Ten protokół opisuje architekturę systemu do wykonywania automatycznych separacji cząstek o małej objętości (0,15–1,5 ml) za pomocą urządzenia mikroprzepływowego i omawia metody optymalizacji wydajności i działania urządzenia akustycznego.
Artykuł metodologiczny
Ten protokół opisuje architekturę systemu do wykonywania automatycznych separacji cząstek o małej objętości (0,15–1,5 ml) za pomocą urządzenia mikroprzepływowego i omawia metody optymalizacji wydajności i działania urządzenia akustycznego.
Główną zaletą urządzeń mikroprzepływowych jest możliwość manipulowania małymi objętościami próbek, co zmniejsza ilość odpadów odczynników i pozwala zachować cenną próbkę. Jednak, aby uzyskać solidną manipulację próbką, konieczne jest zajęcie się integracją urządzenia ze środowiskiem makroskalowym. Aby zapewnić powtarzalną, czułą separację cząstek za pomocą urządzeń mikroprzepływowych, protokół ten przedstawia kompletną, zautomatyzowaną i zintegrowaną platformę mikroprzepływową, która umożliwia precyzyjne przetwarzanie próbek o wielkości 0,15–1,5 ml za pomocą urządzeń mikroprzepływowych. Ważnymi aspektami tego systemu są modułowy układ urządzeń i solidny osprzęt, co skutkuje niezawodnymi i elastycznymi połączeniami między światem a chipami, a także w pełni zautomatyzowana obsługa płynów, która umożliwia pobieranie próbek w pętli zamkniętej, czyszczenie systemu i etapy zalewania w celu zapewnienia powtarzalnej pracy. Różne urządzenia mikroprzepływowe mogą być używane zamiennie z tą architekturą. W tym miejscu włączamy urządzenie akustofluidyczne, szczegółowo opisujemy jego charakterystykę, optymalizację wydajności i demonstrujemy jego zastosowanie do separacji wielkości próbek biologicznych. Dzięki wykorzystaniu informacji zwrotnych w czasie rzeczywistym podczas eksperymentów separacji, pobieranie próbek jest zoptymalizowane w celu zachowania i zagęszczenia próbki. Chociaż wymaga to integracji wielu urządzeń, zalety tej architektury obejmują możliwość przetwarzania nieznanych próbek bez dodatkowej optymalizacji systemu, łatwość wymiany urządzeń oraz precyzyjne, niezawodne przetwarzanie próbek.
Separacja i frakcjonowanie próbek to jeden z najbardziej obiecujących obszarów zastosowań technologii mikroprzepływowych. Takie etapy postępowania z próbkami są integralną częścią skutecznej diagnostyki klinicznej, opracowywania środków terapeutycznych, wysiłków w zakresie nadzoru biologicznego oraz postępu w badaniach i technologii w dziedzinie nauk przyrodniczych. Zademonstrowano niezliczone strategie separacji mikroprzepływowej dla cząstek zawieszonych w płynach i koloidów, a także dla związków chemicznych i biologicznych; Kilka przeglądów zawiera przegląd ostatnich postępów i osiągnięć w tych dziedzinach1–9. Chociaż wiele z tych technologii separacji mikroprzepływowej (zwanych dalej "urządzeniami podstawowymi") zostało szczegółowo scharakteryzowanych, niewiele raportów uwzględniało problem separacji próbek na poziomie systemu. Podstawowe urządzenia to zazwyczaj pojedyncze chipy w skali centymetrowej, połączone z rurkami fluoropolimerowymi, z płynem dostarczanym przez pompę wyporową lub ciśnieniową. Jeśli jednak obietnica mikrofluidyki – w tym zwiększona automatyzacja, niezawodność i zmniejszenie objętości próbek – ma stać się rzeczywistością, należy włożyć co najmniej równy wysiłek w zaprojektowanie kompletnego systemu separacji, z którym zintegrowane jest urządzenie podstawowe.
Ponadto, głównym wyzwaniem dla mikroprzepływowych podejść do biodetekcji jest interfejs makro do mikro. Odnosi się to nie tylko do fizycznych połączeń "świat do chipa" urządzenia mikroprzepływowego z komponentami w makroskali oraz do niedopasowania między typowymi objętościami próbek klinicznych lub analitycznych (~0,1–10 ml) a wewnętrzną objętością chipów mikroprzepływowych (~0,01–10 μl), ale także do ograniczeń statystycznych wynikających z mostkowania tych skal wielkości. Kwestie te przyczyniają się do postrzegania, że wstępne przetwarzanie i przygotowanie próbek jest "słabym ogniwem" biodetekcji. 10 Platforma opisana w niniejszej pracy stanowi ważny krok w kierunku sprostania tym wyzwaniom.
Biorąc pod uwagę widok na poziomie systemu, ten protokół szczegółowo opisuje niezawodne przetwarzanie precyzyjnie mierzonych objętości w skali analitycznej (od 0,15 do 1,5 ml) w ~10-minutowych skalach czasowych. Jest to operacja "jednym przyciskiem": po umieszczeniu w systemie fiolki źródłowej zawierającej fiolkę z próbką i fiolki docelowe do pobierania frakcji, polecenie "uruchom" inicjuje procedurę, a wszystkie kroki są kontrolowane przez komputer. Pod koniec serii fiolki do pobierania mogą zostać wyjęte z systemu w celu dalszej analizy oddzielonych frakcji.
