Wszystkie eksperymenty są przeprowadzane zgodnie z protokołami zatwierdzonymi przez Instytucjonalną Komisję ds. Opieki i Użytkowania Zwierząt w College of William and Mary. Etapy rozwoju, o których mowa w tym protokole, są według Nieuwkoopa i Fabera 46.
1. Sekcja
- Pozwól, aby pożywka do hodowli komórkowych i pożywka wolna od wapnia i magnezu (CMF) osiągnęły równowagę do temperatury pokojowej. Będziesz także potrzebował 0,1X pH zmodyfikowanego Pierścienia Marca (MMR) 7,4-7,6.
- Wysterylizuj następujące elementy, stosując światło UV przez 30 minut w okapie z przepływem laminarnym do hodowli komórkowych. (Spryskaj każdy przedmiot 70% etanolem przed umieszczeniem w okapie.)
- Plastikowe szalki Petriego 35 mm.
- Plastikowe szalki Petriego o średnicy 60 mm.
- Talerze o powierzchni nunclon 35 mm.
- Probówki do mikrowirówek o pojemności 1,5 ml.
- Mikropipeta P1000 (mikropipeta 1 000 μl).
- Końcówki p1000 odporne na działanie aerozoli (końcówki odporne na aerozole 1 000 μl do mikropipet).
- Długopis odporny na działanie alkoholu.
- Cienkie kleszcze preparacyjne.
- *Probówki stożkowe 15 ml (tylko do obrazowania aktywności wapnia).
- *Tylko do obrazowania aktywności wapnia.
- Po wysterylizowaniu okapu promieniami UV i zrównoważeniu roztworów do temperatury pokojowej włącz laminarny przepływ powietrza w okapie, spryskaj rękawice i butelki z mediami 70% etanolem i umieść butelki z mediami w okapie.
- Wewnątrz kaptura przygotuj następujące elementy za pomocą mikropipety p1000 dla każdej płytki komórek, zapewniając odpowiednie etykietowanie.
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 60 mm zawierająca 10 ml pożywki do hodowli komórkowych - płytki rozwarstwiającej.
- Jedno naczynie o powierzchni nunclon o średnicy 35 mm zawierające 2 ml pożywki do hodowli komórkowych - płytki hodowlanej. (Plastikowe naczynia nunclon nie są dalej traktowane żadnymi klejami.)
- Jedna pusta probówka do mikrowirówek o pojemności 1,5 ml - probówka dysocjacyjna.
- *Jedna stożkowa probówka sokoła o pojemności 15 ml zawierająca 15 ml pożywki do hodowli komórkowych. Do wypłukiwania nadmiaru Fluo4-AM podczas obrazowania aktywności wapnia.
- Wewnątrz kaptura przygotuj następujące elementy za pomocą mikropipety p1000 dla każdej sesji preparacyjnej (podczas jednej sesji można wyciąć więcej niż jedną siatkówkę).
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 35 mm zawierająca 2 ml CMF - płytki płuczącej eksplantat.
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 35 mm zawierająca 2 ml CMF - Płytki dysocjacyjnej eksplantatów.
- Na zewnątrz okapu przygotuj następujące elementy:
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 60 mm na każdą płytkę komórkową zawierającą 10 ml 0,1X MMR - Płytka do trzymania.
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 60 mm na każdą płytkę komórkową zawierającą 10 ml 0,1X MMR - Płytka dla rodzeństwa.
- Jedna plastikowa szalka Petriego o średnicy 60 mm na sesję preparacyjną zawierająca 10 ml 0,1 X MMR + 0,5 mg / ml MS-222 (trikaina) - Płytka anestezjologiczna.
- Dodaj 40 μl 5% trypsyny w CMF do płytki dysocjacyjnej eksplantatu (otrzymując 0,1% roztwór trypsyny), zamieszaj do wymieszania i odstaw na bok.
- W przypadku preparacji zarodka, który jest młodszy niż stadium 30, dodaj 10 mg kolagenazy B do płytki rozwarstwiającej (w wyniku otrzymano 1 mg/ml roztworu kolagenazy B), zamieszaj do rozpuszczenia i odstaw na bok.
