1. Przygotowanie digitoniny
- Do probówki do mikrocentryfugi dodać 500 μL 100% etanolu i umieścić ją w bloku grzejnym ustawionym na 80 °C na 10 min.
- Rozpuścić 2,5 mg digitoniny w 250 μL podgrzanego etanolu, aby przygotować 1% roztwór zapasowy digitoniny.
- Aby przygotować roztwór roboczy digitoniny o stężeniu 0,04%, dodać 40 μL roztworu zapasowego digitoniny do 960 μL buforu HCN (50 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 10 mM N-ethylmaleimide oraz koktajl inhibitorów proteaz).
2. Intoksykacja i permeabilizacja komórek
Naszą analizę translokacji można zastosować do szeregu toksyn i linii komórkowych. Poniżej przedstawiamy szczegółowy protokół wykrywania toksyny cholery (CT). Przegląd procedury przedstawiono na Rysunku 1.
- Komórki HeLa wysiewać do płytek 6-dołkowych zawierających 1 mL DMEM uzupełnionego o 10% płodowej surowicy bydlęcej oraz antybiotyk-antymykotyk, aby po inkubacji nocnej w 37 °C uzyskać gęstość 1x106 komórek/dołek. Aby uzyskać wystarczającą ilość toksyny cytozolowej do powtarzalnej detekcji, dla każdego warunku wymagane są trzy powtórzenia w osobnych dołkach.
- Po inkubacji nocnej zastąpić pożywkę hodowlaną 1 mL DMEM zawierającego 100 ng/mL gangliozydy GM1. Zwiększa to liczbę miejsc wiązania dla CT, ponieważ receptor GM1 dla CT wbuduje się w błonę plazmatyczną komórek eksponowanych na roztwór GM1.
- Po 1 h inkubacji w 37 °C usunąć pożywkę zawierającą GM1 i dwukrotnie przemyć komórki DMEM. Następnie inkubować komórki w 4 °C przez 30 min w 1 mL DMEM zawierającego 1 μg/mL CT.
- Usunąć pożywkę zawierającą toksynę, dwukrotnie przemyć komórki DMEM i inkubować je w 1 mL DMEM w 37 °C przez wybrany odstęp lub odstępy czasu.
- Po każdym okresie pogoni (chase period) przemyć komórki PBS i inkubować każdą dołkę z 250 μL 0,5 mM EDTA w PBS. Pozostawić komórki na 10 min w temperaturze pokojowej, a następnie zebrać je z płytki 6-dołkowej poprzez energiczne triturację za pomocą pipety p1000. Po zebraniu komórek z jednej dołki, połączyć je z komórkami z drugiej, a następnie z trzeciej dołki z tego samego warunku. Do zbierania komórek można również użyć skrobaczek do komórek.
- Połączoną zawiesinę komórkową z trzech powtórzeń (całkowita objętość 750 μL) przenieść do jednej probówki do mikrowirowania i wirować w mikrowirowarce stołowej przez 5 min przy 5,000 x g. Dla wszystkich warunków powinny zostać uzyskane osady komórkowe o zbliżonej wielkości.
- Odlać nadsącz i zawiesić osad komórkowy w 100 μL 0,04% roztworu roboczego digitoniny. Umieścić zawiesinę komórkową na lodzie na 10 min.
- Wirować komórki permeabilizowane digitoniną przy 16,000 x g przez 10 min w mikrowirowarce stołowej. Przenieść frakcję nadsączu zawierającą cytozol do nowej probówki do mikrowirowania, a frakcję osadu zawierającą organelle zachować.
3. Przygotowanie próbek
- Frakcje nadsączu zawierające cytozol rozcieńza się w buforze HCN do końcowej objętości 1 mL. Objętości próbek wynoszące co najmniej 1 mL są niezbędne, aby zapewnić usunięcie powietrza z pętli próbkowej o pojemności 500 μL przed wtryskiem.
