Name: MicroRNA-amplificatie en -herkenning door middel van locked-nucleic-acid in situ hybridisatie als een nieuwe detectie- en kwantificeringsmethode (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-07T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 6 s
Description: Leer microRNA-detectie en -kwantificering in FFPE-weefsel met behulp van een tandem immunofluorescentie-hybridisatie-assay. Deze methode behoudt weefselintegriteit en maakt ruimtelijke analyse van microRNA-eiwitinteracties mogelijk.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Smolarz, B., Nowak, A. Z., Romanowicz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer-epidemiology%2C+classification%2C+pathogenesis+and+treatment+%28review+of+literature%29%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Breast cancer-epidemiology, classification, pathogenesis and treatment (review of literature).</a> Cancers. 14 (10), 2569(2022).</li>
<li>Davis-Dusenbery, B. N., Hata, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microrna+in+cancer%3A+The+involvement+of+aberrant+microrna+biogenesis+regulatory+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Cancer%22%5BJournal%5D)">Microrna in cancer: The involvement of aberrant microrna biogenesis regulatory pathways.</a> Genes Cancer. 1 (11), 1100-1114 (2010).</li>
<li>Peng, Y., Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+microRNAs+in+human+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Signal+Transduct+Targeted+Ther%22%5BJournal%5D)">The role of microRNAs in human cancer.</a> Signal Transduct Targeted Ther. 1 (1), 15004(2016).</li>
<li>Shi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mirnas+and+cancer%3A+Key+link+in+diagnosis+and+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Genes%22%5BJournal%5D)">Mirnas and cancer: Key link in diagnosis and therapy.</a> Genes. 12 (8), 1289(2021).</li>
<li>Juźwik, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+dysregulation+in+neurodegenerative+diseases%3A+A+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">MicroRNA dysregulation in neurodegenerative diseases: A systematic review.</a> Prog Neurobiol. 182, 101664(2019).</li>
<li>Pauley, K. M., Cha, S., Chan, E. K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microrna+in+autoimmunity+and+autoimmune+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22J+Autoimmun%22%5BJournal%5D)">Microrna in autoimmunity and autoimmune diseases.</a> J Autoimmun. 32 (3-4), 189-194 (2009).</li>
<li>Lee, Y. S., Dutta, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Micrornas+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Pathol+Mech+Dis%22%5BJournal%5D)">Micrornas in cancer.</a> Ann Rev Pathol Mech Dis. 4 (1), 199-227 (2009).</li>
<li>Thomson, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+the+gene+regulatory+properties+of+argonaute-bound+small+rnas+of+diverse+genomic+origin%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Assessing the gene regulatory properties of argonaute-bound small rnas of diverse genomic origin.</a> Nuc Acids Res. 43 (1), 470-481 (2015).</li>
<li>Kim, Y. K., Han, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nobel-winning+microRNA%2C+the+microRNAestro+of+gene+silencing%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cells%22%5BJournal%5D)">Nobel-winning microRNA, the microRNAestro of gene silencing.</a> Mol Cells. 47 (11), 100123(2024).</li>
<li>Lai, X., Eberhardt, M., Schmitz, U., Vera, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems+biology-based+investigation+of+cooperating+microRNAs+as+monotherapy+or+adjuvant+therapy+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Systems biology-based investigation of cooperating microRNAs as monotherapy or adjuvant therapy in cancer.</a> Nuc Acid Res. 47 (15), 7753-7766 (2019).</li>
<li>Garzon, R., Marcucci, G., Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+micrornas+in+cancer%3A+Rationale%2C+strategies+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Disc%22%5BJournal%5D)">Targeting micrornas in cancer: Rationale, strategies and challenges.</a> Nat Rev Drug Disc. 9 (10), 775-789 (2010).</li>
<li>Jiao, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA%3A+The+impact+on+cancer+stemness+and+therapeutic+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">MicroRNA: The impact on cancer stemness and therapeutic resistance.</a> Cells. 9 (1), 8(2019).</li>
<li>Lin, B., Jiang, J., Jia, J., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+exosomal+miRNA+biosensing+for+liquid+biopsy%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Recent advances in exosomal miRNA biosensing for liquid biopsy.</a> Molecules. 27 (21), 7145(2022).</li>
<li>Farrell, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+identification+of+circulating+miRNAs+in+bovine+serum+and+their+potential+as+novel+biomarkers+of+early+Mycobacterium+avium+subsp.+paratuberculosis+infection%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The identification of circulating miRNAs in bovine serum and their potential as novel biomarkers of early Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis infection.</a> PLoS One. 10 (7), e0134310(2015).</li>
<li>Aparicio-Puerta, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Srnabench+and+srnatoolbox+2022+update%3A+Accurate+mirna+and+sncrna+profiling+for+model+and+non-model+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Srnabench and srnatoolbox 2022 update: Accurate mirna and sncrna profiling for model and non-model organisms.</a> Nuc Acid Res. 50 (W1), W710-W717 (2022).</li>
<li>Friedländer, M. R., Mackowiak, S. D., Li, N., Chen, W., Rajewsky, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mirdeep2+accurately+identifies+known+and+hundreds+of+novel+microRNA+genes+in+seven+animal+clades%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Mirdeep2 accurately identifies known and hundreds of novel microRNA genes in seven animal clades.</a> Nuc Acid Res. 40 (1), 37-52 (2012).</li>
