1. Przygotowanie roztworu methocelu (500 mL)
- Autoklawować 6 g metylocelulozy w butelce o pojemności 500 ml zawierającej mieszadło magnetyczne.
- Rozpuścić metylocelulozę w 250 ml uprzednio podgrzanego DMEM/F12 bez surowicy (60°C) przez 20 min.
- Dodać 250 ml DMEM/F12 (RT) zawierającego 10% surowicy konia. Mieszać przez noc (4°C).
- Klarować roztwór poprzez wirowanie (5000g, 2h, 4°C).
- Przenieść klarowny, wysokolepki roztwór do nowej probówki (około 90-95% roztworu zapasu).
- Przechowywać w temperaturze 4°C do momentu użycia.
2. Hodowla sferoidów
- Przygotować 20% roztwór methocel (10 ml methocel i 40 ml pożywki wzrostowej).
- Przemyć komórki dwukrotnie PBS, dodać 0,1% trypsyny i inkubować komórki w temperaturze 37 °C
- Resuspendować komórki w pożywce wzrostowej i policzyć komórki.
- Przygotować zawiesinę o stężeniu 10 000 komórek na ml w 20% methocel.
- Dodać zawiesinę komórek do 96-dołkowych płytek do zawiesin z okrągłym dnem (100 μl na dołek).
- Następnego dnia sprawdzić formowanie się sferoidów w płytkach do zawiesin. Sferoidy będą gotowe do użycia po 1-3 dniach.
3. Przygotowanie kolagenu
- Przygotować w lodzie roztwór składający się z 8 ml kolagenu, 1 ml 10x PBS, 1 ml 0,1 N NaOH oraz 3 kropli 0,1 N HCl. Sprawdzić za pomocą pasków wskaźnikowych, czy pH wynosi 7,4. W razie potrzeby skorygować wartość pH.
- Do dołków płytki 96-dołkowej dodać po 50 μl zneutralizowanego roztworu kolagenu.
- Inkubować w temperaturze 37°C do momentu stężenia kolagenu (90 min).
- Przygotować w lodzie roztwory metocel-kolagen-ligand: dla każdego ligandu odpipetować 1 część roztworu kolagenu. Dodać TGF-β w ilości 20 ng na ml kolagenu. Po rozcieńczeniu metocelem i dyfuzji przez poszczególne warstwy, końcowe stężenie TGF-β wyniesie 5 ng/ml. Wymieszać za pomocą wortexa. Dodać 1 część roztworu metocelu. Wymieszać za pomocą wortexa.
4. Osadzanie sferoidów
- Na pipetę 200 μl nałóż końcówkę 200 μl, w której odcięto około 5 mm wierzchołka. Za pomocą pipety pobierz jeden sferoid i ostrożnie odlej medium do pustej płytki. Sprawdź, czy sferoid pozostał wewnątrz końcówki. Sferoid jest widoczny jako biała kropka. Bez zwalniania tłoka pobierz 100 μl mieszaniny kolagenu i metocelu, a następnie przenieś sferoid wraz z mieszaniną kolagenową do studzienki płytki 96-dołkowej powlekonej kolagenem. Powtórz tę czynność dla 12 sferoidów dla każdego wariantu doświadczalnego.
- Pozostaw kolagen do zastygnięcia na co najmniej 30 minut w temperaturze 37°C.
- Usuń pęcherzyki powietrza za pomocą końcówki 200 μl.
- Dodaj 50 μl medium z 1,6 % surowicy oraz inhibitorami rozpuszczonymi w DMSO. W przypadku SB-431542 dodaj 4 μl roztworu zapasu (10 mM) do 1 ml medium. Po dyfuzji końcowe stężenie inhibitora wyniesie 10 μM. TGF-β oraz inhibitory będą obecne przez cały czas trwania eksperymentu. Wykonaj zdjęcia sferoidów pod mikroskopem przy powiększeniu 40X.
- Po 48h stymulacji TGF-β i/lub inhibitorami wykonaj zdjęcia sferoidów pod mikroskopem przy powiększeniu 40X.
- Zmierz pole powierzchni naciekających sferoidów po 2 dniach i odejmij powierzchnię początkową. Pomiar powierzchni sferoidu: Otwórz zdjęcie sferoidu w programie Adobe Photoshop Extended (rycina 2A) i wybierz narzędzie Szybki wybór (Quick Selection tool) (rycina 2B). Wskaźnik myszy zmieni się w okrąg ze znakiem „plus” (+) (rycina 2C). Podczas przesuwania kursora nad sferoidem, program Photoshop rozpozna jego granice. Jeśli zaznaczony zostanie obszar poza sferoidem, można go wykluczyć z zaznaczenia, naciskając klawisz Alt lub używając narzędzia do negatywnego zaznaczania, oznaczonego znakiem (-) na pasku narzędzi. Kursor zmieni się w okrąg ze znakiem „minus” (-) i poprzez przesunięcie go nad błędnie zaznaczonym obszarem, obszar ten zostanie usunięty z zaznaczenia (rycina 2D). W razie potrzeby można zaznaczyć wiele obszarów, naciskając przycisk Shift. Aby pracować dokładniej, można dostosować rozmiar wskaźnika myszy, zmieniając średnicę pędzla na pasku narzędzi (rycina 2E). Po zaznaczeniu całego sferoidu, powierzchnia zaznaczenia jest obliczana poprzez menu ANALIZA-POMIAR (ANALYSIS-MEASURE) lub po naciśnięciu Ctrl + Shift + M (rycina 2F). Pojawi się okno zapisu pomiarów, wyświetlające nazwę pliku i powierzchnię zaznaczenia w pikselach, a także inne dane (rycina 2G). W przypadku pomiaru wielu zaznaczeń, pierwsza linia pokazuje sumę wszystkich powierzchni. Pomiary poszczególnych zaznaczeń są przedstawione w liniach poniżej. Dane ze wszystkich pomiarów można wyeksportować do pliku tekstowego i otworzyć w programie Excel.
5. Reprezentatywne wyniki:
Przykład testu sferoidów z zastosowaniem normalnych komórek nabłonka piersi MCF10A1 (M1), komórek MCF10AneoT (M2) przekształconych przez H-RAS oraz pochodnych od M2 komórek MCF10CA1a (M4) przedstawiono na rysunku 3. Komórki M1 wykazywały jedynie słabą inwazję bez stymulacji, natomiast po stymulacji TGF-β inwazja była znacznie silniejsza. W przeciwieństwie do nich, przekształcona przez RAS pochodna M1, czyli komórki M2, inwadowały już efektywnie bez dodawania bodźców, a efekt ten wzrósł dodatkowo 4-5 krotnie po zastosowaniu TGF-β. Komórki M4 wykazały najsilniejszą inwazję, zarówno z dodatkiem, jak i bez dodatku TGF-β.
Następnie zbadaliśmy, czy możemy zakłócić indukowaną przez TGF-β inwazję w tym modelu sferoidów przy użyciu inhibitorów chemicznych. W tym celu zastosowaliśmy SB-431542, analog ATP i selektywny inhibitor aktywności kinazy TβRI, a także receptora aktywiny typu IB (ActRIB) oraz kinazy podobnej do receptora aktywiny (ALK)712. Zgodnie z oczekiwaniami, SB-431542 silnie hamował indukowaną przez TGF-β inwazję komórek M1, M2 i M4 (Ryc. 4), co wskazuje, że inwazja indukowana przez TGF-β jest zależna od kinazy TβRI. Ponadto silnie zahamowano również podstawową inwazję sferoidów, co sugeruje, że inwazja podstawowa jest również zależna od TGF-β.