- Wybierz zarodek w pożądanym stadium, przenieś do płytki podtrzymującej za pomocą niesterylnej pipety transferowej i usuń błonę witeliny (jeśli zarodek jeszcze się nie wykluł) za pomocą cienkich kleszczy.
- Przenieś kilka zarodków w identycznym stadium do płytki rodzeństwa za pomocą niesterylnej pipety transferowej.
- Jeśli zarodek jest w stadium 25 lub wcześniejszym, należy przeprowadzić bezpośrednią sekcję, w przeciwnym razie przenieść zarodek do płytki anestezjologicznej za pomocą niesterylnej pipety transferowej i pozostawić zarodek do siedzenia do momentu ustania ruchu i reakcji na bodźce. Może to potrwać do minuty.
- Kontynuuj sekcję (rysunek 2) pod lunetą sekcyjną (obiektyw 4X, okular 10X).
Dla embrionów w stadium 25 lub młodszych:
- Przenieś zarodek na płytkę separacyjną za pomocą niesterylnej pipety transferowej.
- Za pomocą dwóch par cienkich kleszczy wykonaj nacięcie śródstrzałkowe po brzusznej stronie zarodka, zaczynając od tylnego końca i kontynuując przez gruczoł cementowy w przedniej części zarodka.
- Ostrożnie otwórz zarodek, chwytając dowolną krawędź nacięcia i rozprowadzając w lewo i w prawo. Powoduje to, że zarodek jest skierowany stroną grzbietową do płytki rozwarstwiającej, a ektoderma brzuszna jest rozłożona, odsłaniając endodermę i mezodermę w środku.
- Rozpocznij usuwanie endodermy i mezodermy (ryc. 2A i 2B). Pierwsza i największa warstwa tej tkanki jest bardzo "puszysta" z wyglądu, z dużymi komórkami i mało wyraźną organizacją.
- Po usunięciu tej warstwy somity i struna grzbietowa staną się widoczne. Aby uzyskać lepszy kontrast, przenieś zarodek na oddzielną plastikową szalkę Petriego o średnicy 60 mm zawierającą 10 ml pożywki do hodowli komórkowych i 100 μl 1% roztworu siarczanu błękitu nilowego (w wodzie) na 2-3 minuty przed ponownym przeniesieniem na płytkę separacyjną. Spowoduje to zabarwienie ektodermy, somitów i struny grzbietowej w celu łatwiejszej identyfikacji i orientacji.
- Skupiając się na przedniej części zarodka, ostrożnie usuń strunę grzbietową i pozostałą mezodermę, odsłaniając mózg i pęcherzyki wzrokowe (ryc. 2C).
- Gdy mózg i pęcherzyki wzrokowe zostaną całkowicie odsłonięte, użyj kleszczy, aby przeciąć cewę nerwową i leżącą pod nią ektodermę tuż za mózgiem.
- Odwróć tę część (mózg i pęcherzyki wzrokowe) tak, aby ektoderma znalazła się na górze.
- Uważając, aby nie uszkodzić leżących pod spodem pęcherzyków wzrokowych, ostrożnie usuń ektodermę (ryc. 2D).
- Na koniec, za pomocą kleszczy, oddziel pęcherzyki wzrokowe od mózgu (ryc. 2D i 2E).
Dla embrionów starszych niż stadium 25:
- Gdy zarodek znajduje się w płytce anestezjologicznej, usuń brzuszną część zarodka za pomocą kleszczy.
- Aby uzyskać lepszy kontrast, przenieś zarodek na plastikową szalkę Petriego o średnicy 60 mm zawierającą 10 ml 0,1X MMR i 100 μl 1% siarczanu błękitu nilowego przez 2-3 minuty przed przeniesieniem na płytkę rozbiorową. Spowoduje to zabarwienie ektodermy na niebiesko.
- Po umieszczeniu na płytce rozwarstwiającej odciągnij ektodermę pokrywającą siatkówkę (lub pęcherzyk wzrokowy w przypadku zarodków w stadium 26-30) (ryc. 2F i 2G). Jeśli zastosowano siarczan błękitu nilowego, ektoderma zostanie zabarwiona na niebiesko, ale leżąca pod nią tkanka siatkówki nie.