- Frakcje osadu zawierające organelle resuspensuje się w 1 mL buforu HCN zawierającego 1% Triton X-100. Dodanie detergentu jest niezbędne do uwolnienia puli toksyny zamkniętej w błonach.
- Standardy toksyny o stężeniach 100, 10, 1 i 0,1 ng/mL przygotowuje się w buforze HCN.
- Równoległe zestawy frakcji cytozolowych i organellowych przygotowuje się do eksperymentu kontrolnego w celu potwierdzenia rzetelności procedury frakcjonowania. Frakcje uzyskane zgodnie z opisem w sekcji 2 resuspensuje się w 20 μL 4x buforu do próbek (frakcja cytozolowa) lub 120 μL 1x buforu do próbek (frakcja organellowa). Równe objętości każdej frakcji rozdziela się za pomocą elektroforezy w żelu poliakryloamidowym z dodecylosiarczanem sodu i analizuje metodą Western blot, aby wykazać podział białka cytozolowego do frakcji nadsączu oraz rozpuszczalnego, rezydentnego białka ER do frakcji osadu16-19.
4. Przygotowanie płytki SPR
- Do eksperymentów SPR wykorzystuje się refraktometr SPR Reichert SR7000.
- W instrumentach SPR umieszcza się szklaną płytkę pozłacaną z samoorganizującą się monowarstwą. Aby aktywować płytkę sensoryczną, należy przepływać nad nią roztwór 0,4 M EDC i 0,1 M NHS w stosunku 1:1 (v:v) przez 10 min przy szybkości przepływu 41 μL/min. Wszystkie kolejne etapy perfuzji będą odbywać się przy tej samej szybkości przepływu.
- Aby usunąć bufor aktywacyjny EDC:NHS, płytkę przemywa się przez 5 min roztworem PBS zawierającym 0,05% Tween 20 (PBST). Na płytce znajdują się teraz reaktywne wiązania amidowe powstałe w wyniku odblokowania przez roztwór EDC:NHS.
- Nad aktywowaną płytkę sensoryczną przepływa przeciwciało anty-CTA w rozcieńczeniu 1:20 000 w 20 mM octanie sodu (pH 5,5) przez 15 min. Początkowo zaobserwowany zostanie spadek jednostki współczynnika załamania światła (RIU) wynikający ze zmiany pH. Następnie nastąpi wzrost RIU w miarę wiązania przeciwciał przez reaktywne wiązania amidowe na płytce sensorycznej.
- Niezwiązane przeciwciała usuwa się z płytki sensorycznej poprzez 5-minutowe płukanie w PBST. Sygnał RIU generowany przez związane przeciwciała osiągnie plateau i ustabilizuje się, tworząc nową linię bazową.
- Nad płytkę sensoryczną przepływa 1 M etanolaminę (pH 8,5) przez 5 min. Pozwala to na zablokowanie i inaktywację wszystkich pozostałych na płytce sensorycznej niezwiązanych wiązań.
5. Analiza próbek metodą SPR
- Aby ustalić odczyt bazowy, przepłucz sensor pokryty przeciwciałem roztworem PBST przez 5 min.
- Przepłucz sensor próbką eksperymentalną lub wzorcem toksyny przez 300 sec. Usuń ligand z buforu i przepłucz sensor roztworem PBST przez kolejne 200 sec.
- Po każdym przepłukaniu związaną toksynę usuwa się z sensora poprzez 100 sec płukania roztworem PBST o pH 5.0. Przywróci to sygnał do początkowego odczytu bazowego, co pozwoli na analizę kolejnej próbki na tym samym sensorze.
- Przed załadowaniem nowej próbki przepchnij niewielką ilość powietrza przez pętlę próbkową, aby usunąć pozostałości cieczy z poprzedniej próbki. Stosując procedurę opisaną w punktach 5.2-5.4, przeanalizowano do 12 próbek na jednym slajdzie bez znaczącej utraty sygnału bazowego.
- Analizę danych przeprowadzono za pomocą oprogramowania Scrubber 2, a do przygotowania rycin wykorzystano oprogramowanie Igor.