<li>Chou, C. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mirtarbase+2016%3A+Updates+to+the+experimentally+validated+miRNA-target+interactions+database%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Mirtarbase 2016: Updates to the experimentally validated miRNA-target interactions database.</a> Nuc Acid Res. 44 (D1), D239-D247 (2016).</li>
<li>Porichis, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+detection+of+miRNAs+and+gene-specific+mRNA+at+the+single-cell+level+by+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-throughput detection of miRNAs and gene-specific mRNA at the single-cell level by flow cytometry.</a> Nat Commun. 5 (1), 5641(2014).</li>
<li>Eichert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+crystal+structure+of+an+%27all+locked%27+nucleic+acid+duplex%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">The crystal structure of an 'all locked' nucleic acid duplex.</a> Nuc Acid Res. 38 (19), 6729-6736 (2010).</li>
<li>Viratham Pulsawatdi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+robust+multiplex+immunofluorescence+and+digital+pathology+workflow+for+the+characterisation+of+the+tumour+immune+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Oncol%22%5BJournal%5D)">A robust multiplex immunofluorescence and digital pathology workflow for the characterisation of the tumour immune microenvironment.</a> Mol Oncol. 14 (10), 2384-2402 (2020).</li>
<li>Janati-Idrissi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Looking+for+a+needle+in+a+haystack%3A+De+novo+phenotypic+target+identification+reveals+hippo+pathway-mediated+mir-202+regulation+of+egg+production%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Looking for a needle in a haystack: De novo phenotypic target identification reveals hippo pathway-mediated mir-202 regulation of egg production.</a> Nuc Acid Res. 52 (2), 738-754 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10x TRIS-buffered Saline (TBS) pH 7.6&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>&nbsp;J62662&nbsp;K7</td><td>Voor intermitterende wasbeurten tussen stappen</td></tr><tr><td>1x Opal Antibody Diluent/Block&nbsp;</td><td>Akoya Biosciences</td><td>ARD1001EA</td><td>Eiwitblokkeringsoplossing</td></tr><tr><td>1x Plus Automation Amplification Diluent</td><td>Akoya Biosciences&nbsp;</td><td>FP1609</td><td>Gebakken om Opal fluoroforen te verdunnen</td></tr><tr><td>20x Concentrate&nbsp;Saline Sodium Citrate (SSC) Buffer</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6639-1L</td><td>Voor miRNA-wasbeurten na sonde-hybridisatie</td></tr><tr><td>4',6-diamidino-2-fenylindol (DAPI)&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific/ Invitrogen</td><td>EN62248 / 62248</td><td>Voor nucleaire kleuring</td></tr><tr><td>ACD HybEZ II Hybridisatiesysteem</td><td>ACD Biotechne</td><td>321711</td><td>Oven gebruikt om de temperatuur te regelen tijdens het miRNAscope-protocol</td></tr><tr><td>Anti-CD8 (D8A8Y), Rabbit mAb</td><td>Cell Signaling Technologies</td><td>85336S</td><td>Voorbeeld van primaire antilichaam gebruikt om dit protocol te optimaliseren</td></tr><tr><td>Anti-Digoxigenin (muis) HRP-conjugaat</td><td>Revvity Health Sciences Inc</td><td>NEF832001EA</td><td>Secundaire reagens gebruikt voor miRNA-detectie</td></tr><tr><td>Anti-EpCAM (E6V8Y), Rabbit mAb</td><td>Cell Signaling Technologies</td><td>93790</td><td>Voorbeeld van primaire antilichaam gebruikt om dit protocol te optimaliseren</td></tr><tr><td>Blocking Reagent Powder</td><td>Akoya Biosciences&nbsp;</td><td>FP1012</td><td>miRNA-blokkeringsoplossing</td></tr><tr><td>Ethyl Alcohol 100% (200 Proof)</td><td>Pharmco</td><td>111000200</td><td>Voor ontvetten</td></tr><tr><td>EZ-AR1 Buffer</td><td>BioGeneX</td><td>HK521-XAK</td><td>Gebakken voor antigeenretrieval van FFPE-weefselsneden in de eiwitstap</td></tr><tr><td>EZ-AR1 Elegance Buffer</td><td>BioGeneX</td><td>HK546-XAK</td><td>Gebakken voor antigeenretrieval van FFPE-weefselsneden in de miRNA-sonde stap</td></tr><tr><td>EZ-Retriever IR-systeem</td><td>BioGeneX</td><td>MW015-IR</td><td>Microgolfoven gebruikt voor antigeenretrieval van FFPE-weefselsneden</td></tr><tr><td>Waterstofperoxide-oplossing 30%&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>HX0640-5&nbsp;</td><td>Voor weefselbereiding. Helpt bij het blokkeren van endogene peroxidase-activiteit en om zeer gekleurde producten op te leveren</td></tr><tr><td>miR-181c-3p miRNA-sonde</td><td>Qiagen</td><td>339112</td><td>Voorbeeld van miRNA-sonde gebruikt om dit protocol te optimaliseren</td></tr><tr><td>miRCURY LNA miRNA ISH-bufferset (FFPE)</td><td>Qiagen</td><td>339450&nbsp;</td><td>Gebakken om miRNA-sonde te verdunnen</td></tr><tr><td>Opal 620</td><td>Akoya Biosciences&nbsp;</td><td>FP1495001KT</td><td>Fluorofoor om primaire antilichamen te identificeren</td></tr><tr><td>Opal 690&nbsp;</td><td>Akoya Biosciences&nbsp;</td><td>FP1497001KT</td><td>Fluorofoor om primaire antilichamen te identificeren</td></tr><tr><td>Opal Anti-Ms + Rb HRP</td><td>Akoya Biosciences</td><td>ARH1001EA</td><td>Secundair antilichaam gebruikt als detectie-agens</td></tr><tr><td>Pierce 16% Formaldehyde (w/v), Methanol-vrij</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28908</td><td>Om 3,7% PFA te maken voor weefselbereiding</td></tr><tr><td>ProLong Diamond Antifade</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>P36970</td><td>Montagemedia</td></tr><tr><td>RNAscope Protease Plus</td><td>ACD Biotechne</td><td>322331</td><td>Om weefselsneden te permeabiliseren door eiwitten gedeeltelijk te verteren &amp; doel-miRNA-moleculen te blootleggen</td></tr><tr><td>RNAse-vrij water&nbsp;</td><td>Corning&nbsp;</td><td>46-000-CM&nbsp;</td><td>Om alle apparatuur te reinigen en voor te bereiden, en om te gebruiken als verdunning wanneer dat nodig is&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1379-25ML</td><td>Om TBS-T te maken</td></tr><tr><td>Tyramide Signal Amplification Plus Cyanine 3</td><td>Akoya Biosciences&nbsp;</td><td>NEL744001KT</td><td>Fluorofoor om miRNA te identificeren</td></tr><tr><td>U6 en Scramble miRNA-sondes</td><td>Qiagen</td><td>339459</td><td>Optionele controlesondes</td></tr><tr><td>Xyleen Histologisch graad</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>UN1307</td><td>Voor ontvetten</td></tr></tbody></table>

