Artykuł metodologiczny

Hybrydyzacja in situ przy użyciu sond oligonukleotydowych do badania ekspresji RNA w skrawkach mózgu szczura

850 wyświetleń

8 lipca 2025

W tym artykule

Streszczenie

Źródło: Shokry, I. M., et al. Szybka hybrydyzacja In Situ przy użyciu sond oligonukleotydowych na mózgu szczurów z zespołem serotoninowym z przedrostkiem paraformaldehydu. J. Vis. Exp. (2015).

Ten film demonstruje wykrywanie syntezy RNA receptora serotoninowego za pomocą sond oligonukleotydowych w tkance mózgowej szczura dotkniętej zespołem serotoninowym. Protokół obejmuje wstępną obróbkę tkanek, hybrydyzację sondy i detekcję enzymatyczną w celu wizualizacji i ilościowego określenia ekspresji RNA receptora serotoninowego pod mikroskopem.

Protokół

Wszystkie procedury dotyczące próbek zwierzęcych zostały poddane przeglądowi i zatwierdzone przez odpowiednią komisję ds. oceny etycznej zwierząt.

1. Przygotowanie

  1. Przygotowanie i cięcie tkanek
    1. Szczury należy losowo podzielić na trzy grupy: świeże/solne (SAL; 0,9% NaCl), z prefiksem/SAL i z prefiksem/3,4-metylenodioksymetamfetaminą (MDMA; szczegóły w tabela 1).
    2. Podawać trzy dawki 1 ml/kg SAL i 10 mg/kg MDMA odpowiednio dootrzewnowo grupom SAL i MDMA w odstępie 2 godzin. Pozwól zwierzętom przetrwać leczenie przez 6 dni.
    3. W dniu 7 podaj 100 mg/kg ketaminy w połączeniu z 5 mg/kg ksylazyny dootrzewnowo szczurom w celu głębokiego znieczulenia (i.e., utrata mrugania rogówką i odruchy szczypania ogona).
    4. W przypadku grupy świeżej/SAL szybko odetnij głowy szczurom i usuń mózg do świeżego testu mózgu.
    5. W przypadku grup z prefiksem/SAL i z prefiksem/MDMA wykonaj nacięcie wzdłuż mostka około 10 -12 cm, a następnie odsłoń koniec mostka.
    6. Przytrzymaj koniec mostka hemostatem i przetnij przeponę bocznie po obu stronach ostrymi nożyczkami, a następnie przetnij w górę przez żebra i równolegle do płuc.
    7. Jedną ręką przytrzymaj brzuszny koniec serca małymi kleszczami. Drugą ręką przekłuć lewą komorę igłą strzykawkową 18 G (należy zauważyć, że strona adaptera igły jest połączona silikonowym wężem w kształcie litery Y z lodowatymi pojemnikami SAL i paraformaldehydowymi oraz pompami perystaltycznymi).
    8. Włączyć pompę SAL na średnim poziomie natężenia przepływu (~5 ml/min) i przekłuć prawy przedsionek kleszkami, aby umożliwić ucieczkę z krążenia powrotnego. Utrzymuj perfuzję SAL przez 30 minut.
    9. Włącz pompę paraformaldehydu na średnim poziomie i pozwól lodowate 4% paraformaldehydowi przenikać zwierzę przez 30 minut.
    10. Wyjmij narzędzie do perfuzji i odetnij głowę zwierzęciu. Wykonaj tylne przednie przecięcie przez linię środkową czaszki, a następnie trzepocz czaszką, aby odsłonić jamę czaszki.
    11. Wyjąć mózg szpatułką z jamy czaszki i umieścić mózg w probówce wirówkowej o pojemności 50 ml zawierającej 25 ml 4% paraformaldehydu. Trzymaj mózg w probówce zawierającej paraformaldehyd w lodówce o temperaturze 4 ºC przez 24 godziny.
    12. Przenieść mózg do probówki wirówkowej o pojemności 50 ml zawierającej 25 ml 30% roztworu sacharozy w temperaturze 4 °C przez 3 dni. Na koniec przechowuj mózg w plastikowych torebkach w temperaturze -80 °C do czasu użycia.
    13. Zamontuj mózg na uchwycie z pożywką do zatapiania i zamroź pożywkę zawierającą mózg w kriostacie w temperaturze -26 ºC. Pokrój świeżo zamrożony mózg na sekcje 20 μm, a mózg z prefiksem paraformaldehydu na sekcje 10 μm. Przenieś przekrój do szkiełka mikroskopowego o temperaturze pokojowej (RT), dotykając szkiełka do sekcji.
    14. Suszyć na powietrzu w temperaturze pokojowej przez 4 godziny. Szkiełka sekcyjne przechowywać w szczelnie zamkniętej torbie w temperaturze -80 °C do czasu użycia.
  2. Odwodnienie
    1. Pobrać szkiełka z zamrażarki o temperaturze -80 °C i przypisać sekcje do jednego z trzech testów: gen receptora serotoniny 5-HT2A (}ht2a), ppiB (gen izomerazy peptydyloprolilu B, kontrola pozytywna) lub dapB (bakteryjny gen reduktazy dihydrodipikolinianowej, kontrola ujemna); Zaznaczaj i oznaczaj sekcje długopisem (nie używaj ołówka). Zanurz szkiełka w 100% alkoholu o temperaturze pokojowej na 5 minut. Suszyć szkiełka przez 5 minut w dygestorium.
  3. Wstępnej obróbki
    1. Odpipetować 20 μl odczynnika Pretreat-1 (inaktywacja fosfatazy alkalicznej) do skrawków na szkiełkach. Umieść szkiełka na szynie stojaka w tacce na wilgoć (należy pamiętać, że taca jest przykryta pokrywką, aby utrzymać wysoką wilgotność, aby zapobiec parowaniu z roztworu reakcyjnego).
    2. Delikatnie potrząsaj tacką na wilgoć na poziomej wytrząsarce na niskich obrotach przez 10 minut. Umyj szkiełka dwukrotnie wodą podwójnie destylowaną (ddH2O) przez 2 minuty. Zanurzyć szkiełko w zlewce o pojemności 200 ml zawierającej 150 ml odczynnika Pretreat-2 (zerwanie wiązań krzyżowych wywołane wiązaniem paraformaldehydu). Gotuj szkiełka w sumie przez 5 minut w temperaturze 100 ºC (odbudowa struktury RNA wywołana ciepłem).
    3. Umyj szkiełka dwukrotnie za pomocą ddH2O przez 2 minuty. Umieść szkiełka w 100% alkoholu na 5 minut. Suszyć szkiełka przez 5 minut w dygestorium. Użyj pisaka hydrofobowego, aby narysować okrąg wokół wybranego obszaru w sekcji tkanki (e.g., struktury niekorowe, w tym wzgórze i podwzgórze, jak opisano na Rysunek 1).
    4. Odpipetować 10 μl odczynnika Pretreat-3 (zwiększa penetrację sondy) do każdego wybranego obszaru i przykryć tackę na wilgoć pokrywką. Umieścić blachę w piecu do hybrydyzacji wyposażonym w wytrząsarkę poziomą i ustawić temperaturę piekarnika na 40 °C; Delikatnie potrząsaj tacką przez 30 minut. Umyj szkiełka dwukrotnie za pomocą ddH2O przez 2 minuty.

