1. Prace przygotowawcze – konstrukty i hodowle komórkowe
Przed rozpoczęciem protokołu geny docelowe powinny zostać zoptymalizowane pod kątem kodonów dla ekspresji w komórkach ssaków i sklonowane do odpowiedniego wektora ekspresyjnego przy użyciu standardowych technik biologii molekularnej. W celu zapewnienia najwyższej szansy na pomyślną ekspresję należy wygenerować wiele wariantów genu docelowego. Wiele wektorów ekspresyjnych dla ssaków jest dostępnych w sprzedaży i posiada różne znaczniki oczyszczające (m.in. polihistydynę, hemaglutyninę, streptawidynę, HALO-Tag, S-transferazę glutationową). Preferujemy stosowanie wektora pDISPLAY, który koduje silny promotor ludzkiego cytomegalowirusa, sygnał sekrecyjny Ig κ oraz znacznik oczyszczający hemaglutyninę, a także posiada C-terminalną kotwicę transbłonową, która kieruje białko przez szlak wydzielniczy w celu ekspozycji na błonie plazmatycznej. Zazwyczaj wstawiamy kodon stop przed kodowaną przez wektor kotwicą transbłonową, aby umożliwić wydzielanie białka do medium kondycjonowanego.
Ludzkie embrionalne komórki nerek (HEK) 293T są powszechnie dostępne, łatwe w hodowli i transfekcji. Komórki HEK 293T są rutynowo wykorzystywane do ekspresji białek ssaczych, jednak są uznawane za materiał biologicznie niebezpieczny i powinny być hodowane na poziomie bezpieczeństwa biologicznego 2. Należy stosować odpowiednią odzież ochronną; prace powinny być wykonywane w zatwierdzonym komorze z laminarnym przepływem powietrza z zachowaniem technik aseptycznych. Wszystkie odpady oraz powierzchnie powinny być dezynfekowane zgodnie z wytycznymi instytucjonalnymi i rządowymi. Zaleca się, aby przed użyciem komórki zostały przebadane pod kątem zanieczyszczenia mykoplazmami. W celu wyeliminowania potencjalnych zanieczyszczeń mycoplasma spp. komórki można inkubować z cyprofloksacyną (10 μg/ml) przez dziesięć dni. Ogólne protokoły namnażania komórek HEK 293T przedstawiono osobno (Ramka 1).
Dodatkowe kwestie dotyczące ekspresji białek w skali próbnej i wielkoskalowej zostały omówione w 11-15.
2. Testowa ekspresja w małej skali
Po zaprojektowaniu i wytworzeniu konstruktów można przeprowadzić małoscale testowe transfekcje z użyciem komórek HEK 293T; schemat podsumowujący ten proces przedstawiono poniżej (Rys. 1).
- Do hodowli komórek HEK 293T należy użyć kolb do hodowli komórkowej T75 cm2 lub T225 cm2 (w zależności od liczby planowanych testów ekspresji) i pasażować komórki co 2-3 dni, gdy osiągną 100% konfluencji (Box 1).
- Wysiać 2,5 x 105 komórek HEK 293T na każdą studzienkę płytki 6-dołkowej, dodać 2 ml DMEM z 1X pen/strep i 10% (v/v) FBS, delikatnie zakręcić płytką, aby zapewnić równomierny rozkład komórek w każdej studience, a następnie inkubować przez noc w temperaturze 37 °C w wilgotnej komorze z 5% CO2.
- Gdy komórki HEK 293T osiągną 40% konfluencji, usunąć pożywkę i dodać do studzienek świeże 2 ml DMEM z 1X pen/strep i 10% (v/v) FBS. Przeprowadzić testy transfekcji.
- Do sterylnej probówki do mikrocentryfugi o pojemności 1,5 ml odmierzyć 90 μl DMEM bez surowicy. Do DMEM bez surowicy pipetować 3 μl GeneJuice i delikatnie wymieszać zawartość probówki (metodą finger vortex). Inkubować przez 5 minut w temperaturze pokojowej.
- Do mieszaniny DMEM-GeneJuice dodać 1 μg oczyszczonego plasmidowego DNA metodą MiniPrep (stok DNA = 100 ng/μl), wymieszać metodą finger vortex i inkubować przez 15 minut w temperaturze pokojowej.
