Przykład obrazu płytki poddanego procedurze barwienia tłuszczów przedstawiono w Rysunek 1. Specyficzne kontrole dla diety wysokotłuszczowej (daf-2 RNAi receptora insulinowego), niskotłuszczowe (lpd-3 białko niezbędne do tworzenia granulek zapasów lipidów w jelitach (RNAi), mały i niskotłuszczowy (fasn-1 (RNAi syntazy kwasów tłuszczowych) oraz pustego wektora (kontrola) wykazują zmienność natężenia fluorescencji w zależności od poziomu tłuszczu u zwierząt oraz odpowiadające im ilości lipidów określone za pomocą analizy GC/MS (Rycina 2). Należy zauważyć, że inaktywacje genów prowadzące do zahamowania rozwoju i powstania małych osobników często sprawiają wrażenie, jakby zwierzęta te miały znacznie niższą zawartość tłuszczu niż dorosłe zwierzęta kontrolne, niezależnie od jakiegokolwiek związku z metabolizmem tłuszczów (Rysunek 3). Należy przeprowadzić analizy wtórne, w tym analizę barwienia oraz biochemię lipidów przy użyciu SPE-GCMS u zwierząt kontrolnych typu dzikiego na podobnym etapie rozwoju, aby zapewnić poprawność wyników w przypadku małych lub zahamowanych rozwojowo hitów pozytywnych. W przypadku fasn-1 RNAi (interferencja RNARysunek 2), zwierzęta zatrzymują się w stadium larwalnym L2 lub L3 i wykazują niższe barwienie tłuszczów niż dorosłe zwierzęta z grupy kontrolnej RNAi, jednak o intensywności zbliżonej do zwierząt z grupy kontrolnej RNAi w stadium L2-L3 (procent barwienia tłuszczów u dorosłych zwierząt z grupy kontrolnej RNAi: 49,9 ± 4,5% dla fasn-1 RNAi oraz 20,2 ± 2,1% dla kontrolnego RNAi w stadium L2 i 64,7 ± 1,3 dla kontrolnego RNAi w stadium L3). Alternatywnie, analiza biochemiczna wykazała niższy stosunek TAG/PL niż u zwierząt kontrolnych N2 w odpowiadającym stadium L2 (TAG/PL: 22,5 ± 2,9 dla fasn-1 RNAi i 46,1 ± 3,4 dla kontrolnego RNAi o odpowiadającym stadium rozwoju, P ≤ 0,05). Zatem w tym przypadku analiza biochemiczna pozwala potwierdzić, że fasn-1 odgrywa rolę w magazynowaniu lipidów, a nie powoduje jedynie specyficznego dla stadium rozwoju zmniejszenia masy tłuszczowej.
Dalsza analiza obrazów nicieni opiera się w dużej mierze na platformie obliczeniowej, takiej jak Cell Profiler z wykorzystaniem WormToolbox30. W przypadku mniejszej liczby obrazów można zastosować publicznie dostępną platformę do analizy obrazów, taką jak ImageJ, bezpłatnie udostępniana przez NIH. W naszej analizie wykorzystano specjalistyczne skrypty Matlab, najpierw do identyfikacji studzienki, a następnie do wykluczenia studzienek pustych lub zawierających pęcherzyki powietrza oraz do odróżnienia małych zanieczyszczeń od nicieni. Ręczna kontrola jakości była niezbędna w przypadku obrazów oznaczonych do wykluczenia z wyżej wymienionych powodów. Empirycznie ustalono, że 90. percentyl intensywności pikseli nicieni w studzience, znormalizowany względem powierzchni nicieni w studzience, dostarczył spójnego miernika intensywności barwienia na wszystkich etapach rozwoju nicieni (Rysunek 3). Z kolei całkowita masa tłuszczu zintegrowana po powierzchni nicienia prowadziłaby do przypisania podobnych wyników małym, jasnym nicieniom oraz dużym, ciemniejszym osobnikom. Ponieważ nasza metoda nie integruje całkowitego sygnału fluorescencyjnego po powierzchni nicienia, a zamiast tego wykorzystuje percentyl intensywności, zmiany samej wielkości nicieni nie wpływają na mierzona intensywność. Zamiast tego mierzone są różnice w rozkładzie intensywności pikseli. Niemniej jednak obserwuje się wyraźne różnice w rozkładzie intensywności pikseli barwienia między zwierzętami na różnych etapach rozwoju, dlatego ważne jest badanie efektu RNAi dla dowolnego genu w odniesieniu do zwierząt na porównywalnym etapie rozwoju (Rysunek 3). Średnia zmienność między powtórzeniami przedstawiona jest na Rysunku 4, co wskazuje na wysoką powtarzalność metody barwienia tłuszczów. Należy zauważyć, że skuteczność metody jest w dużym stopniu zależna od uzyskania wysokiej jakości obrazów dla każdej płytki, przy jednolitym oświetleniu, identycznym czasie ekspozycji oraz minimalnej ilości pęcherzyków, zanieczyszczeń lub przenoszenia się nicieni do innych studzienek.
Ekstrakcję do fazy stałej (SPE) przeprowadzono na wcześniej zmieszanych, oczyszczonych standardach, aby określić stopień, w jakim triacyloglicerole (TAG) mogą zostać oddzielone od fosfolipidów (PL) (Rycina 5A). W tej analizie osiągnięto 100% rozdzielenia TAG i PL, co objawiło się całkowitym brakiem kwasów tłuszczowych 17:0 pochodzących z PL w próbce TAG oraz odpowiadającym temu całkowitym brakiem kwasów tłuszczowych 13:0 pochodzących z TAG w próbce PL (Rycina 5A). Zatem SPE jest wysoce efektywną metodą rozdzielania klas lipidów. Analiza ta nie wskazuje, że wszystkie TAG o różnych długościach łańcucha zostaną oczyszczone za pomocą SPE w równym stopniu i wykryte przez GCMS z podobną wydajnością. Potwierdza ona jedynie, że lipidy TAG i PL jako całość są całkowicie od siebie oddzielone.
Przykładowy ślad GC-MS zwierząt typu dzikiego N2, pobrany za pomocą ekstrakcji do fazy stałej i przygotowania FAME, przedstawiono na Rysunku 5B. W przypadku zarówno TAG, jak i PL, piki można zidentyfikować na podstawie czasu retencji oraz jonów macierzystych i potomnych w widmie mas, a całkowitą powierzchnię pod zidentyfikowanymi pikami znormalizowano do powierzchni odpowiednich standardów wewnętrznych. Aby wyznaczyć znormalizowaną ilość TAG, zsumowano powierzchnie pod wszystkimi pikami chromatogramu TAG, z wyjątkiem standardu 13:0, a następnie podzielono tę sumę przez powierzchnię pod pikiem 13:0. Analogicznie, aby wyznaczyć znormalizowaną całkowitą ilość PL, zsumowano powierzchnie pod wszystkimi pikami, z wyjątkiem standardu 17:0, i podzielono przez powierzchnię pod pikiem 17:0. Znormalizowane wartości dla próbek TAG i PL są następnie wykorzystywane do obliczenia końcowego stosunku TAG/PL dla próbki:

