Procedury szczegółowych analiz fenotypowych i funkcjonalnych całkowitej populacji oraz podzbiorów pamięci limfocytów T można podzielić na cztery części: 1) przygotowanie komórek i stymulację antygenową, 2) barwienie markerów powierzchniowych, 3) wewnątrzkomórkowe barwienie cytokin oraz 4) analizy cytometryczne.
1. Przygotowanie komórek i stymulacja antygenowa
- W niniejszym protokole wykorzystano zarówno świeżo izolowane, jak i krio-konserwowane mononuklearne komórki krwi obwodowej (PBMC). Komórki PBMC izolowano z heparynowanych lub cytrynianowych próbek krwi żylnej makaków rhesus poprzez sedymentację w gradiencie gęstości przy użyciu Ficoll-Hypaque (Histopaquen-1077, Sigma-Aldrich, ST. Louis, MO). Alikwoty PBMC przechowywano w zamrożeniu w 90% FCS i 10% DMSO w ciekłym azocie.
- W przypadku użycia krio-konserwowanych PBMC, fiolki z zamrożonymi komórkami wyjmowano z ciekłego azotu i szybko rozmrażano w kąpieli wodnej o temperaturze 37 C, delikatnie mieszano, przemywano medium RPMI-1640 (HyClone laboratories, logan, UT) w celu usunięcia medium do zamrażania i resuspendowano w medium kompletnym [CM; RPMI-1640 uzupełnione o 10% inaktywowanego ciepłem FCS (HyClone laboratories), 2mM L-glutaminy (Sigma-Aldrich), 100U/ml penicyliny/streptomycyny (Invitrogen)], a następnie hodowano w 6-dołkowych płytkach do hodowli tkanek przez noc w temperaturze 37°C w humidyfikowanej atmosferze 5% CO2. Następnego ranka określono liczbę żywych komórek metodą wykluczania barwnika trypan-błękitu i resuspendowano je w CM.
- Komórki traktowano różnie w zależności od tego, czy przeprowadzano stymulację nieswoistą, czy swoistą antygenowo, przed kolejnymi analizami cytokin: (a) do stymulacji nieswoistej za pomocą 12-mirystylanu 13-octanu forbolu (PMA) i jonomycyny (I) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), alikwoty komórek w objętości 0,1ml (1,0 x 106 komórek/dołek) wysiano do poszczególnych dołków 96-dołkowych płytek do hodowli tkanek (BD Biosciences, Franklin lake, NJ). PMA i jonomycynę stosowano w końcowych stężeniach odpowiednio 50ng/ml i 500ng/ml. Końcowa objętość całkowita dla 96-dołkowej płytki do hodowli tkanek wynosiła 0,2ml/dołek: (b) do stymulacji swoistej antygenowo, 1,0 x 106 komórek w objętości 1,0 ml wysiano do poszczególnych dołków 24-dołkowych płytek do hodowli tkanek (BD Biosciences, Franklin lake, NJ), w których dołki zostały wcześniej potraktowane zgodnie z opisaną wcześniej modyfikacją9. W skrócie, 24-dołkowe płytki do hodowli tkanek powlekano przeciwciałami kozimi anty-mysimi IgG (H + L) (Kierkegaard and Perry Laboratory, Gaithersburg, MD) w stężeniu 2,5 μg/ml/dołek w 50mM roztworze Tris (pH 8,6) przez noc w temperaturze 4°C. Następnego ranka płytki przemyto dwukrotnie sterylnym PBS i dodano kostymulujące mAb CD49d, klon 9F10 (BD Biosciences; San Jose, CA) w stężeniu 10 μg/ml/dołek, a następnie inkubowano przez jedną godzinę w 37°C. Po inkubacji płytki przemyto dwukrotnie sterylnym PBS w temperaturze pokojowej. Antygeny docelowe (w tym koktajl sześciu peptydów otoczki HIV8) dodano w końcowym stężeniu 10μg/ml dla każdego peptydu. Dodatkowe dołki z komórkami w samym CM przygotowano jako kontrolę negatywną. Końcowa objętość całkowita dla każdego dołka 24-dołkowej płytki do hodowli tkanek wynosiła 1,0 ml.