6. Reprezentatywne wyniki
Toksyna krztuśca (PT) jest toksyną typu AB, która przemieszcza się z powierzchni komórki do ER, zanim jej łańcuch A (PTS1) przedostanie się do cytozolu3, 12. Jak pokazano na Rysunku 2, nasz test translokacji oparty na SPR pozwolił wykryć PTS1 w cytozolu zaintoksykowanych komórek CHO. W cytozolu komórek niepoddanych działaniu toksyny nie odnotowano sygnału, co potwierdziło, że przeciwciało anty-PTS1 nie wykazuje reakcji krzyżowej z komponentami cytozolu gospodarza. Frakcja cytozolowa z komórek zaintoksykowanych w obecności brefeldyny A (BfA) również nie wygenerowała sygnału dodatniego. BfA zapobiega transportowi toksyny do miejsca translokacji w ER6-8, 12, 20-25, a tym samym uniemożliwia dostarczenie łańcucha A do cytozolu. Na koniec każdego pomiaru związana toksyna jest usuwana z płytki sensora. Pozwoliło to na przebadanie wielu próbek na jednej płytce sensora, zapewniając tym samym bezpośrednie porównanie wyników uzyskanych w różnych warunkach doświadczalnych.
CT jest kolejną toksyną typu AB, która translokuje do ER4. Na rysunku 3A w frakcji cytozolowej z komórek HeLa traktowanych CT wykryto CTA1. Podkreśla to, że nasza metodologia działa w przypadku wielu typów komórek i może być zastosowana do każdej toksyny, dla której dostępne jest przeciwciało przeciwko łańcuchowi A. Nie wykryto sygnału, gdy frakcja cytozolowa z komórek traktowanych CT była przepuszczana przez sensor SPR pokryty przeciwciałem przeciwko CTB (rys. 3B), co dowodzi, że do cytozolu wnika podjednostka CTA1, a nie wiążący się z komórką pentamer CTB. Rysunek 3C pokazuje, że sygnał z frakcji organelli wykracza poza skalę w porównaniu z wyraźnie słabszym sygnałem z frakcji cytozolowej. Jest to zgodne ze znaną niską wydajnością transportu CT do miejsca translokacji w ER6, 7, co z kolei ogranicza ilość toksyny, która może dotrzeć do cytozolu. Co więcej, frakcja organelli zawiera holotoksynę CT oraz CTA1 zlokalizowaną w ER, zatem wynikowy sygnał SPR dla frakcji organelli jest zawyżony ze względu na dodatkową masę pentameru CTB związanego z holotoksyną. W związku z tym nie jest praktyczne przedstawianie danych z frakcji organelli i cytozolowej na tym samym sensorgramie.
Nasz test pozwala na monitorowanie zależnego od czasu gromadzenia się translokowanej toksyny w cytozolu (Rys. 4). Komórki poddano działaniu CT w temperaturze 4 °C, która umożliwia wiązanie toksyny z błoną plazmatyczną, ale zapobiega internalizacji toksyny związanej z komórką. Po usunięciu niezwiązanej toksyny komórki ogrzano do 37 °C. W tej temperaturze może następować zarówno transport toksyny do ER, jak i translokacja łańcucha A do cytozolu. W cytozolu nie wykryto toksyny 15 minut po ogrzaniu do 37 °C. Odzwierciedlało to czas opóźnienia potrzebny na (i) transport holotoksyny do ER; (ii) dysocjację podjednostek A/B w ER; oraz (iii) eksport łańcucha A do cytozolu. Niewielką pulę toksyny cytozolowej wykryto po 30 minutach w 37 °C, a progresywnie większe ilości toksyny cytozolowej po interwałach pogoni wynoszących 45 i 60 minut. Jeszcze wyższe poziomy toksyny cytozolowej odnotowano po 5-godzinnym interwale pogoni17, co dowodzi ciągłego, długotrwałego dostarczania związanej z komórką toksyny do cytozolu gospodarza.
