1. Przygotowanie próbek
- Zbiór owoców w pożądanym stadium dojrzałości. Płukanie wodą z kranu w celu usunięcia zanieczyszczeń i kurzu.
- Wybór owoców do analizy na podstawie braku wad zewnętrznych i wewnętrznych oraz jednorodności rozmiaru.
- Przecięcie owoców wzdłuż na ćwiartki do wykorzystania w pobieraniu związków lotnych. W razie potrzeby usunięcie skórki, nasion, tkanki wnętrza nasion lub pestki. Dobór tkanki owocowej musi być spójny w całym eksperymencie i uwzględniać zmienność wewnątrz jednego owocu (tzn. pobranie próbek w równych częściach z okolic równika, kwiatu i szypułki).
- Połączenie wybranej tkanki owocowej, wymieszanie jej w celu randomizacji, a następnie odważenie 200 g do blendera.
- Dodanie 200 mL nasyconego roztworu CaCl2 (372,5 g w 20 °C w 500 mL wody dejonizowanej) oraz 50 μL 100 mM roztworu izowaleronianu 2-metylobutylu w metanolu. CaCl2 ma służyć jako inhibitor aktywności enzymatycznej, która może wystąpić po pocięciu i homogenizacji miąższu owoców. Izowaleronian 2-metylobutylu jest dodawany jako standard wewnętrzny w celu monitorowania ewentualnych strat związków lotnych podczas procesu homogenizacji.
- Homogenizacja mieszaniny w blenderze laboratoryjnym (Waring, USA) przez 30 sekund przy 18 000 rpm, a następnie natychmiastowe przelanie do szklanej butelki i zamknięcie pokrywką z Teflonu. Przechowywanie homogenatu w butelce w temperaturze pokojowej do czasu przygotowania wszystkich próbek.
- Po przelaniu homogenatu do butelki należy odczekać 10 minut, aby piana oddzieliła się od cieczy, a następnie pipetować aliquoty 5 mL cieczy, bez piany, do 20 mL szklanych fiolek bursztynowych i zamknąć fiolki stalowymi zakrętkami z septami teflonowo-silikonowymi. Procedura ta jest odpowiednia dla przygotowania homogenatu z melona i gruszki. W przypadku użycia innych owoców do analizy może być wymagany etap wirowania. W takim przypadku należy usunąć pianę, a następnie odwirować ciecz, aby osadzić cząstki, które mogłyby zablokować pipetę. Należy przygotować co najmniej trzy fiolki na próbkę, które posłużą jako powtórzenia techniczne.
- Na tym etapie próbki można analizować natychmiast lub zamrozić błyskawicznie w ciekłym azocie i przechowywać w temperaturze ultra-niskiej (-80 °C) do późniejszej analizy.
- W przypadku próbek mrożonych, w dniu analizy należy wyjąć próbki z zamrażarki i pozostawić je do rozmrożenia przez jedną godzinę w temperaturze pokojowej. Po rozmrożeniu i przed analizą należy wymienić zakrętkę fiolki na nową z czystym i suchym septem. Jeśli septum nie zostanie wymienione, woda skroplona na septum podczas rozmrażania może zostać zassana do instrumentu i go uszkodzić.
2. Konfiguracja układu chromatografii gazowej z detekcją fal powierzchniowych (GC-SAW) i pozyskiwanie danych
- Wczytaj odpowiednią metodę analizy do urządzenia zNose.
Do analizy profilu lotnych związków bogatych w estry w melonach, parametry w oprogramowaniu MicroSense wersja 5.44.22 (Newbury Park, CA, USA) są następujące: zasysanie przestrzeni nadpróbkowej do wlotu przez 20 sekund z przepływem 30 mL min-1 za pomocą pompy; temperatura wlotu 200 °C; temperatura pułapki Tenax 225 °C; szybkość przepływu gazu nośnego (hel czystości 99,999%) 2,9 mL min-1; program temperatury kolumny (kolumna DB-5, 1 m × 0,25mm I.D.× 0,25 μm grubości warstwy) od 45 °C do 180 °C z szybkością 10 °C sec-1; temperatura sensora 40 °C; zawór 165 °C. Całkowity czas analizy wynosi 1 minutę na próbkę.
- Podłącz igłę ze stali nierdzewnej z końcówką niepowcinową do wlotu zNose i kilkukrotnie przedmuchaj system powietrzem otoczenia, aż linia bazowa stanie się stabilna, a wykryte piki nie będą przekraczać 200 Counts (Ct).
- Przeprowadź strojenie instrumentu za pomocą roztworu alkanów o łańcuchu prostym (C6-C14). Wynik strojenia jest wykorzystywany przez oprogramowanie instrumentu do przeliczenia czasu retencji eluowanych pików z jednostek czasu na jednostki Indeksu Kovatsa (KI). W konsekwencji, po zestrojeniu systemu, czasy retencji są raportowane w jednostkach KI.
- Przed analizą pozostaw próbkę do wyrównania ciśnienia przez 30 minut. Aby przeanalizować jedną z fiolek z próbką, wprowadź igłę przez membranę fiolki, aby zredukować ciśnienie. Następnie wprowadź igłę podłączoną do wlotu instrumentu przez membranę fiolki i rozpocznij próbkowanie przestrzeni nadpróbkowej. Przeanalizuj co najmniej trzy powtórzenia techniczne dla każdej próbki.
- Uruchom instrument ręcznie, klikając przycisk „Play”; pompa aktywuje się i odsysa opary znajdujące się nad próbką. Na koniec analizy na ekranie pojawia się chromatogram, a sensor jest automatycznie podgrzewany do 150 °C przez 10 sekund w celu jego oczyszczenia. Gdy przycisk w polu stanu systemu ponownie zmieni kolor na zielony, instrument jest gotowy do analizy kolejnej próbki.