- Komórki hodowano przez 6 godzin w temperaturze 37°C w humidyfikowanej atmosferze 5% CO2. Brefeldyna A (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) została dodana do hodowli w stężeniu 10μg/ml przez ostatnie 4,5 godziny stymulacji. Następnie komórki przeniesiono do 5 ml probówek polipropylenowych i przemyto zimnym (4°C) buforem do płukania w cytometrii (PBS Dulbecco (DPBS, bez Ca2/Mg2; Life technologies, Rockville, MD) z 2% inaktywowanym ciepłem FCS), a następnie poddano barwieniu za pomocą różnych przeciwciał znakowanych fluorescencyjnie.
2. Immunofluorescencyjne barwienie markerów powierzchniowych
- Stymulowane komórki najpierw barwiono 1ul fluorescencyjnym barwnikiem reaktywnym live/dead fixable aqua w temperaturze 4°C w ciemności przez 30 minut, a następnie raz przemywano zimnym buforem do płukania w cytometrii przepływowej.
- Następnie do komórek dodano odpowiednio miareczkowane przeciwciała monoklonalne znakowane fluorescencyjnie: anty-CD3 PE-Cy7 (SP34-2), anty-CD8 Alexa700 (RPA-T8), anty-CD28 PerCP-cy5.5 (L293), anty-CD95 APC (DX2) oraz anty-CD4 pacific blue (OKT4); wszystkie pochodziły od BD Biosciences (Franklin lake, NJ), z wyjątkiem anty-CD4 pacific blue (OKT4) od eBioscience (San Diego, CA). Komórki inkubowano przez 30 minut w temperaturze 4°C w ciemności.
- W każdym eksperymencie wykorzystano zarówno kontrole kompensacji, jak i kontrole FMO (fluorescence minus one)10,11. Kontrole kompensacji służyły do wyznaczenia współczynników przenikania (spillover) każdego z poszczególnych barwników do innych detektorów. W przypadku kontroli kompensacji komplet probówek zawierających zawiesiny komórkowe od jednego małpy barwiono poszczególnymi mAb sprzężonymi z fluorochromem jako barwienia jednobarwne. FMO to wielobarwna kombinacja barwień, która zawiera wszystkie odczynniki z wyjątkiem badanego, i służy do wyznaczenia granicy między populacją pozytywną a negatywną poprzez odtworzenie poziomu autofluorescencji i danych obecnych w próbce w pełni zbarwionej.
- Zbarwione komórki przemyto następnie zimnym buforem do płukania w cytometrii przepływowej i utrwalono w roztworze do utrwalania i permeabilizacji (BD Biosciences; San Jose, CA) przez co najmniej 10 minut (na tym etapie komórki można przechowywać przez noc w temperaturze 4°C w ciemności) przed przeprowadzeniem wewnątrzkomórkowego barwienia cytokin.
3. Wewnątrzkomórkowe barwienie cytokin
- Utrwalone komórki przemyto buforem do płukania w cytometrii przepływowej, a następnie dodano bufor Perm/Wash (BD Biosciences; San Jose, CA) zgodnie z instrukcją producenta. W skrócie, komórki inkubowano w 0,1 ml 1X buforu Perm/Wash przez 10 minut w temperaturze 4°C w ciemności.
- Następnie komórki inkubowano z odpowiednio miareczkowanym przeciwciałem anty-IFN-γ (B27) znakowanym FITC oraz przeciwciałem anty-IL-2 (MQ1-17H12) znakowanym PE przez 60 minut w temperaturze 4°C w ciemności.
- Następnie komórki przemyto jeszcze dwukrotnie roztworem do permeabilizacji.
