Wzrost bakterii i techniki badawcze

Źródło: Cian, M. B. et al., Separation of the cell envelope for Gram-negative bacteria into Inner and Outer membrane fractions with Technical Adjustment for Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje oddzielenie wewnętrznej i zewnętrznej frakcji błonowej bakterii Gram-ujemnych za pomocą ultrawirowania w gradionym poziomie sacharozy. Frakcje membranowe są oczyszczane i przechowywane w niskich temperaturach w celu ukierunkowanej analizy składników specyficznych dla membrany.

Źródło: Mercier, N., et al. Oczyszczanie powinowactwa MS2 w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA u bakterii Gram-dodatnich. J. Vis. Exp. (2021)Ten film przedstawia krok po kroku procedurę zbierania komórek bakteryjnych i mechanicznej ich lizy w celu uwolnienia zawartości wewnątrzkomórkowej.

Źródło: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje izolację znakowanego MS2 małego regulatorowego RNA (sRNA) związanego z bakteryjnym docelowym RNA przy użyciu oczyszczania powinowactwa fuzją białka wiążącego maltozę (MBP) i białka płaszcza MS2 unieruchomioną na żywicy amylozy.

Źródło: Feltwell, T., et.al. Oddzielanie bakterii według ilości kapsułki za pomocą nieciągłego gradientu gęstości. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje zastosowanie nieciągłego gradientu gęstości do oddzielania szczepów bakteryjnych na podstawie ilości kapsułek. Poprzez odwirowanie biblioteki mutantów transpozonów przez gradient, bakterie o różnej gęstości kapsułek lokalizują się w różnych warstwach. Oddzielone frakcje można następnie zebrać do dalszej analizy.

Źródło: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Izolacja i charakterystyka pęcherzyków zewnątrzkomórkowych wytwarzanych przez prątki z ograniczoną ilością żelaza. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje stopniową izolację pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV) z Mycobacterium tuberculosis hodowanych w warunkach ograniczających żelazo, które naśladują środowisko gospodarza. Przedstawiono w nim zastosowanie ultrafiltracji, wirowania różnicowego i separacji gradientu gęstości w celu wzbogacenia i...

Źródło: Watson, D. C., et.al. Skalowalna izolacja i oczyszczanie pęcherzyków zewnątrzkomórkowych z Escherichia coli i innych bakterii. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje izolację i koncentrację pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV) pochodzących z zewnętrznej błony genetycznie zmodyfikowanych bakterii. Proces ten obejmuje hodowlę bakterii w celu uwolnienia EV, a następnie sekwencyjne etapy wirowania i filtracji w celu usunięcia komórek i zanieczyszczeń. Wreszcie, ultrafiltracja jest stosowana...

Źródło: Watson, D. C., et al. Skalowalna izolacja i oczyszczanie pęcherzyków zewnątrzkomórkowych z Escherichia coli i innych bakterii. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje zastosowanie chromatografii wykluczania wielkości z porowatymi kulkami żywicy do izolowania bakteryjnych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV) z filtratu kultury bakteryjnej. Większe EV eluują się wcześnie, omijając pory żywicy, podczas gdy mniejsze białka dostają się do porów i wymywają później.

Źródło: Fattahi, N., et al. Fotodegradowalne interfejsy hydrożelowe do badań przesiewowych, selekcji i izolacji bakterii. J. Vis. Exp. (2021).Ten film pokazuje ekstrakcję kolonii bakteryjnych z fotodegradowalnego hydrożelu za pomocą światła UV. Wybierana jest określona kolonia, a wzorzysta ekspozycja na światło ma na celu zainicjowanie miejscowej degradacji hydrożelu. Po dostosowaniu natężenia i czasu trwania światła stosuje się światło UV, uwalniając kolonię. Kolonia jest następnie zasysana...

Źródło: Ghadigaonkar, D. i Rath, A. Izolacja i identyfikacja bakterii opornych na antybiotyki na bazie wody oraz charakterystyka molekularna ich genów oporności na antybiotyki. J. Vis. Exp. (2023)Ten film pokazuje izolację i przygotowanie bakterii opornych na antybiotyki z próbki wody przy użyciu selektywnych pożywek. DNA jest ekstrahowane z bakterii opornych na antybiotyki i amplifikowane w celu identyfikacji genów oporności bakterii na antybiotyki.

Źródło: Kazi, M. I., et al., Generowanie bibliotek insercji transpozonów w bakteriach Gram-ujemnych do sekwencjonowania wysokoprzepustowego. J . Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje selekcję, kwantyfikację i zachowanie bakterii biorców Gram-ujemnych przenoszących inserpozycje transpozonów w oparciu o oporność na kanamycynę.

Źródło: Fernández-Coll, L. i Cashel, M. Stosowanie znakowania radiologicznego za pomocą mikromiareczkowania do wielokrotnych pomiarów in vivo Escherichia coli (p) ppGpp, a następnie chromatografii cienkowarstwowej. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia wysokoprzepustowy protokół pomiaru poziomów i dynamiki bakteryjnych nukleotydów stresu-odpowiedzi ppGpp i pppGpp przy użyciu chromatografii cienkowarstwowej (TLC). Metoda ta zapewnia wydajne, szybkie i ekonomiczne podejście do ilościowego...

Źródło: Streather, B. R., et al. Zoptymalizowana produkcja i analiza rekombinowanych pęcherzyków wypełnionych białkiem z E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Ten film pokazuje produkcję i izolację rekombinowanych białek oznaczonych peptydem zarodkującym pęcherzyki (VNp) z pęcherzyków bakteryjnych. Induktor wyzwala ekspresję białka znakowanego VNp, napędzając tworzenie pęcherzyków i enkapsulację, a następnie wirowanie i sonikację w celu wydajnego odzyskiwania białka bez lizy...

Źródło: Shivaiah, K., et al. Izolacja kropelek lipidów plastoglobuli z tkanki liści roślin i cyjanobakterii. J. Vis. Exp. (2022).Ten film pokazuje izolację plastoglobul od cyjanobakterii za pomocą wirowania w gradicyi gęstości sacharozy, podkreślając ich bogaty w lipidy charakter o niskiej gęstości i zapewniając ich zachowanie strukturalne do dalszej analizy.

Źródło: Armbruster, KM, Meredith, TC Wzbogacanie lipoprotein bakteryjnych i otrzymywanie N-końcowych lipopeptydów do oznaczania strukturalnego za pomocą spektrometrii mas. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje wzbogacanie lipoprotein bakteryjnych za pomocą niejonowego detergentu, który po podgrzaniu ulega separacji faz. Poprzez sekwencyjne zmiany temperatury i etapy wirowania, lipoproteiny są selektywnie rozdzielane na fazę detergentu, podczas gdy zanieczyszczenia nielipoproteinowe są usuwane.

Źródło: Leuthold, M. M., et al. Wytwarzanie ludzkich domen wystających norowirusa w E. coli do krystalografii rentgenowskiej. J. Vis. Exp. (2016).Ten film demonstruje oczyszczanie rekombinowanej domeny P ludzkiego norowirusa P za pomocą chromatografii wykluczania wielkości, podkreślając oddzielenie białka docelowego od zanieczyszczeń o wyższej i niższej masie cząsteczkowej w oparciu o różnicową dostępność porów. Proces jest monitorowany za pomocą absorbancji UV i potwierdzany za pomocą analizy...

Źródło: Kuo, T., et al. Jednoetapowe oczyszczanie metodą chromatografii ujemnej białka aktywującego neutrofile Helicobacter pylori z nadekspresją w Escherichia coli w trybie wsadowym. J. Vis. Exp. (2016)Film demonstruje technikę chromatografii ujemnej w celu oczyszczenia białka związanego ze zjadliwością z lizatu bakteryjnego. Dzięki zastosowaniu dodatnio naładowanej żywicy w roztworze buforowanym, białka komórki gospodarza są selektywnie zatrzymywane, podczas gdy prawie neutralne białko...

Źródło: Murata, T., et al. Oczyszczanie białka o wysokiej masie cząsteczkowej w Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje krok po kroku procedurę oczyszczania białka znakowanego polihistydyną wydzielanego przez Streptococcus mutans.

Źródło: Venuprasad, K., et al. Dotchawicze podawanie Haemophilus influenzae w modelach mysich w celu zbadania stanu zapalnego dróg oddechowych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje pobieranie i przetwarzanie płynu z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego od myszy poddanej eutanazji zakażonej nietypowalnym Haemophilus influenzae do dalszej analizy.

Źródło: Ginies, C., et al. Identyfikacja kwasów tłuszczowych w Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia proces przygotowania estrów metylowych kwasów tłuszczowych (FAME) z próbek bakteryjnych poprzez traktowanie biomasy roztworem alkalicznym, a następnie separację faz i odparowanie rozpuszczalnika do dalszej analizy.

Źródło: Shivaiah, K., et al. Izolacja kropelek lipidów plastoglobuli z tkanki liści roślin i cyjanobakterii. J. Vis. Exp. (2022)Film przedstawia izolację plastoglobul od sinic. Rozpoczyna się od hodowli cyjanobakterii i przechodzi przez rozbijanie komórek za pomocą siły mechanicznej. Uwolnienie pigmentów fotosyntetycznych wskazuje na udaną lizę. Gradient krokowy sacharozy jest następnie używany do oddzielania składników komórkowych według gęstości, umożliwiając plastoglobulkom o niskiej...

Zacznij od kultur Gram-ujemnych gatunków Yersinia i innych niż Yersinia Enterobacteriaceae.Używając sterylnych inokulatorów igłowych, umieść kultury zarówno na tradycyjnym agarze Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin lub CIN, jak i na zmodyfikowanym agarze CIN.Inkubuj płytki, aby pobudzić wzrost bakterii.Zarówno tradycyjne, jak i modyfikowane agary CIN wspomagają wzrost Yersinia i innych niż Yersinia Enterobacteriaceae, które fermentują mannitol w celu wytworzenia kwaśnych produktów ubocznych.Produkcja...

Zacznij od kultury wzbogacającej glebę pochodzącej z terenów podmokłych, zawierającej zbiorowiska bakterii.Kultura wykazuje aktywność Feammox, utlenianie amonu sprzężone z redukcją żelaza, co wskazuje na wzbogacenie bakterii zdolnej do tego procesu metabolicznego.Seryjnie rozcieńczyć kulturę za pomocą pożywki.Rozcieńczone próbki rozprowadzić na badanych płytkach agarowych uzupełnionych żelazem i amonem.Używaj płytek kontrolnych, które nie zawierają żelaza lub amonu lub zawierają żelazo z węglem...

Źródło: Becker, B. i inni. Prosty test reporterowy oparty na fluorescencji do identyfikacji składników komórkowych niezbędnych do transportu łańcucha toksyny rycyny A (RTA) w drożdżach. J. Vis. Exp. (2017).Ten film demonstruje oczyszczanie rekombinowanego białka oznaczonego polisystydyną za pomocą chromatografii powinowactwa na bazie niklu. Określa kluczowe kroki, w tym lizę bakteryjną przez sonikację, klarowanie i filtrację lizatu oraz selektywne wiązanie i eluację docelowego białka za pomocą...

Źródło: Wunderlin, T. i inni. Fizyczna izolacja endospor od próbek środowiskowych poprzez celowaną lizę komórek wegetatywnych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje metodę izolowania endospor z próbki środowiskowej zawierającej zarówno komórki wegetatywne, jak i różne bakterie. Procedura obejmuje filtrację, mechaniczne zakłócenia oraz selektywne zabiegi chemiczne w celu osłabienia i rozbicia komórek wegetatywnych, jednocześnie zachowując endospory. Ostatni etap izoluje odporne endospory poprzez...

Źródło: Gulla, S. i inni. Wielolokusowa analiza powtórzeń o zmiennej liczbie dla bakterii patogennej ryb Yersinia ruckeri za pomocą multiplex PCR i kapilarnej elektroforezy. J. Vis. Exp. (2019).Protokół ten wyodrębnia genomowe DNA z Yersinia ruckeri poprzez zawieszenie izolowanych kolonii w ultraczystej wodzie i zastosowanie ciepła w celu lizy komórek. Wirowanie oddziela supernatant zawierający DNA od pozostałości komórkowych, co daje DNA szablonowe odpowiednie do genotypowania i analizy...

