W komórkach eukariotycznych transkrypty wytwarzane przez polimerazę RNA są modyfikowane i przetwarzane przed wyjściem z jądra. Nieprzetworzone RNA nazywane jest mRNA prekursorowym lub pre-mRNA, aby odróżnić je od dojrzałego mRNA.

Gdy około 20-40 rybonukleotydów zostanie połączonych ze sobą przez polimerazę RNA, grupa enzymów dodaje “czapeczkę” do końca 5′ rosnącego transkryptu. W tym procesie fosforan 5′ jest zastępowany zmodyfikowaną guanozyną, do której przyłączona jest grupa metylowa (7-metyloganozyna). Ta 5′ czapeczka pomaga komórce odróżnić mRNA od innych typów RNA i odgrywa rolę w późniejszej translacji.

Podczas transkrypcji lub krótko po niej duży kompleks zwany spliceosomem wycina różne części transkryptu pre-mRNA, ponownie łącząc się z pozostałymi sekwencjami. Sekwencje RNA, które pozostają w transkryptie, nazywane są “eksonami” (sekwencjami wyrażonymi), podczas gdy usunięte fragmenty nazywane są “intronami”. Co ciekawe, pojedynczy segment RNA może być eksonem w jednym typie komórki i intronem w innym. Podobnie, pojedyncza komórka może zawierać wiele wariantów transkryptu genu, który został alternatywnie splicjonowany, umożliwiając produkcję wielu białek z jednego genu.

Po zakończeniu transkrypcji enzym dodaje około 30-200 nukleotydów adeninowych do końca 3′ cząsteczki pre-mRNA. Ten ogon poli-A chroni mRNA przed degradacją w cytoplazmie. Dojrzałe mRNA opuszcza następnie jądro w celu translacji.