- Mieszaninę transfekcyjną nanosić kroplowo na komórki HEK 293T, a następnie delikatnie zakręcić płytką 6-dołkową, aby umożliwić równomierne rozłożenie mieszaniny. Inkubować płytkę w temperaturze 37 °C w wilgotnej komorze z 5% CO2.
- 24 godziny po transfekcji do każdej studzienki dodać 1 ml świeżego DMEM z 1X pen/strep i 10% (v/v) FBS i inkubować przez kolejne 48 godzin (łącznie 72 godziny).
- Trzy dni po transfekcji zebrać 1 ml supernatantu z każdej studzienki i odwirować próbki w mikrocentryfudze przy 16 000 g przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Przeprowadzić analizę western blot zgodnie z opisem w Box 2. Próbki można przechowywać w temperaturze 4 °C. Czas przechowywania w 4 °C zależy od rodzaju białka.
3. Ekspresja testowa i oczyszczanie na dużą skalę
Po zidentyfikowaniu konstruktu ekspresję białka rekombinowanego w ilościach miligramowych uzyskuje się poprzez transfekcję PEI adherentnych komórek HEK 293T przy użyciu 10-warstwowych fabryk komórkowych (Rys. 2; powierzchnia 6360 cm2). W przypadku badań eksploracyjnych można zastosować mniejsze fabryki komórkowe lub kolby typu T (Tabela 1).
- Oczyść 1 mg DNA do transfekcji, używając zestawu do oczyszczania plazmidów MaxiPrep. Hodowla komórek XL-1 Blue o objętości 500 ml z nocnej inkubacji powinna dostarczyć co najmniej 1 mg czystego DNA. Sprawdź czystość DNA, mierząc stosunek A260/A280; powinien on wynosić powyżej 1,8.
- Zwiększ liczbę komórek HEK 293T do 2,0 x 108 komórek. Każda kolba T225 cm2 hodowana do 100% konfluencji zawiera średnio ~2,25 x 107 komórek.
- Dodaj 1,2 L DMEM z 5% (v/v) FBS do 10-warstwowej fabryki komórkowej (cell factory). Przenieś 2,0 x 108 komórek HEK 293T do fabryki komórkowej i rozmieść komórki równomiernie na wszystkich warstwach naczynia. Wizualna ocena konfluencji komórek w fabryce komórkowej jest bardzo trudna. Alternatywnie można przygotować kolbę T75 cm2 z odpowiednią liczbą komórek, stosując taki sam stosunek liczby komórek do powierzchni jak w naczyniu 10-warstwowym. Monitoruj tempo wzrostu w tej kolbie. Instrukcje dotyczące obsługi fabryki komórkowej znajdują się w powiązanym filmie. Inkubuj przez noc w temperaturze 37 °C przy 5% CO2, aby umożliwić adhezję i wzrost komórek.
- Przeprowadź transfekcję na dużą skalę, gdy adherentne komórki HEK 293T osiągną 70% konfluencji. Przygotuj mieszaninę transfekcyjną PEI-DNA (stosunek masowy PEI do DNA 3:1) w komorze laminarnej, używając sterylnej kolby T75 cm2. Wymieszaj 0,84 mg DNA z 84 ml sterylnego 1X PBS, następnie dodaj 2,5 ml PEI (łącznie 2,5 mg PEI). Inkubuj w temperaturze pokojowej przez 15 minut. Roztwór powinien stać się mętny.
- Powoli wlej mieszaninę transfekcyjną PEI-DNA do fabryki komórkowej i dokładnie rozprowadź na wszystkich warstwach naczynia. Opcjonalnie: w celu zwiększenia wydajności ekspresji dodaj kwas walproowy (stężenie końcowe 4 mM). Inkubuj w temperaturze 37 °C przy 5% CO2 przez cztery dni.