Źródło: Gulla, S. i inni. Wielolokusowa analiza powtórzeń o zmiennej liczbie dla bakterii patogennej ryb Yersinia ruckeri za pomocą multiplex PCR i kapilarnej elektroforezy. J. Vis. Exp. (2019).Protokół ten wyodrębnia genomowe DNA z Yersinia ruckeri poprzez zawieszenie izolowanych kolonii w ultraczystej wodzie i zastosowanie ciepła w celu lizy komórek. Wirowanie oddziela supernatant zawierający DNA od pozostałości komórkowych, co daje DNA szablonowe odpowiednie do genotypowania i analizy...

Źródło: Stones, D. H., et al. Materiały biomimetyczne do charakteryzowania interakcji bakteria-gospodarz. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje zastosowanie kulek bakteriomimetycznych do ilościowego określenia adhezji bakterii do komórek nabłonka gospodarza w konkurencyjnych warunkach. Przedstawiono w nim etapy związane z traktowaniem komórek, ich lizą i posiewaniem seryjnych rozcieńczeń w celu pomiaru jednostek tworzących kolonie.

Źródło: Jung, A. L. et al., Legionella pneumophila Outer Membrane Vesicles: Izolacja i analiza ich potencjału prozapalnego na makrofagach. J. Vis. Exp. (2017)Ten film przedstawia wstępne traktowanie makrofagów pęcherzykami błony zewnętrznej (OMV) Legionella pneumophila w celu zbadania ich wpływu na replikację bakterii. Zmieniając sygnalizację immunologiczną gospodarza, OMV sprawiają, że makrofagi są bardziej podatne na infekcje. Wyższa liczba kolonii w leczonych komórkach, w porównaniu z...

Źródło: Jagau, H. i wsp. Zakażenie Pneumokokami pierwotnych komórek śródbłonka człowieka w stałym przepływie. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje wizualizację w czasie rzeczywistym przyczepiania się pneumokoków do sznurków czynnika von Willebranda (VWF) na komórkach śródbłonka w warunkach stałego przepływu pożywki. Przedstawiono w nim etapy stymulowania uwalniania VWF, znakowania strun i ilościowego określania wiązania bakterii.

Źródło: Morrill, S. R., et al. Modele kolonizacji pochwy przez bakterie hodowane beztlenowo. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia protokół modelowania kolonizacji pochwy u myszy przy użyciu bakterii beztlenowych opornych na antybiotyki. Rozpoczyna się od leczenia hormonalnego w celu zwiększenia podatności nabłonka, a następnie inokulacji dopochwowej i koinokulacji w warunkach beztlenowych. Procedura kończy się pobraniem próbek po inokulacji i hodowlą w celu oceny kolonizacji bakteryjnej i...

Źródło: Li, J. i wsp. Opracowanie modelu zakażenia larw danio pręgowanego w kierunku Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje oparte na mikroiniekcjach dostarczanie znakowanych fluorescencyjnie Clostridioides difficile do światła jelita znieczulonej larwy danio pręgowanego. Przedstawiono w nim etapy przygotowania larw, wstrzyknięcia bakterii i potwierdzenia lokalizacji bakterii w jelicie za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej.

Źródło: Cruz-Adalia, A., et al. Limfocyty T wychwytują bakterie przez transinfekcję z komórek dendrytycznych. J. Vis. Exp. (2016).Ten film pokazuje transinfekcję bakteryjną poprzez interakcje limfocytów T i komórek dendrytycznych specyficznych dla antygenu. Zakażone bakteriami komórki dendrytyczne prezentujące peptyd albuminy jaja kurzego są inkubowane z limfocytami T, bezpośrednio lub oddzielone błoną. Bezpośredni kontakt umożliwia tworzenie synaps immunologicznych, umożliwiając przenoszenie...

Źródło: Balczon, R., et al. Metody wykrywania cytotoksycznych amyloidów po zakażeniu komórek śródbłonka płuc przez Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia procedurę wytwarzania cytotoksycznego supernatantu z komórek śródbłonka płuc po zakażeniu Pseudomonas aeruginosa. Opisuje, w jaki sposób bakteryjne białka efektorowe zaburzają strukturę komórek gospodarza i indukują uwalnianie cytotoksycznych oligomerów amyloidowych do supernatantu.

Źródło: Lee, H. i wsp., Split Green Fluorescent Protein System do wizualizacji efektorów dostarczanych przez bakterie podczas infekcji. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia metodę monitorowania infekcji bakteryjnej i dostarczania białek efektorowych w komórkach roślinnych za pomocą komplementacji dzielonego białka fluorescencyjnego (sfGFP) w połączeniu z mikroskopią konfokalną. Podejście to umożliwia precyzyjną wizualizację translokacji efektorowej do cytozolu komórki gospodarza.

Źródło: Islam, A. i wsp., Ocena transcytozy jelitowej izolatów bakteriemii Escherichia coli u noworodków. J. Vis. Exp. (2023)Ten film przedstawia procedurę oceny transcytozy noworodków Escherichia coli w monowarstwach nabłonka jelitowego za pomocą wkładek transwell, pomiaru oporu elektrycznego i kwantyfikacji bakterii.

Źródło: Anderson, Q. L., et al. Wysokoprzepustowy, o wysokiej zawartości, płynny system C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)Film przedstawia test na bazie cieczy, w którym genetycznie zmodyfikowane larwy C. elegans są narażone na działanie bakterii chorobotwórczych na mikropłytce. Toksyny bakteryjne wydzielane do pożywki wywołują stres i śmierć gospodarza. Barwnik fluorescencyjny barwi martwe robaki, umożliwiając ilościowe określenie śmiertelności na podstawie obrazowania w celu oceny...

Źródło: Yarringto, K. D., et al. Kinetyczna wizualizacja jednokomórkowych międzygatunkowych oddziaływań bakteryjnych. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia przygotowanie systemu kokultury z wykorzystaniem ruchliwych i nieruchliwych bakterii pod podkładką agarozową do obrazowania żywych komórek. Pokazuje, w jaki sposób ruchliwe bakterie wykrywają chemiczne atraktanty i atakują nieruchliwe kolonie, ujawniając interakcje bakteryjne.

Źródło: Sorokulova, I., et al. Zapobieganie niekorzystnym skutkom stresu cieplnego u szczurów przez szczep Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia szczury wstępnie potraktowane pożytecznymi bakteriami lub solą fizjologiczną buforowaną fosforanami (PBS) i wystawione na stres cieplny w celu oceny integralności bariery jelitowej. Mniej kolonii bakteryjnych pochodzenia jelitowego z wątroby leczonych szczurów, w przeciwieństwie do licznych kolonii u szczurów kontrolnych, wskazuje...

Źródło: Yi, Y., et al. Interakcja roślina-mikroorganizm: odpowiedź transkrypcyjna Bacillus mycoides na wysięki z korzeni ziemniaka. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia przygotowanie i leczenie kultur Bacillus mycoides w celu zbadania interakcji między roślinami a mikroorganizmami. Przedstawia kroki od smugowania kultury podstawowej i inkubacji jej w płynnym podłożu do wystawienia bakterii na wysięk z korzeni roślin pod wpływem mieszania. Punktem kulminacyjnym procesu jest zebranie i...

Źródło: Venuprasad, K., et al. Dotchawicze podawanie Haemophilus influenzae w modelach mysich w celu zbadania stanu zapalnego dróg oddechowych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje dotchawicze podawanie patogennego dla płuc inokulum bakteryjnego do znieczulonej myszy w celu modelowania infekcji dolnych dróg oddechowych.

Źródło: Taylor, M. N., et.al. Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności interakcji Caenorhabditis elegans z bakteriami. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje narażenie wolnych od zarazków, dopasowanych do wieku robaków Caenorhabditis elegans na szczep bakteryjny w celu kolonizacji jelit. Wyjaśnia selektywne usuwanie nieprzylegających i zewnętrznych bakterii, pozostawiając tylko żywe bakterie przylegające do nabłonka jelitowego w celu...

Źródło: Taylor, M. N. i wsp. Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności interakcji Caenorhabditis elegans z bakteriami. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje ilościowe określenie zmienności obciążenia bakteryjnego jelit u poszczególnych Caenorhabditis elegans poprzez zakłócenia mechaniczne. Przedstawiono w nim etapy przygotowania próbki, rozerwania mechanicznego, seryjnego rozcieńczania i zliczania kolonii w celu oceny różnic w obciążeniu...

Bakterie endofityczne kolonizują tkanki roślinne i wspomagają ich wzrost.Aby zbadać ich wpływ na wzrost pomidorów w stresie solnym, zacznij od sterylnych sadzonek z rozwijającymi się liśćmi i korzeniami.Zanurz korzenie eksperymentalnej sadzonki w zawiesinie bakterii endofitycznych; Pozostawić kontrolę niezaszczepioną.Przenieś obie grupy do wysterylizowanej gleby, aby zapobiec zewnętrznej ingerencji mikrobiologicznej i inkubuj w komorze wzrostowej.Z gleby bakterie dostają się przez przejściowe...

Weźmy inokulum mieszaninę bakterii rozpuszczalnych w fosforanach lub PSB i fioletowych bakterii bezsiarkowych lub PNSB.Rozpyl mieszaninę na glebę zmieszaną z nawozem i obornikiem krowim.Zasiej nasiona i przykryj je ziemią.Pozwól roślinie rosnąć.Bakterie lokalizują się w pobliżu korzenia w strefie zwanej ryzosferą.PSB przekształca nierozpuszczalne fosforany glebowe w formy rozpuszczalne.Tymczasem PNSB wiąże azot poprzez przekształcanie atmosferycznego azotu w amoniak.Roślina wchłania...

Zacznij od sadzonek ryżu wstępnie wykiełkowanych w ciemnych, aseptycznych warunkach, aby zapewnić równomierne kiełkowanie.Przenieść te sadzonki do kolby zawierającej bogate w składniki odżywcze, półstałe podłoże wstępnie zaszczepione badaną bakterią.W miarę wzrostu rośliny korzenie uwalniają związki chemotaktyczne do otaczającego podłoża.Związki te stymulują namnażanie się bakterii, prowadząc do adhezji, namnażania i tworzenia kolonii na powierzchni korzenia.W miarę rozwoju korzeni bakterie...

Źródło:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Uniwersytet w Liverpoolu, 2 Uniwersytet w DundeeTen film demonstruje użycie wydrukowanego w 3D, pokrytego silikonem urządzenia, które naśladuje wewnętrzną powierzchnię cewników moczowych w celu symulacji infekcji dróg moczowych związanej z cewnikiem.

Źródło: Arroyo, M. C. i in. Ocena opłacalności syntetycznego konsorcjum bakteryjnego na interfejsie in vitro jelito-mikroorganizm. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje ocenę żywotności syntetycznej społeczności mikroorganizmów jamy ustnej podczas symulowanego trawienia jamy ustnej, żołądkowej i jelitowej. Przeżywalność bakterii jest mierzona po każdej fazie, co ujawnia postępujący spadek z powodu stresu trawiennego.

Źródło: Okamoto, A. i inni. Samostojąca elektrochemiczna konfiguracja wzbogacająca bakterie oddychające anodem na miejscu. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje zastosowanie elektrochemicznego systemu na miejscu do wzbogacania bakterii oddychających anodą (ARB) z naturalnych rezerwuarów. Gradient redoks ustanawia się, umieszczając anodę w głębokiej wodzie wolnej od tlenu, a katodę w bogatej w tlen wodzie powierzchniowej. ARB tworzą biofilmy i przekazują elektrony do anody, która płynie do...