Podstawowym urządzeniem w tym systemie jest chip do akustoforezy, który ekstrahuje z próbki cząstki wielkości komórki ssaków (5-20 μm). Separacja akustoforetyczna jest tutaj wybierana przede wszystkim ze względu na wysoką przepustowość (do 100 μl/min), bezznacznikową i bezkontaktową, co daje korzyści w oddzielaniu żywych wirusów od komórek, z którymi może się równać niewiele innych technik mikroprzepływowych. Fizyka akustycznego ogniskowania cząstek została obszernie opisana11-13 i nie jest przedmiotem niniejszego protokołu, ale poniżej znajduje się krótkie podsumowanie podstawowych koncepcji, które pomogą w zrozumieniu zastosowania separacji mikroprzepływowej.
Ultradźwiękowe fale stojące rezonujące w wypełnionych płynem mikrokanałach wytwarzają pola ciśnienia, które powodują powstawanie sił kierujących cząstki w kierunku węzłów niskiego ciśnienia. Wielkość siły zależy od objętości cząstki oraz od współczynnika kontrastu akustycznego wyprowadzonego ze względnych gęstości i ściśliwości cząstki i zawieszonego płynu. 14 W związku z tym ogniskowanie akustyczne idealnie nadaje się do oddzielania cząsteczek wielkości komórki (~7–15 μm) od cząstek o rozmiarach wirusa (~50–200 nm). Większe cząstki migrują w kierunku węzła ciśnienia; Ponieważ jednak wielkość siły jest bardzo mała dla cząstek mniejszych niż 2–3 μm, te małe cząstki lub rozpuszczone cząstki prawie w ogóle się nie poruszają. Nasza specyficzna implementacja separacji akustycznej, jak opisano wcześniej,15 zawiera cienką ściankę do podziału kanału płynu i umożliwia dostrojenie, asymetryczne rozmieszczenie pozycji ostrości. Zwiększa to elastyczność w projektowaniu urządzeń, a korzyści w zakresie wydajności — w tym zwiększona jakość i szybkość separacji — są w pełni opisane w innym miejscu. Pytania z dnia 16,17
na dzieńJednak główną zaletą opisanego w tej pracy podejścia do projektowania na poziomie systemu jest to, że można je dostosować do wielu różnych mikroprzepływowych urządzeń rdzeniowych. Na przykład większość innych trybów separacji o ciągłym przepływie, w tym inercyjny, frakcjonowanie w polu przepływu, deterministyczne przemieszczenie boczne (DLD) i różne typy urządzeń elektrokinetycznych, można łatwo włączyć, dokonując odpowiednich korekt w celu uwzględnienia zmian w konfiguracji wlotu/wylotu, natężeniu przepływu i objętości próbki. Urządzenia z różnymi rodzajami pól na chipie (elektryczne, magnetyczne) lub gradientami (termiczne, chemiczne) mogą wymagać dodatkowych połączeń z chipem lub integracji dodatkowego sprzętu, który ta platforma obsługuje.
Ten protokół zapewnia kroki wymagane do zaprojektowania urządzenia do separacji mikroprzepływowej oraz do wytwarzania chipów krzemowo-szklanych metodą głębokiego reaktywnego trawienia jonowego (DRIE, proces plazmowo-trawiony dostępny w wielu zakładach mikrofabrykacji, który wykorzystuje naprzemienne cykle trawienia i pasywacji w celu uzyskania głębokich cech z pionowymi ścianami bocznymi18). Następnie opisujemy charakterystykę urządzenia akustofluidycznego w celu określenia optymalnych parametrów pracy separacji, a na koniec szczegółowo opisujemy w pełni zintegrowany system separacji i procedurę przetwarzania próbek biologicznych. Następnie prezentowane i omawiane są typowe wyniki charakterystyki urządzeń i dane przetwarzania próbek, a także podkreślane są kluczowe zalety tego podejścia, w tym modułowość, solidność, precyzja i automatyzacja.