- Zbierz supernatant cztery dni po transfekcji. Odwiruj warunkowane medium przy 6000 x g przez 30 minut w temperaturze 4 °C. Następnie przefiltruj supernatant, używając aparatury do filtracji próżniowej Stericup 0,22 μm. 10-warstwowa fabryka komórkowa może zostać użyta ponownie; instrukcje dotyczące czyszczenia znajdują się w Boksie 3. Kluczowe jest rozpoczęcie czyszczenia natychmiast po zbiorze supernatantu; nie pozwól, aby komórki wyschły na powierzchni naczynia.
- Skoncentruj supernatant do 75 ml, używając systemu filtracji przepływu stycznego Centramate.
- Dodaj 500 ml PBS i ponownie skoncentruj do 75 ml. Powtórz tę czynność trzy dodatkowe razy, aby całkowicie wymienić bufor w próbce.
- Zrównoważ kolumnę powinowactwa anty-HA o objętości 1 ml za pomocą 1X PBS i nałóż skoncentrowaną próbkę metodą przepływu grawitacyjnego z prędkością <1 ml/min.
- Przemyj kolumnę 30 ml 1X PBS-Tween20.
- Rozpuść peptyd HA w 1X PBS (1,0 mg/ml) i inkubuj w temperaturze 37 °C.
- Nałóż 1 ml peptydu HA na kolumnę anty-HA i pozwól peptydowi wpłynąć do żywicy. Zbierz przelew. Zatrzymaj przepływ, gdy roztwór peptydu osiągnie wysokość złoża.
- Inkubuj całą kolumnę anty-HA w temperaturze 37 °C przez 15 minut.
- Powtórz krok 12 dwa dodatkowe razy.
- Nałóż 1 ml 1X PBS na kolumnę anty-HA i przepuść przez żywicę, aż roztwór osiągnie wysokość złoża. Zbierz przelew.
- Zregeneruj kolumnę anty-HA za pomocą 10 ml 0,1 M glicyny o pH 2,2. Przemyj 10 ml PBS i przechowuj kolumnę powinowactwa w temperaturze 4 °C w PBS z dodatkiem 0,02% (w/v) NaN3.
- Przeprowadź analizę SDS-PAGE i odpowiednio połącz frakcje. Uwaga: Peptyd HA będzie zakłócać pomiary stężenia białka metodą A280 lub metodą Bradforda. Aby oszacować ilość obecnego białka, nałóż na żel SDS-PAGE 5, 10, 15 i 25 μg BSA jako standard i porównaj intensywność prążków.
Kroki od 9 do 17 można powtórzyć, aby wyizolować dodatkowe białko z medium warunkującego.
4. Reprezentatywne wyniki
W niniejszym artykule opisujemy i prezentujemy wygodną platformę ekspresyjną do produkcji białek ludzkich w ilościach miligramowych, które mogą być następnie wykorzystane do badań strukturalnych i funkcjonalnych. Przesiewanie konstruktów białek ludzkich z wykorzystaniem komórek HEK 293T w płytkach 6-dołkowych jest wydajne i skuteczne w identyfikacji konstruktów nadających się do produkcji na większą skalę. Komercyjne wektory ekspresyjne mogą być efektywnie transfekowane do komórek HEK 293T przy użyciu różnych odczynników transfekcyjnych, takich jak GeneJuice, FuGene HD lub PEI. Do ekspresji testowych zalecamy stosowanie komercyjnych odczynników transfekcyjnych, takich jak GeneJuice lub FuGene HD, ponieważ są one bardziej skuteczne w przypadku białek o słabszej ekspresji (Rys. 3). Konstrukty wybrane do ekspresji na większą skalę powinny charakteryzować się pojedynczym, silnym prążkiem o odpowiedniej masie cząsteczkowej w analizie western blot (Rys. 3). Glikoproteiny mogą migrować jako szerszy prążek ze względu na heterogeniczność glikozylacji. Wykazaliśmy, że za pomocą tej ogólnej platformy ekspresyjnej można uzyskać miligramowe ilości białka poprzez ekspresję i oczyszczanie różnych makrocząsteczek, od glikoprotein wirusowych, cytokin, receptorów cytokinowych, po inne białka powierzchniowe (Rys. 4).

Rycina 1. Schemat przebiegu transfekcji w małej skali. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną rycinę.