Nasz test może również wykrywać inhibicję translokacji toksyny do cytosolu (Rys. 5). Komórki traktowane 10% dimetylosulfotlenkiem (DMSO), chaperonem chemicznym zapobiegającym termicznemu rozfałdowaniu wyizolowanej podjednostki CTA1 (T. Banerjee i K. Teter, niepublikowane obserwacje), wykazywały niski poziom CTA1 w cytosolu w porównaniu z nieleczonymi komórkami kontrolnymi. Rozfałdowanie łańcucha A toksyny jest warunkiem koniecznym dla translokacji do cytosolu16-18, zatem indukcyjna stabilizacja CTA1 przez DMSO zapobiegła jego przemieszczaniu się z ER do cytosolu.
Stała szybkości asocjacji (ka) obliczona z eksperymentów SPR jest wprost proporcjonalna do stężenia ligandu w buforze perfuzyjnym14, 15, 26. Zatem możliwe jest określenie stężenia toksyny cytozolowej na podstawie wykresu przedstawiającego wartości ka dla wzorców toksyny w funkcji stężenia toksyny. Procedura ta została wykorzystana do ilościowego określenia blokady translokacji toksyny indukowanej przez DMSO przedstawionej na rysunku 5: krzywa wzorcowa wygenerowana z znanych stężeń toksyny posłużyła do obliczenia cytozolowego stężenia CTA1 wynoszącego 0,3 ng/mL dla komórek nieleczonych i 0,1 ng/mL dla komórek traktowanych DMSO (Rys. 6). Hamowanie rozfałdowania CTA1 przez DMSO spowodowało zatem 3-krotny spadek translokacji CTA1 z ER do cytozolu.

Rysunek 1. Przegląd protokołu. (A) Komórki inkubuje się z toksyną AB w temperaturze 4 °C, która umożliwia wiązanie toksyny z powierzchnią komórki, ale zapobiega jej endocytozie. Podjednostki A i B toksyny przedstawiono odpowiednio czerwonymi i niebieskimi kółkami. (B) Niewiązaną toksynę usuwa się z medium, a komórki ogrzewa się do 37 °C, aby promować endocytozę i transport retrogradny holotoksyny do ER. Dysocjacja holotoksyny zachodzi w ER, co pozwala wyizolowanemu łańcuchowi A przedostać się do cytosolu poprzez kanał(y) białkowe w błonie ER. (C) Komórki traktuje się digitoniną w celu selektywnej permeabilizacji błony plazmatycznej. (D) Wirowanie stosuje się do rozdzielenia komórek na osobne frakcje cytosolowe i organellowe. Cytosol jest wyciskany z komórki przez pory utworzone przez digitoninę i znajduje się w supernatancie. Nienaruszone, związane błoną organelle znajdują się we frakcji osadu. (E) Aby wykryć przetransportowaną pulę łańcucha A toksyny w cytosolu gospodarza, frakcję supernatantu przepuszcza się nad sensorem SPR pokrytym przeciwciałem przeciwko łańcuchowi A.

Rysunek 2. Detekcja translokacji PTS1 do cytozolu gospodarza. Komórki CHO poddano znakowaniu impulsowemu w 4 °C przez 30 min przy użyciu 1 μg/mL PT. Następnie komórki inkubowano przez 3 hr w 37 °C w medium wolnym od toksyny bez dodatków (intoxicated) lub z dodatkiem 5 μg BfA/mL (+BfA intoxicated). Do rozdzielenia ekstraktów komórkowych na oddzielne frakcje organelli i cytozolu wykorzystano permeabilizację błony plazmatycznej za pomocą digitoniny. Do detekcji puli cytozolowej PTS1 z komórek nieleczonych lub traktowanych BfA użyto sensora SPR pokrytego przeciwciałem anty-PTS1. Standardy PTS1 przepuszczano przez sensor jako kontrole pozytywne, natomiast frakcję cytozolową z komórek niezatrutych przepuszczano przez płytkę sensora jako kontrolę negatywną. Po każdym pomiarze związany materiał próbkowy usuwano z płytki sensora.

