Opracowano protokół pozwalający przezwyciężyć trudności w izolowaniu i charakteryzowaniu rzadkich limfocytów T specyficznych dla patogenów wywołujących zakażenia miejscowe, takich jak wirus brodawczaka ludzkiego (HPV). Etapy procedury obejmują identyfikację regionu lub regionów białek HPV zawierających epitopy dla limfocytów T u badanego, selekcję limfocytów T specyficznych dla peptydów na podstawie sekrecji interferonu-γ (IFN-γ) oraz hodowlę i charakteryzację klonów limfocytów T (Rys. 1). Osoba 1 była pacjentką, u której niedawno w biopsji zdiagnozowano wysokostopniową dysplazję wewnątrznabłonkowa łуskawkową i która w dniu pobrania limfocytów T poddała się zabiegowi pętlowej ekscyzji elektrycznej w ramach leczenia1. Region w białkach E6 i E7 wirusa brodawczaka ludzkiego typu 16 (HPV 16) zawierający epitop dla limfocytów T zidentyfikowano za pomocą testu immunospot (ELISPOT) dla IFN-γ, przeprowadzonego z użyciem nakładających się peptydów syntetycznych (Rys. 2). Dane z tego testu posłużyły nie tylko do identyfikacji regionu zawierającego epitop dla limfocytów T, ale także do oszacowania liczby specyficznych dla epitopu limfocytów T i ich izolacji na podstawie sekrecji IFN-γ przy użyciu dostępnych komercyjnie kulek magnetycznych (zestaw do izolacji limfocytów T CD8, Miltenyi Biotec, Auburn CA). Wyselekcjonowane limfocyty T wydzielające IFN-γ rozcieńczono i hodowano pojedynczo w obecności mieszaniny napromieniowanych komórek zasilających (feeder cells), aby wspomóc wzrost pojedynczego limfocytu T na dołek. Klony limfocytów T przesiewano za pomocą testu IFN-γ ELISPOT w obecności peptydów pokrywających zidentyfikowany region oraz autologicznych limfoblastoidalnych komórek B (LCL) transformowanych wirusem Epsteina-Barr (LCL, uzyskanych zgodnie z opisem Walls i Crawforda)2, aby zminimalizować liczbę potrzebnych komórek klonalnych limfocytów T. Zamiast stosować 1 x 105 komórek na dołek, co jest typowe dla testów ELISPOT1,3, zastosowano 1 000 komórek klonalnych limfocytów T w obecności 1 x 105 autologicznych LCL, co drastycznie zmniejszyło liczbę wymaganych komórek klonalnych. Autologiczne LCL służyły nie tylko do prezentacji antygenów peptydowych komórkom klonalnym limfocytów T, ale także do utrzymania wysokiej gęstości komórek w dołkach, co umożliwiło specyficznym dla epitopu klonalnym limfocytom T sekrecję IFN-γ. Zapewnia to pomyślne przeprowadzenie testu IFN-γ ELISPOT. Podobnie testy IFN-γ ELISPOT wykorzystano do scharakteryzowania minimalnej i optymalnej sekwencji aminokwasowej epitopu limfocytów T CD8 (HPV 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) oraz jego elementu restrykcyjnego HLA klasy I (B58). Test IFN-γ ELISPOT przeprowadzono również z użyciem autologicznych LCL zainfekowanych wirusem ospy krowiej (vaccinia virus) ekspresującym białko E6 lub E7 HPV 16. Wynik wykazał, że epitop limfocytów T E6 był przetwarzany endogennie. Wykazano również krzyżowe rozpoznawanie homologicznego epitopu limfocytów T innych typów HPV wysokiego ryzyka. Metoda ta może być również stosowana do opisu epitopów limfocytów T CD44.