Źródło: Ahmadi, S. i in. Model hodowli partii in vitro do szacowania efektów reżimów interwencyjnych na ludzką mikrobiotę kałową. J. Vis. Exp. (2019).Ten film demonstruje metodę modelowania fermentacji mikroorganizmów jelitowych poprzez inkubację próbek kału z fermentowalnym błonnikiem w warunkach beztlenowych w celu badania produkcji metabolitów przez mikrobiotę jelitową.

Źródło: Biller, S. J., et al. Izolacja i charakterystyka pęcherzyków zewnątrzkomórkowych sinic. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia przygotowanie pęcherzyków zewnątrzkomórkowych sinic do transmisyjnej mikroskopii elektronowej za pomocą barwienia ujemnego, umożliwiając wizualizację morfologii, wielkości i czystości pęcherzyków w wysokiej rozdzielczości do analiz strukturalnych i porównawczych.

Źródło: Zhang, Y., et al. Zastosowanie nanocząstek fluorescencyjnych do badania przebudowy układu endolizosomalnego przez bakterie wewnątrzkomórkowe. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje zastosowanie nanocząstek fluorescencyjnych do wizualizacji endolizosomalnej przebudowy w ludzkich komórkach nabłonka zakażonych przez bakterie wewnątrzkomórkowe. Po inwazji bakteryjnej patogeny manipulują cytoszkieletem gospodarza i układem endolizosomalnym, tworząc wakuole z wypustkami rurkowymi, które...

Źródło: Valentine, M. E., et al. Generowanie mutantów delecji genów w ramce u Pseudomonas aeruginosa i testowanie tłumienia wirulencji w prostym mysim modelu infekcji. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje zastosowanie bioluminescencji do wizualizacji i porównania zachowania in vivo zjadliwych i atenuowanych szczepów bakteryjnych u myszy. Przedstawiono w nim przygotowanie bioluminescencyjnych zawiesin bakteryjnych i ich dootrzewnowe wstrzyknięcie myszom. Zjadliwy szczep wykazuje...

Źródło: Guo, S., et al. Kwantyfikacja ruchliwości roju powierzchni bakterii na płytkach gradientu induktora. J. Vis. Exp. (2022).Ten film demonstruje wykorzystanie dwuwarstwowej gradientowej płyty roju do badania zachowania roju bakterii przy różnych stężeniach inhibitorów. Płytkę z inhibitorem tworzącym gradient w dolnej warstwie zaszczepia się bakteriami i inkubuje. Obrazy są rejestrowane w regularnych odstępach czasu w celu analizy wpływu stężenia inhibitora na rozprzestrzenianie się...

Źródło: Zhang, X., et al. Model zarodka danio pręgowanego do wizualizacji in vivo i analizy przyżyciowej zakażenia Staphylococcus aureus związanego z biomateriałem. J. Vis. Exp. (2019 rok)Film przedstawia obrazowanie fluorescencyjne zarodków danio pręgowanego, którym wstrzyknięto Staphylococcus aureus, umożliwiając ilościowe określenie progresji infekcji i rozmieszczenia bakterii w celu oceny wpływu mikrosfer biomateriału na interakcje gospodarz-patogen in vivo.

Źródło: Schlimpert, S. i in. Fluorescencyjne obrazowanie poklatkowe całego cyklu życiowego S. venezuelae przy użyciu urządzenia mikroprzepływowego. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia fluorescencyjne obrazowanie poklatkowe całego cyklu życia bakterii Streptomyces venezuelae przy użyciu urządzenia mikroprzepływowego do wizualizacji kiełkowania, wzrostu strzępek i zarodnikowania w czasie rzeczywistym.

Źródło: Bru, J., et.al. Obrazowanie poklatkowe rojów bakterii i zbiorowej reakcji na stres. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje, jak wizualizować i mierzyć zachowanie unikania roju u Pseudomonas aeruginosa za pomocą testu roju na płytkach agarowych. Pokazuje konfigurację obrazowania poklatkowego w kontrolowanych warunkach i wyjaśnia, w jaki sposób sygnały stresu wywołanego antybiotykiem przekierowują ruch bakterii, który jest określany ilościowo za pomocą analizy obrazu.

Źródło: Heering, J. i wsp., indukcja różnicowania komórkowego i obrazowanie pojedynczych komórek Vibrio parahaemolyticus Swimmer i Swarmer cells. J. Vis. Exp. (2017).Ten film pokazuje przygotowanie komórek roju z kolonii Vibrio parahaemolyticus do obrazowania fluorescencyjnego. Bakterie są genetycznie modyfikowane w celu ekspresji białka znakowanego fluoroforem, które lokalizuje się jednobiegunowo w komórkach pływaka i dwubiegunowo w wydłużonych komórkach roju, umożliwiając ich wizualne...

Źródło: Bennett, J. A. i wsp. Wizualna i mikroskopowa ocena mutantów rozwojowych Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje zastosowanie mikroskopii z kontrastem fazowym do badania różnic fenotypowych między dzikim a zmutowanym Streptomyces coelicolor. Przedstawiono w nim etapy związane z przygotowaniem i obrazowaniem włókien powietrznych w celu wykrycia wad rozwojowych w tworzeniu zarodników.

Źródło: Chu, W. i Zhuang, X. Wizualizacja ruchliwości bakterii na podstawie reakcji kolorystycznej. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia półstały test agarowy na bazie barwnika redoks do oceny ruchliwości bakterii poprzez wizualne rozróżnienie szczepów ruchliwych i nieruchliwych.

Źródło: Pioli, R., et al., Modeling of microorganisms and microparticles through Sequential Capillarity-assisted Assembly. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje metodę wychwytywania pojedynczych, znakowanych fluorescencyjnie komórek Escherichia coli (E. coli) w pułapkach mikroprzepływowych przy użyciu bezwęglowej zawiesiny i kontrolowanego przepływu, a następnie dodawania składników odżywczych w celu wyzwalania wzrostu i obrazowania fluorescencyjnego mikrokolonii.

Źródło: Wen, J., Pasman, et al., Wizualizacja germinosomów i błony wewnętrznej w zarodnikach Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film demonstruje zastosowanie mikroskopii oświetlenia strukturalnego do uzyskania trójwymiarowych obrazów fluorescencyjnych, które ujawniają organizację białek kiełkujących w zarodnikach bakterii.

Źródło: Oms, T., et al. Analiza populacyjna i jednokomórkowa trwałości antybiotyków w Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Ten film przedstawia protokół monitorowania poszczególnych komórek bakteryjnych wykazujących ekspresję znakowanego fluorescencyjnie białka wiążącego DNA w układzie mikroprzepływowym. Ilustruje to, w jaki sposób antybiotyki hamują większość komórek, podczas gdy subpopulacja komórek przetrwałych przeżywa leczenie i odrasta po usunięciu antybiotyku.

Źródło: Murata, K. i wsp., Wizualizacja zagęszczenia DNA u cyjanobakterii za pomocą wysokonapięciowej krioelektronowej tomografii. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje synchroniczną hodowlę cyjanobakterii w cyklach światła i ciemności w celu zbadania regulowanego okołodobowo zagęszczenia DNA. Mikroskopia fluorescencyjna ujawnia skondensowane DNA w określonych punktach czasowych, potwierdzając wyrównanie cyklu komórkowego w całej populacji.

Źródło: Chetrit, D., et al. Zastosowanie obrazowania żywych komórek i tomografii krioelektronowej w celu określenia czasoprzestrzennych cech systemu wydzielania kropk/icm Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)Film ten demonstruje zastosowanie obrazowania fluorescencyjnego żywych komórek do ilościowego określenia polarności i dynamiki składników systemu wydzielania u Legionella pneumophila, umożliwiając analizę rekrutacji przestrzennej i redystrybucji cytozolowej krytycznej dla zrozumienia...

Źródło: Chetrit, D., et al. Zastosowanie obrazowania żywych komórek i tomografii krioelektronowej w celu określenia czasoprzestrzennych cech systemu wydzielania kropk/icm Legionella pneumophila . J. Vis. Exp. (2020)Film opisuje, jak przygotować próbki Legionella pneumophila do kriotomografii elektronowej poprzez połączenie hodowli bakterii, znakowania nanocząstek złota i technik witryfikacji. Proces ten zachowuje natywne struktury komórkowe i umożliwia obrazowanie w wysokiej rozdzielczości...

Źródło: Weber, N., et al., Naturalna transformacja, ekspresja białek i kriokonserwacja nitkowatego Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia procedurę oceny ruchliwości ślizgu w Phormidium lacuna poprzez homogenizację kultur włókien w celu uzyskania jednolitej zawiesiny, przygotowanie zestawu do testu na płytce Petriego na szkiełku mikroskopowym i wizualizację ruchu filamentu.

Źródło: Sorokulova, I., i in. Zapobieganie niepożądanym skutkom stresu cieplnego u szczurów przez szczep Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia analizy histologiczne i mikroskopii krwi służące do oceny ochronnych efektów Bacillus subtilis u szczurów narażonych na stres cieplny.

Źródło: Chaimovitz, E. A. i inni. Ciągłe pomiary szumu biologicznego w Escherichia coli za pomocą mikroskopii poklatkowej. J. Vis. Exp. (2021)Ten film demonstruje wizualizację w czasie rzeczywistym biologicznego szumu u E. coli poprzez śledzenie fluktuacji fluorescencji GFP podczas wzrostu i podziału bakterii za pomocą mikroskopii poklatkowej.

Źródło: Fattahi, N., et al. Fotodegradowalne interfejsy hydrożelowe do badań przesiewowych, selekcji i izolacji bakterii. J. Vis. Exp. (2021)Ten film pokazuje zastosowanie fotodegradowalnych hydrożeli do izolowania kolonii bakteryjnych w układach mikrostudzienek krzemowych. Komórki bakteryjne są najpierw ładowane do mikrostudzienek, zamykane w usieciowanym hydrożelu i hodowane w odrębnych koloniach. Po wystawieniu na działanie światła ultrafioletowego ukierunkowana degradacja hydrożelu...

Źródło: Feltwell, T., et.al. Oddzielanie bakterii według ilości kapsułki za pomocą nieciągłego gradientu gęstości. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia przygotowanie i charakterystykę szczepów bakteryjnych o różnej produkcji kapsułek. Szczepy chorobotwórcze niosące różne mutacje w genach związanych z kapsułkami są hodowane, hodowane w płynnych pożywkach i poddawane wirowaniu w celu rozróżnienia fenotypów kapsułek na podstawie gęstości osadów. Leczenie buforowe stosuje się w celu...

Źródło: Le Nagard, L., et al. Hodowla bakterii magnetotaktycznych z rodzaju Magnetospirillum: szczepy MSR-1, AMB-1 i MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Ten film pokazuje, jak hodować bakterie Magnetospirillum w warunkach mikrotlenowych przy użyciu pożywek zarówno płynnych, jak i półstałych. Podkreśla tworzenie się widocznego pasma bakteryjnego na granicy faz tlenowo-beztlenowych i jego migrację w górę wraz z wyczerpaniem tlenu. Film pokazuje również, jak ocenić zachowanie magnetotaktyczne poprzez...

Źródło: Valentine, M. E., et al. Generowanie mutantów delecji genów w ramce u Pseudomonas aeruginosa i testowanie tłumienia wirulencji w prostym mysim modelu infekcji. J. Vis. Exp. (2020).Ten film pokazuje generowanie rekombinantów podwójnie krzyżowych w Pseudomonas aeruginosa przy użyciu strategii delecji genów opartej na plazmidzie. Proces ten polega na selekcji bakterii, które zawierają niereplikacyjny plazmid zintegrowany z genomem poprzez pojedyncze skrzyżowanie, a następnie wywołaniu...

Źródło: Schlimpert, S., et al. Fluorescencyjne obrazowanie poklatkowe całego cyklu życiowego S. venezuelae przy użyciu urządzenia mikroprzepływowego. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje uprawę i izolację zarodników Streptomyces venezuelae. Zarodniki, uśpione komórki, które pomagają bakteriom przetrwać stres, są wytwarzane podczas ograniczania składników odżywczych i zbierane przez wirowanie. Metoda ta zapewnia czystą, przechowywaną w niskiej temperaturze zawiesinę zarodników do dalszych...