Rysunek 3. Detekcja translokacji CTA1 do cytozolu gospodarza. Komórki HeLa poddane znakowaniu impulsowemu w 4 °C z użyciem 1 μg/mL CT inkubowano przez 2 hr w 37 °C w medium wolnym od toksyny bez dodatków (intoxicated) lub z dodatkiem 5 μg BfA/mL (+BfA intoxicated). Do rozdziału ekstraktów komórkowych na oddzielne frakcje organelli i cytozolu wykorzystano permeabilizację błony plazmatycznej przy użyciu digitoniny. (A) Frakcje cytozolowe przepuszczano przez sensor SPR pokryty przeciwciałem anty-CTA. Znane ilości CTA posłużyły jako kontrole pozytywne, natomiast cytozol z komórek niepoddanych działaniu toksyny posłużył jako kontrola negatywna. (B) Frakcję cytozolową z komórek poddanych działaniu toksyny w obecności BfA przepuszczano przez sensor SPR pokryty przeciwciałem anty-CTB. Jako kontrolę pozytywną przez płytkę przepuszczano oczyszczony pentamer CTB. (C) Frakcję organelli solubilizowano w 1% Triton X-100 przed przepuszczeniem przez sensor SPR pokryty przeciwciałem anty-CTA. W celu porównania przez sensor przepuszczano również frakcję cytozolową (objętość końcowa 1 mL) z tego samego ekstraktu komórkowego oraz standard CTA. We wszystkich panelach związaną próbkę usuwano z sensora na koniec każdego cyklu pomiarowego.

Rycina 4. Kinetyka wnikania CTA1 do cytozolu. Komórki HeLa poddane znakowaniu pulsacyjnemu w 4 °C przy użyciu 1 μg/mL CT inkubowano przez 15, 30, 45 lub 60 min w 37 °C w medium wolnym od toksyny. W celu wykrycia translokowanej puli toksyny, frakcje cytozolowe z komórek permeabilizowanych digitoniną przepuszczano przez sensor SPR pokryty przeciwciałem anty-CTA. Przez sensor przepuszczano również standardy CTA. Po każdym pomiarze związana próbka była usuwana z płytki sensora.

Rycina 5. Hamowanie translokacji CTA1 przez DMSO. Komórki HeLa poddane pulsowemu znakowaniu w 4 °C przy użyciu 1 μg/mL CT inkubowano przez 2 hr w 37 °C w medium wolnym od toksyny, bez dodatków (zainfekowane) lub z dodatkiem 10% DMSO (+DMSO zainfekowane). Aby wykryć pulę przelokalizowanej toksyny, frakcje cytozolowe z komórek permeabilizowanych digitoniną przepuszczano nad sensorem SPR pokrytym przeciwciałami anty-CTA. Standardy CTA (100, 10, 1 oraz 0,1 ng/mL) przepuszczano nad sensorem jako kontrole pozytywne; w celu przeskalowania przedstawiono jedynie standardy 1 i 0,1 ng/mL. Cytozol z komórek niezatrutych posłużył jako kontrola negatywna. Na koniec każdego pomiaru związana próbka była usuwana z płytki sensora.

Rysunek 6. Obliczenie ilości CTA1 w cytozolu. Wartości ka dla standardów CTA z Rysunku 5 przedstawiono w funkcji stężenia toksyny. Otrzymaną krzywą wzorcową wykorzystano do wyznaczenia, na podstawie wartości ka próbek eksperymentalnych z Rysunku 5, stężenia CTA1 w cytozolu komórek nieleczonych oraz leczonych DMSO. Standardy toksyny przedstawiono jako wypełnione koła; cytozol nieleczony jako pusty kwadrat, a cytozol leczony DMSO jako puste koło. Przedstawiono średnie ± zakresy z dwóch niezależnych eksperymentów.