1. Projekt urządzenia akustoforetycznego i układ fotomaski
UWAGA: Ogólne uwagi i wytyczne dotyczące projektowania procesów mikrowytwarzania oraz układu masek można znaleźć w literaturze dotyczącej mikrowytwarzania oraz w samouczkach projektowania fotomasek.19–21

Rysunek 1. Urządzenie akustofluidyczne. Schematyczne szkice architektury urządzenia do akustoforezy. (a) Widok z góry przedstawiający ogólną konfigurację filtra H (nie w skali). (b) Schemat przekroju poprzecznego kanału w miejscu oznaczonym czarną przerywaną linią na rysunku (a), przedstawiający pole ciśnienia (niebieskie linie kropkowane) oraz kierunek pierwotnych sił promieniowania akustycznego (PRF), które przesuwają cząstki w stronę płaszczyzn węzłowych (czerwone strzałki). Przekrój poprzeczny kanału ma wymiary 900×200 µm, a ścianka o grubości około 10 µm oddziela kanał główny (szerokość 300 µm) od kanałów obejściowych. (c) Trójwymiarowa reprezentacja separacji cząstek. Proszę kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
2. Wytwarzanie chipów mikroprzepływowych do akustoforezy w warunkach czystych
3. Końcowy montaż urządzenia

Rysunek 2. Płytka stykową do mikroprzepływów, montaż chipa i interfejs chip-świat. Zdjęcia przedstawiające (a) akustyczny chip mikroprzepływowy (wymiary zewnętrzne 70×9×1 mm) z podłączonymi przewodami przetwornika piezoelektrycznego, ukazujące trzy przebiegi kanału separacyjnego wzdłuż chipa, (b) niestandardowe śrubowe złączki płynowe oraz obrobione komponenty rurek dla interfejsu chip-świat, (c) chip zamontowany do spodu płytki stykowej za pomocą uchwytów zaciskowych, rozpięty nad otworem w płytce w celu umożliwienia chłodzenia wentylatorem, (d) widok z góry na płytkę stykową z podłączonymi rurkami i wentylatorem chłodzącym oraz (e) schemat przekroju złączek śrubowych łączących rurki z zamontowanym chipem mikroprzepływowym. Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
4. Charakterystyka wydajności ogniskowania akustycznego
UWAGA: Komponenty systemu wymagane do charakteryzacji ogniskowania akustycznego zostały zgrupowane w liście materiałów. Kroki 4.1 i 4.2 poniżej mają zastosowanie do każdego urządzenia bazowego (Core Device) używanego z tą platformą, natomiast kolejne kroki opisują operacje specyficzne dla omawianego tutaj urządzenia akustofluidycznego.

Rycina 3. Reprezentatywny skan częstotliwości. Przykład danych ze skanu częstotliwości dla dobrze sprzęgniętego (A) oraz słabo sprzęgniętego (B) piezoelektryka i chipa. Górny rząd: intensywność fluorescencji kulek (kolor czerwony oznacza wysoką, a niebieski niską intensywność). Środkowy rząd: maksymalna intensywność dla każdej częstotliwości. Dolny rząd: położenie maksymalnej intensywności, gdzie czerwona przerywana linia wskazuje przewidywaną pozycję ogniskowania, a czerwone romby wskazują częstotliwość rezonansową wyznaczoną na podstawie maksymalnej intensywności. Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
5. Automatyczna separacja
UWAGA: Eksperyment automatycznej separacji jest przeprowadzany w celu oddzielenia dużych cząsteczek od małych dzięki zastosowaniu w czipie mikroprzepływowym sił ogniskowania akustycznego zależnych od rozmiaru. Wymagane komponenty systemu zostały zgrupowane w Liście Materiałów.

Rysunek 4. Konfiguracja systemu akustycznego dla zautomatyzowanych eksperymentów separacyjnych. Niebieskie linie wyznaczają główną ścieżkę przepływu w systemie. Wszystkie zielone i czarne linie to rurki o średnicy wewnętrznej (ID) 0,03”, a wszystkie linie w kolorze niebieskim i szarym to rurki o ID 0,01”, z wyjątkiem pętli zatrzymujących, które mają ID 0,03”, oraz ograniczników przepływu o ID 0,006”. Strzykawki są wypełnione buforem, a pętle zatrzymujące mają wystarczającą objętość (550 µl), aby zapobiec przedostaniu się próbek lub odczynników czyszczących do strzykawek. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
Kluczowe cechy konstrukcji urządzenia akustyczno-mikroprzepływowego zostały przedstawione na Rysunku 1 i w pełni opisane w innym opracowaniu.15 W skrócie, dwa strumienie cieczy płyną obok siebie w kanale separacyjnym, będąc oddzielonymi od równoległego kanału obejściowego cienką ścianką krzemową. Ponieważ wartość siły promieniowania pierwotnego jest proporcjonalna do objętości cząstek, duże cząstki migrują ze strumienia wejściowego zmieszanej próbki w stronę węzła ciśnienia akustycznego znajdującego się w sąsiednim strumieniu cieczy odzyskowej, podczas gdy małe cząstki pozostają w pierwotnym strumieniu (Rysunek 1B, C). Podzielona architektura dwukanałowa poprawia separację cząstek17 i pozwala na regulację pozycji węzła poprzez zastosowanie różnych cieczy w kanale obejściowym.16 Płytka prototypowa układu płynowego oraz uchwyty stanowią stabilną platformę dla połączeń zewnętrznych z układem, a modułowa konstrukcja umożliwia szybką wymianę chipów mikroprzepływowych (Rysunek 2). Taka konfiguracja pozwala również na szybkie i niezawodne tworzenie odwracalnych połączeń płynowych, wytrzymujących ciśnienie do 1 000 psi (Rysunek 2B, E).