- Ostrożnie usuń siatkówkę lub pęcherzyk wzrokowy za pomocą kleszczyków (ryc. 2H, 2I i 2J). Pomocne jest trzymanie zarodka na miejscu za pomocą jednej pary kleszczy i usunięcie siatkówki lub pęcherzyka wzrokowego drugą.
2. Dysocjacja tkanek i powlekanie komórek
Ważna uwaga - Podczas przenoszenia tkanek nie pozwól, aby siatkówka lub pęcherzyk wzrokowy dotykały jakichkolwiek granic powietrze-ciecz; jeśli tak się stanie, komórki ulegną lizie.
- Po wycięciu pęcherzyka wzrokowego lub siatkówki ostrożnie przenieść na płytkę płuczącą eksplantat za pomocą mikropipety p100 za pomocą końcówek odpornych na aerozole i pozostawić na 30 sekund.
- Przenieś 80 μl 0,1% trypsyny w CMF z płytki dysocjacyjnej eksplantatów do probówki dysocjacyjnej eksplantatu.
- Za pomocą mikropipety p100 i końcówek odpornych na aerozole przenieś siatkówkę lub pęcherzyk wzrokowy z płytki płuczącej eksplantat do probówki dysocjacyjnej eksplantatu, unikając przenoszenia roztworu do płukania eksplantatów.
- Pozwól tkance zdysocjować w probówce dysocjacyjnej eksplantatu przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Użyto jednej siatkówki na płytkę, jednak zauważamy, że w razie potrzeby można użyć więcej niż jednej na płytkę, aby zwiększyć liczbę komórek na płytce.
- Aby pokryć komórki, najpierw powoli usuń 40 μl roztworu z probówki dysocjacyjnej eksplantatu i wyrzuć za pomocą mikropipety p100 i końcówek odpornych na aerozol. Używając p100 ustawionego na 40 μl i końcówek odpornych na aerozol, przenieś komórki (teraz, gdy tkanka uległa dysocjacji) na płytkę hodowlaną. Podczas zasysania komórek na płytkę, pipetuj powoli i utrzymuj komórki na małym obszarze na środku płytki.
Uwaga: Jeśli podczas eksperymentu ma być wykonanych wiele zdjęć komórek, przymocuj siatkę (Cellattice) do spodu płytki hodowlanej za pomocą małej kropli superglue. Umożliwi to wykonywanie obrazów identycznych komórek w identycznych orientacjach w różnych punktach procedury.
- Pozwól komórkom siedzieć w spokoju przez co najmniej 1 godzinę, aby przylgnęły do płytki Nunclon. Po tym czasie należy obchodzić się z nimi bardzo delikatnie, w przeciwnym razie mogą się odczepić.
- Hoduj komórki do pożądanego etapu, obserwując rodzeństwo zarodków, które są hodowane w tej samej temperaturze co komórki. Jeśli żywe komórki nie są używane do dalszej manipulacji, można je w tym momencie utrwalić w roztworze MEMFA.
Ważna uwaga: Większość naszych eksperymentów jest przeprowadzana w ciągu 6 godzin od posiewu komórek. Długowieczność komórek w hodowli zależy od etapu, na którym tkanka została wypreparowana i ilości żółtka nadal obecnego w komórkach; Komórki wypreparowane z młodszych stadiów (Neurula) pozostają zdrowe w hodowli przez 5-6 dni, podczas gdy komórki pozyskane ze starszych zarodków (stadia pływającej kijanki) pozostaną żywotne w hodowli przez 2-3 dni.
3. Obrazowanie wapnia 47-49
Ten protokół wykorzystuje wrażliwy na wapń Fluo4-AM i mikroskopię konfokalną do ilościowego określania stanów przejściowych wapnia w poszczególnych komórkach. Wszystkie czynności przy użyciu Fluo4-AM powinny być wykonywane z dala od światła, ponieważ Fluo4-AM jest wrażliwy na światło. Wszystkie płukania należy dodawać lub usuwać za pomocą mikropipety p1000 i końcówek odpornych na aerozole. Pipetowanie powinno odbywać się powoli i w kierunku krawędzi płytki, aby uniknąć naruszania komórek. Pożywka nie jest zmieniana, ponieważ kultury są zazwyczaj utrwalane w ciągu 6 godzin od sekcji. W przypadku kultur długoterminowych pożywki należy zmieniać codziennie.