- Aby zapewnić stabilną linię bazową i prawidłowe oczyszczenie systemu, przeprowadź co najmniej jedną próbę ślepą z powietrzem pomiędzy każdą próbką. W celu monitorowania możliwego zanieczyszczenia lotnymi związkami z fiolki i zakrętki, przeanalizuj dwie próbki ślepe fiolki (pusta fiolka z zakrętką) na początku i na koniec dnia.
3. Eksport i analiza danych
- Po akwizycji wyeksportuj dane do pliku Microsoft Excel, korzystając z funkcji „Peak logging” w oprogramowaniu MicroSense. Po wyeksportowaniu danych dodaj kolumny zawierające etykiety zmiennych i powtórzeń.
- Zmień format danych w celu ułatwienia manipulacji, używając opracowanego przez nas skryptu w języku Python (wersja 2.6; dostępny bezpłatnie online) o nazwie „reform_data.py” (przykład formatu danych przed i po użyciu skryptu „reform_data.py” przedstawiono na Rysunku 1). Nazwę pliku źródłowego (format xls) i nazwę arkusza dla danych wejściowych, a także pożądaną nazwę pliku wyjściowego (format xls), edytuje się bezpośrednio w skrypcie.
- Uruchom program „kim_interface.py” (również napisany w Python 2.6; patrz Rysunek 2) i zaimportuj dane z pliku wygenerowanego w poprzednim kroku. W szczególności analiza opiera się na przeglądaniu i analizowaniu liczby detekcji każdej wartości KI („KI hits”). W związku z tym program wyświetla wykres słupkowy wystąpień KI dla każdej wartości KI.
- Oceń wystąpienia KI dla określonych podzbiorów próbek, analizując każdą grupę powtórzeń technicznych razem. Aby to zrobić, analizuj każdą próbę lub zmienną oddzielnie, zaznaczając lub odznaczając odpowiednie pola wyboru. Szczegółowy opis funkcji graficznego interfejsu użytkownika (GUI) znajduje się w podpisie do Rysunku 2.
- Po określeniu szerokości każdego okna KI za pomocą GUI, wybierz losowo niektóre z odpowiadających im chromatogramów w oprogramowaniu Microsense i oceń nakładanie się pików w powtórzeniach technicznych. Przykład nałożonych na siebie chromatogramów dwóch powtórzeń technicznych przedstawiono na Rysunku 3.
- Po wyznaczeniu okna KI użyj funkcji „Merge” dostępnej w GUI, aby połączyć wartości KI mieszczące się w oknie z najbardziej liczną wartością KI. Dzięki tej funkcji piki oznaczone zakresem wartości KI są konsolidowane pod jedną etykietą KI, co pozwala traktować takie piki jako jedną zmienną.
Aby to zrobić, najpierw kliknij przycisk „Merge”, aby aktywować tę funkcję, a następnie wybierz najbardziej liczne KI jako centrum okna, klikając lewym przyciskiem myszy odpowiedni słupek. Po wybraniu słupek zmienia kolor na zielony. Aby połączyć wartości KI mieszczące się w oknie z wybranym KI, kliknij prawym przyciskiem myszy odpowiednie słupki; spowoduje to zmianę koloru słupków na czerwony, a nad centralnym KI zostanie dodany niebieski słupek o odpowiedniej długości (patrz Rysunek 4). Gdy wszystkie wybrane wartości KI zostaną połączone z odpowiednim centralnym KI, kliknij ponownie przycisk „Merge”, aby zatwierdzić zmiany; spowoduje to zmianę koloru przycisku „Merge” na żółty. W przypadku pomyłek dostępny jest również przycisk „Unmerge”. Aby cofnąć łączenie, kliknij przycisk „Unmerge” w GUI, a następnie kliknij prawym przyciskiem myszy czerwony słupek, który chcesz odłączyć. Słupek zmieni kolor z czerwonego na niebieski. Kliknij ponownie przycisk „Unmerge”, aby zatwierdzić zmiany.
- W przypadku próby błędnego połączenia dwóch pików w jednej próbce w jedną wartość KI, wyświetlony zostanie komunikat o błędzie. W takiej sytuacji dokładnie sprawdź chromatogram i przedefiniuj okno KI w tym regionie.
- Po przeprowadzeniu wszystkich operacji łączenia zapisz plik.
- Przed przystąpieniem do analizy statystycznej przeanalizuj chromatogramy prób ślepych powietrza i fiolek, aby monitorować możliwe zanieczyszczenia. Po zidentyfikowaniu wartości KI pików w próbkach ślepych, odejmij pole powierzchni piku wykrytego w ślepej próbie powietrza i/lub fiolki od pola powierzchni piku obecnego w próbce.
Następnie przystąp do analizy statystycznej.
4. Reprezentatywne wyniki
Elektroniczny nos był w stanie wykryć różnice w profilach lotnych związków w owocach melona zbieranych w różnych stadiach dojrzałości (Rysunek 5). W obrębie wszystkich próbek zidentyfikowano dwadzieścia okien KI. Analiza wariancji wykazała, że 14 pików wykrytych przez elektroniczny nos różniło się istotnie w zależności od stadium dojrzałości. Na Rysunku 6 przedstawiono logarytm średnich pól pików tych 14 komponentów, aby ukazać różnice w ich liczności pomiędzy dwoma stadiami dojrzałości: owocami wczesnodojrzałymi oraz w pełni dojrzałymi.