Częstotliwość rezonansową fres chipa można oszacować za pomocą prostych analitycznych obliczeń 1D (patrz Krok 1.1.1). Z pełniejszego modelu 2D metodą elementów skończonych przekroju naszego urządzenia,16 wynika, że oczekiwana pozycja ogniskowania dla rezonansu 2-węzłowego znajduje się w odległości 225 µm od ścianki, a oczekiwana częstotliwość wynosi 1,68 MHz. Jednakże fres w rzeczywistych urządzeniach może różnić się o ±100 kHz, w zależności od temperatury pracy oraz sprzężenia rezonansów podłużnych i poprzecznych. Dlatego po montażu urządzenia fres musi zostać zweryfikowana empirycznie przy odpowiednich natężeniach przepływu i napięciach sterujących piezoelektryka, zgodnie z opisem w Kroku 4 protokołu. Rysunek 3 przedstawia reprezentatywne skany częstotliwości wykonane przy 200 µl/min, z wodą w kanałach głównym i boczniczym oraz przy napięciu 20 Vpp podanym na piezoelektryk. Gdy sprzężenie między piezoelektrykiem a urządzeniem mikrofluidycznym jest dobre, cząstki będą silnie ogniskować się przy częstotliwości rezonansowej, co spowoduje wyraźny pik intensywności fluorescencji i migrację do oczekiwanej pozycji ogniskowania (Rysunek 3A). W przeciwieństwie do tego, przy słabym sprzężeniu cząstki nie będą się dobrze ogniskować, a wyniki skanu częstotliwości będą podobne do tych na Rysunku 3B. W takich urządzeniach może być konieczny ponowny montaż przetwornika piezoelektrycznego, jeśli zastosowano klej odwracalny; w przeciwnym razie urządzenie to jest nieodpowiednie, gdy wysokiej jakości ogniskowanie lub szybki przepływ są krytyczne dla wymaganej aplikacji. Dane na Rysunku 3 stanowią podstawę do wyboru częstotliwości roboczej dla kolejnych eksperymentów oraz zakresu napięcia i natężenia przepływu dostępnego dla wydajnej separacji cząstek.

Rysunek 5. Zautomatyzowane przetwarzanie próbek. (A) Schemat próbki załadowanej do cewki próbkowania. (B) Reprezentatywny profil przepływu z udanego eksperymentu rozdzielczego. (C) Profil przepływu z przebiegu rozdzielania, podczas którego wylot SPO został zapchany w około 220 sec. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.
Po zidentyfikowaniu płytek, które skutecznie oddzielają składniki, zostają one włączone do systemu przedstawionego na Rysunku 4. Całkowita objętość robocza systemu została zminimalizowana poprzez zastosowanie rurek o średnicy wewnętrznej 0,01” wzdłuż głównej ścieżki przepływu (linie niebieskie). Rysunek 5A ilustruje skład typowej próbki wstrzykiwanej do systemu. Niewielka ilość „buforu prowadzącego” (~35 µl) jest wymagana przed próbką w strumieniu, aby wyeliminować fluktuacje przepływu podczas przemieszczania się próbki przez płytkę separacyjną. Rysunek 5B przedstawia dane przepływu uzyskane podczas udanego zautomatyzowanego eksperymentu separacji akustycznej. Kluczowe cechy udanego przebiegu obejmują: (1) przejściowy wzrost szybkości przepływu zarówno w LPO, jak i SPO w miarę wzrostu ciśnienia i rozpoczęcia przepływu cieczy przez system, (2) gwałtowny skok wskazujący na przejście pęcherzyka powietrza (wstawka pokazuje powiększony profil pojedynczego pęcherzyka), który powinien dotrzeć do SPO przed LPO ze względu na nierównomierny przepływ z dwóch wylotów, (3) stabilny przepływ przez oba wyloty pomiędzy dwoma pęcherzykami powietrza podczas przemieszczania się próbki przez system oraz (4) stopniowy spadek szybkości przepływu w obu wylotach po dostarczeniu pełnej objętości próbki do systemu. Nieprawidłowe przebiegi są natychmiast widoczne na profilach przepływu podobnych do Rysunku 5C, gdzie wydaje się, że SPO uległo zatkaniu po około 220 sekundach. W takim przypadku należy przeprowadzić procedurę czyszczenia podobną do opisanej w kroku 5.3, aby udrożnić kanał.

Rysunek 6. Możliwość regulacji urządzenia: wpływ wielkości cząsteczek i napięcia. Procent polistyrenowych mikrosfer wyizolowanych w LPO zależy od wielkości cząsteczek oraz napięcia przyłożonego do ceramiki piezoelektrycznej. Każda linia odpowiada innemu napięciu roboczemu przy częstotliwości rezonansowej, wyznaczonym zgodnie z opisem w kroku 4. Całkowity przepływ przez urządzenie wynosi 200 µl/min, przy zastosowanych częstotliwościach sterujących między 1,62 a 1,64 MHz. Słupki błędów reprezentują odchylenie standardowe z co najmniej trzech oddzielnych eksperymentów. Powielone i zmodyfikowane za zgodą The Royal Society of Chemistry z adresu http://pubs.rsc.org /en/Content/ArticleLanding/ 2014/AN/c4an00034j. Aby zobaczyć powiększoną wersję tego rysunku, kliknij tutaj.
