1. Przygotowanie barwnika DiI
- Przygotować roztwór zapasowy DiI (Biotium, Inc., Hayward, CA) o stężeniu 20 mg/mL w DMF. DiI jest światłoczuły, dlatego należy chronić go przed światłem, owijając naczynie folią aluminiową.
- Przygotować roztwór roboczy DiI, dodając 0,6 μL roztworu zapasowego DiI do 399,4 μL M9 dla każdej populacji. Powinno to zapewnić końcowe stężenie robocze 30 μg/mL DiI w M9. Procedurę tę można przeskalować w celu jednoczesnego barwienia wielu populacji. Należy chronić DiI przed światłem, owijając probówkę lub probówki folią aluminiową.
2. Przygotowanie nicieni
- Należy użyć szalki 60 mm zawierającej populację niekontaminowanych nicieni. Zwierzęta z szalki należy wypłukać roztworem 0,5% Triton X-100 w buforze M9, delikatnie mieszając płyn ruchem okrężnym po powierzchni szalki, aby odczepić wszystkie larwy i osobniki dorosłe. Wypłuczyny należy przenieść do sterylnej probówki 1,5 mL.
- Zwierzęta należy natychmiast odwirować przy 2000 rpm przez 30 sec. Należy usunąć i odrzucić jak największą ilość supernatantu, uważając, aby nie zaburzyć osadu zwierząt na dnie probówki.
- Aby zmniejszyć ilość pozostałego Triton X-100, należy wypłukać zwierzęta buforem M9, odwirować i usunąć supernatant. Krok ten należy powtórzyć raz.
- Do probówki należy dodać 400 μL roboczego roztworu DiI w buforze M9 i krótko wymieszać na wirówce vortex, aby resuspenderć zwierzęta w roztworze.
- Probówkę należy inkubować w temperaturze 20°C, potrząsając poziomo przez 3 godziny przy 350 rpm w warunkach ochrony przed światłem. W razie potrzeby zwierzęta można inkubować do 16 godzin w celu barwienia.
- Aby zmniejszyć ilość niezwiązanego barwnika, należy odwirować zwierzęta przy 2000 rpm przez 20 sec. Należy usunąć i odrzucić jak największą ilość supernatantu, nie zaburzając osadu zwierząt.
- Zwierzęta należy resuspenderć w 400 μL buforu M9 i wylać płyn na wolną od bakterii część szalki z agarem NGM zaszczepionej E. coli OP50. Należy pozwolić zwierzętom na regenerację przez co najmniej 30 minut. W czasie regeneracji zwierzęta powinny oddalić się od płynu barwiącego DiI i przejść na pożywkę. Krok ten redukuje fluorescencję tła pochodzącą od wolnego DiI.
3. Montowanie i obserwacja preparatów
- Rozpuścić 4% agar w wodzie, używając autoklawu lub kuchenki mikrofalowej.
- Przygotować wielorazowe dystanse, które zapewnią jednorodną grubość podkładki agarowej, nakładając dwie warstwy taśmy laboratoryjnej na szkiełko przedmiotowe. Przygotować łącznie dwa takie szkiełka z dystansami.
- Umieścić czyste szkiełko przedmiotowe pomiędzy dwoma szkiełkami z dystansami. Nanieść pipetą około 150 μL (cztery krople) roztopionego 4% agaru na środek czystego szkiełka. Szybko przykryć roztopiony agar dodatkowym szkiełkiem, aby utworzyć podkładkę agarową. Ostrożnie zdjąć szkiełko przykrywowe, dbając o to, by podkładka pozostała wycentrowana na górnej powierzchni szkiełka montażowego.
- Nanieść pipetą około 5 μL środka znieczulającego dla nicieni (na przykład lewamisol w stężeniu 100 μM – 1 mM) na podkładkę.
- Umieścić 8 – 12 zwierząt w środku znieczulającym i przykryć szkiełkiem cover slip.
- Obserwować zwierzęta przy użyciu mikroskopu złożonego lub konfokalnego wyposażonego w obiektyw o powiększeniu co najmniej 40x oraz filtr DSRed/TRITC (lub inny kompatybilny). Maksimum wzbudzenia fluorescencji DiI wynosi 549 nm, a maksimum emisji dla związanego barwnika wynosi 565 nm (Biotium, Inc., Hayward, CA).
4. Reprezentatywne wyniki
DiI barwi kutykulę dzikich oraz zmutowanych C. elegans. Powierzchnia kutykuli zawiera pierścienie oddzielone bruzdami obwodowymi, a w niektórych stadiach grzbietami podłużnymi zwanymi alae. Każde stadium rozwojowe posiada struktury kutykularne o odmiennym składzie2. Grbiety lub bruzdy zarówno alae, jak i pierścieni barwią się fluorescencyjnie, w zależności od składu powierzchni, przez wszystkie stadia larwalne i dorosłe i pozostają widoczne do jednego dnia po regeneracji przy użyciu tej metody. Czasami obserwuje się fluorescencyjne plamki w tle (Rycina 2F, G), lecz nie dzieje się to rutynowo (Rycina 1, Rycina 2A-E, H, I). Wszystkie obrazy zostały wykonane za pomocą konfokalnego mikroskopu z dyskiem obrotowym lub, gdzie zaznaczono, szerokopolowego (wf) mikroskopu złożonego.