Rysunek 1. Przykłady formatu danych eksportowanych z oprogramowania instrumentu (A) oraz po transformacji wykonanej za pomocą skryptu „reform_data.py” (B). Aby ułatwić manipulację i analizę danych, wszystkie unikalne KI są identyfikowane we wszystkich próbkach, a następnie dane są reorganizowane tak, aby informacje o próbkach znajdowały się w wierszach, a powierzchnie pików w kolumnach, odpowiadających unikalnym KI. Jeśli dla danej wartości KI w próbce nie wykryto piku, odpowiadająca mu komórka pozostaje pusta.

Rycina 2. Zrzut ekranu z pliku skryptu „kim_interface.py”. Wykres w centrum przedstawia liczbę trafień na KI w funkcji KI. „Trafienia na KI” to liczba próbek, w których wykryto pik o konkretnej wartości KI. Po lewej stronie znajdują się trzy żółte pola służące do sterowania wybranymi danymi. Wyświetlają one parametry służące do podziału zbioru danych (zabiegi, powtórzenia, zmienne jakościowe itp.). Na tej rycinie są to (od góry do dołu): odmiana, data sadzenia oraz stadium dojrzałości podczas zbiorów. Na dole: poprzez kliknięcie w trzy paski i przesuwanie niebieskiego suwaka w lewo lub w prawo można wybrać wartość minimalną i maksymalną zakresu KI oraz minimalną powierzchnię piku („Threshold”). Po prawej stronie: przycisk „Merge” umożliwia łączenie wybranych wartości KI poprzez ręczne klikanie w paski na wykresie. Przycisk „Unmerge” pozwala cofnąć ten proces dla wybranych przypadków.

Rysunek 3. Nałożone na siebie chromatogramy (czarny i czerwony) dwóch powtórzeń technicznych z przestrzeni nad próbką lotnych związków melona, ilustrujące przesunięcie czasu retencji.

Rycina 4. Przykład procedury scalania KI. Na środkowym wykresie zielony słupek (Central KI) reprezentuje najliczniejsze KI, które zostało wybrane jako centrum okna KI. KI X oraz KI Y to KI mieszczące się w interesującym nas oknie, które muszą zostać scalone z centralnym KI. Po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na słupku KI X zmienia on kolor na czerwony, a jednocześnie nad zielonym słupkiem pojawia się niebieski słupek o tej samej długości co słupek KI X. Powtórzenie tej samej procedury dla KI Y spowoduje zwiększenie długości niebieskiego słupka (Merged KIs) o odpowiadającą mu wartość. Po dodaniu wszystkich KI, kliknięcie zielonego przycisku „Merge” kończy proces scalania, zmiany zostają zapisane, a kolor przycisku zmienia się na żółty.

Rycina 5. Dwa chromatogramy próbek melona zebranych w różnych stadiach dojrzałości, wczesnej (góra) i pełnej (dół), ilustrujące zdolność elektronicznego nosa do wykrywania różnic w zawartości związków lotnych.

Rycina 6. Wykres radarowy przedstawiający powierzchnie pików 14 składników obecnych w dwóch próbkach melona na dwóch różnych etapach dojrzałości: wczesnej dojrzałości i pełnej dojrzałości. Powierzchnie pików przedstawiono w skali logarytmicznej, aby ułatwić wizualizację porównania. Liczby na końcach każdego promienia reprezentują odpowiadające im indeksy Kovatsa.