$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Cytometria przepływowa była szeroko wykorzystywana w immunologii, hematologii i onkologii do definiowania populacji komórek poprzez wewnętrzne właściwości rozpraszania, ekspresję antygenu na powierzchni komórki i inne parametry fluorescencji1-3. Nasze spostrzeżenia na temat rozwoju linii krwi i chorób są w znacznym stopniu wynikiem ciągłego udoskonalania tej metodologii po jej początkowym wdrożeniu4,5. Rosnąca świadomość ilościowego i ogólnego potencjału analitycznego cytometrii przepływowej zachęciła ostatnio do jej szerszego stosowania w badaniach nad komórkami macierzystymi i może umożliwić podobnie głęboki postęp w krótszym czasie6. Jednak zastosowanie cytometrii przepływowej do specyficznej analizy i izolacji populacji neuronów od dawna jest postrzegane jako wyzwanie. W przeciwieństwie do komórek krwiotwórczych, które naturalnie występują w zawiesinie, typy komórek nerwowych są zwykle zbierane z nadmiernie złożonych źródeł, które mogą obejmować komórki glejowe i różne inne otaczające komórki, a także skomplikowaną sieć neuronów przenoszących proces. W związku z tym neurobiologia musi jeszcze w pełni wykorzystać wszechstronność cytometrii przepływowej w codziennych rutynowych badaniach. Jednak tak długo, jak można wytworzyć żywotną zawiesinę pojedynczej komórki (a protokoły zostały opracowane i zoptymalizowane w tym celu7), cytometria przepływowa i sortowanie komórek aktywowane fluorescencją (FACS) mogą być uważane za cenny element repertuaru analitycznego w neurobiologii8-11.

Rysunek 1. Zasada analizy cytometrii przepływowej i elementy cytometru przepływowego. Cytometry przepływowe składają się z trzech głównych systemów: fluidyki, optyki i elektroniki. Usprawniony przepływ komórek w zawiesinie (przygotowanej z tkanki pierwotnej lub hodowli in vitro) jest osiągany przez płyn osłonki poprzez ogniskowanie hydrodynamiczne, ograniczając próbkę do jej środkowego rdzenia. Części optyczne składają się z laserów, które oświetlają strumień komórek oraz filtrów optycznych, które kierują sygnał do odpowiednich detektorów. Wykryte sygnały świetlne są przekształcane w sygnały elektroniczne, a następnie przetwarzane przez komputer i wizualizowane na monitorze w celu analizy danych i bramkowania. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Użytkownicy metod cytometrii przepływowej korzystają z przynajmniej podstawowej wiedzy na temat podstaw, w tym elementów składowych cytometru (dla przeglądu patrz12,13; zobacz także Rysunek 1). Wiązka laserowa przecina się z hydrodynamicznie skupionym strumieniem płynu, który zawiera komórki w zawiesinie, które z kolei przechodzą przez wiązkę laserową w "jednym pliku" jedna po drugiej. Przechwycenie komórki (lub jakiejkolwiek innej cząstki) za pomocą lasera powoduje rozproszenie światła z tego punktu przesłuchania. Światło rozproszone może być wykrywane w kontynuacji kierunku lasera (rozproszenie do przodu, związane z wielkością cząstki), a także prostopadłe do jej kierunku (rozproszenie boczne; odzwierciedlające ziarnistość cząstki/komórki). Te wyżej wymienione właściwości rozproszenia nie wymagają specjalnego etykietowania, dlatego nieoznakowana próbka (lub również szczątki komórkowe, pęcherzyki powietrza itp.) wygeneruje sygnał (zdarzenie) na dwuwymiarowym wykresie rozproszenia do przodu w stosunku do bocznego wykresu punktowego, powszechnie używanego do początkowego bramkowania. Stosując odpowiednie lasery i filtry specyficzne dla odpowiednich widm wzbudzenia i emisji, komórka może być analizowana pod kątem jej pozytywności, poziomu intensywności lub braku markerów fluorescencyjnych. Większość zastosowań cytometrii przepływowej koncentrowała się na charakterystyce za pomocą antygenów powierzchniowych komórek. W przeciwieństwie do linii hematopoetycznej, linia neuronalna pozostała mniej szczegółowo zdefiniowana zgodnie z wzorcami ekspresji epitopów powierzchniowych5. Jedną z zalet wykorzystania antygenów powierzchniowych jest to, że żywe komórki można poddać paradygmatom sortowania komórek, takim jak FACS. W przeciwieństwie do tego, wewnątrzkomórkowe barwienie antygenu wymaga etapów utrwalania i przepuszczalności, aby pośredniczyć w interakcji epitop-przeciwciało, co wyklucza dalsze zastosowania, które wymagają żywotnych komórek. Warto zauważyć, że takie podejścia nadal pozwalają na liczne testy ilościowe14, a także dalsze analizy ekspresji RNA i białek15. Hematologia, immunologia i onkologia często wykorzystywały łącznie więcej niż tuzin markerów do definiowania poszczególnych subpopulacji16. Dodatkowo, cytometria masowa lub CyTOF może być teraz używana do jednoczesnej analizy do 30 parametrów17,18.