Należy zauważyć, że dane z SPE-GCMS pozwalają na znacznie bardziej zaawansowaną analizę kwasów tłuszczowych obecnych w każdej frakcji lipidowej niż proste obliczenie całkowitego stosunku TAG do PL. Na przykład badacz może zintegrować pojedynczy pik odpowiadający pojedynczemu kwasowi tłuszczowemu i porównać jego znormalizowaną zawartość między próbkami (np. porównując w typie dzikim N2 i w grupie RNAi daf-2 zintegrowaną powierzchnię piku 18:0 podzieloną przez pik standardu 13:0, znormalizowaną przez całkowitą masę PL podzieloną przez powierzchnię piku standardu PL 17:0):

Zależnie od preferencji badacza, możliwe jest również określenie zawartości dowolnego kwasu tłuszczowego w frakcjach TAG lub PL jako procentu całkowitej ilości oznaczonych kwasów tłuszczowych (na przykład 18:0 we frakcji TAG w nicieniach N2):


Rycina 1. Typowy przebieg całego eksperymentu. Dzień 1: zamrożone płytki biblioteki RNAi są przenoszone metodą stemplowania na płytki agarowe LB z Amp/Tet i inkubowane w 37 °C. Dzień 2: płytki Amp/Tet służą do szczepienia kultur płynnych klonów RNAi w blokach z głębokimi dołkami. Dzień 3: bakterie są zagęszczane przez wirowanie i przenoszone na 96-dołkowe płytki RNAi. Dzień 4: larwy C. elegans w stadium L1 są dodawane w formie płynnej do płytek RNAi i pozostawione do wyschnięcia. Dzień 7: zwierzęta są zbierane w cieczy, barwione Nile red w 40% izopropanolu, montowane na 96-dołkowych slajdach teflonowych i obrazowane za pomocą mikroskopu wysokoprzepustowego.

