Kompartment aksonalny neuronów wykazuje duży stopień funkcjonalnej niezależności od przedziału somato-dendrytycznego. W neuronach projekcyjnych aksony zawierają większość białka neuronalnego1,2. Badania nad fizjologią i patofizjologią aksonów nabrały rozpędu w społeczności neuronaukowej, ponieważ ostatnie badania wykazały, że wczesna dysfunkcja aksonów wydaje się być powszechną cechą chorób neurodegeneracyjnych i zaburzeń neuropsychiatrycznych3. Wydaje się prawdopodobne, że lepsze zrozumienie mechanizmów wyłączności aksonalnej w normalnych i patologicznych warunkach rzuci światło na wczesne zdarzenia, które napędzają dysfunkcję.
Obecny protokół opisuje, jak używać wkładek hodowlanych z porowatą membraną (filtrem) do uzyskania dużych ilości czystego materiału aksonalnego, który nadaje się do analiz biochemicznych i immunocytochemicznych. Zastosowanie wkładek filtracyjnych do badania biologii aksonów zostało po raz pierwszy wdrożone przez Stewarda i współpracowników4 i dalej rozwijane przez Twiss i współpracowników5 do obecnej konfiguracji. Technika ta jest obecnie stosowana przez grupy badające różne aspekty biologii aksonów i dendrytów, z niewielkimi modyfikacjami w każdym przypadku, aby dostosować się do populacji badanych neuronów, wykonanych zabiegów i rodzaju zastosowanych analiz biochemicznych6-9. Obecny protokół nie ma na celu uwzględnienia wszystkich alternatyw dla tak różnorodnych zastosowań, ale raczej zapewnia proste podejście, które jest odpowiednie dla większości zastosowań. W szczególności opisany tutaj protokół wykorzystuje potrójną powłokę, która maksymalizuje wydajność aksonów do analiz biochemicznych i jest najbardziej odpowiednia do badania zwyrodnienia aksonów – inne powłoki opisane w literaturze wytwarzały mniej aksonów, które cofają się i degenerują szybciej, gdy są pozbawione czynników troficznych9.
W tej procedurze, ciała komórek nerwowych pozostają odizolowane na górze filtra, podczas gdy aksony przechodzą przez pory i rosną wzdłuż jego dolnej powierzchni. Czyste aksony (wolne od zanieczyszczeń gleju i komórek nerwowych), które rosną na dolnej powierzchni filtra, mogą być zbierane do analiz biochemicznych lub mogą być utrwalane in situ i badane za pomocą technik immunocytochemicznych9. Zabieg polega na wykorzystaniu embrionalnych neuronów czuciowych ze zwojów korzenia grzbietowego (DRG). Embrionalne DRG są szeroko stosowane do badania biologii aksonów, ponieważ neuryty z tych komórek ulegają szybkiemu i silnemu wzrostowi in vitro, gdy są utrzymywane we czynniku wzrostu nerwów (NGF), a także dlatego, że szybko ulegają zwyrodnieniu, gdy są pozbawione tego czynnika. Ponadto neurony DRG nie mają dendrytów, więc wszystkie neuryty zebrane tą metodą są czysto aksonami.
Wkłady filtrujące stanowią wielką zaletę w porównaniu z innymi podejściami stosowanymi do badania aksonów. Badania opierające się na wykorzystaniu mikroskopii do różnicowania procesów zachodzących w somie komórkowej od procesów zachodzących w aksonach dostarczają ograniczonych informacji biochemicznych. Innym przykładem mogą być systemy hodowli z podziałem na przedziały (np. komory Campenota10 lub urządzenia mikroprzepływowe11) są przydatne w metodach obrazowania i do zróżnicowanego traktowania przedziałów komórkowych, ale dostarczają tylko niewielkie ilości materiału aksonalnego, co wyklucza stosowanie tych technik do analiz biochemicznych, które wymagają stosunkowo dużych ilości próbki. Ponadto ich stosowanie wymaga znacznego przeszkolenia, a także specjalistycznych urządzeń i jest czasochłonne. Innym podejściem często stosowanym do izolowania aksonów z eksplantatów jest ręczne usunięcie centrum eksplantatu (zawierającego ciała komórek nerwowych) przed pobraniem próbki aksonalnej. Chociaż może to spowodować wytworzenie dużych ilości preparatów wzbogaconych w aksony, aksony w tym preparacie mogą być otoczone glejem, a szybkie usunięcie 20 ciał eksplantatów kolejno z 6 dołków (jako przykład minimalnego eksperymentu) jest czasochłonne i na granicy wykonalności.
Dla kontrastu, przedstawiona tutaj metoda daje obfite i czyste preparaty aksonalne, które mogą być następnie analizowane za pomocą praktycznie każdej techniki biochemicznej, która jest powszechnie używana do analizy lizatów całokomórkowych, takich jak western blot, immunoprecypitacja6, northern blot5, spektrometria mas6, oczyszczanie RNA7,12,13, między innymi. Co więcej, protokół może być stosowany do technik immunofluorescencji (IF), ponieważ możliwe jest utrwalenie aksonów rosnących w dolnej części filtra w celu ich dalszego zbadania za pomocą IF. Takie podejście znacznie ułatwia analizę procesów specyficznych dla aksonów, ponieważ w końcowym preparacie nie ma ciał komórkowych. Jest to istotna zaleta, ponieważ wysoki sygnał immunofluorescencyjny z ciał komórkowych często podważa badanie i analizę słabszego sygnału pochodzącego z cienkich struktur, takich jak aksony.
Opisano dwa zastosowania metody hodowlanej do badania zwyrodnienia aksonów; model przycinania rozwojowego oraz model degeneracji wywołanej kontuzją (powszechnie określany jako degeneracja Wallera). Modelowanie przycinania rozwojowego opiera się na fakcie, że neurony czuciowe in vivo konkurują o ograniczenie ilości docelowego NGF, a te, które nie otrzymują wystarczającego wsparcia neurotroficznego, ulegają degeneracji. Zjawisko to można naśladować w embrionalnych hodowlach DRG poprzez wycofanie NGF z pożywki hodowlanej, co, jak to ma miejsce in vivo, inicjuje degenerację aksonów, a następnie zniszczenie ciała komórki. Aby modelować zwyrodnienie Wallera, górna strona filtra z korpusami komórek jest zeskrobywana. Aksony, które wyrosły na dolnej stronie filtra, zostają fizycznie oddzielone od ciał komórkowych, a następnie przechodzą szybki i stereotypowy proces zwyrodnieniowy znany jako degeneracjaWallera15, nazwany tak na cześć A. Wallera, który jako pierwszy opisał to zjawisko w 1850 roku.