microrna-amplificatie en -herkenning door middel van locked-nucleic-acid in situ hybridisatie als een nieuwe detectie- en kwantificeringsmethode

MicroRNA Amplification and Recognition through Locked-nucleic-acid In situ Hybridization as a Novel Detection and Quantification Method

MicroRNA-amplificatie en -herkenning door middel van locked-nucleic-acid in situ hybridisatie als een nieuwe detectie- en kwantificeringsmethode

When using traditional probe-based in situ hybridization (ISH) imaging detection methods, microRNAs (miRNAs) are difficult to capture due to their size, ...

microrna-amplification-recognition-through-locked-nucleic-acid-situ

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kankeronderzoek

Hier beschrijven we een geoptimaliseerde multiplex reverse transcriptase kwantitatieve PCR (qRT-PCR)-protocol in combinatie met een microfluïdisch platform als een kost en tijd efficiënte high-throughput screening tool voor microRNA (miRNA) expressie niveaus, in het bijzonder bij het werken met beperkte hoeveelheden van het monster.

High Throughput MicroRNA Profiling: Geoptimaliseerd Multiplex qRT-PCR op nanoliter Schaalverdeling op de Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCS

Een nieuwe high-throughput methode is beschreven die het mogelijk maakt de detectie en de relatieve kwantificatie van kleine RNA en mRNA expressie van enkele bacteriële cellen met behulp van gesloten nucleïnezuur probes en...

