Elektroforeza w żelu agarozowym amplikonów DNA po PCR: metoda analizy produktów multiplex PCR i oceny powodzenia reakcji PCR

W tym artykule

Streszczenie

Źródło: Gulla, S. et al. Multi-locus Zmienna liczba Tandem-repeat Analiza bakterii patogennej dla ryb Yersinia ruckeri za pomocą Multiplex PCR i elektroforezy kapilarnej. J. Vis. Exp. (2019 rok)

W tym filmie demonstrujemy separację DNA z amplifikacją bakteryjną metodą PCR za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym. Żel agarozowy działa jak sito molekularne, umożliwiając migrację ujemnie naładowanego DNA w zależności od ich wielkości pod wpływem przyłożonego pola elektrycznego.

Protokół

1. Potwierdzenie amplikonu PCR za pomocą elektroforezy żelowej

Zgodnie z zaleceniami producenta należy przygotować objętość 1,5% (w/v) żelu agarozowego w 1x buforze tris-boran-EDTA (TBE) odpowiednią do liczby badanych reakcji PCR. Przed odlewaniem dodać 5 μl barwnika fluorescencyjnego kwasu nukleinowego na 50 μl roztworu żelu i wymieszać. Do odlewania należy używać tacek i grzebieni, pozostawiając odpowiednią liczbę dołków wolnych na drabinki referencyjne DNA.
Po związaniu zanurz żel w 1x buforze TBE w systemie GE. Wymieszać 5 μl produktu PCR z 2 μl barwnika ładującego i przenieść do dołków żelowych. Dodaj 5 μl drabinki DNA do pu....

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

figure-results-1
Rysunek 1: Elektroforeza żelowa sprawdzająca obecność wielu produktów PCR. Obraz potwierdza obecność wielu amplikonów PCR we wszystkich 12 liniach zawierających próbki, przy czym pierwsza linia reprezentuje użytą drabinę DNA. Wskazano rozmiary wybranych fragmentów drabiny, a także test PCR i przynależność szczepu każdego toru.

....