M., Dunbier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+biomarkers+and+new+understanding+of+traditional+markers+in+personalized+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Emerging biomarkers and new understanding of traditional markers in personalized therapy for breast cancer.</a> Clin Cancer Res. 14 (24), 8019-8026 (2008).</li>
<li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer%3A+Recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+Working+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst%22%5BJournal%5D)">Assessment of Ki67 in breast cancer: Recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer Working Group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li>
<li>Gerdes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prognostic+relevance+of+tumour-cell+growth+fraction+in+malignant+non-Hodgkin%27s+lymphomas%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Prognostic relevance of tumour-cell growth fraction in malignant non-Hodgkin's lymphomas.</a> Lancet. 330 (8556), 448-449 (1987).</li>
<li>Hickey, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+protein+composition+and+tissue+organization%3A+A+primer+for+multiplexed+antibody-based+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of protein composition and tissue organization: A primer for multiplexed antibody-based imaging.</a> Nat Methods. 19 (3), 284-295 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Antibodies and reagents&nbsp;</td><td>SOURCE</td><td>IDENTIFIER</td><td>Comments</td></tr><tr><td>Antilichamen en reagentia</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD31 Alexa Fluor 647 (Cycle 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#102516</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2161029</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD45 Alexa Fluor 488 (Cycle 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#103122</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_493531</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 FITC (Cycle 1)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#151212</td><td>1:50</td></tr><tr><td>AB_2814055</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 chicken (ck)</td><td>LSBio</td><td>Cat#LS-C772946</td><td>1:800</td></tr><tr><td>Ki-67 rat (rt)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#652402</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_11204254</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Neurofilament H&amp;M (NF-H/NF-M) Alexa Fluor 647 (Cycle 3)&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>Cat#837710</td><td>1:300</td></tr><tr><td>AB_2734613</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>p75NTR (Cycle 1)&nbsp;</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>Cat#8238&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AB_10839265</td><td>1:1500</td></tr><tr><td>Vimentin Alexa Fluor 488 (Cycle 3)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#699305</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2888889</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 647 donkey anti konijn</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>Cat#711-605-152</td><td></td></tr><tr><td>Reagentia&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cellvis 24 well Glass Bottom Plate</td><td>Cellvis&nbsp;</td><td>P24-1.5H-N</td><td></td></tr><tr><td>Chrome alum gelatine</td><td>Newcomer Supply</td><td>Cat#1033A</td><td></td></tr><tr><td>Click-iT EdU kit&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C10637</td><td></td></tr><tr><td>Hoechst 33342</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat#14533; CAS# 23491-52-3</td><td></td></tr><tr><td>LiBH4, Lithium Borohydride, 95%</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#10438443</td><td></td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T Compound Sakura</td><td>Biosystems Switzerland</td><td>Cat#7109-4583</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#10010-015</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost Plus Adhesion Microscope Slides&nbsp;</td><td>Epredia</td><td>Cat#J1800AMNZ</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Cat#T8787</td><td></td></tr><tr><td>Apparatuur</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Haar borstel&nbsp;</td><td>Faust AG</td><td>Cat#9172051 en 9172050</td><td></td></tr><tr><td>Microtome blades&nbsp;</td><td>Biosystems Switzerland</td><td>Cat#207500011</td><td></td></tr><tr><td>Microscoop</td><td>Molecular Devices, ImageXpress Confocal HT.ai</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Oven&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#HBMCR4220</td><td></td></tr><tr><td>Rocker shaker</td><td>Edmund Bühler GmbH</td><td>Cat#32310015</td><td></td></tr></tbody></table>

high-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters

High-throughput Imaging and Analysis Workflow for Evaluating Skin Cell Phenotypes and Proliferation States in Tissue Samples

High-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters

Skin injuries initiate a complex regenerative cascade that engages various cell types. Amongst those, peripheral glial cells play a critical role in ...

high-throughput-imaging-analysis-workflow-for-evaluating-skin-cell

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Carcinogenese is een proces waarbij interacties tussen kankercellen en kanker micromilieu. Om de moleculaire gebeurtenissen ontleden, moet men verschillende celpopulaties in verschillende stadia sluiten tijdens kankerontwikkeling. Met behulp van een muismodel voor basaalcelcarcinoom, een protocol voor mobiele analyses beschrijven we tijdens carcinogenese.

Cel Bevolking Analyses Tijdens Skin Carcinogenesis

Hier beschrijven we een workflow voor het snel analyseren en verkennen van collecties van fluorescentie microscopie beelden met behulp PhenoRipper, een recent ontwikkelde beeldanalyse platform.

