Xenopus laevis embriony są szeroko wykorzystywane do identyfikacji mechanizmów, dzięki którym komórki embrionalne nabywają swoje specyficzne przeznaczenie, ponieważ ich jaja są wystarczająco duże, aby umożliwić zastosowanie metod mikrochirurgicznych. Ponadto rozwijają się one zewnętrznie bez konieczności suplementacji odżywczej pożywki hodowlanej, gdyż każda komórka zawiera bogaty wewnątrzkomórkowy zapas płytek żółtkowych, które stanowią wewnętrzny magazyn energii. Ważnym atutem w badaniu mechanizmów determinacji przeznaczenia komórek jest kompleksowy zestaw map przeznaczenia blastomerów w stadium podziału (od stadium 2- do 32-komórkowego) 1, 2, 3, 4, 5, 6. Mapy te zostały opracowane poprzez mikroiniekcję wykrywalnej cząsteczki do pojedynczego, identyfikowalnego blastomeru i monitorowanie w późniejszych etapach rozwoju, które tkanki są zasiedlane przez znakowane potomstwo. Spójne mapy przeznaczenia są możliwe dzięki temu, że główne osie embrionów można niezawodnie zidentyfikować w wielu osobnikach. Po pierwsze, we wszystkich embrionach typu dzikiego półkula zwierzęca jest pigmentowana, podczas gdy półkula roślinna nie jest. Po drugie, wniknięcie plemnika podczas zapłodnienia powoduje przesunięcie pigmentacji półkuli zwierzęcej w stronę przyszłej strony brzusznej; w wielu embrionach różnica w pigmentacji może zatem służyć do rozróżnienia strony grzbietowej od brzusznej. Po trzecie, pierwsza bruzda podziałowa w większości embrionów odpowiada płaszczyźnie pośrodkowej strzałkowej, a zatem może być wykorzystana do identyfikacji prawej i lewej strony embrionu. Mapy przeznaczenia opierają się również na fakcie, że naturalnie zapłodnione jaja często dzielą się według regularnych wzorców, co sprawia, że każdy blastomer jest identyfikowalny w dużej populacji embrionów. Chociaż występuje zmienność w obrębie i pomiędzy partiami jaj w zakresie pigmentacji i wzorców podziału, zastosowanie opisanych tutaj procedur selekcyjnych pozwala na identyfikację komórek o określonym przeznaczeniu z dokładnością około 90%.
Losy komórek mogą być determinowane podczas embriogenezy przez kilka mechanizmów. Czynniki wewnętrzne, takie jak różnicowo dziedziczone mRNA cytoplazmatyczne lub białka, przyczyniają się do wielu aspektów wczesnego wzorowania. Na przykład specyficzne macierzyńskie mRNA determinują, które komórki utworzą linię zarodkową, staną się endodermą lub przyczynią się do powstania grzbietowej osi ciała (przegląd w 7). Czynniki zewnętrzne dostarczane lokalnie przez sąsiednie komórki lub z większej odległości z embrionalnego centrum sygnalizacyjnego odpowiadają za indukcję specyficznych typów tkanek i wzorowanie niemal każdego układu narządowego. Przykładami centrów sygnalizacyjnych są organizator/węzeł w gastruli, który indukuje ektodermę neuralną i wzoruje mezodermę, oraz strefa aktywności polaryzującej, która wzoruje oś przednio-tylną pączka kończyny. Chociaż mapy losów pozwalają zidentyfikować prekursory różnych narządów i ujawniają ścieżkę rozwojową ich potomstwa w normalnym embrionie, nie potrafią one odróżnić wpływu czynników wewnętrznych od zewnętrznych na te komórki. Nie ujawniają one również pełnego potencjału rozwojowego komórki, której potomstwo różnicuje się w złożonym środowisku sygnalizacyjnym embrionu. Dwa podejścia eksperymentalne pozwalają sprawdzić, czy los komórki jest determinowany przez czynniki wewnętrzne, czy jest następnie modyfikowany przez czynniki zewnętrzne: 1) transplantacja komórki w nowe miejsce w embrionie; lub 2) usunięcie komórki z embrionu, a następnie hodowla w warunkach braku egzogennych sygnałów.
Oba podejścia eksperymentalne są możliwe do zastosowania u Xenopus, ponieważ komórki są wystarczająco duże, aby można było je rozdzielić ręcznie. Na przykład w licznych badaniach usuwano pojedyncze komórki z embrionów (aby zmienić oddziaływania międzykomórkowe) lub przeszczepiano komórki w nowe miejsca w embrionach biorcy w celu przetestowania zmian w ich losie (przegląd w 7, 8, 9). Ponadto drugie podejście, polegające na eksplantacji niewielkiej liczby komórek z różnych regionów embrionu do hodowli w celu wyjaśnienia indukcyjnych oddziaływań tkankowych w przypadku braku czynników egzogennych, jest możliwe dzięki temu, że komórki embrionu Xenopus są wypełnione wewnątrzkomórkowym zapasem składników odżywczych – płytkami żółtka. W związku z tym mogą być one hodowane przez kilka dni w zdefiniowanym medium solnym bez konieczności uzupełniania pożywki o składniki odżywcze lub czynniki wzrostu. Wykorzystaliśmy to podejście, aby wykazać, że grzbietowe blastomery zwierzęce posiadają autonomiczną zdolność do wytwarzania tkanek neuronalnych i grzbietowych mezo-dermalnych dzięki matczynie dziedziczonym mRNA 10, 11, a inni wykazali, że specyfikacja mezodermy blastomerów w stadium 32 komórek zależy zarówno od informacji wewnętrznych, jak i zewnętrznych 12. Zaletą hodowania komórek jako eksplantów jest możliwość uzupełnienia medium o zdefiniowane czynniki sygnałowe, aby określić, która ścieżka komunikacji międzykomórkowej może wpływać na los eksplantowanej komórki 12, 13, 14. Dodatkowo, przed rozpoczęciem hodowli, do blastomeru można wstrzyknąć mRNA w celu nadekspresji genu lub oligonukleotydy antysensowne, aby zapobiec translacji endogennych mRNA. Takie analizy funkcji zyskanej (gain-of-function) i utraconej (loss-of-function) pozwalają zidentyfikować cząsteczki niezbędne do autonomicznie wyrażanego losu komórki. Aby przeanalizować los eksplantu, identyfikację specyficznych typów komórek można przeprowadzić za pomocą standardowych metod badania ekspresji genów (np. hybrydyzacja in situ, RT-PCR) oraz testów immunocytochemicznych. Niniejszy protokół stanowi prosty, a zarazem skuteczny sposób rozróżnienia między mechanizmami wewnętrznymi a zewnętrznymi, które regulują proces przekształcania się komórki embrionalnej w specyficzne tkanki.