Rysunek 6 przedstawia zestawione wyniki separacji z wykorzystaniem różnych rozmiarów cząsteczek polistyrenu i napięć sterujących piezoelektrykiem, co obrazuje parametry operacyjne niezbędne do wydajnej separacji. Zgodnie z oczekiwaniami, do wydzielenia mniejszych cząsteczek wymagane są zazwyczaj wyższe napięcia (t.j. większe siły akustyczne). Napięcia sterujące nie mogą być jednak zwiększane w nieskończoność ze względu na większe wydzielanie ciepła i narastające efekty strumieniowania akustycznego.13 Wykres służy jako ogólna wskazówka do separacji cząsteczek — cząsteczki o rozmiarach wykazujących znacząco różną odzyskowalność przy konkretnym napięciu sterującym (np. cząsteczki 10 i 2 µm przy 8,8 Vpp) będą się dobrze separować. Zazwyczaj populacje cząsteczek o dużej różnicy w rozmiarze, takie jak wirusy (~100 nm) i komórki (~10 µm), mogą być oddzielane szybko i wydajnie, podobnie jak komórki o różnych rozmiarach (np. dyskowate erytrocyty 6–8 µm i leukocyty 8–15 µm). Specyficzne warunki wymagane do pracy z innymi typami komórek muszą zostać określone empirycznie, ponieważ oprócz rozmiaru komórki na jej kontrast akustyczny wpływają kształt, gęstość i ściśliwość. W tym celu procedury opisane w Kroku 4 są przydatne do wyznaczania możliwych do zastosowania warunków separacji dla każdego nowego typu komórek lub cząsteczek, a nie tylko do oceny jakości konkretnego urządzenia do akustoforezy.

Rycina 7. Efektywność separacji próbek z dodatkiem wirusów i komórek.Wyniki separacji dla (A) komórek Raji z dodatkiem wirusa Dengue (DENV) oraz (B) komórek Raji i komórek nerki Boa z dodatkiem wirusa Golden Gate (GGV). Zebrane wartości procentowe definiuje się jako frakcję wirusów lub komórek opuszczających konkretny wylot w stosunku do całkowitej ilości materiału opuszczającego chip. Słupki błędów dla (A) przedstawiają odchylenie standardowe z 3 prób, natomiast próbki w (B) zostały przetworzone tylko raz ze względu na niską dostępną ilość materiału. Jako bufor do próbek i płyn do odzyskiwania zastosowano 1x PBS, a w kanale obejściowym we wszystkich eksperymentach użyto wody. Częstotliwości pracy chipa mieściły się w zakresie od 1,60 do 1,64 MHz, a napięcia sterujące od 16 do 20 Vpp. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.
Aby zademonstrować użyteczność tej platformy w separacji cząsteczek biologicznych, wykorzystano ją w pierwszej kolejności do analizy dobrze opisanych próbek biologicznych: ludzkich komórek Raji (105 komórek/ml, średnica średnia 8–10 µm25) z dodatkiem wirusa dengue (DENV, 105 pfu/ml, przybliżona średnica 50 nm26). Rycina 7A przedstawia procent komórek Raji oraz DENV zebranych w obu wylotach SPO i LPO (zdefiniowany jako frakcja każdego typu cząsteczek zebrana z każdego wylotu w stosunku do całkowitej ilości każdej cząsteczki zebranej z chipa). Eksperyment powtórzono trzykrotnie; liczbę komórek Raji określono za pomocą licznika Coultera, natomiast ilość DENV wyznaczono za pomocą ilościowej reakcji polimerazy łańcuchowej z odwrotną transkrypcją (RT-qPCR).
Następnie przetestowano wydajność systemu w scenariuszu bardziej realistycznym dla przetwarzania próbek klinicznych, w którym dokładne właściwości fizyczne cząsteczek mogą być nieznane, a dostępne ilości próbek są mniejsze. W tym przypadku oceniono separację niedawno zidentyfikowanego wirusa golden gate (GGV), patogenu węży infekującego komórki nerek boa constrictor.27 Rozmiar cząsteczki wirusa GGV nie został jeszcze zmierzony, ale ponieważ GGV należy do rodziny Arenaviridae, prawdopodobnie ma podobną wielkość, od 100 do 150 nm.28 Przetworzono próbki z GGV dodanym (104 pfu/ml) do ludzkich komórek Raji (niebędących celem infekcji dla wirusa) oraz komórek nerek boa (cel infekcji GGV, przybliżony rozmiar 10 µm27), przy stężeniu obu typów komórek wynoszącym 104 komórek/ml. Ze względu na to, że próbki te były dostępne w niewielkich ilościach, w niniejszej pracy przedstawiono wyniki separacji z tylko jednego przebiegu eksperymentalnego. Rysunek 7B przedstawia procent komórek Raji, komórek boa oraz GGV zebranych z SPO i LPO. Komórki w tych eksperymentach ilościowano poprzez zliczanie na hemacytometrze, a wirusy ilościowano za pomocą RT-qPCR.
Protokół ten przedstawia integrację na poziomie systemu urządzeń mikroprzepływowych ze sprzętem w makroskali w celu zautomatyzowanego przetwarzania próbek biologicznych. Modułowość tej platformy pozwala na dostosowanie jej do dowolnego urządzenia o ciągłym przepływie, a na przykład prezentowany protokół koncentruje się na charakterystyce i optymalizacji wydajności akustycznie przepływowego urządzenia do separacji cząstek. Podkreślono trzy główne zalety tego protokołu: (i) modułowość i interfejs chip-to-world, (ii) solidną charakterystykę wydajności urządzenia oraz (iii) zautomatyzowane przetwarzanie precyzyjnie odmierzonych objętości próbek w celu separacji cząstek.
