Name: Chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2008-07-22T00:31:00.000+00:00
Duration: 10 min 36 s
Description: Leer chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen om eiwit-DNA-interacties te analyseren. Deze methode onthult chromatindynamica tijdens differentiatie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

De gepresenteerde werk wordt ondersteund door een subsidie ​​(RS1-00477-1) van het California Institute for Regeneratieve Geneeskunde (CIRM) naar FS

<ol><li>Evans, M. J., Kaufman, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+in+culture+of+pluripotential+cells+from+mouse+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos.</a> Nature. 292, 154-156 (1981).</li>
<li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polycomb+complexes+repress+developmental+regulators+in+murine+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells.</a> Nature. 441, 349-353 (2006).</li>
<li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+developmental+regulators+by+Polycomb+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 301-313 (2006).</li>
<li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Twenty-five+years+of+the+nucleosome%2C+fundamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li>
<li>Guenther, M. G., Jenner, R. G., Chevalier, B., Nakamura, T., Croce, C. M., Canaani, E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+and+Hox-specific+roles+for+the+MLL1+methyltransferase%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A.%22%5BJournal%5D)">Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.. 102, 8603-8608 (2005).</li>
<li>Lee, T. I., Johnstone, S. E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+immunoprecipitation+and+microarray-based+analysis+of+protein+location%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin immunoprecipitation and microarray-based analysis of protein location.</a> Nat. Protoc. 1, 729-748 (2006).</li>
<li>Sanchez-Elsner, T., Gou, D., Kremmer, E., Sauer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Noncoding+RNAs+of+trithorax+response+elements+recruit+Drosophila+Ash1+to+Ultrabithorax%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ash1 to Ultrabithorax.</a> Science. 311, 1118-1123 (2006).</li>
</ol>

Chromatine immunoprecipitatie (ChIP) biedt een waardevolle techniek voor de dissectie van chromatine-gebaseerde processen tijdens celdifferentiatie. Vereisten voor het succes van deze methode zijn goed antistoffen en de beschikbaarheid van chromatine van de controle cellen of weefsels die het antigeen van belang ontbreekt. Door het combineren van chip met DNA microarray-technologie, grote hoeveelheden informatie kan worden verkregen. De validatie van ChIP resultaten is afhankelijk van de beschikbaarheid van geschikte test systemen die het dynamische vereniging van eiwitten, eiwitten wijzigingen en / of RNA kan verbinden met het uitvoeren van biologische processen tijdens de celdeling ontwikkeling.

<table><tbody><tr><td>Proteïnase-K</td><td>Reagens</td><td>Roche Group</td><td>#EO0491</td><td></td></tr><tr><td>RNase-A</td><td>Reagens</td><td>Fermentas</td><td>#EN0531</td><td></td></tr><tr><td>formaldehyde 37%</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>FX040-13</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>3150</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol </td><td>Reagens</td><td>Goldshield</td><td></td><td></td></tr><tr><td>fenol:chloroform:isoamylalcohol</td><td>Reagens</td><td>Invitrogen</td><td>15593-031</td><td></td></tr><tr><td>SA, fractie V</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>2930</td><td></td></tr><tr><td>Dubecco&amp;rsquo;s fosfaatgebufferde zoutoplossing</td><td>Reagens</td><td>GIBCO, by Life Technologies</td><td>14190</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>5330</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchloride</td><td>Reagens</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>4050</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100 </td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>9410</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfaat</td><td>Reagens</td><td>JT Baker</td><td>4095-02</td><td></td></tr><tr><td>Lithiumchloride</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>5910</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>9230</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Reagens</td><td>Calbiochem</td><td>492015</td><td></td></tr><tr><td>Deoxycholzuur, natriumzout</td><td>Reagens</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP349-100</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumacetaat</td><td>Reagens</td><td>Applichem</td><td>631-61-8</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Reagens</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>dynalbeads, proteïne A</td><td>Reagens</td><td>Invitrogen</td><td>100.02D</td><td></td></tr><tr><td>dynalbeads, proteïne G</td><td>Reagens</td><td>Invitrogen</td><td>100.04D</td><td></td></tr><tr><td>1.5 ml microbuisjes met lage retentie, Xtreme</td><td>Overig</td><td>Phenix Research Products</td><td>MAX-815S</td><td></td></tr><tr><td>Phase Lock Gel Light, 2.0 ml</td><td>Reagens</td><td>Eppendorf</td><td>955154037</td><td></td></tr></tbody></table>

chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

De functionele en structurele complexiteit van de veelheid van cellen in metazoïsche organismen komt voort uit een klein aantal stamcellen. Stamcellen worden gekenmerkt door twee fundamentele eigenschappen: zelfvernieuwing en multipotent die het mogelijk maakt een stamcel om te differentiëren in vrijwel elke cel type 1. De progressie stamcel tot gedifferentieerde cel wordt gekenmerkt door het verlies van multipotent, structurele en morfologische veranderingen en de hiërarchische activiteit van transcriptiefactoren en signaalmoleculen, waarvan de activiteiten opzetten en onderhouden cel-type-specifieke genexpressie patronen. Op moleculair niveau, celdifferentiatie houdt dynamische veranderingen van de structuur en samenstelling van chromatine en de detectie van die dynamische veranderingen kunnen waardevolle inzichten geven in de functionele eigenschappen van stamcellen en de celdifferentiatie proces van 2,3. Chromatine is een zeer compacte DNA-eiwitcomplex dat vormen wanneer de cellen pakket chromosomaal DNA met eiwitten, voornamelijk histonen 4. Stemcellness en celdifferentiatie is gecorreleerd met de aanwezigheid van specifieke arrays van regulerende eiwitten zoals epigenetische factoren, histon-varianten, en transcriptiefactoren 2,3,5. Chromatine immunoprecipitatie (ChIP) biedt een waardevolle methode om de aanwezigheid van RNA, eiwitten en eiwit modificaties in chromatine 6,7 monitor. De vergelijking van chromatine uit verschillende celtypen kunnen ophelderen dynamische veranderingen in de eiwit-chromatine verenigingen die zich voordoen tijdens celdifferentiatie. Chromatine immunoprecipitatie betreft de zuivering van in vivo cross-linked chromatine. De geïsoleerde chromatine wordt gereduceerd tot kleinere fragmenten door enzymatische digestie of mechanische kracht. Chromatine fragmenten worden neergeslagen met behulp van specifieke antilichamen tegen eiwitten of eiwit-en DNA-modificaties doel. De neergeslagen DNA of RNA wordt gezuiverd en gebruikt als een sjabloon voor PCR of DNA microarray gebaseerde assays. Vereisten voor een succesvolle ChIP zijn van hoge kwaliteit antilichamen tegen het gewenste antigen en de beschikbaarheid van chromatine van de controle cellen die niet uiten de doelmolecule. Chip kan correleren de aanwezigheid van eiwitten, eiwitten en RNA wijzigingen, en RNA met specifieke doel-DNA, en afhankelijk van de keuze van de outread tool, detecteert de vereniging van doelmoleculen op specifieke doelgroepen genen of in het kader van een hele genoom. De vergelijking van de verdeling van de eiwitten in het chromatine van de differentiërende cellen kunnen ophelderen van de dynamische veranderingen van chromatine samenstelling die samenvallen met de progressie van de cellen langs een cellijn.

De differentiatie van ESC samenvalt met cel-type specifieke veranderingen in de structuur en samenstelling van het chromatine. De detectie van deze veranderingen geeft waardevolle inzichten in de mechanismen die stemcellness en celdifferentiatie te definiëren. Chromatine immunoprecipitatie (ChIP) vormt een waardevolle methode om de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen stamcellen differentiatie ontleden.

Chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen

De functionele en structurele complexiteit van de talloze cellen in metazoaire organismen komt voort uit een klein aantal stamcellen. Stamcellen zijn ...