Snelle analyse en verkenning van fluorescentiemicroscopie Afbeeldingen

Gepresenteerd is een flexibele informatica workflow waardoor multiplex-image-based analyse van fluorescent gelabelde cellen. De workflow kwantificeert nucleaire en cytoplasmatische markers en berekent marker translocatie tussen deze compartimenten. Procedures zijn voorzien verstoring van cellen met siRNA en betrouwbare methode voor het merkerdetectie door indirecte immunofluorescentie in 96-well formaat.

Workflow voor High-inhoud, individuele cel Kwantificering van fluorescente merkers van Universal Microscoop gegevens, Ondersteund door Open Source Software

Deze studie beschrijft een experimenteel platform om snel gemanipuleerde stamcellen en hun gedrag te karakteriseren voordat ze worden toegepast in langetermijn in vivo transplantatiestudies voor redding en herstel van het zenuwstelsel.

Hoge doorvoer analyse van volwassen stamcellen ontwikkeld voor toediening van therapeutische factoren voor Neuroprotective Strategies

Celdifferentiatie wordt gereguleerd door een groot aantal micro-omgeving factoren, met inbegrip van zowel matrix samenstelling en de ondergrond eigenschappen. We beschrijven hier een techniek gebruikmaking cel microarrays in samenhang met trekkracht microscopie zowel celdifferentiatie en biomechanische cel- substraatinteracties als functie van de micro-omgeving context evalueren.

Een High-throughput Cell Microarray Platform voor Correlatieve Analyse van de Cel Differentiatie en trekkrachten

We hebben een nieuw protocol ontwikkeld voor het bestuderen van heterocellulaire populatie dynamiek in reactie op verstoringen. Dit manuscript beschrijft een beeldvormend platform dat kwantitatieve datasets produceert voor gelijktijdige karakterisering van meerdere cellulaire fenotypen van heterocellulaire populaties op een robuuste manier.

Discriminatie en karakterisering van heterocellulaire populaties met behulp van kwantitatieve beeldvormingstechnieken

Bestuderen van tumor communicatie kan identificeren prognostische of voorspellende biomarkers voor klinische respons op immunotherapie. Hier wordt gepresenteerd, is een innovatieve methode op basis van in situ fluorescentie multispectrale imaging te analyseren en automatisch verschillende subpopulaties van CD8 tellen+ T cellen. Deze reproduceerbaar zijn en betrouwbare techniek is geschikt voor grote cohort analyses.

Multiplexed immunofluorescentie analyse en kwantificering van Intratumoral PD-1+ Tim-3+ CD8+ T cellen

Multiplexed barcoding beeldanalyse heeft onlangs de karakterisering van de tumormicro-omgeving verbeterd, waardoor uitgebreide studies van celsamenstelling, functionele toestand en cel-celinteracties mogelijk zijn. Hierin beschrijven we een kleurings- en beeldvormingsprotocol met behulp van de barcodering van oligonucleotide-geconjugeerde antilichamen en cyclusbeeldvorming, waardoor het gebruik van een hoogdimensionale beeldanalysetechniek mogelijk is.

Multiplexed Barcoding beeldanalyse voor immunoprofiling en ruimtelijke kartering in de eencellige analyse van paraffineweefselmonsters

Hier beschrijven we de toepassing van de Iterative Bleaching Extend Multiplicity (IBEX)-methode met behulp van in de handel verkrijgbare, geautomatiseerde weefselkleurers en optimalisatieoverwegingen voor het gebruik van op tyramidesignaalversterking gebaseerde reagentia.

Iteratief bleken breidt de veelheid uit met behulp van kleurautomatisering voor kernfaciliteiten

Hier bieden we een methode voor live celbeeldvormingsanalyse die kan worden gebruikt om de afstamming van passage 0 keratinocyten handmatig te volgen en die het mogelijk maakt om proliferatiemetrieken te verzamelen, waaronder het lot van de celdeling en de duur van de celcyclus.

Live celbeeldvorming met time-lapse-fotografie om de epidermale keratinocytenproliferatiekinetiek te bestuderen

Hier presenteren we een semi-geautomatiseerd protocol voor het identificeren en kwantificeren van immuun- en niet-immuuncellen in huidsecties met behulp van SCAnED, een gratis op ImageJ gebaseerde macro voor huidsegmentatie.

SCAnED - een open-source huidsegmentatiemacro voor semi-geautomatiseerde detectie van cellen en kernen in epidermale en dermale huidcompartimenten

Leer een high-throughput beeldvormingsworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in muizenweefselmonsters. Deze methode combineert IBEX met Click-iT EdU labeling.

High-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters (Video) | JoVE Journal

High-throughput beeldvormings- en analyseworkflow voor het evalueren van fenotypes en proliferatietoestanden van huidcellen in weefselmonsters

Meer video's verkennen