Źródło: Heering, J., et al. Indukcja różnicowania komórkowego i obrazowanie pojedynczych komórek Vibrio parahaemolyticus Swimmer i Swarmer cells. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje indukcję różnicowania komórek roju u Vibrio parahaemolyticus przy użyciu specjalnie przygotowanego podłoża agarowego. Manipulując sygnałami środowiskowymi, takimi jak wyczerpanie żelaza, suplementacja wapnia i kontakt powierzchniowy, bakterie są stymulowane do przejścia z formy pływaka w wydłużone komórki roju z...

Źródło: Li, J., et al., Opracowanie modelu infekcji larwalnego danio pręgowanego dla Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Ten film pokazuje izolację i hodowlę bakterii Clostridioides difficile z jelita larw danio pręgowanego. Zakażone jelito jest preparowane, homogenizowane i inkubowane w selektywnych pożywkach beztlenowych zawierających antybiotyki. Warunki te hamują konkurencyjne drobnoustroje i sprzyjają wzrostowi żywotnych komórek.

Źródło: Ayivi, R. i in., Uprawa, wzrost i żywotność bakterii kwasu mlekowego: perspektywa kontroli jakości. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia metodę odzyskiwania bakterii kwasu mlekowego zestresowanych zimnem z zamrożonego zapasu glicerolu, przywracania żywotności bakterii poprzez inkubację beztlenową i izolowania aktywnych kolonii w celu ekspansji kultur.

Źródło: Kuo, C., et al. Wykrywanie enterokrwotocznej kolonizacji Escherichia coli u mysiego gospodarza za pomocą nieinwazyjnego systemu bioluminescencji in vivo . J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje przygotowanie enterokrwotocznej zawiesiny Escherichia coli z ekspresją lucyferazy z zamrożonego bulionu do stosowania jako inokulum doustne w modelach zwierzęcych. Umożliwia to bioluminescencyjne śledzenie kolonizacji jelit w czasie rzeczywistym podczas badań infekcji in vivo.

Źródło: Nathoo, N., et al. Hydroponiczny system kouprawy do jednoczesnej i systematycznej analizy interakcji molekularnych roślina/mikroorganizm oraz sygnalizacji. J. Vis. Exp. (2017).Ten film przedstawia hydroponiczny system wspólnej uprawy do badania interakcji między roślinami a bakteriami w sterylnych warunkach. Sadzonki roślin przenosi się do sterylnego, kwaśnego podłoża wzrostowego, inkubuje i sprawdza pod kątem zanieczyszczenia przed zaszczepieniem Agrobacterium. Aktywowane bakterie...

Źródło: Figueroa, D. M., et al. Produkcja i wizualizacja bakteryjnych sferoplastów i protoplastów w celu scharakteryzowania lokalizacji peptydów przeciwdrobnoustrojowych. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia krok po kroku procedurę generowania protoplastów z bakterii Gram-dodatniej Bacillus megaterium.

Źródło: Eggers, C. H. Manipulacja genetyczna krętka boreliozy Borrelia burgdorferi za pośrednictwem fagów. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje przygotowanie genetycznie zmodyfikowanej kultury Borrelia burgdorferi zmodyfikowanej z uśpionym DNA bakteriofaga przenoszącym gen oporności na antybiotyki. Po selekcji i inkubacji antybiotyków induktor chemiczny wyzwala uszkodzenie DNA, prowadząc do wycięcia, replikacji i złożenia nowych wirionów zawierających gen oporności. Po drugim odwirowaniu i...

Źródło: Morales-Soto, N. i wsp., Przygotowanie, obrazowanie i kwantyfikacja testów ruchliwości powierzchni bakterii. J. Vis. Exp. (2015)Ten film przedstawia test roju z wykorzystaniem bakterii, które wyrażają zielone białko fluorescencyjne, w celu obserwacji ruchliwości powierzchni na miękkim agarze. Obrazowanie poklatkowe rejestruje skoordynowaną ekspansję i tworzenie wąsów, podkreślając ruchliwość powierzchni bakterii.

Źródło: Anwar, Z., et al. Wzbogacanie i wykrywanie toksyn Clostridium perfringens w detalicznych próbkach żywności. J. Vis. Exp. (2019).W tym filmie bakterie redukujące siarczyny są hodowane w pożywce agarowej zawierającej siarczyny, gdzie rosną beztlenowo i redukują siarczyn do siarkowodoru, tworząc czarne osady z jonami żelaza. Czarne kolonie są izolowane z głębokości agaru przy użyciu technik aseptycznych i przenoszone do świeżej pożywki w celu kontynuacji inkubacji beztlenowej.

Źródło: Morita, M., et al. Hodowla komórek bakteryjnych na poziomie pojedynczej komórki wewnątrz gigantycznych pęcherzyków. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje metodę hodowli i obserwacji pojedynczych komórek bakteryjnych zamkniętych w gigantycznych pęcherzykach zakotwiczonych w podpartej dwuwarstwie lipidowej. System umożliwia stabilne, długoterminowe obrazowanie dynamiki wzrostu pojedynczych komórek w ograniczonym, fizjologicznie istotnym mikrośrodowisku.

Źródło: Tomás, J. M., et al. Generowanie mutantów zerowych w celu wyjaśnienia roli glikozylotransferaz bakteryjnych w ruchliwości bakterii. J. Vis. Exp. (2022).Ten film pokazuje zależną od inicjatora amplifikację plazmidu samobójczego u E. coli. Plazmid, który jest nosicielem genu oporności na antybiotyki, replikuje się tylko w obecności białka inicjującego kodowanego przez gospodarza. Po elektroporacji i inkubacji w pożywce regeneracyjnej, mieszaninę umieszcza się na agarze zawierającym...

Źródło: Cafini, F., et.al. Metodologia badania horyzontalnego transferu genów w Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje indukowany kompetencjami wychwyt DNA w Staphylococcus aureus poprzez naturalną transformację. Wrażliwy na chloramfenikol szczep zmodyfikowany w celu konstytutywnej ekspresji czynnika sigma jest hodowany w warunkach ograniczających składniki odżywcze w celu zwiększenia kompetencji, a następnie inkubowany z DNA dawcy zawierającym gen oporności. Udany transfer...

Źródło: Anderson, Q. L., et al., A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje przygotowanie bakterii interferencyjnych RNA (RNAi) przenoszących plazmidy w celu zahamowania ekspresji genów docelowych. Przedstawiono w nim etapy selekcji, wzrostu i indukcji bakterii RNAi w celu wytworzenia płytek z ekspresją dsRNA do dalszych testów.

Źródło: Brodl, E., et al. In Situ Pomiar i korelacja gęstości komórek i emisji światła bakterii bioluminescencyjnych. J. Vis. Exp. 1 (2018)Ten film demonstruje hodowlę morskich bakterii bioluminescencyjnych w celu obserwacji aktywacji operonu luminescencji za pośrednictwem quorum-sensing, umożliwiając monitorowanie w czasie rzeczywistym ekspresji genów i emisji światła na potrzeby badań nad komunikacją mikrobiologiczną i regulacją genów.

Źródło: Gilmore, S. F., et al. Bezkomórkowa skalowana produkcja i adiuwantowe dodawanie do rekombinowanego głównego białka błony zewnętrznej z Chlamydia muridarum w celu opracowania szczepionki. J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje bezkomórkową syntezę stabilizowanych nanodyskami błonowych antygenów białkowych przy użyciu systemu dwukompartmentowego. Urządzenie utrzymuje optymalne warunki do wydajnej syntezy białek, prawidłowego fałdowania i stabilnej integracji w nanodyski.

Źródło: Bru, J., et al., Obrazowanie poklatkowe rojów bakteryjnych i zbiorowa reakcja na stres. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia procedurę analizy zachowania roju Pseudomonas aeruginosa poprzez obserwację wzrostu bakterii z centralnej hodowli w kierunku plam satelitarnych zawierających tę samą kulturę zmieszaną z antybiotykiem, przy użyciu zestawu płytki agarowej i obrazowania poklatkowego.

Źródło: Liu, P. C., et al. Zaprojektowanie i zastosowanie niedrogiego, zautomatyzowanego morbidostatu do adaptacyjnej ewolucji bakterii przy doborze antybiotyków. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje zastosowanie chipa mikroprzepływowego do wizualizacji i porównania wzrostu i morfologii szczepów E. coli typu dzikiego i opornych na trimetoprim w warunkach stresu związanego z antybiotykiem trimetoprimu.

Źródło: Bhaduri, S., et al., Mikrobiologicznie indukowane wytrącanie kalcytu za pośrednictwem Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia metodę wzbogacania Sporosarcina pasteurii w mocznik i chlorek wapnia w celu wywołania aktywności ureazy, co prowadzi do powstania widocznych kryształów kalcytu poprzez mikrobiologicznie indukowane wytrącanie kalcytu lub MICP.

Źródło: Figueroa, D. M., et.al. Produkcja i wizualizacja bakteryjnych sferoplastów i protoplastów w celu scharakteryzowania lokalizacji peptydów przeciwdrobnoustrojowych. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje produkcję sferoplastów Escherichia coli poprzez najpierw hamowanie podziału komórki w celu wywołania filamentacji, a następnie enzymatyczne trawienie ściany komórkowej. Proces obejmuje kontrolowane dodawanie czynnika chelatującego, DNazy i stabilizatora osmotycznego, aby zapewnić prawidłowe...

Źródło: Collins, A. J., et al., Ustanawianie stabilnych kultur binarnych symbiotycznych sacharybakterii z jamy ustnej. J . Vis. Exp. (2021)Ten film demonstruje ustanowienie i utrzymanie binarnej kultury bakterii Saccharibacteria i bakterii gospodarza poprzez sekwencyjną współinkubację ich w pożywce wzrostowej specyficznej dla gospodarza.

Źródło: Erdogan, F. i wsp., Testy kojarzenia koniugacyjnego do specyficznej dla sekwencji analizy białek transferowych zaangażowanych w koniugację bakteryjną. J. Vis. Exp. (2017)Ten film przedstawia procedurę przenoszenia plazmidu F od dawcy do biorcy komórek E. coli przy użyciu plazmidu ratunkowego i selekcji transkoniugantów poprzez podwójną oporność na antybiotyki. Proces obejmuje mieszanie kultur bakteryjnych, inkubację bez wstrząsania, przerywanie par kojarzeniowych i posiewanie na...

Źródło: Cheng, C., et al. Inaktywacja patogenów poprzez fotolizę ryboflawiny-5′-fosforanu w świetle widzialnym. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia metodę oceny fototoksycznego wpływu mononukleotydu flawinowego (FMN) na bakterie chorobotwórcze. Kultury bakteryjne są wystawione na działanie rosnących stężeń FMN i oświetlone światłem widzialnym w celu wytworzenia reaktywnych form tlenu (ROS), które uszkadzają składniki komórkowe. Bakterie, które przeżyły, są następnie oznaczane ilościowo w...

Źródło: Gupta, S., et al. Izolacja i charakterystyka pęcherzyków zewnątrzkomórkowych wytwarzanych przez prątki o ograniczonej zawartości żelaza. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje procedurę hodowli Mycobacterium tuberculosis w warunkach ograniczonych żelazem w celu wywołania stresu żelazowego i promowania wydzielania sideroforów, które wspierają przeżycie bakterii.

Źródło: Niu, L., et al., Wizualizacja śmierci komórek litycznych makrofagów podczas infekcji mykobakteryjnej w zarodkach danio pręgowanego za pomocą mikroskopii przyżyciowej. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia przygotowanie zawiesiny jednokomórkowej Mycobacterium marinum z hodowli w późnej fazie logarytmicznej do konsekwentnego stosowania w testach infekcji i dalszych zastosowaniach.