Rycina 2. System Corning 10-layer CellSTACK do ekspresji białek na większą skalę. Każda warstwa posiada powierzchnię przyczepienia komórek o wielkości 636 cm2. Standardowy laboratoryjny inkubator CO2 (6,0 stóp sześciennych) pomieści bez problemu cztery 10-warstwowe fabryki komórkowe.

Rysunek 3. Małoskalowa ekspresja różnych białek wydzielniczych. Przeprowadzono serię małoskalowych ekspresji testowych przy użyciu powszechnie stosowanych odczynników do transfekcji: GeneJuice, FuGene HD oraz PEI. (a) Przesiewowe badanie metodą Western blot wybranych ludzkich białek komórkowych (tetheryna), receptorów (podjednostka β IL-2R) i cytokin (IL-2). Tetheryna jest ludzką glikoproteiną błonową, która ogranicza uwalnianie nowo powstających wirionów HIV-1 16. Domena zewnątrzkomórkowa tetheryny występuje jako glikozylowany, połączony mostkami dwusiarczkowymi dimer o masie ~36 kDa. W warunkach redukujących, jak pokazano tutaj, tetheryna migruje jako monomer o pozornej masie cząsteczkowej ~22 kDa. Interleukina-2 (IL-2) jest cytokiną (~17 kDa) uczestniczącą w proliferacji limfocytów 17. Oddziałuje ona z kompleksem receptora IL-2, którego elementem jest podjednostka β IL-2R (~26 kDa) 18. CD21 jest białkiem błonowym uczestniczącym w aktywacji i dojrzewaniu limfocytów B przez układ dopełniacza, a także receptorem dla wirusa Epsteina-Barra. Glikozylowana domena zewnątrzkomórkowa CD21 migruje jako monomer o pozornej masie cząsteczkowej ~20 kDa. (b) Przesiewowe badanie metodą Western blot wybranych powierzchniowych glikoprotein wirusowych (XMRV Env i ebolavirus GP). Glikoproteiny XMRV i ebolawirusa (z usuniętą kotwicą transbłonową) występują w błonie wirusowej jako kolce trymeryczne i uczestniczą w przytwierdzaniu oraz fuzji z komórką gospodarza. Ektodomena XMRV Env i EBOV GP są silnie zmodyfikowane glikanami N-łączonymi i migrują z pozornymi masami cząsteczkowymi odpowiednio 70 kDa i 75 kDa.

Rysunek 4. Oczyszczone ludzkie białka komórkowe z hodowli HEK 293T w dużej skali. Wszystkie białka zostały wyekspresowane z wykorzystaniem 10-warstwowej fabryki komórkowej, a następnie skoncentrowane i oczyszczone metodą chromatografii anty-HA. Jak wykazano w analizie SDS-PAGE z barwieniem Coomassie, domeny zewnątrzkomórkowe podjednostek α i γ receptora interleukiny-2 (IL-2R) migrują przy masach cząsteczkowych odpowiednio 40 kDa i 46 kDa. Domena zewnątrzkomórkowa tetheryny migruje w warunkach nieredukujących jako dimer o pozornej masie cząsteczkowej 36 kDa. Należy zauważyć obecność zanieczyszczenia BSA, które pojawia się przy pozornej masie cząsteczkowej 60 kDa. Ponadto heterogeniczność glikanów N-stacjonarnych obecnych w tetherynie, IL-2R α i IL-2R γ powoduje poszerzenie prążków na żelu SDS-PAGE. Te N-glikany typu złożonego mogą zostać usunięte przy użyciu peptydu: N-glikozydazy F.
| Naczynie | Powierzchnia |
| Płytka 6-dołkowa | 9,5 cm2 (każdy dołek) |
| Szalki 100 mm | 55 cm2 |
| Szalki 245 mm | 500 cm2 |
| Kolba T75 cm2 | 75 cm2 |
| Kolba T175 cm2 | 175 cm2 |
| Kolba T225 cm2 | 225 cm2 |
| Butelka obrotowa – standardowa | 850 cm2 |
| Butelka obrotowa – o powiększonej powierzchni | 1700 cm2 |
| CellSTACK 1-warstwowy | 636 cm2 |
| CellSTACK 2-warstwowy | 1272 cm2 |
| CellSTACK 5-warstwowy | 3180 cm2 |
| CellSTACK 10-warstwowy | 6360 cm2 |
| CellSTACK 40-warstwowy | 25 440 cm2 |
Tabela 1. Porównanie naczyń hodowlanych stosowanych do ekspresji białek.