- Fluo4-AM jest przechowywany w temperaturze -20 °C i sugerujemy przechowywanie w porcjach 5 μl. Przed użyciem należy rozmrozić 5 μl podwielokrotności Fluo4-AM z dala od światła i dodać 2 μl Pluronic F-127 bezpośrednio do tej podwielokrotności.
- Po hodowli komórek przez żądany czas (co najmniej 1 godzinę) należy usunąć 1 ml pożywki do hodowli komórkowych z płytki hodowlanej. Dodać go do Fluo4-AM i Pluronic, mieszając delikatnie pipetując.
- Powoli przenieś cały ten roztwór z powrotem na krawędź płytki hodowlanej komórek, które mają być obrazowane i pozostaw komórki w tym roztworze w spokoju na 1 godzinę, aby wchłonąć Fluo4-AM.
- Aby wypłukać nadmiar Fluo4-AM z pożywki do hodowli komórkowych, należy wykonać następującą serię płukania:
- Wyjąć 1 ml podłoża z płytki.
- Dodać 3 ml świeżej pożywki do hodowli komórkowych (z 15 ml stożkowej probówki) do płytki.
- Wykonać dwa dodatkowe płukania, za każdym razem powoli usuwając 3 ml roztworu z płytki i dodając 3 ml świeżej pożywki do hodowli komórkowych.
- Komórki powinny teraz znajdować się w 4 ml pożywki do hodowli komórkowych i zawierać Fluo4-AM. Fluo4-AM jest enzymatycznie rozszczepiany po wejściu do komórki, zapobiegając jego dyfuzji z komórki lub do jakichkolwiek przedziałów związanych z błoną.
- Przed załadowaniem płytki na stolik mikroskopu konfokalnego w celu obrazowania, narysuj pionową czerwoną linię markerem permanentnym na szalce, trzymając przykrycie, aby zapobiec zanieczyszczeniu kultury przez cząstki markera. Pionowa linia jest narysowana wzdłuż boku szalki Petriego (podstawy szalki Petriego, a nie pokrywy). Jego celem jest wskazanie orientacji płytki hodowlanej w stosunku do pola widzenia, tak aby można było przywrócić dokładną orientację i wyrównanie poszczególnych komórek w późniejszym czasie.
- Płytka jest teraz gotowa do załadowania na stolik mikroskopu konfokalnego w celu obrazowania. Wizualizuj komórki za pomocą ustawień jasnego pola w laserowym skaningowym mikroskopie konfokalnym (obiektyw 20X). Znajdź obszar gęstych komórek, który nie zawiera grudek, najlepiej z polem widzenia, które zawiera duże numery siatki na szkiełku nakrywkowym Cellatice, aby ułatwić znalezienie tego samego pola widzenia później podczas obrazowania kultury po hybrydyzacji in situ. Przed obrazowaniem skoncentruj się na kulturze i zrób obraz w jasnym polu siatki pod komórkami, aby zarejestrować lokalizację i orientację kultury komórkowej. Pozwala to na ponowne wyrównanie komórek w celu późniejszej analizy.
- Podnieś płaszczyznę ogniskową i uchwyć obraz komórek w jasnym polu przed rozpoczęciem obrazowania wapnia (ryc. 3A).
- Gdy środkowa płaszczyzna komórek jest zogniskowana, płytka jest gotowa do obrazowania aktywności wapnia. Ustawienia będą się różnić w zależności od mikroskopu i aplikacji. Obrazujemy komórki za pomocą lasera Argon 488 nm przez 1, 2 lub 12 godzin o następujących parametrach:
- Zdjęcia w 1 godzinie:
- Laser Argon 488 nm skanuje przy 4% swojej maksymalnej mocy 30 mW.
- Skanuj raz na 4 sekundy (900 skanów na godzinę).
- Obrazy z 2 godzin:
- Laser Argon 488 nm skanuje przy 4% swojej maksymalnej mocy 30 mW.
- Skanuj raz na 8 sekund (450 skanów na godzinę).