Rysunek 2. Barwienie Nile red z zastosowaniem utrwalacza wykazuje główne zapasy tłuszczów C. elegans. Przedstawiono reprezentatywne obrazy w świetle przechodzącym i fluorescencji GFP dla nicieni N2 karmionych klonami RNAi fasn-1 (małe, niska zawartość tłuszczu), lpd-3 (niska zawartość tłuszczu), kontrolą (pusty wektor) lub daf-2 (wysoka zawartość tłuszczu). Próbki opracowano zgodnie z protokołem (schemat na Rysunku 1). Utrwalone zwierzęta, zbarwione Nile red i poddane obrazowaniu, wykazują poziomy lipidów porównywalne z wynikami uzyskanymi z biochemicznego pomiaru lipidów. Poziomy fluorescencji Nile red w próbkach utrwalonych izopropanolem, uzyskane z co najmniej 6 powtórzeń biologicznych, przedstawiono w pierwszym rzędzie. Ilościowe poziomy triglicerydów, odzwierciedlające całkowite zapasy lipidów neutralnych po normalizacji do całkowitego poziomu fosfolipidów (TAG/PL), pobrane z 4 powtórzeń biologicznych, przedstawiono w drugim rzędzie. Należy zauważyć, że bezwzględne ilości uzyskane z barwienia Nile red z zastosowaniem utrwalacza oraz z biochemicznego oznaczania lipidów często nie są identyczne. W tym przypadku, mimo podobieństwa jakościowego, fasn-1(RNAi) wykazuje większą różnicę w masie triglicerydów względem kontroli w metodach biochemicznych niż wskazuje mikroskopia, lpd-3 wykazuje różnicę porównywalną, a daf-2(RNAi) mniejszą różnicę, choć wszystkie różnice są wysoce istotne statystycznie, a pomiary były wysoce powtarzalne. Przedstawione dane to średnia ± SEM (*, P ≤0.01; **, P ≤ 0.0001 względem kontroli, określone za pomocą nieparzystego, dwustronnego testu T przy założeniu równej wariancji).

Rysunek 3. Masa tłuszczowa określona poprzez utrwalenie i barwienie Nile red na różnych stadiach larwalnych. Zwierzęta hodowano na bakteriach OP50 i zbierano w stadiach rozwojowych L1, L2, L3, L4 oraz u dorosłych osobników ciążnych. Obrazy wykonano po utrwaleniu i barwieniu, a następnie przeanalizowano za pomocą dostosowanego skryptu Matlab, aby wyznaczyć 90ty percentyl intensywności pikseli w obrębie zidentyfikowanego obszaru nicienia. Należy zauważyć, że poziom lipidów u zwierząt znacznie wzrasta w miarę rozwoju od stadium L2 do L4, a następnie nieznacznie spada, gdy zwierzę zaczyna przekierowywać kalorie na proliferację linii zarodkowej w stadium dorosłym. Przedstawione dane stanowią średnią ± SEM dla 6-8 powtórzeń (**, P ≤ 0,0001 względem dorosłych osobników ciążnych, wyznaczono za pomocą nieparzystego dwustronnego testu T).

Rycina 4. Wysoka powtarzalność w niezależnych powtórzeniach biologicznych. Przedstawiono wykres rozrzutu intensywności fluorescencji czerwonego Nilu w powtórzeniach biologicznych (n = 6-8). Dla każdego powtórzenia wszystkie wartości znormalizowano do średniej intensywności kontroli z pustym wektorem. Przedstawione dane to średnia ± SEM (**, P ≤ 0.0001 względem kontroli, określone za pomocą nieparametrycznego, dwustronnego testu T przy założeniu równości wariancji).

Rysunek 5. Chromatogramy GC-MS standardów rozdzielonych metodą SPE oraz zawartość TAG i PL w typie dzikim. (A) Przedstawiono ślady GC-MS z rozdzielania standardów TAG i PL metodą SPE. Zwróć uwagę na całkowity brak kwasu tłuszczowego 13:0 w śladzie PL oraz odpowiadający mu brak kwasu tłuszczowego 17:0 w śladzie TAG, co wskazuje na całkowite rozdzielenie TAG (trytridekanoina) od PL (1,2-diheptadekanoylo-sn-glicero-3-fosfo-(1'-rac-glicerol)). (B) Reprezentatywne pełne widmo TAG i PL z próbki zwierząt typu dzikiego N2 karmionych kontrolnym RNAi wektorem (bakterie HT115 z pustym wektorem RNAi L4440). Zgodnie z protokołem, do urządzenia Agilent 6890/5973N GCMS wstrzyknięto 1 µL próbki, a poszczególne piki zidentyfikowano na podstawie czasu retencji oraz ich odpowiednich widm masowych. Skróty: cyclo, kwas tłuszczowy cyklopropanowy; iso: kwas tłuszczowy z rozgałęzieniem izometylowym; GLA, kwas gamma-linolenowy; ALA, kwas alfa-linolenowy; DGLA, kwas dihapomo gamma-linolenowy; EPA, kwas eikozapentaenowy. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększony rysunek.