Źródło: Paschke, P., et al. Inżynieria genetyczna komórek Dictyostelium discoideum w oparciu o selekcję i wzrost bakterii. J. Vis. Exp. (2019).Ten film przedstawia procedurę wprowadzania plazmidu przenoszącego gen docelowy do komórek ameby za pomocą elektroporacji, a następnie odzyskiwania w suplemencie bakteryjnym, aby umożliwić skuteczne dostarczanie genów w amebach typu dzikiego.

Źródło: Gutiérrez, S., i wsp., Izolacja fagosomów zawierających Salmonella typhimurium z makrofagów. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje hodowlę i przygotowanie Salmonella typhimurium w celu uzyskania czystej, metabolicznie aktywnej zawiesiny bakteryjnej nadającej się do użytku eksperymentalnego.

Źródło: Lin, P., et al. Synteza wolframianu sodu i mikrokapsułek molibdenianu sodu poprzez bakteryjne wydalanie minerałów. J. Vis. Exp. (2018).Ten film przedstawia przygotowanie monoklonalnej kultury bakteryjnej do produkcji minerałów poprzez seryjne rozcieńczanie i izolację kolonii na płytce agarowej. Potrząsając płytką ze szklanymi kulkami, poszczególne komórki są przestrzennie rozdzielane, tworząc genetycznie jednolite kolonie, które są następnie przenoszone do płynnych pożywek w celu...

Źródło: Lin, P., et al. Synteza wolframianu sodu i mikrokapsułek molibdenianu sodu poprzez bakteryjne wydalanie minerałów. J. Vis. Exp. (2018).Ten film przedstawia procedurę syntezy sztywnych mikrokapsułek z tlenku metalu poprzez hodowlę bakterii redukujących metale za pomocą jonów metali, a następnie sekwencyjne oczyszczanie poprzez sonikację, wirowanie i mycie etanolem.

Źródło: Fuchs, F. M., et al. Badanie szkodliwego wpływu niskociśnieniowej sterylizacji plazmowej na przetrwanie zarodników Bacillus subtilis przy użyciu mikroskopii żywych komórek. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje produkcję, oczyszczanie i osadzanie zarodników Bacillus subtilis w aerozolu w celu stworzenia jednolitej monowarstwy, umożliwiającej dalsze zastosowania, takie jak analiza mikroskopowa kiełkowania, żywotności lub reakcji na stres zarodników.

Źródło: Vieira, J., et al. Zaprojektowanie i opracowanie modelu do badania wpływu dodatkowego tlenu na mikrobiom dróg oddechowych mukowiscydozy. J. Vis. Exp. (2021).Ten film przedstawia przygotowanie sztucznej pożywki z plwociny, która naśladuje lepkość, skład składników odżywczych i pH plwociny płucnej mukowiscydozy. Otrzymana w ten sposób pożywka stanowi fizjologicznie istotną platformę do badań ex vivo.

Źródło: Maurakis, S. i Cornelissen, CN Ograniczony metalem wzrost Neisseria gonorrhoeae w celu scharakteryzowania genów reagujących na metale i pozyskiwania metali z ligandów gospodarza. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia procedurę hodowli Neisseria gonorrhoeae w warunkach ograniczonych ilością metali przy użyciu zdefiniowanego, zubożonego w metale podłoża.

Źródło: Naji, A., et al. Badanie stresu oksydacyjnego wywołanego przez paciorkowce z grupy Mitis u Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).Ten film przedstawia metodę hodowli Streptococcus mitis w warunkach mikroaerofilnych przy użyciu ekstraktu drożdżowego Todda-Hewitta lub pożywki agarowej THY w celu przygotowania kultur bakteryjnych do badań interakcji gospodarz-patogen.

Źródło: Venuprasad, K. i wsp., Dotchawicze podawanie Haemophilus influenzae w modelach mysich w celu zbadania zapalenia dróg oddechowych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje hodowlę nietypizowanych Haemophilus influenzae i przygotowanie inokulum o standaryzowanej dawce do dalszych badań kolonizacyjnych lub infekcji.

Źródło: Stefan, A. i wsp., Wieloaspektowe korzyści z koekspresji białek w Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)Ten film przedstawia procedurę przekształcania Escherichia coli w plazmid przenoszący gen oporności na antybiotyki, w tym przygotowanie komórek, elektroporację, odzyskiwanie i selekcję transformantów.

Źródło: Jiang, H., Ho, M. Izolacja i charakterystyka nienaruszonego fikobilisomu w cyjanobakteriach. J. Vis. Exp.(2021).Ten film przedstawia procedurę hodowli sinic w celu uzyskania biomasy poprzez hodowlę komórek w ciągłym oświetleniu z dopływem dwutlenku węgla i warunkami bogatymi w składniki odżywcze, a następnie zbieranie przez wirowanie.

Źródło: Wiegand, D. J., Lee i in., Ekspresja białek bez komórek przy użyciu szybko rosnącej bakterii Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)Ten film pokazuje uprawę i zbiór Vibrio natriegens, szybko rosnącej bakterii, w napowietrzanych warunkach w celu przygotowania granulek bakteryjnych do wytwarzania surowego ekstraktu.

Źródło: Wiegand, D. J., et al. Ekspresja białek bezkomórkowych przy użyciu szybko rosnącej bakterii Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje przygotowanie ekstraktu komórkowego z Vibrio natriegens, szybko rosnącej bakterii znanej z wysokiej szybkości syntezy białek. Osad bakteryjny jest myty i ponownie zawieszany w buforze do lizy przed sonikacją na lodzie, aby zapobiec degradacji komórek. Lizat jest odwirowywany w celu oddzielenia nierozpuszczalnych szczątków komórkowych, a...

Źródło: Wiegand, D. J., et al. Ekspresja białek bezkomórkowych przy użyciu szybko rosnącej bakterii Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Ten film demonstruje zastosowanie bakteryjnego, bezkomórkowego systemu ekspresji białek opartego na surowym lizacie Vibrio natriegens do przeprowadzenia sprzężonej transkrypcji i translacji in vitro. Skupia się na przygotowaniu głównej mieszanki z niezbędnymi składnikami i stopniowej syntezie funkcjonalnych białek z matrycy DNA.

Źródło: Jian, X. i in., Zautomatyzowana uprawa drobnoustrojów i ewolucja adaptacyjna przy użyciu systemu hodowli mikrodrobnoustrojów (MMC). J. Vis. Exp. (2022).Ten film demonstruje zastosowanie systemu hodowli mikrobiologicznych mikrokropel do kierowania adaptacyjną ewolucją bakterii w kierunku tolerancji metanolu. Mieszając zmodyfikowane kultury bakteryjne z podłożem stresowym o wysokiej zawartości metanolu i dzieląc je na mikrokropelki, system wybiera mutanty, które wykazują lepszy wzrost pod...

Źródło: Weber, N., et al., Naturalna transformacja, ekspresja białek i kriokonserwacja nitkowatego Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Ten film opisuje procedurę przeprowadzania naturalnej transformacji w nitkowatych sinicach przy użyciu plazmidowego DNA w celu uzyskania stabilnej ekspresji GFP i oporności na antybiotyki poprzez rekombinację homologiczną.

Źródło: Wagner, A. O. i wsp., Pożywka przygotowana do hodowli mikroorganizmów w warunkach ściśle beztlenowych/beztlenowych. J . Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje przygotowanie i inokulację kultur beztlenowych przy użyciu osadu beztlenowego w ściśle kontrolowanych, odtlenionych warunkach.

Źródło: Lea-Smith, D. J., et al. Generowanie znakowanych i bezznacznikowych mutantów w modelowych gatunkach sinic. J. Vis. Exp. (2016)Film przedstawia metodę generowania mutantów znakowanych antybiotykami w sinicach. Protokół rozpoczyna się od hodowli sinic, po której następują etapy wirowania i mycia, które zachowują pilusy powierzchniowe. Następnie wprowadza się plazmid niosący gen oporności na antybiotyki otoczony sekwencjami homologicznymi. Podczas inkubacji plazmid jest internalizowany...

Zacznij od beztlenowej komory fermentacyjnej, szczelnego, beztlenowego reaktora wysianego syntetycznym szlamem, który naśladuje osiadłe ciała stałe ze ścieków.Osad zawiera mezofilne mikroorganizmy beztlenowe, mieszaną zbiorowisko mikroorganizmów.Mikroorganizmy te rozwijają się w umiarkowanych temperaturach i napędzają trawienie materii organicznej osadu.Stale mieszaj osad, aby podtrzymać aktywność bakterii i wspomóc trawienie.Później dodaj do szlamu bioplastiki, które są polimerami...

Zacznij od turbidostatu, urządzenia, które utrzymuje stałą gęstość komórek w hodowli.Urządzenie zawiera naczynie z kulturą bakteryjną, która jest stale napowietrzana przez mieszanie i utrzymywana w stałej temperaturze.Dioda laserowa emituje wiązkę światła, która jest podzielona na dwie ścieżki.Jedna ścieżka jest kierowana do czujnika referencyjnego w celu monitorowania wahań intensywności lasera, podczas gdy druga przechodzi przez hodowlę.Komórki bakteryjne rozpraszają i pochłaniają światło,...

Zacznij od szczepu bakterii Pseudomonas aeruginosa , wyizolowanego z gleby skażonej olejem, w pożywce zawierającej źródło azotu i nadmiar oleju jadalnego jako źródło węgla.Szczep ten syntetyzuje polihydroksyalkanian (PHA), długołańcuchowy polimer przydatny w produkcji bioplastików.Inkubować pod mieszaniem, aby ułatwić napowietrzanie i pobudzić rozwój bakterii.Początkowo podłoże dostarcza zarówno źródła węgla, jak i azotu, aby wspierać namnażanie się bakterii i generować wysoką biomasę.Po...

Zacznij od kultury Alishewanella, bakterii Gram-ujemnej tolerującej sól.Następnie rozłóż kulturę na płytkach agarowych zawierających rosnące stężenie chlorku sodu, aby symulować różne poziomy stresu solnego.Pokryj każdą płytkę warstwą niezestalonego podłoża, aby zapobiec dyfuzji tlenu i utrzymać kulturę w środowisku o ograniczonej zawartości tlenu.Uszczelnij i inkubuj płytki w optymalnej temperaturze, aby wspomóc rozwój bakterii.Podczas inkubacji bakteria wykazuje różne tempo wzrostu na...

Źródło: Arias, S. L. i in. Wytwarzanie funkcjonalizowanej magnetycznej nanocelulozy bakteryjnej z nanocząstek tlenku żelaza. J. Vis. Exp. (2016).Ten film demonstruje produkcję nanocelulozy poprzez hodowlę bakterii produkujących celulozę w medium odżywczym zawierającym mannitol. Bakterie metabolizują mannitol do glukozy, która następnie jest polimeryzowana i wytłaczona jako łańcuchy glukanowe, krystalizujące się w arkusze celulozy, tworząc trójwymiarową macierz na styku powietrze–ciecz.

Źródło: Brumfield, K. D. i in., Techniki laboratoryjne stosowane do utrzymania i rozróżniania biotypów Vibrio cholerae Clinical and Environmental isolates. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje wzrost kultur bakteryjnych w płynnym pożywce. Wstrząsanie sprzyja napowietrzaniu i równomiernie rozdziela składniki odżywcze, wspierając wzrost wykładniczy i skutkując jednolitą, metabolicznie aktywną zawiesiną odpowiednią do zastosowań w dalszych etapach.

Źródło: Schumacher, D. i in. Obrazowanie żywymi komórkami fluorescencji pełnego cyklu komórkowego wegetatywnego powoli rosnącej bakterii społecznej Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje przygotowanie i obrazowanie Myxococcus xanthus, powoli rosnącej bakterii glebowej. Hodowla jest uprawiana w podłożu, nakładana na pokrywę fluorescencyjnych mikrosfer i nakładana na podgrzaną agarozę, aby wspierać nawodnienie i dopływ składników odżywczych. Takie rozwiązanie umożliwia...