Lista receptur odczynników
100X CiprofloksacynaAby przygotować 10 ml roztworu, należy dodać 10 ml wody dejonizowanej do 10 mg ciprofloksacyny. Dodać 10 μl 6N HCl, aby całkowicie rozpuścić ciprofloksacynę.
PEI (1 mg/mL) Aby przygotować 100 ml roztworu, rozpuścić 100 mg liniowego PEI 25 kDa w wodzie dejonizowanej i podgrzać do 80 °C. Schłodzić roztwór do temperatury pokojowej, dostosować pH do 7,2, wysterylizować przez filtr 0,22 μm, podzielić na aalikwoty i zamrozić w temperaturze -20 °C w celu długoterminowego przechowywania.
1X PBS Dla 1 L roztworu wodnego: 8,0 g NaCl, 0,2 g KCl, 1,4 g Na2HPO4 (bezwodny), 0,24 g KH2PO4. Dostosować pH roztworu do 7,4 i uzupełnić do 1,0 L.
1X PBS-Tween-20 Dla 1 L roztworu wodnego: 8,0 g NaCl, 0,2 g KCl, 1,4 g Na2HPO4 (bezwodny), 0,24 g KH2PO4, 1 ml Tween-20. Dostosować pH roztworu do 7,4 i doprowadzić objętość do 1,0 L.
Bufor do transferu 1X Na 1 L roztworu wodnego: 3,0 g Tris base, 14,4 g glicyny, 150 ml metanolu.
Bufor do elektroforezy SDS-PAGE 1X Do przygotowania 1 L roztworu wodnego: 3,0 g Tris base, 14,4 g glicyny, 1,0 g SDS.
Bufor do próbek redukujących SDS-PAGE Dla 10 ml roztworu: 0.6 g SDS, 3 ml glicerolu, 1.8 ml 1.0 Tris-HCl pH 6.8, 1 mg błękitu bromofenolowego, 5% (v/v) 2-merkaptoetanolu.
Ramka 1. Ogólne protokoły namnażania komórek
- Hodować komórki HEK 293T w pożywce Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) uzupełnionej o 10% (v/v) płodowej surowicy bydlęcej (FBS) oraz 1X pen/strep w temperaturze 37 °C w atmosferze z 5% CO2 z dodatkiem nawilżacza.
- Obserwować komórki pod mikroskopem odwróconym. Gdy komórki osiągną 100% konfluencji, usunąć i odrzucić pożywkę hodowlaną.
- Przepłukać komórki 5 ml sterylnego 1X PBS w celu usunięcia śladów surowicy. Wylać roztwór PBS.
- Dodać 2 ml 0,05% (w/v) roztworu trypsyny-EDTA do kolby T225 cm2 (lub 1 ml 0,05% (w/v) trypsyny-EDTA do kolby T75 cm2) i inkubować w temperaturze pokojowej do czasu odklejenia się komórek od powierzchni. Do odklejenia komórek HEK 293T można również użyć sterylnego 1X PBS-EDTA.
- Dodać 13 ml DMEM z 10% (v/v) FBS do kolby T225 cm2 (lub 9 ml DMEM z 10% (v/v) FBS do kolby T75 cm2), aby zahamować działanie trypsyny.
- Przeszczepić komórki w stosunku 1:5. W przypadku kolby T225 cm2 dodać 3 ml zawiesiny komórkowej do 27 ml świeżej pożywki DMEM z 1X pen/strep i 10% (v/v) FBS w nowym naczyniu hodowlanym. W przypadku kolby T75 cm2 dodać 2 ml zawiesiny komórkowej do 8 ml świeżej pożywki wzrostowej. Inkubować hodowle w temperaturze 37 °C w atmosferze z 5% CO2 z dodatkiem nawilżacza. Komórki powinny osiągnąć 100% konfluencji w ciągu dwóch dni.