- Zdjęcia z 12 godzin:
- Laser Argon 488 nm skanuje z prędkością 2% swojej maksymalnej mocy 30 mW.
- Skanuj raz na 48 sekund (75 skanów na godzinę).
Te parametry spowodują zestaw 900 nieruchomych obrazów dla każdego klatki. Aktywność wapnia można następnie zarejestrować, analizując poziomy fluorescencji w czasie przepływu obrazów (ryc. 3B) za pomocą aplikacji do przetwarzania obrazu, takiej jak ImageJ 50.
4. Naprawianie komórek
- Po obrazowaniu komórki można utrwalić na 30 minut, usuwając 3 ml roztworu z płytki i dodając 1 ml 2X MEMFA do pozostałego 1 ml pożywki hodowlanej.
- Po utrwaleniu usuń MEMFA i odwodnij komórki serią 5-minutowych płukań, każde o objętości 1 ml:
- 25% etanol w 1X soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS).
- 50% etanolu w 1X PBS.
- 75% etanol w sddH2O(sterylna dejonizowana woda destylowana).
- Zastąp ostatnie pranie 1 ml 100% etanolu i przechowuj płytkę w temperaturze -20 °C.
Uwaga: Metanol może być również używany do tych prań i do przechowywania.
5. Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH)
Kultury mogą być testowane przy użyciu standardowego protokołu FISH dla Xenopus, jak opisano 51, z modyfikacjami dla hodowli komórkowych, jak opisano w Anderson Lab 52. Modyfikacje protokołu Anderson Lab są wymienione poniżej. Wszystkie prania przeprowadza się na płytkach Nunclon o średnicy 35 mm w objętościach około 1 ml, chyba że zaznaczono inaczej. Roztwory są zgodne z definicją w Sive i wsp. 53, chyba że zaznaczono inaczej.
Ważna uwaga: Nie używaj sond RNA znakowanych fluoresceiną podczas hybrydyzacji in situ na komórkach zobrazowanych pod kątem aktywności wapnia. Przeciwciała antyfluoresceinowe wiążą się z resztkami Fluo4-AM w komórkach i mogą powodować pozytywny sygnał we wszystkich komórkach w hodowli.
Dzień 1: Permeabilizacja i hybrydyzacja
- Mycie nawadniające powinno być dostosowane do rozpuszczalnika odwadniającego używanego do przechowywania. W naszych eksperymentach pranie były klasyfikowane do etanolu w 1X PBS.
- Po ponownym nawodnieniu umyj komórki trzy dodatkowe razy w 1X PBS przez 5 minut każda w temperaturze pokojowej.
- Wymieszaj 25 ml 0,1 M trietanoloaminy (pH 8,0) z 62,5 μl bezwodnika octowego w probówce Falcona i szybko wymieszaj, aż do całkowitego rozproszenia, jak omówiono w protokole Anderson Lab 52. Inkubuj kultury w tej mieszaninie przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Po potraktowaniu bezwodnikiem octowym przemyć komórki w 1X soli cytrynianowej sodu (SSC) przez 5 minut w temperaturze pokojowej.
- Usuń ostatnie płukanie SSC i zastąp 0,2 M HCl (w sdd H2O) na 10 minut, aby przepuszczalność komórek.
- Wypłukać HCl dwoma płukaniami w 1X PBS przez 5 min.
- Prehybrydyzuj w buforze ISH w temperaturze 60 °C w wytrząsającej łaźni wodnej przez co najmniej 6 godzin, ale nie mieszaj wstępnie przez noc, ponieważ znacznie osłabia to sygnał.
- Hybrydyzować przez noc w temperaturze 60 °C przez 8-14 godzin w 750 μl rozcieńczonej sondy (rozcieńczenie 1:250 z oczyszczonej sondy). Stężenie oczyszczonej sondy waha się w zakresie 1,0-1,5 μg/μl.
Dzień 2: Usunięcie niezwiązanej sondy i inkubacji przeciwciał
- Wyjąć sondę i płukać kultury przez 5 minut w 0,2X SSC w temperaturze 60 °C. Prać w świeżej 0,2X SSC przez 1 godzinę w temperaturze 60 °C.
