Wiele narządów zależy od komórek macierzystych w procesie rozwoju podczas embriogenezy oraz w procesach utrzymania lub naprawy w życiu dorosłym. Zrozumienie sposobu formowania się komórek macierzystych oraz ich interakcji z otoczeniem jest zatem kluczowe dla zrozumienia rozwoju, homeostazy i chorób. Jajnik muszki owocówki Drosophila melanogaster służy jako wpływowy model interakcji komórek macierzystych linii zarodkowej (GSCs) z ich somatycznymi komórkami wspierającymi (niszą) 1, 2. Znana lokalizacja niszy i GSCs, w połączeniu z możliwością ich manipulacji genetycznej, pozwoliła badaczom wyjaśnić szereg interakcji między komórkami macierzystymi a ich niszami 3-12.
Mimo bogactwa informacji na temat mechanizmów kontrolujących utrzymanie i różnicowanie GSC, stosunkowo niewiele wiadomo o tym, jak GSC i ich nisze somatyczne formują się podczas rozwoju. Około 18 nisz somatycznych, których skład komórkowy obejmuje włókno końcowe oraz komórki czepne (Rysunek 1), powstaje podczas trzeciego stadium larwalnego 13-17. GSC pochodzą z pierwotnych komórek płciowych (PGCs). PGCs proliferują we wczesnych stadiach larwalnych, jednak po sformowaniu niszy podgrupa PGCs przekształca się w GSCs 7, 16, 18, 19. Razem komórki niszy somatycznej i GSCs tworzą jednostkę funkcjonalną, która produkuje jaja przez cały okres życia organizmu.
Wiele pytań dotyczących formowania się jednostki GSC pozostaje bez odpowiedzi. Procesy takie jak koordynacja między komórkami prekursorowymi nisz a prekursorami komórek macierzystych lub generowanie asymetrii w PGC w momencie przekształcania się w GSC, można najlepiej badać w larwie. Jednak systematyczne badanie rozwoju jajników larwalnych jest trudne pod względem technicznym. Po pierwsze, jajniki larwalne są małe. Nawet w późnych stadiach larwalnych ich średnica wynosi zaledwie 100μm. Dodatkowo jajniki są przezroczyste i zatopione w białym ciele tłuszczowym. W niniejszym opracowaniu opisujemy szczegółowy protokół izolacji jajników z larw Drosophila w późnym trzecim stadium (LL3), a następnie ich barwienia przeciwciałami fluorescencyjnymi. Proponujemy rozwiązania techniczne dla takich problemów jak lokalizacja jajników, barwienie i przemywanie tkanek, które nie opadają na dno, oraz zapewnienie penetracji przeciwciał do wnętrza tkanki. Protokół ten można zastosować również do wcześniejszych stadiów larwalnych oraz do jąder larwalnych.