Ramka 2. Analiza Western blot
- Do 30 μl supernatantu z hodowli komórkowej dodać 10 μl redukującego buforu do próbek SDS-PAGE. Próbki oraz wstępnie barwione markery masy cząsteczkowej nałożyć na żele poliakrylamidowe, a następnie przeprowadzić elektroforezę w 1X buforze do elektroforezy SDS-PAGE przy napięciu 175 V przez 1 godzinę lub do momentu wyraźnego rozdzielenia markerów masy cząsteczkowej.
- Membranę PVDF Immobilon-P namoczyć w 100% metanolu przez 1 minutę w celu aktywacji.
- Złożyć aparat do western blottingu. Upewnić się, że membrana PVDF jest skierowana w stronę elektrody dodatniej i utrzymać wszystkie komponenty w stanie wilgotnym za pomocą 1X buforu do transferu. Unikać powstawania pęcherzyków powietrza między żelem poliakrylamidowym a membraną.
- Komorę elektroforetyczną całkowicie wypełnić 1X buforem do transferu i przeprowadzić transfer przez 1 godzinę przy napięciu 100 V.
- Membranę zablokować 5% (w/v) mlekiem odtłuszczonym w 1X PBS-Tween20 przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej lub przez noc w 4 °C.
- Inkubować z monoklonalnym przeciwciałem pierwszorzędowym (np. przeciwciałem anty-HA mAb w rozcieńczeniu 1:1000 lub innym odpowiednim przeciwciałem) rozpuszczonym w 5% (w/v) mleku odtłuszczonym w 1X PBS-Tween20 przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej lub przez noc w 4 °C.
- Membrany przemyć w 1X PBS-Tween20 przez 10 minut. Powtórzyć tę czynność jeszcze dwukrotnie.
- Inkubować z monoklonalnym przeciwciałem wtórnym sprzężonym z fosfatazą alkaliczną (rozcieńczenie 1:1000 w 5% (w/v) mleku odtłuszczonym w 1X PBS-Tween20) przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej lub przez noc w 4 °C.
- Membrany przemyć w 1X PBS-Tween20 przez 10 minut. Powtórzyć tę czynność jeszcze dwukrotnie.
- Membranę umieścić w małym pojemniku i dodać 5 ml roztworu substratu fosfatazy alkalicznej (BCIP/NBT). Wybarwienie powinno nastąpić w ciągu 1-5 minut. Po osiągnięciu pożądanej intensywności prążków przemyć wodą dejonizowaną i wysuszyć na powietrzu. Kolor może z czasem blednąć; po wyschnięciu membrany należy wykonać ich skan elektroniczny.
Ramka 3. Czyszczenie i recykling naczyń do hodowli komórkowych
Choć fabryki komórkowe są przeznaczone do jednorazowego użytku, naczynia te można poddać recyklingowi w celu przeprowadzenia dodatkowych transfekcji na dużą skalę, stosując poniższy protokół czyszczenia:
- Bezpośrednio po zlaniu supernatantu z 10-warstwowej fabryki komórek, dodać 20% (v/v) podchlorynu sodu i energicznie wstrząsnąć, aby odkleić komórki. Inkubować w temperaturze pokojowej przez trzy godziny.
- Opróżnić naczynie, dodać świeży 20% (v/v) podchloryn sodu i inkubować w temperaturze pokojowej przez noc.
- Opróżnić naczynie i przemyć 1,5 L wody dejonizowanej. Powtórzyć czynność trzykrotnie.
- Opróżnić 10-warstwową fabrykę komórek i dodać 0,5 L sterylnego 1X PBS uzupełnionego o 10X roztwór antybiotyków/przeciwdziałający grzybiczce (Antibiotic/Antimycotic solution). Przechowywać naczynie w temperaturze pokojowej i przed kolejnym użyciem zastąpić nakrętki odpowietrzające w portach napełniających (standardowe nakrętki gwintowane 33 mm). Uwaga: po czyszczeniu wszystkie warstwy powinny być całkowicie przejrzyste; w przeciwnym razie nie używać i zutylizować fabrykę komórek zgodnie z wytycznymi instytucjonalnymi.