Rycina 1. Schemat blokowy testu sferoidów 3D. W pierwszej kolejności komórki są wysiewane w warunkach nieprzylegających w płytkach zawiesinowych o dnie w kształcie litery U. Komórki agregują w wielokomórkowe sferoidy, które mogą zostać zatopione w matrycy kolagenowej. W tej matrycy kolagenowej sferoidy mogą prowadzić inwazję.

Rycina 2. Ilościowe określenie powierzchni sferoidów przy użyciu programu Adobe Photoshop Extended. (A) Otwarcie zdjęcia sferoidu w programie Adobe Photoshop Extended (B) Wybór narzędzia Szybkie zaznaczanie (C) Przeciąganie kursora nad sferoidem w celu zaznaczenia jego powierzchni (D) Usunięcie błędnie włączonego obszaru za pomocą narzędzia Szybkie zaznaczanie w trybie odejmowania (E) Dostosowanie rozmiaru pędzla narzędzia Szybkie zaznaczanie w celu dokładniejszego zaznaczenia obszaru (F) Wybór polecenia pomiaru w celu rejestracji danych (G) Przykład zapisu pomiaru.

Rysunek 3. Inwazja sferoidów spontanicznie unieśmiertelnionych komórek MCF10A1 (M1) (A), przetransformowanych przez RAS komórek MCF10AneoT (M2) (B) oraz ich przerzutowej pochodnej MCF10CA1a (M4) (C) indukowana przez TGF-β. Sferoidy M1, M2 i M4 zatopione w kolagenie traktowano 5ng/ml TGF-β przez 48h zgodnie z oznaczeniem. A-C Reprezentatywne zdjęcia wykonane w dniu zatopienia oraz dwa dni później. D Względną inwazję określono jako różnicę powierzchni w dniu 2. minus dniu 0. Wyniki przedstawiono jako średnia ± s.d. Adaptowano z13.


Rycina 4. Inwazja sferoidów bazalna i indukowana TGF-β jest hamowana przez SB-431542. Sferoidy M1, M2 i M4 osadzono w kolagenie i traktowano 5ng/ml TGF-β oraz/lub 10 μM SB-431542 zgodnie z oznaczeniem. Reprezentatywne zdjęcia wykonane po 2 dniach (A). Względną inwazję określono jako różnicę pól powierzchni w dniu 2. minus dniu 0 (B). Wyniki przedstawiono jako średnia ± s.d. Zaadaptowano z13.