Region promotora eukariotycznego to segment DNA znajdujący się przed genem. Zawiera miejsce wiązania polimerazy RNA, miejsce rozpoczęcia transkrypcji i kilka sekwencji cis-regulatorowych. Region proksymalny promotora znajduje się w pobliżu genu i ma sekwencje cis-regulatorowe oraz promotor rdzenia. Główny promotor jest miejscem wiązania polimerazy RNA i zwykle znajduje się w odległości od -35 do +35 nukleotydów od miejsca rozpoczęcia transkrypcji. Dystalne regiony promotorowe to sekwencje cis-regulatorowe, tysiące par zasad oddalonych od genu. Długość regionu promotorowego może się znacznie różnić w zależności od genu.

Główny promotor zawiera charakterystyczne motywy, w których ogólne czynniki transkrypcyjne mogą wiązać i rekrutować polimerazę RNA. Pudełko TATA to motyw znajdujący się 25-30 par zasad przed miejscem rozpoczęcia transkrypcji. Jest bardziej elastyczny i mniej stabilny termodynamicznie niż inne motywy promotorowe ze względu na wysoką zawartość A-T, co pozwala na efektywne wiązanie maszynerii transkrypcyjnej. Znajduje się w genach, które wymagają wysokiego poziomu ekspresji w określonych warunkach, takich jak geny biorące udział w różnicowaniu komórek. Pudełko TATA jest często otoczone zestawem krótkich motywów nukleotydowych, znanych jako elementy rozpoznające B. Czynnik transkrypcyjny II B, ważny składnik biorący udział w montażu maszynerii transkrypcyjnej w pudełku TATA, wiąże się z tymi elementami B.

Element inicjujący, złożony ze zdegenerowanej sekwencji YYANWYY*, zawiera miejsce rozpoczęcia transkrypcji. Za elementem inicjującym znajduje się inny charakterystyczny motyw, znany jako dolny element promotorowy (DPE), składający się ze zdegenerowanej sekwencji RGWYVT. Pudełko TATA i DPE regulują podobne typy genów, a promotor eukariotyczny może mieć pudełko TATA lub DPE. Element inicjujący może działać synergistycznie z pudełkiem TATA lub DPE w celu regulacji transkrypcji.

Wyspy CpG są kolejnym rodzajem motywu promotora rdzenia, który reguluje ekspresję innych typów genów, takich jak geny porządkowe, które wymagają stałej ekspresji w małych ilościach. Nazywa się je wyspami CpG, ponieważ zawierają sekwencje o wysokiej zawartości cytozyny, a następnie guaniny. “p” reprezentuje wiązanie fosfodiestrowe, które łączy C z G. Wiadomo również, że wyspy CpG występują w dystalnych regionach promotorowych.

*Kody R dla A lub G; W koduje A lub T; Kody Y dla C lub T; V kody A lub G lub C; oraz kody N dla każdej z czterech zasad.