- Wyjmij kultury z łaźni wodnej i pozwól im dostosować się do temperatury pokojowej przez 5 minut.
- Płukać w 0,2X SSC w temperaturze pokojowej przez 5 min.
- Prać przez 15 min w 1X PBS z 0,1% Triton-X-100 (PBT).
- Aby dezaktywować endogenne peroksydazy, myć przez 1 godzinę w 2% roztworze H2O2 w PBT.
- Spłucz 15 minutowym myciem w 1X Tris Buffered Saline z 0,1% Tween 20 (TBST).
- Zablokuj 2% odczynnik blokujący w buforze kwasu maleinowego (MAB) przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Odkryliśmy, że ta metoda blokowania zwiększa czułość w porównaniu z poprzednimi metodami blokowania w 20% surowicy owczej w PBT.
- Inkubować kultury w 1 ml 2% odczynnika blokującego w MAB zawierającego rozcieńczenie 1:1 000 przeciwciała sprzężonego z POD przez przez noc w temperaturze 4 °C.
Dzień 3: Usunięcie niezwiązanego przeciwciała i rozwój fluorescencji
- Usunąć roztwór przeciwciał i płukać 3 razy w TBST przez 5 minut w temperaturze pokojowej.
- Prać 4 razy w TBST przez 15 minut w temperaturze pokojowej, ciągle kołysząc na niskich obrotach.
- Prać dwukrotnie w PBT w temperaturze pokojowej przez 10 min.
- Zastosować 750 μl tyramidu fluoresceiny w skali 1:200 lub tyramidu Cy3 w stosunku 1:25 rozcieńczonego w PBT. Inkubować przez 5 minut w temperaturze pokojowej i dodać 2,5 μl 0,3% H2O2 . Kołysz przez 40 minut, aby sygnał się rozwinął.
- Prać co najmniej 4 razy po 15 minut w TBST w temperaturze pokojowej z bujaniem.
- Gdy sygnał w pełni się rozwinie, prać przez 5 minut w 1X PBT.
- Utrwalić w 1X MEMFA na 1 godzinę w temperaturze pokojowej i przechowywać w 1X PBS w temperaturze 4 °C.
6. Wyniki obrazowania FISH i współrejestruj z danymi obrazowania wapnia
- Po zakończeniu badania FISH obrazuje się płytki do hodowli komórkowych w celu określenia, które komórki wykazują dodatni sygnał fluorescencyjny dla danej sondy. Użyj szkiełka nakrywkowego Cellattice, aby znaleźć dokładne pole widzenia badane podczas obrazowania wapnia i wyrównać płytkę do orientacji ramek obrazu wapnia.
- Ustaw ostrość na środkowej płaszczyźnie komórek i wykonaj pojedynczy obraz o wysokiej rozdzielczości za pomocą lasera Helium-Neon HeNe 543 nm przy 15% jego maksymalnej mocy 1 mW (rysunek 3C).
- W oryginalnym zestawie 900 klatek obrazów wykonanych za pomocą protokołu obrazowania wapnia zidentyfikuj poszczególne komórki jako obszary zainteresowania (ROI) za pomocą programu do przetwarzania obrazu (takiego jak ImageJ 50). Wyodrębnij dane fluorescencji ROI jako zestaw punktów danych reprezentujących wartości par czas-fluorescencja (rysunek 4).
- Nałóż obraz wyników FISH na zidentyfikowane zwroty z inwestycji na obrazach wapnia (rysunek 3D).
- Rejestruj każdy zwrot z inwestycji jako dodatni dla sondy, ujemny dla sondy lub nieznany - w przypadku, gdy komórka odpowiadająca zwrotowi akcji nie może już znajdować się w polu view obrazu FISH.
- Przetwarzaj dane fluorescencji ROI za pomocą skryptów analizy statystycznej (zaprojektowanych przez MATLAB lub inny język programowania) w celu porównania poziomów aktywności wapnia między różnymi wypreparowanymi etapami (Figura 5A i 5C) lub komórek dodatnich dla różnych sond FISH (Figura 5B i 5D). Wszystkie skrypty używane w naszym laboratorium są dostępne bezpłatnie na żądanie.