Artykuł metodologiczny

Oczyszczanie jąder oparte na wirowaniu gradientowym: technika otrzymywania ultraczystej frakcji nienaruszonych jąder za pomocą wirowania w gradicynacji gęstości

30 kwietnia 2023

W tym artykule

Streszczenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Źródło: Narayanan, A. et al. Nuclei Isolation from Fresh Frozen Brain Tumors for Single-Nucleus RNA-seq and ATAC-seq. J. Vis. Exp. (2020)

W tym filmie opisujemy prosty i skuteczny protokół wykorzystujący wirowanie gradientowe do izolowania pojedynczych jąder. Po wyizolowaniu jądra te można wykorzystać do sekwencjonowania i analizy genomu.

Protokół

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Wirowanie gradientowe

  1. Dodać 200 μl 50% roztworu jodiksanolu (tabela 1), aby uzyskać końcowe stężenie 25% jodiksanolu. Dobrze wymieszać 10 razy pipetą ustawioną na 300 ml.
  2. Dodać 300 μl 29% roztworu jodiksanolu (tabela 2) pod 25% mieszaninę. Użyj cienkiej końcówki P1000, aby uniknąć mieszania się warstw.
  3. Dodać 300 μl 35% roztworu jodiksanolu (Tabela 3) pod 29% mieszaninę. Użyj cienkiej końcówki P1000, aby uniknąć mieszania się warstw.
    ostrożność: Ten etap wymaga stopniowego zdejmowania końcówki pipety podczas pipetowania, aby u....

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

figure-results-1
Rysunek 1: Schemat blokowy izolacji jąder. Schemat blokowy zawiera krótkie spojrzenie na etapy związane z izolacją pojedynczych jąder ze świeżo zamrożonej tkanki glejaka. Pokazano reprezentatywne obrazy dla próbki guza i pasma jądrowego po gradiencie jodiksanolu/sacharozy (zakreślone czerwoną linią przerywaną).

....

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
Nie stwierdzono konfliktu interesów.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
EDTA (0,5 mln)Thermo ScientificCzynnik R1021
Wirówka stożkowa Falcon 15 ml
Rury		Fisher Naukowy352096
Jodixanol (znany również jako Optiprep)Technologie komórek macierzystychNumer katalogowy: 07820
NP-40Księga Abcamab142227
Rurki z zamkiem bezpiecznym 1,5 mlEppendorf0030120086
Bezpieczne rurki blokujące 2,0 mlEppendorf0030120094
sacharozaSigmaS0389
Końcówki do pipet o szerokim otworze (1000 μl)Themo Fisher Naukowy2079GPK
Końcówki do pipet o szerokim otworze (200 μl)Themo Fisher Naukowy2069GPK
powiedział: powiedział: powiedział: powiedział:

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Izolacja j der kom rkowychroztw r jodiksanolumikroskopia wietlnab ona j drowausuwanie zanieczyszczepojedyncze j droguzy m zgu

Powiązane artykuły