i. Modułowość i interfejs chip-to-world
Jak pokazano na rysunku 2, chip mikroprzepływowy jest zamontowany na niestandardowej płytce stykowej, aby łatwo dopasować się do stolika mikroskopowego w celu bezpośredniej obserwacji. Płytka stykowa zawiera gwintowane otwory #6-40 UNF na siatce o rastrze 5 mm, umożliwiające zabezpieczenie chipa i wykonanie płynnych połączeń. Połączenia płynów to rurki PEEK z obrobionymi maszynowo końcami, które uszczelniają się przed wiórem płynnym za pomocą gumowej uszczelki uszczelniającej powierzchnię czołową i kołnierza ze stali nierdzewnej. Ten schemat interfejsu umożliwia łatwą wymianę chipów i szybkie przeprojektowanie urządzeń, wymagając niewielu lub żadnych zmian w innych komponentach systemu, pod warunkiem, że ślady chipa są zgodne z formatem siatki. Na przykład użyliśmy tej platformy z chipami mikroprzepływowymi do elektroforezy o ciągłym przepływie, termicznej lizy komórek29 , szybkiego mieszania odczynników do syntezy chemicznej oraz wychwytywania i badania pojedynczych komórek.
ii. Solidna charakterystyka działania urządzenia
Aby zoptymalizować wydajność każdego urządzenia do separacji mikroprzepływowej, należy najpierw dokładnie scharakteryzować jego działanie. Opisany tutaj system wspiera rozwój szybkich i zautomatyzowanych protokołów w tym celu. W przypadku konkretnego przykładu akustycznych urządzeń do ustawiania ostrości, jakość ogniskowania, częstotliwość robocza i położenie skupionych cząstek w kanale mikroprzepływowym muszą być mierzone dla każdego urządzenia z osobna. Pomiary te wymagają przeszukania szeregu częstotliwości napędów piezoceramicznych, napięć i natężeń przepływu, aby zidentyfikować optymalne kombinacje parametrów dla wysokiej jakości separacji. Prezentowany protokół automatycznie zmienia te regulowane parametry i rejestruje odpowiednie dane, tj. fluorescencyjne obrazy cząstek przepływających w kanale, które są przetwarzane w celu wygenerowania wymaganych pomiarów jakości, częstotliwości i położenia ogniskowania cząstek (rysunek 3).
Pełna charakterystyka działania urządzenia akustycznego wymaga powtórzenia kroków 4.4 i 4.5 w zależności od potrzeb w różnych warunkach eksperymentalnych. Na przykład bezwzględna pozycja ostrości chipa jest ustalana poprzez uruchomienie skanowania częstotliwości przy stosunkowo niskich natężeniach przepływu i wysokich napięciach, aby zapewnić pełną migrację do lokalizacji węzła. Dodatkowo, takie skany częstotliwości mogą ocenić jakość montażu urządzenia (gdy są uruchamiane z kulkami polistyrenowymi o znanej wielkości) lub określić, jak nieznany wcześniej typ cząstek będzie zachowywał się w systemie (po scharakteryzowaniu chipa za pomocą kulek). Chip o dobrym transferze energii z kanału piezoceramicznego do mikroprzepływowego spowoduje ścisłe ogniskowanie przy wysokich natężeniach przepływu (>1 ml/min) i niskich napięciach (12–15 Vpp), podczas gdy te o słabym transferze energii nie będą skupiać się nawet przy niskich natężeniach przepływu (<100 μl/min) i wysokich napięciach (>20 Vpp). Odkryliśmy, że bliski kontakt między chipem mikroprzepływowym a piezoceramiką ma kluczowe znaczenie dla efektywnego transferu energii do płynu. Dalsze badania nad optymalną metodą łączenia chipa mikroprzepływowego i piezoceramiki umożliwią niezawodną produkcję urządzeń o wysokiej wydajności.
Wreszcie, pełny obraz działania urządzenia akustycznoforetycznego można uzyskać, łącząc pomiary częstotliwości oparte na obrazie z kroku 4 (i rysunku 3) ze zliczeniami cząstek zebranymi z SPO i LPO w funkcjach odpowiednich parametrów roboczych, z eksperymentów separacji przeprowadzonych na mikrosferach, jak opisano w kroku 5. Jak pokazano na rysunku 6, taka seria zautomatyzowanych eksperymentów może szybko scharakteryzować wydajność i możliwość dostrajania pojedynczego urządzenia, informując użytkownika o optymalnej przestrzeni parametrów do obsługi urządzenia do separacji cząstek.
iii. Zautomatyzowane przetwarzanie małych próbek w celu separacji cząstek
Aby zapewnić udane i dokładne przetwarzanie próbek opartych na chipach mikroprzepływowych, kluczowe znaczenie ma niezawodne i precyzyjne odmierzanie, ładowanie, dostarczanie i zbieranie objętości płynu podczas ich przepływu. Ta precyzja jest szczególnie ważna, gdy objętość próbki jest mała (~0,1–1 ml), co jest powszechne w warunkach klinicznych lub laboratoryjnych. 30 Precyzyjna obsługa próbki jest wyzwaniem w tradycyjnych eksperymentach mikroprzepływowych, które polegają na ręcznym pobieraniu próbki do strzykawki i infuzji do urządzenia bez informacji zwrotnej o tym, kiedy próbka została oddzielona i kiedy należy ją pobrać. Prezentowany protokół wykorzystuje zautomatyzowane ładowanie i dozowanie cewek próbek w połączeniu z informacją zwrotną w czasie rzeczywistym z czujników przepływu, aby umożliwić powtarzalne oddzielanie małych objętości próbek.