Źródło: Yang, Z. i inni. Platforma o wysokiej przepustowości do badania Salmonella spp./Shigella spp. J. Vis. Exp. (2018)Ten film demonstruje selektywne wzbogacanie i identyfikację Salmonelli przy użyciu ksylozy deoksycholatu (XLD) oraz chromogenicznego agaru. Bulion seleninowy wspiera wzrost Salmonelli , natomiast agar XLD odsłania kolonie o centrum czarnego poprzez produkcję siarkowodoru. Chromogeniczny agar potwierdza tożsamość poprzez tworzenie pigmentów podporządkowanych enzymami,...

Źródło: Jeong, H., i inni. Procedura adaptacyjnej ewolucji laboratoryjnej mikroorganizmów z użyciem chemostatu. J. Vis. Exp. (2016).Ten film pokazuje selektywną izolację i rozwój bakterii przystosowanych do stresu z hodowli narażonej na długotrwały stres. Kultura jest nakładana na agarze zawierającym stresor, a pojedyncza kolonia jest wybierana do inokulacji ciekłego medium stresorem. Absorpcja jest mierzona w regularnych odstępach czasu, aby monitorować wzrost i potwierdzić skuteczną izolację...

Źródło: Villela, H. D. M. i in. Poszukiwanie szczepów mikroorganizmów do bioremediacji oraz rozwój probiotyków do badań i ochrony metaorganizmów. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje izolację bakterii morskich degradujących zanieczyszczenia poprzez seryjne rozcieńczanie, selekcję kolonii oraz wzrost w medium zawierającym EE2. Wykorzystując EE2 jako jedyne źródło węgla, protokół identyfikuje szczepy bakterii zdolne do metabolizowania tego zanieczyszczenia środowiska.

Źródło: Villela, H. D. M. i in. Poszukiwanie szczepów mikroorganizmów do bioremediacji oraz rozwój probiotyków do badań i ochrony metaorganizmów. J. Vis. Exp. (2019)Ten film demonstruje selektywną izolację bakterii morskich degradujących ropę poprzez wzbogacanie próbek wody morskiej na nośnikach olejowych, co umożliwia odzyskiwanie czystych szczepów z potencjalnymi zastosowaniami w bioremediacji ropy naftowej i oczyszczaniu środowiska.

Źródło: Berens, C. i in. Zastosowanie systemu indukowalnej ekspresji do badania interferencji czynników zjadliwości bakteryjnej z sygnalizacją wewnątrzkomórkową. J. Vis. Exp. (2015)Ten film pokazuje zastosowanie indukowalnego systemu ekspresji do identyfikacji, gdzie bakteryjne białko efektorowe CaeB zakłóca apoptotyczną kaskadę gospodarza. Opisuje ona kroki transfekujące komórki ekspresujące CaeB za pomocą systemu reagującego na tetracyklinę, aby indukować ekspresję genów pro-apoptotycznej w...

Źródło: Wei, D. i in., Produkcja chemikaliów przez Klebsiella pneumoniae z użyciem hydrolizatu bambusowego jako surowca. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje mikrobiologiczną przemianę cukrów pochodzących z bambusa w 2,3-butanediol poprzez hodowanie Klebsiella pneumoniae w ośrodku opartym na hydrolizacie w warunkach mikroaerobowych i lekko kwaśnych.

Źródło: Hemmerich, J. i in. Protokół optymalizacji heterologicznego wytwarzania białek z wykorzystaniem zautomatyzowanej technologii mikrobioreaktorów. J. Vis. Exp. (2017).Ten film pokazuje użycie zautomatyzowanego mikrobioreaktora do monitorowania wzrostu bakterii i wydzielania białek fluorescencyjnej w odpowiedzi na różne formuły mediów. Genetycznie zmodyfikowana bakteria ekspresyjna wydzielniowa fluorescencja jest hodowana pod antybiotykowym selekcją i zaszczepiana w dołkach o zróżnicowanych...

Źródło: Lea-Smith, D. J., i in. Generowanie mutantów oznaczonych i bezznacznikowych u modelowych gatunków cyjanobakterii. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje krioprezerwację szczepów cyjanobakterii poprzez łączenie skoncentrowanych zawiesin komórkowych z glicerolem lub DMSO i przechowywanie ich w niskich temperaturach, co umożliwia długoterminowe utrzymanie żywotnych hodowli do fotosyntezy i badań genetycznych.

Źródło: Arias, S. L. i in. Wytwarzanie funkcjonalizowanej magnetycznej nanocelulozy bakteryjnej z nanocząstek tlenku żelaza. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje syntezę nanocząsteczek magnetytu in situ w bakteryjnej nanocelulozowej pelikule produkowanej przez Gluconacetobacter xylinus. Wyjaśnia, jak magnetyczna nanoceluloza bakteryjna powstaje poprzez infuzję jonów żelaza, wytrącanie alkaliczne oraz oczyszczanie.

Źródło: Rufián, J. S. i in., Analiza pojedynczych komórek ekspresji genów Pseudomonas Syringae w tkance roślinnej. J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje metodę ciśnienia opartą na strzykawkach do ekstrakcji bakterii apoplastycznych, które rozmnażają się i tworzą mikrokolonie w apoplastyce, czyli przestrzeni międzykomórkowej między komórkami roślinnymi. Metoda ta daje próbki bakteryjne wolne od zanieczynków odpowiednie do analizy pojedynczych komórek w dalszej fazie.

Źródło: Becker, B. i inni. Prosty test reporterowy oparty na fluorescencji do identyfikacji składników komórkowych niezbędnych do transportu łańcucha toksyny rycyny A (RTA) w drożdżach. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje indukowalną ekspresję łańcucha A toksyny A (RTA) oznaczonej Hisem w Escherichia coli. Przedstawia etapy selektywnej hodowli bakterii przekształconych plazmidem ekspresyjnym, indukcję ekspresji RTA oznaczoną tagiem His oraz przygotowanie bakterii do dalszej analizy.

Źródło: Pokhrel, A., et al. Oznaczanie na obecność nieorganicznego polifosforanu w bakteriach. J. Vis. Exp. (2019).Ten film przedstawia test kolorymetryczny do pomiaru nieorganicznego polifosforanu (poliP) w próbkach bakteryjnych. Procedura polega na enzymatycznym przekształceniu poliP w wolny fosforan, który następnie reaguje z molibdenianem i kwasem askorbinowym, tworząc kompleks o niebieskim zabarwieniu. Porównując absorbancję tego kompleksu ze standardową krzywą znanych stężeń fosforanów,...

Źródło: Choi, H. J., et al. Akustoforeza mikroprzepływowa do przepływowego rozdzielania bakterii Gram-ujemnych za pomocą kulek powinowactwa aptamerowego. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia metodę selektywnego oddzielania bakterii Gram-ujemnych od mieszanej próbki bakteryjnej za pomocą mikrogranulek pokrytych aptamerem i sił akustycznych w chipie mikroprzepływowym.

Źródło: Brodl, E., et al. Pomiar in situ i korelacja gęstości komórek i emisji światła bakterii bioluminescencyjnych. J. Vis. Exp. (2018).Ten film pokazuje pomiar i korelację bioluminescencji z gęstością komórek w transformowanych bakteriach. Pojedyncza kolonia bakteryjna jest używana do zainicjowania płynnej kultury. Kulturę umieszcza się w studzience o pożądanym stężeniu komórek. Antybiotyk i induktor są dodawane w celu ekspresji genu wymaganego do bioluminescencji bakterii. Odczyty...

Źródło: Koeth, L. M., et al., A Reference Bulion Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobical. J. Vis. Exp. (2015).Ten film przedstawia metodę mikrorozcieńczenia bulionu w celu określenia minimalnego stężenia hamującego (MIC) antybiotyku lipoglikopeptydowego przeciwko bakteriom Gram-dodatnim. Obejmuje izolację kolonii bakteryjnych, rozcieńczanie, inokulację studzienek mikropłytek o różnych stężeniach antybiotyków oraz weryfikację czystości...

Źródło: Zhang, X. i wsp., Model zarodka danio pręgowanego do wizualizacji in vivo i analizy przyżyciowej zakażenia Staphylococcus aureus związanego z biomateriałem. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia model zarodka danio pręgowanego do badania infekcji związanych z wszczepionymi biomateriałami. Wstrzykiwanie Staphylococcus aureus mikrosferom polistyrenowym zwiększa przeżywalność bakterii, potwierdzając rolę wszczepionych materiałów w promowaniu infekcji.

Źródło: Yeung, M., et al. Opracowanie bardziej czułego i specyficznego chromogennego podłoża agarowego do wykrywania Vibrio parahaemolyticus i innych gatunków Vibrio . J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia opartą na kulturze metodę identyfikacji gatunków Vibrio , podkreślając agar chromogenny jako dokładniejszą alternatywę dla powszechnie stosowanego agaru tiosiarczanowo-cytrynianowo-żółciowego-sacharozy lub TCBS. Agar chromogenny zapewnia doskonałe różnicowanie szczepów Vibrio poprzez...

Źródło: Al Ahmar, R., et al. Hodowla wariantu Pseudomonas aeruginosa w małej kolonii i ocena ilościowa jego alginianu. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia test kolorymetryczny do ilościowego oznaczania alginianów wytwarzanych przez Pseudomonas aeruginosa, przy użyciu karbazolu do wykrywania kwasów uronowych po hydrolizie kwasów. Metoda umożliwia analizę porównawczą produkcji alginianów znormalizowanych do biomasy bakteryjnej w badaniach naukowych i klinicznych.

Źródło: Al Ahmar, R., et al. Hodowla wariantu Pseudomonas aeruginosa w małej kolonii i ocena ilościowa jego alginianu. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia kolorymetryczny test immunologiczny do ilościowego oznaczania alginianu, ochronnego egzopolisacharydu wytwarzanego przez Pseudomonas aeruginosa. Procedura polega na pokryciu mikropłytki próbką, zastosowaniu określonych przeciwciał i zastosowaniu reakcji enzym-substrat w celu wygenerowania mierzalnej zmiany koloru. Następnie stosuje się...

Źródło: Hassan, J. A., et al. Wysokoprzepustowa identyfikacja oporności na Pseudomonas syringae pv. Pomidor w pomidorze za pomocą testu powodziowego sadzonek. J. Vis. Exp. (2020).Ten film przedstawia metodę badań przesiewowych pod kątem oporności bakteryjnej w różnych odmianach pomidorów przy użyciu dziesięciodniowych sadzonek zaszczepionych zawiesiną bakteryjną. Wyjaśnia, w jaki sposób bakterie atakują aparaty szparkowe, dostarczają białka efektorowe w celu stłumienia odporności roślin oraz...

Źródło: Anderson, Q. L. i wsp. Wysokoprzepustowy, o wysokiej zawartości, płynny system C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia wysokoprzepustową metodę badań przesiewowych z wykorzystaniem Caenorhabditis elegans do badania knockdownów genów podczas interakcji gospodarz-patogen. Przedstawiono w nim procedurę przygotowania powalanych robaków i przenoszenia ich na płytki testowe w celu oceny skutków zabijania robaków przez patogeny.

Źródło: Cayron, J. i Lesterlin, C. Wieloskalowa analiza wzrostu bakterii w warunkach leczenia stresem. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia procedurę oceny filamentacji E. coli i replikacji DNA w przypadku antybiotykoterapii hamującej podziały komórek przy użyciu posiewu do pomiaru żywotności i cytometrii przepływowej do analizy wielkości komórki i zawartości DNA.

Źródło: Cheng, C., et al. Inaktywacja patogenów poprzez fotolizę ryboflawiny-5′-fosforanu w świetle widzialnym. J. Vis. Exp. (2022).Na tym filmie zbuforowana mieszanina reakcyjna zawierająca L-metioninę, błękit nitro tetrazolium (NBT) i mononukleotyd flawinowy (FMN) jest naświetlana światłem fioletowym w celu wywołania produkcji reaktywnych form tlenu (ROS). Prowadzi to do inaktywacji bakterii i powstania wykrywalnego spektrometrycznie formazanu.