Hallo, ik ben Stefan Burani van het laboratorium van Dr. Frank Zawa van de afdeling Biochemie aan de University of California Riverside. Vandaag laten we u een procedure zien voor chromatine-immunoprecipitatie. Laten we beginnen.Deze procedure begint met formaldehyde-crosslinking van menselijke embryonale stamcellen. Voorafgaand aan de crosslinking worden de menselijke embryonale stamcellen gedurende vijf minuten bij 37 °C ontdooid uit vloeibare stikstof en vervolgens gewassen met medium. De cellen worden daarna uitgeplaat op met gelatine gecoate zeswells-platen en krijgen twee tot drie dagen de tijd om uit te groeien.Voor elke immunoprecipitatiereactie moeten we starten met 50 tot 100 miljoen cellen. De cellen worden eerst geprepareerd en verzameld in suspensie. Vers formaldehyde wordt aan elke celsuspensie toegevoegd in een concentratie van 1% en gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur geïncubeerd.Voeg vervolgens één tiende volume 1,25 M glycine toe om het formaldehyde te neutraliseren en incubeer gedurende 10 minuten. Spoel de cellen twee keer met 10 milliliter PBS en breng ze daarna over in 50 milliliter conische buisjes. Centrifugeer de buisjes bij 1000 RPM gedurende vijf minuten bij vier graden Celsius om de cellen als pellet te verzamelen.Gooi na het centrifugeren het supernatant weg en resuspendeer de pellet in 1,5 milliliters lysebuffer. Breng de cellen vervolgens over naar een microcentrifugebuisje van 1,5 milliliter. Nadat de cellen zijn overgebracht, worden ze drie keer snel ingevroren (flash freeze) in vloeibare stikstof en daarna met een weefselmaler kapotgemaakt.Zodra de cellen zijn gecrosslinkt, zijn ze klaar voor immunoprecipitatie of ze kunnen onbeperkt bevroren worden bewaard bij minus 80 °C. Nadat u de cellen heeft gecrosslinkt, moet u de magnetische beads hiervoor voorbereiden. Voeg 50 µL DI-beads toe aan 1,5 mL microcentrifugebuisjes met lage retentie en bereid één buisje beads voor per immunoprecipitatie.Voeg vervolgens één milliliter blokkeringsoplossing toe. Verzamel nu de dyal-beads met behulp van dyal MPC. Plaats de buisjes in het magnetische rek.Laat de kraaltjes zich aan de zijkant van de buis verzamelen. Dit zou ongeveer 15 seconden duren. U kunt het rek twee keer omkeren om het verzamelen van de kraaltjes te vergemakkelijken.Zodra de beads zijn opgevangen, kunt u het supernatant met een pipette verwijderen. Voeg na het verwijderen van het supernatant één milliliter blokkeringsoplossing toe en resuspendeer de beads voorzichtig door de magnetische strip uit het rek te halen en het rek om te keren. Terwijl de buis op zijn plaats blijft, kunt u dit 10 tot 20 keer herhalen of totdat de beads gelijkmatig zijn verdeeld.Resuspendeer en verzamel de beads zoals u dit eerder heeft gedaan. Zodra ze zijn verzameld, kunt u het supernatant met een pipet verwijderen. Herhaal deze wasstap met 1,5 milliliters blokkeringsoplossing.Na de tweede wasbeurt kunt u de beads resuspenderen in 750 µL blokkeringsoplossing en vervolgens 10 µg antilichaam toevoegen. In ons onderzoek gebruiken we een antilichaam tegen het eiwit MLL; incubeer het mengsel bij 4 °C gedurende minimaal zes uur of overnacht op een rotator. Tijdens deze incubatie kunt u het crosslinked chromatine sonificeren, wat we kort na de overnachtelijke incubatie zullen demonstreren.Verwijder de antilichaamoplossing en was de beads vervolgens drie keer. Gebruik hiervoor één milliliter lyasebuffer, zoals u eerder deed, en gebruik het magnetische rek om de beads te verzamelen. Na het wassen kunt u het verzadigde chromatine toevoegen.Voordat u begint met het soniceren, moet u eerst de bevroren celpellets uit de vriezer van -80 °C halen en laten ontdooien. Bereid een conische buis van 15 milliliter voor op sonificatie. Dit wordt gedaan door de buis bij de markering van 5 milliliter in twee stukken te snijden en de bovenste helft weg te gooien.De buisjes kunnen worden afgedekt met parafilm of de dop van het buisje. Positioneer tijdens het opstellen het buisje in een buisjesrek zodanig dat de ator-probe zich ongeveer 0,5 tot één centimeter boven de bodem van het buisje bevindt.Zorg ervoor dat de probe gecentreerd is en de wand van de buis niet raakt om schuimvorming van de oplossing te voorkomen. Soniceren vervolgens de suspensie gedurende zes rondes van 20 seconden. Elk monster moet tussen de sonicatierondes in een ijswaterbad