Rysunek 5 przedstawia profile przepływu zmierzone w SPO i LPO z typowego eksperymentu separacji. Po pierwsze, ładowany jest bufor wiodący o pojemności co najmniej 35 μl, aby zapewnić stabilny przepływ, zanim próbka dotrze do chipa akustycznego. Objętości próbek mniejsze niż 100 μl nie są zalecane dla tej konfiguracji systemu, ponieważ rozcieńczenie próbki spowodowane buforem prowadzącym staje się nadmierne. Korek z powietrzem jest używany na początku wtrysku przed buforem prowadzącym w celu oddzielenia korka próbki od płynu, który następuje po nim, zapobiegając mieszaniu i rozcieńczaniu próbki i służąc jako wskaźnik dla czujników przepływu. Po początkowym stanie przejściowym, gdy płyn zaczyna przepływać przez układ, ostre sygnały skokowe w obu wylotach wskazują na przejście pierwszego pęcherzyka powietrza. Po tych stanach nieustalonych następuje długi okres stabilnego przepływu, gdy próbka przepływa przez system, następnie kolejny skok, gdy przechodzi drugi pęcherzyk powietrza, a na końcu ostateczny spadek natężenia przepływu do zera po zatrzymaniu pompy strzykawkowej.
Przejście korków powietrznych przez czujniki przepływu jest wykorzystywane jako punkty wyzwalania do przełączania zaworów w celu rozpoczęcia i zatrzymania pobierania próbki, minimalizując w ten sposób utratę próbki i rozcieńczenie przez objętości płynu niebędące próbką. Dozowanie objętości przetwarzanej próbki w pętli zamkniętej eliminuje konieczność ponownego programowania tych wartości przed rozpoczęciem eksperymentu za każdym razem, gdy próbka wejściowa jest zmieniana. Cecha ta jest szczególnie istotna, gdy objętość próbki jest ograniczona, na przykład w przypadku wielu próbek klinicznych. Monitorowanie przepływu w czasie rzeczywistym pomaga również w rozwiązywaniu problemów; słaby przebieg (np. zatkanie tworzące się w jednym z wylotów) jest natychmiast widoczne na podstawie wynikowych profili przepływu, jak na rysunku 5b.
Aby zademonstrować elastyczność i skuteczność separacji akustofluidycznej przy użyciu zaprezentowanej architektury systemu, oczyszczone zapasy wirusów DENV i GGV zostały wzbogacone do zapasów komórkowych i oddzielone przez przetwarzanie przez chip mikroprzepływowy. Rycina 7a pokazuje, że komórki Raji były dobrze oddzielone od wirusów, ponieważ okazało się, że 97% komórek Raji opuszczających chip znajduje się w LPO, pozostawiając w ten sposób wysoce wzbogaconą próbkę DENV w SPO. Dla porównania, wydajność separacji DENV była niższa, przy czym 70% DENV wychodziło z chipa znajdującego się w SPO. Można to przypisać lekkiemu mieszaniu konwekcyjnemu indukowanemu przez zwoje kanału separacji, ale bardziej prawdopodobne jest, że niektóre cząstki DENV migrują wraz z komórkami Raji do LPO. Komórki migrujące poprzecznie przez strumienie ciągną ze sobą trochę płynu, nawet przy niskiej liczbie Reynoldsa. Dzięki temu mechanizmowi, a także niespecyficznej adsorpcji powierzchniowej, cząsteczki wirusa przenoszą się do LPO. Niemniej jednak wysoce wzbogacona próbka DENV w SPO jest znaczącą korzyścią, na przykład gdy sekwencjonowanie de novo jest stosowane do wykrywania i identyfikacji wirusów.
Rysunek 7b pokazuje, że w jednym z eksperymentów tylko około 70% komórek Boa opuszczających chip zostało znalezionych w LPO, w porównaniu z prawie 100% skutecznością separacji w przypadku komórek Raji. Różnica w wydajności separacji między tymi dwoma typami komórek może wynikać z mniejszego średniego rozmiaru lub mniejszej gęstości komórek Boa w porównaniu z komórkami Raji, co skutkuje mniejszymi siłami akustycznymi. Aby potwierdzić lub obalić te przypuszczenia, należy dokładnie zmierzyć wielkość, gęstość i morfologię komórek Boa w zawiesinie (które normalnie rosną przylegają) komórek Boa, co stanowi próbę dalszych badań. W tych samych eksperymentach, podobnie jak w eksperymentach z DENV, większość odzyskanego GGV opuściła SPO, co wskazuje na wzbogacenie frakcji wirusowej.
Przedstawione dane podkreślają nieodłączne wyzwania związane z inżynierią platform o szerokim zastosowaniu do przetwarzania różnorodnych próbek biologicznych. Co ważne, interakcje biologiczne mogą zacząć odgrywać równie dużą rolę, jak efekty fizyczne i mechaniczne. Jednak te wstępne eksperymenty pokazują również moc i obietnicę wykorzystania tej architektury systemu do przetwarzania próbek w zastosowaniach klinicznych i badawczych. Jako solidny, dobrze scharakteryzowany system inżynieryjny, platforma ta zapewnia możliwość poszukiwania odpowiedzi na nowe pytania naukowe.
