System klasyfikacji drobnoustrojów

Klasyfikacja to proces organizowania organizmów w hierarchicznie ustrukturyzowane grupy na podstawie ich podobieństw fenotypowych lub powiązań ewolucyjnych. Gatunek obejmuje jeden lub więcej szczepów, a spokrewnione gatunki są grupowane w rodzaje. Rodzaje klasyfikowane są dalej do rodzin, rodziny do rzędów, rzędy do klas itd., aż do poziomu domeny — najszerszej rangi taksonomicznej, wyznaczanej na podstawie danych fenotypowych i genotypowych.

Nazewnictwo organizmów opiera się na systemie binominalnym opracowanym przez Karola Linneusza, zgodnie z którym każdemu organizmowi przypisuje się nazwę rodzajową oraz epitet gatunkowy, zapisywane kursywą. Nadawanie nowych nazw taksonów mikroorganizmów regulowane jest przez Międzynarodowy Komitet Systematyki Prokariotycznej (ICSP), który nadzoruje Międzynarodowy kodeks nomenklatury bakterii (znany również jako kodeks bakteriologiczny). Kodeks określa formalne procedury wymagane do walidacji. Nowa nazwa gatunkowa musi być poparta szczegółowym opisem cech diagnostycznych oraz zdeponowaniem żywych kultur w co najmniej dwóch międzynarodowych kolekcjach referencyjnych. Gdy organizmy nie mogą być jeszcze hodowane lub uzyskane w postaci czystej kultury, przyznaje się im nazwę tymczasową z prefiksem „Candidatus.” Przykłady: Candidatus Pelagibacter ubique (szeroko rozpowszechniony gatunek bakterii trudny do hodowli laboratoryjnej), Candidatus Heliomonas lunata (gatunek bakterii, którego nie da się wyhodować jako czystej kultury w warunkach laboratoryjnych). Zaktualizowane i zweryfikowane listy bakterii i archeonów dostępne są pod adresem: Lista nazw prokariotów o ugruntowanej pozycji w nomenklaturze (http://www.bacterio.net) oraz Aktualna nomenklatura prokariotów (http://www.dsmz.de).

Najpowszechniej uznawanym systemem klasyfikacji bakterii i archeonów jest Podręcznik systematycznej bakteriologii Bergeya (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology). Od pierwszego wydania w 1923 roku stanowi on podstawowe źródło wiedzy dla mikrobiologów, oferując szczegółowe informacje, tabele systematyczne, ilustracje oraz narzędzia identyfikacyjne. Innym istotnym źródłem jest publikacja The Prokaryotes, która zawiera obszerne informacje na temat fizjologii, ekologii, filogenezy i hodowli organizmów prokariotycznych.

Narodowe kolekcje kultur mikroorganizmów, takie jak American Type Culture Collection (ATCC), Belgian Coordinated Collection of Microorganisms (BCCM), Kolekcja Instytutu Pasteura i wiele innych, odgrywają kluczową rolę w systematyce mikroorganizmów. Przechowują one żywe kultury w warunkach zachowujących ich integralność genetyczną, zapewniając dostępność dla badań oraz ochrony bioróżnorodności. W przeciwieństwie do tradycyjnych eksponatów muzealnych, kultury te utrzymywane są w stanie żywym, co umożliwia ich dalsze badania i charakterystykę. Kolekcje te zabezpieczają również szczepy typowe, które służą jako punkty odniesienia w przyszłych porównaniach taksonomicznych.