Niedokrwienne uszkodzenie mózgu jest jednym z najczęstszych i najbardziej wyniszczających stanów zagrażających prawidłowemu funkcjonowaniu mózgu i często prowadzi do utrzymujących się deficytów funkcjonalnych u dotkniętych nim pacjentów. Pomimo intensywnych wysiłków badawczych nadal nie ma skutecznej opcji leczenia, która zmniejszałaby uszkodzenie neuronów i chroniła neurony w obszarach niedokrwionych przed opóźnioną wtórną śmiercią. Badania w tej dziedzinie zazwyczaj obejmują wykorzystanie skomplikowanych i problematycznych modeli zwierzęcych. Organotypowe hodowle warstwowe entorhino-hipokampa z deprywacją tlenu i glukozy (OGD) są tworzone in vitro, które naśladują niedokrwienie mózgu. Nowatorskim aspektem tego badania jest to, że oprócz zmian neuronalnych badane są zmiany naczyń krwionośnych mózgu, a reakcja zarówno przedziału neuronalnego, jak i przedziału naczyniowego może być porównywana i korelowana. Metody przedstawione w niniejszym protokole znacznie poszerzają potencjalne zastosowania podejścia opartego na organotypowej hodowli plastrów. Sama indukcja OGD lub hipoksja może być zastosowana dość prostymi środkami w organotypowych kulturach plastrów i prowadzi do wiarygodnych i powtarzalnych uszkodzeń tkanki nerwowej. Stoi to w jaskrawym kontraście ze skomplikowanymi i problematycznymi eksperymentami na zwierzętach wywołującymi udar i niedokrwienie in vivo. Poszerzenie analizy o badanie reakcji układu krwionośnego może dostarczyć nowych sposobów na zachowanie i przywrócenie funkcji mózgu. Przedstawione tutaj podejście oparte na hodowli warstw może stać się atrakcyjnym i ważnym narzędziem do badania niedokrwiennego uszkodzenia mózgu i może być przydatne do testowania potencjalnych środków terapeutycznych mających na celu neuroprotekcję.