Dla zastosowań neuronalnych komórek macierzystych, jak również w hodowlach pierwotnych14,19,20, niejednorodność komórek in vitro jest powszechnym zjawiskiem21-23. Komórki niereprezentujące populacji docelowej będącej przedmiotem zainteresowania ucieleśniają potencjalnie czynnik zakłócający odczyt eksperymentalny24,25. Dogodnie, różne podzbiory komórkowe obecne w heterogenicznej zawiesinie komórkowej mają odrębne (znane lub jeszcze nie rozszyfrowane) profile ekspresji antygenu, które można wykorzystać do zdefiniowania tych różnych populacji. Cytometria przepływowa może zatem odgrywać kluczową rolę w rozwiązywaniu niejednorodności komórkowej, a tym samym ułatwiać zastosowania biomedyczne (testy in vitro, terapia komórkowa) i optymalizować odczyt ilościowy, koncentrując się na najbardziej odpowiednim podzbiorze24,26. W ciągu ostatnich kilku lat zidentyfikowano różne kombinacje antygenów powierzchniowych, aby umożliwić ilościowe określenie i izolację określonych typów komórek nerwowych. Obejmuje to CD133 do wzbogacania nerwowych komórek macierzystych27, kombinację antygenów powierzchniowych CD15 / CD24 / CD29 do izolacji NSC, zróżnicowanych neuronów i komórek grzebienia nerwowego28 lub CD15 / CD24 / CD44 / CD184 / CD271 w celu wyizolowania podzbiorów nerwowych i glejowych25, wśród innych sygnatur29,30. Poza neuronami, markery glejowe obejmują A2B531, CD4425, NG232 i GLAST33. W niedawnej publikacji wykorzystano marker prekursorowy płytki podłogowej śródmózgowia CORIN34,35 w celu wzbogacenia o prekursory dopaminergiczne w paradygmatach przeszczepu komórek Parkinsona36. Cząsteczki CD są nie tylko markerami, ale funkcjonalnie istotnymi mediatorami interakcji komórka-komórka oraz zdolności komórki do reagowania na sygnały z cząsteczek macierzy zewnątrzkomórkowej i czynników wzrostu37. Jedną ze strategii dalszego wzmacniania arsenału kombinatorycznych antygenów CD w celu scharakteryzowania rozwoju linii neuronalnej jest wykorzystanie znanych markerów wewnątrzkomórkowych do badań przesiewowych i zdefiniowania kombinacji antygenów CD dla określonego typu komórek będących przedmiotem zainteresowania. Niedawno wykorzystaliśmy takie podejście i zidentyfikowaliśmywysokie kombinatoryczne wzorce ekspresji CD49f–/CD200 jako nowatorskie podejście do wzbogacania podzbiorów neuronów z indukowanych nerwowo pluripotencjalnych systemów hodowli komórek macierzystych38. W tym miejscu uwzględniamy i omawiamy ten ostatni protokół (i jego opcjonalne odmiany), w którym barwienie powierzchni i barwienie wewnątrzkomórkowe mogą być stosowane jednocześnie do definiowania subpopulacji komórek nerwowych za pomocą cytometrii przepływowej.

Rysunek 2. Diagram przepływu opcji protokołu eksperymentalnego. Rysunek przedstawia schematyczne przedstawienie głównych kroków związanych z protokołem. Opcjonalne kroki (barwnik CFSE lub wewnątrzkomórkowe znakowanie antygenu) są oznaczone jasnoszarymi polami. Po zbiorach należy ocenić żywotność i liczbę zawiesin komórek nerwowych przed barwieniem powierzchni komórek. Oprócz próbek będących przedmiotem zainteresowania należy uwzględnić zarówno kontrole pozytywne, jak i ujemne. Próbki mogą być analizowane za pomocą analizy cytometrycznej przepływowej i/lub wykorzystywane w paradygmatach sortowania komórek. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.
Podczas gdy wcześniej używaliśmy przeciwciała pierwotnego w połączeniu z przeciwciałem drugorzędowym do barwienia wewnątrzkomórkowego38, teraz wprowadzamy niekowalencyjne znakowanie przeciwciała pierwotnego za pomocą fluorescencyjnych fragmentów Fab (znakowanie Zenon) jako niewielką odmianę, zmniejszając w ten sposób etapy manipulacji komórkami39. Ponadto, jako kolejny przykład wszechstronności protokołu, stosujemy opcjonalne znakowanie jednego podzbioru eksperymentalnego estrem sukcynimidylu karboksyfluoresceiny (CFSE) przed barwieniem antygenu powierzchniowego. Takie wstępne znakowanie CFSE umożliwia natychmiastowe bezpośrednie porównanie dwóch linii komórkowych lub warunków eksperymentalnych (znakowane CFSE i nieznakowane) w jednej probówce z próbką, zmniejszając wariancję lub subtelne różnice w czasie inkubacji i oszczędzając przeciwciała. CFSE jest uznanym barwnikiem fluorescencyjnym, który jest powszechnie stosowany do śledzenia komórek40, w eksperymentach z proliferacją41,42 i kodami kreskowymi43,44. Wreszcie, chociaż rzeczywiste etapy sortowania (FACS, immunomagnetyczna separacja komórek lub immunopanning) nie są częścią tego protokołu, w zasadzie opisane tutaj procedury zbierania i etykietowania dają próbki, które można poddać aplikacjom sortowania opartym na antygenach powierzchniowych lub etykietowaniu wewnątrzkomórkowym15 25,28.
W tym artykule dążymy do: podsumowania możliwego do użycia protokołu barwienia antygenem powierzchniowym25,28, podsumowania protokołu wykrywania celów wewnątrzkomórkowych, jak również połączonej analizy antygenów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych38, przedstawienia etapu wewnątrzkomórkowego znakowania barwnikiem CFSE41,45 jako eksperymentalnej opcji do analiz porównawczych populacji komórek nerwowych oraz podsumowania podejść do analizy cytometrycznej przepływowej (odpowiednie kontrole13,46, strategia bramkowania i prezentacja danych47).