Przedstawiamy tutaj solidny i skuteczny protokół ekspresji białek fluorescencyjnych po wstrzyknięciu mRNA do niezapłodnionych oocytów głowostrunowca amfioksusa, Branchiostoma lanceolatum. Używamy konstruktów dla błonowych i jądrowych ukierunkowanych mCherry i eGFP, które zostały zmodyfikowane w celu dostosowania do użycia kodonów amfioksusa i sekwencji konsensusu Kozaka. Opisujemy rodzaj igieł do wstrzykiwań, które należy zastosować, protokół unieruchomienia niezapłodnionych oocytów oraz ogólną konfigurację iniekcji. Technika ta pozwala na uzyskanie znakowanych fluorescencyjnie zarodków, w których dynamika zachowań komórek we wczesnym okresie rozwoju może być analizowana przy użyciu najnowszych strategii obrazowania in vivo. Opracowanie techniki mikroiniekcji u tego gatunku amfioksus pozwoli na obrazowanie na żywo analiz zachowań komórek w zarodku, a także manipulacje specyficzne dla genów, w tym nadekspresję genów i knockdown. Podsumowując, protokół ten jeszcze bardziej skonsoliduje podstawową strunowcę amphioxus jako model zwierzęcy do rozwiązywania problemów związanych z mechanizmami rozwoju embrionalnego i, co ważniejsze, z jego ewolucją.