- Po ostatnim płukaniu komórki zawieszono ponownie w 1% paraformaldehydzie w DPBS i poddano analizie cytometrycznej w ciągu 24 godzin.
4. Analiza za pomocą cytometrii przepływowej
- Barwione komórki analizowano za pomocą cytometru przepływowego LSR II (BD Biosciences; San Jose, CA) lub CyAn ADP (Dako, Carpinteria, CA). Dane FACS analizowano przy użyciu oprogramowania FlowJo (Tree Star, Ashland, OR).
- Rysunek 1 przedstawia schemat bramkowania wykorzystany do analizy różnych subpopulacji limfocytów T u reprezentatywnego zwierzęcia. Limfocyty wyodrębniono najpierw za pomocą bramkowania rozproszenia przedniego (FSC) względem rozproszenia bocznego (SSC), a następnie zidentyfikowano żywe limfocyty na podstawie SSC i populacji aqua-ujemnej. Limfocyty T zidentyfikowano pozytywnie poprzez ekspresję CD3, a następnie wykryto populacje CD4+ CD8- (limfocyty T CD4+) oraz CD4- CD8+ (limfocyty T CD8+) w obrębie populacji limfocytów T CD3+. Limfocyty T CD4+ i CD8+ podzielono dalej na różne subpopulacje na podstawie ekspresji CD28 i CD95 jako komórki naiwne (Tn, CD28+ CD95-), pamięci centralnej (Tcm, CD28+ CD95+) i pamięci efektorowej (Tem, CD28- CD95+), zgodnie z opisami w literaturze5, 10.
- Rysunek 2 przedstawia sposób oceny wydolności funkcjonalnej różnych subpopulacji limfocytów T CD4+ i CD8+ pod kątem produkcji cytokin (INF-γ i/lub IL-2) w odpowiedzi na stymulację PMA i jonomycyną (PMA+I).
5. Reprezentatywne dane FACS
Skład PBMC u makaków rhesus określono za pomocą analizy FACS. Rysunek 1 przedstawia schemat bramkowania wykorzystany do analizy różnych subpopulacji limfocytów T u reprezentatywnego zwierzęcia. Limfocyty wyodrębniono najpierw poprzez bramkowanie rozpraszania w przód (FSC) względem rozpraszania bocznego (SSC), a następnie zidentyfikowano żywe limfocyty na podstawie SSC oraz populacji aqua-negatywnej. Limfocyty T zidentyfikowano następnie na podstawie ekspresji CD3. W obrębie populacji limfocytów T CD3+ określono również populacje CD4+ CD8- (limfocyty T CD4+) oraz CD4- CD8+ (limfocyty T CD8+). Jak pokazano na Rysunku 2, limfocyty T CD4+ i CD8+ podzielono dalej na różne subpopulacje na podstawie ekspresji CD28 i CD95 na komórki naiwne (Tn, CD28+ CD95-), pamięci centralnej (Tcm, CD28+ CD95+) oraz pamięci efektorowej (Tem, CD28- CD95+). Rysunek 2A przedstawia produkcję INF- γ i IL-2 w niepobudzonych oraz pobudzonych PMA / jonomycyną limfocytach T CD4+ i ich subpopulacjach, a Rysunek 2B przedstawia produkcję INF- γ i IL-2 w niepobudzonych oraz pobudzonych PMA / jonomycyną limfocytach T CD8+ i ich subpopulacjach. Należy zwrócić uwagę na odmienne profile cytokin wywołane stymulacją w każdej z subpopulacji.

Rysunek 1. Strategia bramkowania zastosowana w analizie cytometrycznej składu PBMC u makaków rezus. Prosimy kliknąć tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję rysunku 1.


Rysunek 2. (A) Profil produkcji cytokin dla całkowitej populacji limfocytów T CD4+ i ich subpopulacji. (B) Profil produkcji cytokin dla całkowitej populacji limfocytów T CD8+ i ich subpopulacji. Proszę kliknąć tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję rysunku 2a, lub tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję rysunku 2b.