worden bewaard om schuimvorming te verminderen.Stel het uitgangsvermogen aanvankelijk in op nul en verhoog dit vervolgens handmatig naar het definitieve vermogen tijdens de eerste burst. Na enige tijd wordt het materiaal overgebracht naar een buisje van 1,5 milliliter en vervolgens 10 minuten gecentrifugeerd bij 13.000 RPM op vier graden Celsius. Dit dient om het residu te pelletiseren en de supernatant te oogsten.Overbreng de SINA naar een nieuwe buis van 1,5 milliliter. Bewaar 50 µL van het cellysaat van elk monster als input-DNA. Dit zal later worden gebruikt om de grootte van het gedeelde chromatine te controleren.Dit kan worden bewaard bij -20 °C. Er moet ten minste één aliquot input-DNA worden bewaard per batch gesoniceerd lysaat. We zijn nu klaar om het chromatine te immunoprecipiteren.Voeg eerst het chromatine-equivalent van 50 tot 100 miljoen cellen uit de in de vorige stap verzamelde pellet toe aan 50 µL antibody magnetic bead mix die eerder is bereid, tot een eindvolume van 1 mL. Indien nodig kan dit volume worden aangepast met lysebuffer; keer het buisje om om te resuspenderen. Incubeer dit mengsel met de beads overnacht op een rotator bij 4 °C.Verzamel na incubatie de beads met behulp van een magneetstatief. Plaats de buisjes in het rek, zodat de beads zich tegen de wand van het buisje verzamelen. Dit zal ongeveer 20 seconden duren. Beweeg het rek twee keer om te helpen alle beads te verzamelen.Verwijder vervolgens het supernatant met een pipetteur en vervang de tips tussen de monsters. Daarna moeten de beads gewassen worden. Voeg hiervoor één milliliter lyasebuffer toe aan elke buis en resuspendeer de beads voorzichtig.Dit kan worden gedaan door de magneetstrip uit het rek te verwijderen en het rek, met de buisjes er nog in, ongeveer 10 tot 20 keer om te keren of totdat de beads gelijkmatig zijn geresuspendeerd. Verzamel daarna de beads door de magneetstrip terug te plaatsen. Verwijder het supernatant met een pipet.Herhaal deze wasstap nog drie tot vijf keer. Vergeet niet om de tips tussen de wasbeurten te vervangen. Was de beads vervolgens vier tot zes keer in één milliliter IP one buffer zoals zojuist beschreven.Was daarna op dezelfde wijze de beads vier tot zes keer in één milliliter IP twee buffer. Was de beads tot slot vier tot zes keer in één milliliter TE-buffer pH 8,0, zoals bij de overige wasstappen is gedaan. Verwijder de TE-buffer na de laatste wasbeurt.Centrifugeer nu 3 minuten bij 3000 RPM bij vier graden Celsius om eventuele resterende TE-buffer te verwijderen. De beads zijn nu klaar voor elutie om het chromatine te verwijderen. Voeg eerst 210 µL elutiebuffer toe en elueer het materiaal van de beads door de buizen 15 minuten, of tot 30 minuten om het herstel van het eluaat te verbeteren, te incuberen in een thermische mixer bij 65 graden Celsius op 800 RPM.Centrifugeer de kraaltjes gedurende één minuut bij 13.000 RPM. Verwijder na centrifugatie 200 µL van het supernatant en breng dit over naar een nieuwe buis, voeg vervolgens 200 µL TE-buffer toe. De monsters zijn nu klaar voor de CRO-stap om het geprecipiteerde DNA te decrosslinken.Incubeer het supernatant in een waterbad van 65 °C gedurende minimaal zes uur en maximaal 15 uur. Deze incubatie kan in een waterbad worden uitgevoerd om condensatie te minimaliseren. Voeg vervolgens 50 µL input-DNA toe.Dit werd na sonificatie teruggekoppeld door de lengte van dit input-DNA aan te passen via incubatie bij 65 °C, zoals ook bij het eluaat is gedaan. Nu zijn we klaar om het DNA te zuiveren. Het DNA wordt vervolgens gezuiverd en geprecipiteerd met behulp van fenol-chloroformextractie, gevolgd door ethanolprecipitatietechnieken.De neergeslagen DNA-pellets worden geresuspendeerd in water en kunnen vervolgens bij minus 20 graden Celsius worden bewaard. Voor toekomstig gebruik kan het gezuiverde input-DNA op een agarosegel worden geladen om de grootte van het gescheren chromatine te controleren. Idealiter moet het chromosoom tussen de 250 en 750 basen groot zijn.We hebben u zoju biodegradation hoe u een chromatine-immunoprecipitatie uitvoert bij menselijke embryonale stamcellen. Bij het uitvoeren van dit experiment is het belangrijk om een antilichaam met een hoge affiniteit te gebruiken, chromatine met het juiste groottebereik en wasstappen met een hoge stringentie. Dat is alles.Bedankt voor het kijken en veel succes met uw experimenten.

