Barwniki FM są szeroko stosowane do badania funkcji zakończeń nerwowych w wielu preparatach neuronalnych. Wykorzystuje się je głównie do monitorowania zakresu endocytozy pęcherzyków synaptycznych (SV), ich obrotu lub kinetyki egzocytozy6. Opisany protokół rozszerza te badania o analizę różnicowego uwalniania barwnika ze specyficznych pul SV. Pozwala to uzyskać dodatkowe informacje na temat uzupełniania pul SV oraz zakresu ich mobilizacji.
Barwniki FM mogą być wykorzystywane do znakowania wielu cykli recyklingu pęcherzyków synaptycznych (SV) w tych samych zakończeniach nerwowych. Wykorzystaliśmy tę właściwość i opracowaliśmy protokoły, w których obrót SV w każdym zakończeniu może być monitorowany dwukrotnie. Zapewnia to dokładną kontrolę wewnętrzną, która jest niezbędna ze względu na heterogeniczny charakter recyklingu SV w równoległych zakończeniach nerwowych11. Dzięki wykorzystaniu fazy S1 jako kontroli wewnętrznej, ponowne napełnianie RRP, RP oraz całkowitej puli SV w obecności leków może być niezawodnie i bezpośrednio porównywane.
Oprócz dostarczenia informacji o bezwzględnej wielkości pul recyklingu, RRP (pul gotowych do uwolnienia) oraz RP (pul rezerwy) w różnych warunkach stymulacji, protokół ten może dostarczyć również danych dotyczących następujących kwestii: 1) podziału pęcherzyków synaptycznych (SV) pomiędzy RRP i RP w funkcji puli recyklingu dla S1 i S2, 2) względnej wielkości pul S2 (RRP i RP) w funkcji całkowitej puli recyklingu S1 oraz 3) względnej wielkości dowolnej zdefiniowanej puli SV w S2 w funkcji tej samej puli w S1. Niniejszy protokół nie dostarczy jednak informacji na temat kinetyki uwalniania, ponieważ czas akwizycji jest zbyt długi (w przypadku pomiarów kinetycznych czas akwizycji powinien być jak najkrótszy, a uwalnianie automatycznie zsynchronizowane z przechwytywaniem obrazu).
Nasze bodźce o częstotliwości 30 Hz i czasie trwania 2 s wywołują taki sam stopień opróżniania RRP jak sacharoza hipertoniczna8. Ponieważ wielkość RRP jest definiowana przez opróżnianie sacharozą hipertoniczną15, można stwierdzić, że protokół ten opróżnia wszystkie pęcherzyki synaptyczne (SVs) z RRP, co jest zgodne z badaniami przeprowadzonymi na neuronach hipokampa16. Pula rezerwowa zostaje niemal całkowicie wyczerpana przez trzy serie po 400 bodźców (40 Hz, każda po 10 s), ponieważ stymulacja ta uwalnia taką samą ilość barwnika jak paradygmat (2 bodźce z 50 mM KCl), który wyczerpuje 95% wszystkich znakowanych barwnikiem SVs8,17. Dokładna kwantyfikacja wielkości zarówno RRP, jak i puli rezerwowej zależy również od pozyskania informacji w liniowym zakresie dynamicznym kamery CCD.
Ten prosty protokół można dodatkowo modyfikować. Można również zmieniać siłę bodźców obciążających, aby określić, w jaki sposób aktywność neuronalna i różne tryby endocytozy wpływają na uzupełnianie puli SV. Ponadto, w razie potrzeby, można przeprowadzić więcej niż dwa cykle obciążania i rozładowywania. Protokół ten można również stosować w komórkach transfektowanych wektorami do nadekspresji lub wektorami shRNA. Ze względu na niską wydajność transfekcji pierwotnych kultur neuronalnych, białka wykazujące ekspresję muszą być znakowane białkami fluorescencyjnymi. Niezbędne jest, aby znaczniki fluorescencyjne te nie zakłócały sygnału barwnika FM (należy stosować na przykład białka cyjanowe lub czerwone). W takim przypadku, w ramach dodatkowej kontroli, można porównać zakończenia nerwowe komórek transfektowanych i nietransfektowanych w tym samym polu widzenia8. W takich eksperymentach porównanie stopnia obciążenia pomiędzy obciążeniami S1 a S2 ma niewielką wartość, ponieważ zaburzenie występuje podczas obu obciążeń. Niemniej jednak wciąż można wizualizować podział barwnika pomiędzy pule SV8.
Do monitorowania egzocytozy i endocytozy pęcherzyków synaptycznych (SV) w pierwotnych kulturach neuronalnych można wykorzystać reportery genetyczne zwane pHluorinami. Sondy te wykorzystują pH-zależne zielone białko fluorescencyjne do badania środowiska pH domen luminalnych znakowanych białek SV, takich jak VAMP, synaptofizyna i VGLUT118. W połączeniu z inhibitorami ATP-azy pęcherzykowej pHluoriny mogą informować zarówno o kinetyce, jak i stopniu mobilizacji puli SV19. Opisane tutaj podejście oparte na barwnikach FM posiada pewne zalety w stosunku do techniki z użyciem pHluorinów. Po pierwsze, barwniki FM dostarczają informacji o tym, który tryb endocytozy SV uzupełnia pulę natychmiastowo uwalnianą (RRP) oraz pule rezerwową8. Po drugie, konkretne pule SV mogą być znakowane barwnikami FM o różnych właściwościach spektralnych20, a po trzecie, metoda ta nie wymaga transfekcji. Barwniki FM nie mogą jednak dostarczyć informacji o ruchu SV pomiędzy pulą spoczynkową a recyklingową (w przeciwieństwie do pHluorinów19), ponieważ z definicji pęcherzyki SV muszą zostać załadowane barwnikiem podczas endocytozy, aby były widoczne. Zatem zarówno barwniki FM, jak i pHluoriny mają swoje mocne i słabe strony i są najskuteczniejsze, gdy są wykorzystywane w niezależnych eksperymentach w celu odpowiedzi na to samo pytanie.
Obrazy wysokiej jakości są niezbędne dla prawidłowej analizy i powtarzalnych wyników. Podczas gdy dryft poziomy można łatwo skorygować, eksperymenty, w których wystąpił dryft w osi Z, nie mogą zostać odratowane. Z tego powodu ważne jest ponowne ustawienie ostrości obrazów przed rozpoczęciem rozładowania S1 i S2. W przypadkach, gdy nastąpił znaczny spadek fluorescencji, można zastosować korekcję zaniku (zazwyczaj poprzez odjęcie wcześniej zarejestrowanego śladu z komórek obciążonych FM w warunkach braku stymulacji). Sugeruje się jednak, aby korekcję zaniku wykonywać wyłącznie w celu prezentacji graficznej i nie stosować jej do żadnej analizy ilościowej.