Źródło: Weber, N. i wsp., Naturalna transformacja, ekspresja białek i kriokonserwacja nitkowatego Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia skoncentrowany test oparty na diodach LED do badania fototaksji u sinic nitkowatych. Bakterie migrują w kierunku źródła światła, tworząc gęstą akumulację w oświetlonym środku, która jest wizualizowana i określana ilościowo poprzez analizę intensywności pikseli przechwyconego obrazu.

Źródło: Balczon, R., et al. Metody wykrywania cytotoksycznych amyloidów po zakażeniu komórek śródbłonka płuc przez Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia protokół ilościowego oznaczania amyloidów w supernatantach z hodowli komórek śródbłonka płuc zakażonych zjadliwymi bakteriami, przy użyciu tioflawiny T, barwnika fluorescencyjnego, który wiąże się ze strukturami beta-arkuszy amyloidu. Wzrost fluorescencji w porównaniu z wartością wyjściową wskazuje na obecność...

Źródło: Speare, L., et al. Test komonetacyjności do ilościowego określania konkurencyjnych interakcji między izolatami Vibrio fischeri. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia test współinkubacji używany do badania, w jaki sposób szczepy bakteryjne konkurują ze sobą we wspólnym środowisku. Jest szeroko stosowany w mikrobiologii do identyfikacji mechanizmów, takich jak zabijanie zależne od kontaktu lub niezależne od kontaktu, które napędzają te interakcje.

Źródło: Venkateswaran, S., et al. Wysokowydajna identyfikacja polimerów odstraszających bakterie do wyrobów medycznych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia wysokoprzepustową metodę identyfikacji polimerów odstraszających bakterie za pomocą szkiełka mikromacierzowego wystawionego na działanie mieszanych kultur bakteryjnych. Wiązanie bakteryjne ocenia się za pomocą fluorescencji DAPI, gdzie zmniejszony sygnał wskazuje na polimery o minimalnym przyczepieniu powierzchniowym.

Źródło: Barber, A. E., et al. Przygotowanie i zastosowanie nowego biosensora bakteryjnego do przypuszczalnego wykrywania pozostałości po postrzałach z broni palnej. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje wykrywanie określonych analitów za pomocą biosensora bakteryjnego. Pobiera się kulturę bakteryjną zawierającą plazmid z genem białka czerwonej fluorescencji (RFP) pod promotorem wrażliwym na analit. Po dokładnym wytarciu powierzchni testowej niewielką część chusteczki zanurza się w kulturze i...

Źródło: Augimeri, R. V. i wsp., Wykorzystanie związku uwalniającego etylen, kwasu 2-chloroetylofosfonowego, jako narzędzia do badania odpowiedzi etylenu u bakterii. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje wpływ etylenu wytwarzanego przez kwas 2-chloroetylofosfonowy () na wzrost bakterii i produkcję celulozy. Etylen aktywuje szlaki sygnałowe, które stymulują syntezę celulozy, co skutkuje zwiększonym tworzeniem błonki. Wyniki te podkreślają reakcję bakterii na etylen.

Źródło: Cayron, J., et al. Wieloskalowa analiza wzrostu bakterii w warunkach leczenia stresem. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje, jak przygotować i wykorzystać płytkę mikroprzepływową do obrazowania komórek bakteryjnych w warunkach stresu. Przedstawia proces wprowadzania kultury bakteryjnej i wywołującej stres pożywki antybiotykowej, a następnie ładowania komórek i ustawiania mikroskopu. Obrazowanie poklatkowe w trybie kontrastu fazowego jest następnie wykorzystywane do obserwacji rozwoju...

Źródło: Sekar, A., et al., Nowatorska metoda określania podłużnej aktywności przeciwbakteryjnej materiałów uwalniających leki. J. Vis. Exp. (2023)Ten film przedstawia test oparty na luminescencji do oceny skuteczności przeciwbakteryjnej paska polimerowego obciążonego antybiotykiem poprzez ilościowe określenie luminescencji sterowanej przez ATP, która zmniejsza się w kulturach bakteryjnych narażonych na działanie antybiotyku.

Źródło: Zhu, W., & Chu, W. Czuła metoda wizualna do wykrywania bakterii wytwarzających siarkowodór. J. Vis. Exp. (2022)Ten film przedstawia czułą metodę wizualną do szybkiego wykrywania bakterii wytwarzających siarkowodór. Zmiana koloru z żółtego na wskazuje na aktywność bakterii poprzez tworzenie się siarczku bizmutu.

Źródło: Bennett, J. A. i wsp. Wizualna i mikroskopowa ocena mutantów rozwojowych Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje uprawę i porównanie fenotypowe dzikich i zmutowanych szczepów Streptomyces coelicolor . Przedstawiono w nim procedury minimalizacji spontanicznych mutacji, zapobiegania zanieczyszczeniu krzyżowemu i promowania wzrostu bakterii poprzez odpowiednie techniki powlekania. Wreszcie, film podkreśla wizualne różnice w morfologii kolonii, aby zilustrować skutki rozwojowe...

Źródło: Franciszek, M. B., et al. Wykrywanie fragmentów kory mózgowej podczas kiełkowania zarodników bakterii. J. Vis. Exp. (2016).Ten film przedstawia kolorymetryczną metodę wykrywania degradacji kory podczas kiełkowania przetrwalników bakterii poprzez pomiar uwalniania cukrów redukujących w czasie. Wykorzystując wzorce N-acetyloglukozaminy i próbki punktów czasowych, test określa ilościowo stężenie cukru w wyniku fioletowej reakcji chromogennej, wskazując zakres hydrolizy kory.

Źródło: Stenzler, B. R. i wsp., Beztlenowy test biosensoryczny do wykrywania rtęci i kadmu. J. Vis. Exp. (2018)Ten film pokazuje wykorzystanie genetycznie zmodyfikowanych bioczujników bakteryjnych do dokładnego pomiaru biodostępnej frakcji jonów rtęci w warunkach beztlenowych. Zmieniając stężenie siarczanu magnezu, test zapewnia, że bioczujnik selektywnie reaguje na wolne jony rtęci, na co wskazują zmiany intensywności fluorescencji.

Źródło: Vidilaseris, K., et al. Badania przesiewowe w kierunku inhibitorów pirofosfatazy związanych z błoną Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film przedstawia test kolorymetryczny do badania przesiewowego inhibitorów pirofosfatazy związanej z błoną bakteryjną (mPPazy) poprzez ilościowe określenie uwalniania ortofosforanu. Metoda umożliwia identyfikację związków hamujących mPPazę z Thermotoga maritima, potencjalnego celu dla leków przeciwdrobnoustrojowych.

Źródło: Sarathy, J. P. i wsp. Test wiązania kazeum in vitro , który przewiduje przenikanie leku do zmian gruźliczych. J. Vis. Exp. (2017)Ten film przedstawia test in vitro do pomiaru wiązania leku z kazeum ze zmian gruźlicy przy użyciu szybkiej dializy równowagowej. Przedstawiono w nim etapy przygotowywania zawiesin kazeum, wykonywania dializy i obliczania niezwiązanej frakcji leku w celu przewidzenia przenikania leku do kazeum.

Źródło: Rugjee, KN i wsp., Ustanowienie wysokoprzepustowego zestawu do badań przesiewowych małych cząsteczek, które modulują sygnalizację c-di-GMP w Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje wytwarzanie szczepu reporterowego reagującego cyklicznie na GMP u Pseudomonas aeruginosa przy użyciu elektroporacji. Udana transformacja jest potwierdzana poprzez dobór antybiotyków i analizę...

Źródło: Rugjee, K. N., et al. Opracowanie wysokoprzepustowego zestawu do badań przesiewowych małych cząsteczek, które modulują sygnalizację c-di-GMP u Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).Ten film przedstawia badania przesiewowe cyklicznych modulatorów di-GMP przy użyciu genetycznie zmodyfikowanych bakterii, które eksprymują białko zielonej fluorescencji (GFP) pod kontrolą promotora wrażliwego na c-di-GMP. Fluorescencję mierzy się na płytce wielodołkowej zawierającej różne badane...

Źródło: Chapman, I. J. i wsp., Optymalizacja sondy molekularnej w celu określenia śmiertelności komórek w organizmie fotosyntetyzującym (Microcystis aeruginosa) przy użyciu cytometrii przepływowej. J. Vis. Exp. (2016)Ten film przedstawia metodę rozróżniania żywych i martwych komórek Microcystis aeruginosa poprzez połączenie znakowania sondą fluorescencyjną z analizą autofluorescencji fikocyjaniny i sygnałem sondy za pomocą cytometrii przepływowej.

Źródło: Nickling, J. H., et.al. Peptydy przeciwdrobnoustrojowe wytwarzane przez selektywne wprowadzanie aminokwasów niekanonicznych pod ciśnieniem. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia test dyfuzji w studzience agarowej stosowany do oceny aktywności przeciwdrobnoustrojowej wariantów nizyny. Pokazuje, w jaki sposób Lactococcus lactis wyrażający związaną z błoną peptydazę NisP aktywuje prekursory nizyny wytwarzane w E. coli, powodując zahamowanie wzrostu. Rozmiar tych aureoli odzwierciedla...

Źródło: Tokunou, Y. i wsp., Elektrochemiczne wykrywanie wpływu kinetycznego izotopu deuteru na zewnątrzkomórkowy transport elektronów w Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Ten film przedstawia metodę elektrochemiczną obejmującą całe komórki, aby ocenić, w jaki sposób transfer protonów wpływa na zewnątrzkomórkowy transport elektronów (EET) u bakterii elektroaktywnych. Zastępując protony deuteronami za pomocą tlenku deuteru, metoda mierzy zmiany prądu, aby ujawnić kinetyczny efekt...

Źródło: Dodge, R., et al. Szybkie liczenie jednostek tworzących kolonie w formacie 96-dołkowej płytki zastosowanej do mikrobiomu Drosophila . J. Vis. Exp. (2023)Ten film pokazuje ilościowe oznaczanie jednostek tworzących kolonie (CFU) bakterii związanych z jelitami u much Drosophila przy użyciu podejścia opartego na seryjnym rozcieńczaniu i posiewaniu. Homogenizowane próbki much zawierające bakterie jelitowe są seryjnie rozcieńczane, posiewane na agarze i inkubowane, aby umożliwić wzrost...

Źródło: Maurakis, S., et al. Ograniczony metalem wzrost Neisseria gonorrhoeae w celu scharakteryzowania genów reagujących na metale i pozyskiwania metali z ligandów gospodarza. J. Vis. Exp. (2020).Ten film przedstawia test wzrostu bakterii z ograniczoną ilością metalu w celu zbadania roli genów reagujących na metale. Dzikie i zmutowane bakterie hodowane w pożywce zubożonej w metale są inkubowane z metalem-ligandem, a ich wzrost jest monitorowany za pomocą czytnika płytek. W warunkach zubożenia...

Źródło: Maurakis, S. i Cornelissen, CN Ograniczony metalem wzrost Neisseria gonorrhoeae w celu scharakteryzowania genów reagujących na metale i pozyskiwania metali z ligandów gospodarza. J. Vis. Exp. (2020)Ten film przedstawia procedurę wykrywania powierzchniowych transporterów metali w Neisseria gonorrhoeae hodowanych w warunkach ograniczonej zawartości metali przy użyciu testu punktowego, obejmującego wiązanie ligandów, wykrywanie przeciwciał i wizualizację kolorymetryczną.

Źródło: Chen, Y. i in., Pomiar wskaźników błędnej translacji specyficznych prątków za pomocą systemów reporterowych wzmocnienia funkcji. J. Vis. Exp. (2019 rok)Ten film pokazuje metodę ilościowego określania błędnej translacji w Mycobacterium smegmatis przy użyciu indukowalnego GFP i wydzielanego zmutowanego systemu reporterowego lucyferazy. Pokazuje, w jaki sposób mierzy się luminescencję wynikającą z błędnej translacji i porównuje ją z fluorescencją GFP w celu oceny wpływu badanej cząsteczki...