chromatin-immunoprecipitation-from-human-embryonic-stem-cells

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Demonstreren we een chromatine immunoprecipitatie (ChIP) methode om factor interacties op weefsel-specifieke genen te identificeren tijdens of na het begin van weefsel-specifieke genexpressie in muis embryonale weefsel. Dit protocol moet worden breed toepasbaar voor de studie van weefsel-specifieke gen activatie als het zich voordoet tijdens de normale embryonale ontwikkeling.

Chromatine immunoprecipitatie assay for Tissue-specifieke genen met behulp van een vroeg stadium muizenembryo&#39;s

We beschrijven een robuuste methode voor het chromatine immunoprecipitatie met primaire T-cellen. De methode is gebaseerd op standaard methoden, maar gebruikt een specifieke set van omstandigheden en reagentia die de efficiëntie van een beperkte hoeveelheid cellen verbeteren. Belangrijk is een gedetailleerde beschrijving van de data analysefase gepresenteerd.

Efficiënte Chromatine immunoprecipitatie behulp Beperking hoeveelheden biomassa

De vraag hoe chromatine toezichthouders en chromatine staten van invloed op het genoom in vivo is de sleutel tot ons begrip van hoe vroeg lot van de cel beslissingen worden genomen in het zich ontwikkelende embryo. ChIP-Seq-de meest populaire benadering van chromatine functies onderzoeken op mondiaal niveau wordt hier geschetst voor Xenopus embryo.

Genoom-brede Snapshot van chromatine regelgevers en staten in<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryo&#39;s van Chip-Seq

Een fijnafstemming regulatie van gentranscriptie ten grondslag ligt aan embryonale cel lot beslissing. Hierin beschrijven we chromatine immunoprecipitatie assays gebruikt om epigenetische regulatie van zowel cardiale differentiatie van stamcellen en cardiale ontwikkeling van muizenembryo's te onderzoeken.

Epigenetische regulatie van Cardiac Differentiatie van embryonale stamcellen en weefsels

Hier beschrijven we een chromatine immunoprecipitation (ChIP) en ChIP-seq de protocol van de voorbereiding van de bibliotheek voor het genereren van wereldwijde epigenomic profielen van lage-overvloed kip embryonale monsters.

Chromatine Immunoprecipitation (ChIP) Protocol voor lage-overvloed embryonale monsters

Hier beschrijven we een geoptimaliseerde high-throughput ChIP-sequencing protocol en computationele analyses pijpleiding voor de bepaling van genoom-brede chromatine staat patronen uit bevroren tumor weefsels en cellijnen.

Een geïntegreerd Platform voor het toewijzen van de genoom-brede van chromatine Staten met behulp van High-throughput ChIP-sequencing in Tumor weefsels

Hier beschrijven we methoden voor het uitvoeren van ChIP-Seq en CARIP-Seq, met inbegrip van de voorbereiding van de bibliotheek van next-generation sequencing, voor het genereren van wereldwijde epigenomic en chromatine-geassocieerde RNA kaarten in ES-cellen.

CARIP-Seq en ChIP-Seq: methoden voor het identificeren van de chromatine-geassocieerde RNAs en eiwit-DNA interacties in embryonale stamcellen

Verordening van de chromatine-milieu is een essentieel proces nodig is voor goede genexpressie. Hier beschrijven we een methode voor het beheersen van de genexpressie door de aanwerving van chromatine-aanpassen machines gen-specifieke en omkeerbare wijze.

Onderdrukken van Gene transcriptie door cellulaire machines met chemische epigenetische Modifiers omleiden

Dit protocol richt zich op chromatinepreparatie uit snap bevroren weefsels en is geschikt voor Crosslinking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP) gevolgd door kwantitatieve PCR-analyse (X-ChIP-qPCR) of next generation sequencing-benaderingen (X-ChIP-seq).

Chromatine-extractie uit bevroren chimere leverweefsel voor chromatine-immunoprecipitatieanalyse

Dit protocol beschrijft de Capture Hi-C-methode die wordt gebruikt om de 3D-organisatie van megagebaseerde gerichte genomische regio's met hoge resolutie te karakteriseren, inclusief grenzen van topologisch associërende domeinen (TAD's) en chromatine-interacties op lange afstand tussen regulerende en andere DNA-sequentie-elementen.

Ontcijferen van 3D-chromatineorganisatie met hoge resolutie via Capture Hi-C

Leer chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen om eiwit-DNA-interacties te analyseren. Deze methode onthult chromatindynamica tijdens differentiatie.

Chromatine immunoprecipitatie van menselijke embryonale stamcellen

Meer video's verkennen