2. Hybrydyzacja i amplifikacja

  1. Odpipetuj 10 μl odczynników sondy htr2a, ppiB i dapB na wybranych obszarach. Przykryj tackę na wilgoć pokrywką, aby zapobiec parowaniu odczynnika. Delikatnie potrząśnij wytrząsarką poziomą ustawioną na niską prędkość. Inkubować szkiełka w temperaturze 40 ºC w piecu przez 2 godziny.
  2. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-1 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze 40 ºC przez 30 minut.
  3. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-2 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze 40 ºC przez 15 minut.
  4. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-3 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze 40 ºC przez 30 minut.
  5. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-4 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze 40 ºC przez 15 minut.
  6. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-5 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze RT przez 30 minut.
  7. Szkiełka należy myć dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty. Odpipetować 10 μl odczynnika Amplification-6 na każdy wybrany obszar, wstrząsnąć i inkubować szkiełka w temperaturze pokojowej przez 15 minut. Umyj szkiełka dwukrotnie buforem myjącym przez 2 minuty.

3. Detekcja sygnału

  1. Odpipetować 10 μl odczynnika Red do każdego wybranego obszaru (Należy pamiętać, że odczynnik jest mieszaniną Red-B i Red-A w stosunku 1:60 i należy go natychmiast zużyć). Umieść szkiełko w tacce na wilgoć na wytrząsarce poziomej w temperaturze pokojowej i delikatnie potrząsaj na niskich obrotach przez 10 minut.
  2. Umyj szkiełka dwukrotnie (ddH2O) przez 10 minut. Szkiełka suszyć w temperaturze 60 ºC w piekarniku przez 15 minut. Umieść szkiełka w ksylenie pod wyciągiem na 5 minut. Odpipetować 20 μl podłoża montażowego na bazie ksylenu na każdy wybrany obszar i przykryć szkiełkiem nakrywkowym.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

Tabela 1. Projekt eksperymentalny

ŚwieżePrzedrostek paraformaldehydowya
SALbSALbMDMAc
Sonda docelowa (htr2a)
Sonda dodatnia (ppiB...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

Nie stwierdzono konfliktu interesów.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
Sonda kontroli negatywnej RNAscope-DapBZaawansowana diagnostyka komórkowa, INC310098
Wstępna obróbka RNAscope 4Zaawansowana diagnostyka komórkowa, INC320046
Zestaw odczynników RNAscope 2.0 HD - czerwonyZaawansowana diagnostyka komórkowa, INC310036
Sonda RNAscope - RN-PPIBZaawansowana diagnostyka komórkowa, INC313921
Szczur Htr2aZaawansowana diagnostyka komórkowa, INC300031
KriostatLeicaCM 1850
Wytrząsarka poziomaVWR88032-088
Piec do hybrydyzacjiThermo Fisher Naukowy222000
Szkiełko mikroskopowe Superfrost PlusFisher Naukowy12-550-15
Długopis hydrofobowyWektorH-4000
MikroskopOlimpProvis AX70

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

Obr bka wst pna tkanekhybrydyzacja sondydetekcja enzymatycznareceptor serotoninowysubstraty chromogennekwantyfikacja mikroskopowa

Powiązane artykuły