Źródło: Gilmore, S. F. i wsp. Bezkomórkowa skalowana produkcja i adiuwantowe dodawanie do rekombinowanego głównego białka błony zewnętrznej z Chlamydia muridarum w celu opracowania szczepionki. J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje zastosowanie Western blotting do oceny integralności strukturalnej głównego białka błony zewnętrznej (MOMP) w kompleksach szczepionek opartych na nanocząsteczkach. Przedstawiono w nim kluczowe etapy związane z transferem białek, znakowaniem przeciwciał i...

Źródło: Stefan, A., et al. Wieloaspektowe korzyści płynące z koekspresji białek w Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Ten film przedstawia ocenę częstości mutacji u bakterii przy użyciu testu beta-glukozydazy. Kultury bakteryjne wykazujące ekspresję polimerazy DNA z niedoborem korekty są zbierane przez kolejne pokolenia. Błędy replikacji spowodowane ograniczoną korektą mogą aktywować stłumiony gen beta-glukozydazy. Po odwirowaniu i przepuszczalności dodaje się substrat i mierzy...

Źródło: Jian, X. i wsp., Zautomatyzowana uprawa drobnoustrojów i ewolucja adaptacyjna przy użyciu systemu hodowli mikrodrobnoustrojów (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Ten film demonstruje wykorzystanie platformy mikroprzepływowej opartej na kropelkach do monitorowania wzrostu bakterii w czasie rzeczywistym. Generując jednorodne kropelki zawierające zawiesiny bakteryjne i prowadząc je przez ścieżkę detekcji, system umożliwia ciągły optyczny pomiar gęstości komórek w celu skonstruowania krzywej wzrostu.

Weźmy hodowlę Corynebacterium glutamicum, przekształconą plazmidem przenoszącym fluorescencyjny gen reporterowy poniżej antyterminatora kwasu rybonukleinowego lub sekwencji RAT, na płytce wielodołkowej.Podczas transkrypcji RNA szczura tworzy strukturę pętli macierzystej, która blokuje polimerazę RNA, zatrzymując ekspresję genu reporterowego.Plazmid konstytutywnie ulega również ekspresji LicV, białka fuzyjnego składającego się z białka wiążącego RAT-RNA, LicT i wrażliwej na światło niebieskie...

Zacznij od zawiesiny zawierającej komórki bakteryjne potraktowane nanocząstkami srebra zawieszonymi w matrycy egzopolisacharydowej.Dodaj bufor fosforanowy do gnojowicy, aby utrzymać stabilne pH.Następnie wprowadź roztwór zawierający glukozę i rozpuszczalny wskaźnik redoks, a następnie inkubuj mieszaninę. Wskaźnik redoks działa jako akceptor elektronów.Podczas inkubacji glukoza i wskaźnik redoks wnikają do metabolicznie aktywnych komórek bakteryjnych.Komórki wykorzystują glukozę podczas...

Pobrać seryjne rozcieńczenia kultury bakteryjnej i dodać podwielokrotności do fiolek kalorymetrycznych zawierających pożywkę wzrostową.Załadować szczelnie zamknięte fiolki do wielodołkowej płytki mikrokalorymetru izotermicznego w celu zmierzenia produkcji ciepła metabolicznego.Urządzenie jest utrzymywane w stałej temperaturze, aby zapewnić, że wykryte ciepło pochodzi wyłącznie z metabolizmu bakteryjnego.Gdy bakterie metabolizują składniki odżywcze i namnażają się, uwalniają ciepło, które...

Źródło: Ali, I., i in. Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów mikroorganizmów o wpływie na zdrowie Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Ten film prezentuje wysokowydajny test fluorescencyjny, mający na celu ocenę, jak bakterie jelitowe wpływają na odporność na stres u Caenorhabditis elegans. Śledząc niebieską fluorescencję z pękniętych granulek jelit, test ujawnia wcześniejsze sygnały śmierci u robaków narażonych na testowe bakterie.

Źródło: Sutlief, A. L. i in. Analiza naprężeń ścinających na żywych komórkach na Pseudomonas aeruginosa z wykorzystaniem zautomatyzowanego systemu mikrofluidycznego o wyższej przepustowości. J. Vis. Exp. (2019).Ten film prezentuje przygotowanie płytki mikrofluidycznej do badań naprężeń ścinających w kulturach bakteryjnych. Po przygotowaniu kanałów podłożem, komórki bakteryjne są wprowadzane do kanału eksperymentalnego i inkubowane do przyczepienia. Pozostałe nośniki i hodowla są usuwane, aby...

Źródło: Brumfield, K. D. i in. Techniki laboratoryjne stosowane do utrzymania i rozróżniania biotypów Vibrio cholerae Izolat kliniczne i środowiskowe. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje miękki test agarowy z użyciem chlorku triphenyltetrazolu do oceny i porównania ruchliwości szczepów Vibrio cholerae poprzez wizualizację aktywności metabolycznej poprzez formowanie się strefy czerwonej wokół aktywnie migrujących komórek.

Źródło: Brumfield, K. D. i in., Techniki laboratoryjne stosowane do utrzymania i różnicowania biotypów Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates. J. Vis. Exp. (2017).Ten film demonstruje test Voges-Proskauer (VP) mający na celu rozróżnienie trzech biotypów Vibrio cholerae: klasycznego, dzikiego typu El Tor oraz wariantu El Tor. Każda hodowla jest zaszczepiana w podłożu zawierającym glukozę, inkubowana i traktowana α-naftolem i wodorotlenkiem potasu, aby wykryć obecność acetonu.

Źródło: Mettrick, K. A., Lawrence i in., Indukowanie specyficznej blokady replikacji w E. coli przy użyciu systemu operatora tłumiącego fluorescencyjne. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje specyficzną blokadę replikacyjnej widełki w Escherichia coli z wykorzystaniem arabinozowej ekspresji żółtego, fluorescencyjnego białkowego TetR, który wiąże chromosomalne matryce TetO.

Źródło: Domesle, K. J. i in. Pętlowane wzmacnianie izotermiczne do wykrywania salmonelli w karmach zwierzęcych i potwierdzania izolacji salmonelli w hodowli kulturowej. J. Vis. Exp. (2020).Ten film demonstruje technikę amplifikacji izotermicznej z pętlą (LAMP) do wykrywania docelowego genu bakteryjnego poprzez amplifikację DNA w stałej temperaturze. Mieszanina reakcyjna przygotowuje się poprzez dodanie izotermicznej mieszanki głównej, specyficznych starterów dla docelowego genu oraz próbek...

Źródło: Aigrain, L. i in. Internalizacja i obserwacja fluorescencyjnych biomolekuł w żywych mikroorganizmach za pomocą elektroporacji. J. Vis. Exp. (2015)Film pokazuje dostarczanie fluorescencyjnych biomolekuł do elektrokompetentnych komórek mikrobiologicznych za pomocą elektroporacji. Proces rozpoczyna się od wprowadzenia DNA lub białek oznaczonych fluoroforem do schłodzonej zawiesiny komórkowej. Następnie stosuje się impuls wysokiego napięcia, aby utworzyć tymczasowe pory błonowe,...

Źródło: Kurokawa, M. i inni. Precyzyjna, wysokoprzepustowa analiza wzrostu bakterii. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje wysokoprzepustowe ilościowe określenie wzrostu bakterii za pomocą czytnika mikropłyt. Opisuje etapy związane z przygotowaniem kultury, pomiarem gęstości optycznej oraz analizą dynamiki wzrostu.

Źródło: Dahl, J. i in. Wykrywanie pH-zależnej aktywności Escherichia coli Chaperone HdeB in vitro i in vivo. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje test oparty na spektrofotometrze fluorescencyjnym, który pozwala ocenić aktywność chaperonów na białku substratu pod wpływem stresu kwasowego i cieplnego. Opisuje on kroki monitorowania rozwijającego się i agregującego się podłoża poprzez rozpraszanie światła, porównując warunki z i bez chaperone.

Źródło: Dahl, J. i inni. Wykrywanie pH-zależnej aktywności Escherichia coli Chaperone HdeB in vitro i in vivo. J. Vis. Exp. (2016)Ten film pokazuje stosowanie rekombinowanych hodowli E. coli do oceny ochronnego efektu kwasowo aktywowanego chaperonu podczas stresu kwasowego. Monitorowanie wzrostu bakterii wykazuje zwiększoną przeżywalność w hodowlach ekspresujących chaperony w porównaniu z grupami kontrolnymi, podkreślając rolę chaperonów w stabilizacji białek w warunkach stresu.

Źródło: Stenum, T. S. i in. Ilościowa ilościowa i ładująca poziomy transferowych RNA w Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje zastosowanie elektroforezy żelowej i północnego blottingu do wykrywania i porównywania poziomów ładunku RNA transferowych w E. coli poprzez rozdzielenie form aminoacylowanych i deacylatowanych.

Źródło: Gulla, S. i inni. Wielolokusowa analiza powtórzeń o zmiennej liczbie dla bakterii patogennej ryb Yersinia ruckeri za pomocą multiplex PCR i kapilarnej elektroforezy. J. Vis. Exp. (2019).Ten film pokazuje procedurę rozdzielania fluorescencyjnie znakowanych amplikonów o zmiennej liczbie powtórzeń tandemowych (VNTR), pochodzących z bakterii patogennej ryb, przy użyciu elektroforezy kapilarnej do generowania profili elektroferograficznych specyficznych dla rozmiaru do identyfikacji bakterii.

Źródło: Hockett, K. L. i Baltrus, D. A. Zastosowanie techniki nakładki miękkiego agaru do wykrywania związków hamujących produkowanych przez bakterie. J. Vis. Exp. (2017)Ten film pokazuje procedurę wykrywania zabijania podpłynionego bakteriocyną poprzez wykrycie supernatantu szczepu dawcy wywołanego antybiotykiem na miękkiej warstwie agaru zawierającej szczep testowy. Strefy przezroczyste powstałe po inkubacji wskazują na hamowanie bakterii.

Źródło: Cabeen, M. T. i in. Analiza mikrofluidyczna pojedynczych komórek Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)Film pokazuje użycie urządzenia mikrofluidycznego do obserwacji wzrostu bakterii na poziomie pojedynczych komórek. Pokazuje, jak nieruchome komórki bakteryjne, zamknięte w mikroskalowych rowach, są nieustannie odżywiane i obrazowane pod mikroskopem fluorescencyjnym. System ten umożliwia wizualizację w czasie rzeczywistym podziału komórek i śledzenia linii genealogicznej na przestrzeni...

Źródło: Scheidweiler, D. i in. Łączenie urządzeń płynowych z mikroskopią i cytometrią przepływową do badania transportu mikroorganizmów w ośrodkach porowatych na skalach przestrzennych. J. Vis. Exp. (2020).Ten film demonstruje użycie urządzenia mikrofluidycznego do ilościowego określania ruchliwości bakterii poprzez porowatą matrycę złożoną z losowo ułożonych filarów. Do urządzenia wprowadzane są fluorescencyjnie znakowane bakterie, obrazowane mikroskopią podczas przemieszczania się przez...

Źródło: Kim, H. i in., Wieloenzymowe przesiewowe badanie z użyciem wysokoprzepustowego systemu przesiewowe enzymów genetycznych. J. Vis. Exp. (2016)Ten film demonstruje metodę przesiewania genetycznego do wykrywania ekspresji enzymów z wykorzystaniem metagenomowych bibliotek fosmidów i chromogenicznych substratów. Cytometria przepływowa identyfikuje i izoluje pojedyncze komórki produkujące produkty kolorowe, umożliwiając wysokoprzepustowy selekcję aktywnych komórek ekspresujących enzymy.

Źródło: Samuels, D. J. i in. Podejście oparte na tandemowej chromatografii cieczowej – spektrometrii mas do analizy metabolitów gronkowca aureus. J. Vis. Exp. (2017)Ten film demonstruje zastosowanie chromatografii cieczowej – spektrometrii mas do identyfikacji i ilościowej identyfikacji metabolitów wewnątrzkomórkowych S. aureus. Przedstawia etapy związane z ekstracją metabolitów, normalizacją peptydów, chromatografią cieczową oraz analizą spektrometriczną mas.