Wszystkie procedury związane z pobieraniem próbek zostały przeprowadzone zgodnie z wytycznymi instytutu IRB.
Przygotuj roztwór mieszania pożywek do wirowania gęstości, umieszczając 90 ml 10x PBS w 264 ml ultraczystej wody dejonizowanej (3.93x) w sterylnym plastikowym pojemniku. Miareczkować do pH 7,0-7,2 za pomocą HCl i sterylizować przez filtr 0,22 μm. Przechowywać w temperaturze 4 °C.
Przygotuj pożywkę wirową o gęstości 70%, łącząc 18 ml roztworu mieszanki pożywki do wirowania o gęstości z 30 ml pożywki wirowej o gęstości (szczegóły na liście materiałów) w probówce wirówkowej z polipropylenu o pojemności 50 ml. Przechowywać w temperaturze 4 °C, ale przed użyciem doprowadzić do temperatury regulowanej.
Przygotuj pożywkę wirową o gęstości 37%, łącząc 9,6 ml DPBS z 10,4 ml pożywki wirowej o gęstości 70% w probówce wirówkowej o gęstości 50 ml. Przechowywać w temperaturze 4 °C, ale przed użyciem doprowadzić do temperatury regulowanej.
1. Izolacja PBMC naciekających glejaka
- Używając czystej, jednosiecznej żyletki, wyizoluj obszar mózgu zawierający guz, wykonując strzałkowe cięcie w środku mózgu, aby przeciąć dwie półkule. Odwróć półkulę ipsilateralną przyśrodkową w dół i wykonaj dwa nacięcia koronalne na poziomie móżdżku i opuszki węchowej, aby wyizolować tkankę docelową zawierającą implant nowotworowy (ryc. 1A). Równoważna część półkuli przeciwległej może być również odizolowana i wykorzystana jako kontrola ujemna.
- Umieść tkankę docelową w odpowiednio oznakowanym szklanym młynku do tkanek Dounce zawierającym 1 ml DPBS, wciśnij tłok do końca w dół i przekręć 7 razy, aby początkowo rozbić tkankę. Podnieś tłok, aby płyn opadł z powrotem na dno młynka do chusteczek. Powtórz ten krok trzy razy; Należy jednak przekręcić tłok tylko 4 razy w ciągu następnych dwóch powtórzeń i 3 razy podczas ostatniego powtórzenia, aby uniknąć nadmiernego rozdarcia tkanki.
- Za pomocą mikropipety P-1000 nałóż kolejno trzy objętości lodowatego DPBS o objętości 1 ml wzdłuż boków tłoka, aby spłukać je do młynka do tkanek.
- Ponownie zawiesić rozdrobnioną materię mózgową, pipetując w górę iw dół i umieszczając ją w oznakowanej probówce wirówkowej o pojemności 15 ml na lodzie. Opłucz boki młynka do tkanek Dounce dodatkowym 1 ml lodowatego DPBS i dodaj do tej samej probówki wirówkowej o pojemności 15 ml. Trzymaj wszystkie probówki zawierające rozdrobnioną materię mózgową na lodzie, dopóki wszystkie próbki nie zostaną przetworzone.
- Po przetworzeniu wszystkich próbek, odwirować rozdrobnioną materię mózgową w probówkach wirówkowych o pojemności 15 ml przy 740 x g (maks. RCF) przez 20 minut w temperaturze 4 °C.
- Usunąć supernatant za pomocą pipety serologicznej o pojemności 10 ml i pistoletu do pipetowania i ponownie zawiesić granulowaną materię mózgową w 1 ml uprzednio przygotowanych enzymów trawiennych kolagenazy/DNazy-I za pomocą P-1000. Umieścić probówki wirówkowe o pojemności 15 ml w stojaku na probówki i umieścić w łaźni wodnej o temperaturze 37 °C na 15 minut.
- Delikatnie mieszać próbki dwukrotnie w okresie inkubacji, przesuwając probówki, aby ułatwić dezagregację tkanek.
- Dodać 6 ml lodowatego DPBS za pomocą pipety serologicznej o pojemności 10 ml do każdej probówki, aby rozcieńczyć enzymy trawienne. Pipetować w górę i w dół, aby ponownie zawiesić, i przefiltrować całkowitą objętość przez sterylne filtry siatkowe nylonowe 70 μm do nowych, oznakowanych probówek wirówkowych o pojemności 15 ml na lodzie.
- Obracać zawiesinę komórek mózgowych w dół przy 740 x g (maks. RCF) przez 20 minut w temperaturze 4 °C, aby uzyskać jednokomórkową osadkę (ryc. 1B). Po wyjęciu probówek o pojemności 15 ml z wirówki, umieścić je na lodzie i zwiększyć temperaturę wirówki do około 21 °C, przygotowując się do następnego etapu.
- Całkowicie usunąć supernatant z każdej probówki zawierającej komórki mózgowe i wstępnie ponownie zawiesić granulki w 1 ml pożywki wirówkowej o gęstości 70% za pomocą mikropipety P-1000. Następnie dodać 4 dodatkowe mililitry pożywki wirówkowej o gęstości 70% do każdej probówki za pomocą pipety serologicznej o pojemności 10 ml. Mocno przykręć nakrętki i homogenizuj zawiesinę komórek, kilkakrotnie delikatnie odwracając do probówek.
- Wyjmij z lodu probówki wirówkowe o pojemności 15 ml zawierające komórki mózgowe zawieszone w pożywce wirówkowej o gęstości 70% i umieść w stojaku na probówki w temperaturze pokojowej. Pojedynczo ostrożnie nakładaj 2 ml roztworu pożywki wirówkowej o gęstości 37% na 5 ml pożywki wirowej o gęstości 70% za pomocą mikropipety P-1000, aby utworzyć czystą powierzchnię styku między dwiema warstwami pożywki wirówkowej o gęstości (ryc. 1C).
- Użyj markera z cienką końcówką, aby wskazać położenie interfejsu, aby można go było łatwo zidentyfikować po odwirowaniu, gdy rozróżnienie staje się mniej widoczne.
- Odkręcaj probówki wirówkowe o pojemności 15 ml przy 740 x g (maks. RCF) przez 20 minut w temperaturze pokojowej bez przerwy, aby uniknąć zakłócenia interfejsu.
- Po odwirowaniu zebrać PBMC, które nagromadziły się na granicy faz między dwiema warstwami pożywki do wirowania o dużej gęstości (rysunek 1D), wprowadzając mikropipetę P-200 do probówki wzdłuż jej boku, ostrożnie omijając warstwę lipidową.
- Po znalezieniu się na poziomie pasma PBMC powoli wyekstrahuj 200 μl z powierzchni warstwy pożywki wirówkowej o gęstości 70% i umieść ją w odpowiednio oznakowanej probówce FACS z polipropylenu na lodzie. Powtórzyć tę czynność raz dla całkowitej objętości 400 μl na próbkę.
- Dodać 3 ml buforu przepływowego do każdej probówki FACS zawierającej 400 μl PBMC w celu wystarczającego rozcieńczenia pożywki wirowej o dużej gęstości, a następnie odwirować komórki w temperaturze 660 x g (maks. RCF) przez 20 minut w temperaturze 4 °C.