Wielodołkowy test na bazie płynu do badań przesiewowych nokautów C. elegans

Abstract

Źródło: Anderson, Q. L. i wsp. Wysokoprzepustowy, o wysokiej zawartości, płynny system C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)

Ten film przedstawia wysokoprzepustową metodę badań przesiewowych z wykorzystaniem Caenorhabditis elegans do badania knockdownów genów podczas interakcji gospodarz-patogen. Przedstawiono w nim procedurę przygotowania powalanych robaków i przenoszenia ich na płytki testowe w celu oceny skutków zabijania robaków przez patogeny.

Protocol

1. Adaptacja do badań przesiewowych wielu szczepów Caenorhabditis elegans lub knockdownów (konfiguracja przesiewowa interferencji kwasu rybonukleinowego (RNAi))

Nuta: Jest to badanie przesiewowe RNAi opisane dla konfiguracji płytek 24-dołkowych.

1. Dodać 1 ml S Basal na dołek 24-dołkowej płytki zawierającej robaki wysiane RNAi. Delikatnie poruszyć robaki, potrząsając płytką, a następnie przenieść robaki do pustej, sterylnej płytki z 24 głębokownikami. Pozwól robakom osiąść grawitacyjnie (~5 minut).
2. Odessać supernatant, pozostawiając około 1 ml. Dodaj 7 ml S Basal do każdej studzienki.
3. Powtórz kroki 1.1 - 1.2 co najmniej 2 razy więcej. Po końcowym umyciu odessać supernatant, pozostawiając około 400 μL.
4. Korzystając z funkcji Resampler sortera robaków, posortuj 22 robaki z 24-dołkowej zawiesiny robaków płytkowych do każdego dołka płytki 384-dołkowej (każda studzienka płytki 24-dołkowej daje 8-12 dołków płytki 384-dołkowej).
   1. Aby uniknąć głodu, przed sortowaniem należy pipetować bakterie do płytek 384-dołkowych (szczepu, który służy wyłącznie jako pokarm, takiego jak OP50, lub szczepu chorobotwórczego).
5. Po posortowaniu robaków na płytkę 384-dołkową, dodaj małe cząsteczki lub inne materiały specyficzne dla eksperymentu.

Materials