Locked Nucleic Acid Flow Cytometry-fluorescentie In situ Hybridisatie (LNA flow-FISH): een methode voor Bacteriële Kleine RNA-detectie

This video describes a sequential hybridization strategy that involves hybridizing mRNA probes to specific target mRNA. Following probe hybridization, signal amplification is performed to enhance resolution via reduction of signal-to-noise ratio during RNA-CISH of histological samples.

Probe Hybridization and Signal Amplification in RNA In Situ Hybridization: A Technique for Detecting Specific RNA Sequences in Tissue Sections

Het doel van deze publicatie is om te visualiseren en te discussiëren over de operatieve stappen van een Enhanced Northern Blot protocol op RNA geëxtraheerd uit Drosophila melanogaster embryo's, cellen en weefsels. Dit protocol is bijzonder bruikbaar voor de efficiënte detectie van kleine RNA species.

Verbeterde Northern Blot detectie van kleine RNA Species in Drosophila melanogaster

MicroRNA's (miRNA's) zijn een wijdverspreid geconserveerde klasse van regulerende moleculen. Hier beschrijven we een miRNA-kloonmethode die afhankelijk is van twee krachtige ligatiefasen gevolgd door high-throughput sequencing. Onze methode maakt nauwkeurige genoom-wide kwantificering van miRNA's mogelijk.

Zeer efficiënte Ligatie van Kleine RNA-moleculen voor MicroRNA Kwantificering van High-throughput sequencing

Circulerende microRNAs zijn onlangs naar voren gekomen als veelbelovend en nieuwe biomarkers voor verschillende vormen van kanker en andere ziekten. Het doel van dit artikel is om drie verschillende probes gebaseerde real-time PCR-platforms en methoden die beschikbaar zijn om te kwantificeren en te bepalen de overvloed aan circulerende microRNAs zijn te bespreken.

Probe-gebaseerde real-time PCR Benaderingen voor kwantitatieve meting van microRNAs

Hier presenteren we een protocol om miRNA-expressie in monsters van borstkankerpatiënten te detecteren met behulp van miRNA in situ hybridisatie.

Clinicopathologische Analyse van miRNA expressie in Breast Cancer weefsels met behulp van miRNA<em&gt; In Situ</em&gt; hybridisatie

Dit verslag wordt een snelle en betrouwbare methode voor het valideren van mRNA doelstellingen van cellulaire miRNAs beschreven. Het gebruik van de methode synthetische biotinyleerd vergrendeld nucleïnezuur LNA gebaseerde miRNA bootst te vangen target mRNA. Vervolgens daar beklede magnetische kralen pulldown worden gebruikt de doelstelling mRNA voor kwantificering van qPCR polymerase-kettingreactie.

Biotine gebaseerde Pulldown Assay te valideren mRNA doelstellingen van cellulaire miRNAs

Reproducibly het om getallen te tellen van mRNAs in individuele eicellen, enkel molecuul RNA fluorescentie in situ is hybridisatie (RNA-vis) geoptimaliseerd voor niet-aanhanger cellen. Eicellen werden verzameld, gekruist met het transcript specifieke sondes en gekwantificeerd aan de hand van een afbeelding kwantificering software.

Gebruik van één molecuul fluorescentie In Situ hybridisatie (SM-vis) om Quantify en lokaliseer mRNAs in lymfkliertest eicellen

Deze methode toont het gebruik van de noordelijke hybridisatie techniek om miRNAs te detecteren van de totale RNA extract.

RNA Blot Analyse voor de detectie en kwantificering van Plant MicroRNAs

De op DNAzyme gebaseerde nanomachines kunnen worden gebruikt voor zeer selectieve en gevoelige detectie van nucleïnezuren. Dit artikel beschrijft een gedetailleerd protocol voor het ontwerp van op DNA gebaseerde nanomachines met een 10-23-kern met behulp van gratis software en hun toepassing bij de detectie van een Epstein-Barr-virusfragment als voorbeeld.

DNAzyme 10-23 - Op basis van nanomachines voor nucleïnezuurherkenning

Leer microRNA-detectie en -kwantificering in FFPE-weefsel met behulp van een tandem immunofluorescentie-hybridisatie-assay. Deze methode behoudt weefselintegriteit en maakt ruimtelijke analyse van microRNA-eiwitinteracties mogelijk.

MicroRNA-amplificatie en -herkenning door middel van locked-nucleic-acid in situ hybridisatie als een nieuwe detectie- en kwantificeringsmethode (Video) | JoVE Journal

MicroRNA-amplificatie en -herkenning door middel van locked-nucleic-acid in situ hybridisatie als een nieuwe detectie- en kwantificeringsmethode

Meer video's verkennen