Rycina 1. DiI barwi kutykulę oraz neurony eksponowane na środowisko. Zwierzę w stadium L2. Powiększenie 630x. Części obrazu mozaikowego zostały zarejestrowane przy użyciu oprogramowania iVision-Mac (BioVision Technologies, Exton, PA). Obrazy połączono w programie Adobe Photoshop CS3 (Adobe Systems, Inc., San Jose, CA). Pasek skali = 10 μm. DiI barwi również fluorescencyjnie neurony sensoryczne amfid i fazmid odpowiednio w głowie i ogonie (strzałki zaznaczają niektóre z nich).

Rycina 2. DiI fluorescencyjnie barwi kutykulę C. elegans na wszystkich etapach rozwoju pozazarodkowego. Powiększenie 630x. Pasek skali = 10 μm. Barwienie zwierząt typu dzikiego w stadiach A) L1; B) L2; C) dauer; D) L3; E) L4; oraz F) dorosłych. Alae oraz grzebienie pierścieniowate są zabarwione fluorescencyjnie u zwierząt w stadium L1 i dauer (A, C). DiI barwi grzebienie pierścieniowate u zwierząt w stadium L2 (B). Rowki pierścieniowate są zabarwione u zwierząt w stadiach L3 i L4 (D, E). Rowki alae i pierścieni są zabarwione u zwierząt dorosłych (F-H). Alae składają się z dwóch, pięciu lub trzech grzebieni (odpowiednio u zwierząt w stadium L1, dauer lub dorosłych), które biegną wzdłuż ciała zwierzęcia (strzałki)16. Pierścienie tworzą obwodowe grzebienie wokół zwierzęcia (groty strzałek, F i J). Kutykula dorosłych zwierząt mutantów wykazuje umiarkowane defekty organizacji kutykularnej (G-H). G) Grzebienie alae są nieciągłe (wf). H) Nadliczbowe grzebienie alae są zrośnięte i rozgałęzione lub dwudzielne (wf). Mutanty genów kolagenu wykazują defekty organizacji alae i pierścieni (I-J). I) U zwierząt transgenicznych nadekspresujących pRF4 (rol-6(su1006)) grzebienie alae przebiegają pod kątem do długości ciała zwierzęcia. J) Pierścienie u zwierząt transgenicznych nadekspresujących pRF4 (rol-6(su1006)) wykazują nieregularny wzór.

Rycina 3. Zewnętrzne struktury morfologiczne wybarwione barwnikiem DiI. Powiększenie 630x. Paski skali = 10 μm. DiI uwidacznia również inne cechy zewnętrzne, w tym A) srom vulva dorosłego hermafrodyty, B) promienie i wachlarz ogona dorosłego samca oraz C) kolec ogona hermafrodyty (rozwidlony w tym tle mutacyjnym).

Rycina 4. Kutykula barwi się DiI dłużej niż neurony eksponowane na środowisko zewnętrzne. Powiększenie 630x. Pasek skali = 10 μm. Po dwóch godzinach barwienia neurony sensoryczne amfidu (nie pokazano) i fazmidu (strzałki) są odpowiednio zabarwione. W przeciwieństwie do nich, kutykula młodszych osobników jest zabarwiona tylko częściowo, w formie plam (grot strzałki).
| Płukanie | Roztwór barwiący (+ DiI) | Czas inkubacji | Kutikula zabarwiona |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | M9 + 0.5% Triton X-100 | 2 hrs | nie |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | M9 + 0.5% Triton X-100 | 3 hrs | nie |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | M9 | 2 hrs | częściowo |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | M9 | 3 hrs | tak |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | H20 | 2 hrs | częściowo |
| M9 + 0.5% Triton X-100 | H20 | 3 hrs | tak |
Tabela 1. Barwienie kutykuli w różnych warunkach. Przetestowano różne roztwory i czasy inkubacji w celu optymalizacji barwienia kutykuli u zwierząt. H20, sterylna woda destylowana. Barwienie częściowe oznacza niejednorodne barwienie kutykuli larwalnej (Rycina 4), podczas gdy kutykula osobników dorosłych barwi się konsekwentnie.