Autorzy nie mają nic do ujawnienia.
Ta praca została wykonana pod auspicjami Departamentu Energii Stanów Zjednoczonych przez Lawrence Livermore National Laboratory w ramach kontraktu DE-AC52-07NA27344 i częściowo wspierana przez program LLNL Laboratory Directed Research and Development (LDRD), 14-LW-077. Autorzy dziękują Michaelowi Wilsonowi, Markowi Stengleinowi i Joe DeRisi z Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Francisco za hojne dostarczenie próbek komórek GGV i Boa. EJF dziękuje za wsparcie ze strony LLNL Lawrence Scholar Graduate Program. MS dziękuje za wsparcie ze strony Biura UC of the President Lab Fees Research Program. LLNL-JRNL-665235
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Materiały wymagane do Kroków 1-3: Projektowanie, Produkcja i Montaż | |||
| Urządzenia Dwustronnie polerowany wafel krzemowy | Silicon Quest International, Inc. San Jose, CA, USA | 100 mm < 100> Płytka podstawowa | 1-20 Ohm-cm, 495 ± 25 &mikro; m Dwustronnie polerowany |
| szklany wafel | Bullen Ultrasonics, Eaton, OH, USA | 100 mmx0,5 mm Boro | |
| Photoresist, AZ 1518 | MicroChemicals GmbH, Ulm, Niemcy | AZ 1518 | Photoresist służy do przyklejania wafla do pustej płytki do wytrawiania DRIE |
| Photoresist, AZ 4620 | MicroChemicals GmbH, Ulm, Niemcy | AZ 4620 | Photoresist do definiowania wzorów płynnych i za pomocą masek |
| Wytrawiacz plazmowy DRIE | STPS, Newport, NP, Wielka Brytania | Multiplex Advance Oxide Etch (AOE) System | |
| Wafer Bonder | Electronic Visions Group, St.Florian am Inn, Austria | EVG 501 | |
| Piła do krojenia w kostkę | Kulicke & Soffa Industries, Singapur | K& S 982 | |
| Zestaw epoksydowy | Technologia epoksydowa, Billerica, MA, USA | EPO-TEK 301 | Żywica epoksydowa służąca do łączenia chipów piezoelektrycznych i mikroprzepływowych |
| PZT piezoceramicznych | Piezo Systems, Woburn, MA, USA | PSI-5A4E | 37,5 &razy; 10 &razy; 0,5 mm |
| 28 AWG Drut lity w izolacji Kynar | Squires Electronics, Cornelius, OR, USA | UL1422 | |
| 2-częściowa srebrna żywica epoksydowa | MG Chemicals, Surrey, BC, Kanada | 8331 | Klej przewodzący do mocowania przewodów drucianych do PZT |
| L-edit | Tanner EDA, Monrovia, CA, USA | Ledit v15.1 64-bitowe | oprogramowanie CAD do układu |
| Materiały wymagane do kroku 4: Charakterystyka ostrości akustycznej | |||
| Dual Pump | Harvard Apparatus, Holliston, MA, USA | Phd Ultra Series, 703007 | |
| 5 ml strzykawki | Becton-Dickinson, Franklin Lakes, NJ, USA | 309646 | |
| Adapter z gwintowanym portem Luer | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | P-659 | Łączy strzykawkę z rurką |
| Union | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | P-623 | Łączy świat z połączeniami chipowymi z rurkami fluoropolimerowymi. Może również korzystać z taśmy |
| Tuleja 1/4-28 z płaskim dnem | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | P-200 | Używana z nakrętką do wykonywania połączeń między rurką a strzykawką, czujnikami przepływu i światem do osprzętu chipowego |
| Nakrętka 1/4-28 płaskie dno | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | P-202 | Używany z tulejką do wykonywania połączeń między rurką a strzykawką, sessorami przepływu i światem do sprzętu do chipowania |
| 1/16" OD Rurki fluoropolimerowe | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | 1912L | Rurka do łączenia pomp strzykawkowych ze światem do połączeń chipowych. Rozmiar rurki nie ma znaczenia podczas etapów klamracji (zwykle używane ID .01-.03", inne odpowiednie numery części: 1907L, 1902L). |
| Rurka fluoropolimerowa o małej średnicy wewnętrznej | IDEX, Oak Harbor, WA, USA | 1476-20 | Używana do ograniczników przepływu: 0,006" ID, 1/16" OD FEP |
| Rurka | Łączy rurkę z chipa z rurką fluoropolimerową. | ||
| Wentylator chłodzący | Multicomp, Leeds, Anglia | MC19663 | |
| Generator funkcyjny | Agilent, Santa Clara, CA, USA | 33220A | |
| Wzmacniacz RF | ENI, Rochester, NY | 325 LA | Musi być w stanie wzmocnić sygnały z < 1 V w zakresie 1-2 MHz do 25 Vpp do piezo. |
| Kamera CCD | Fotometria, Tucscon, AZ, USA | CoolSnap HQ | |
| Mikroskop odwrócony | Zeiss, Oberkochen, Niemcy | Axiovert S100 | |
| FITC | Chroma Tech, VT, USA | Obiektyw SP101 | |
| , 10X | Zeiss, Oberkochen, Niemcy | Oscyloskop ACHROPLAN | |
| Tektronix, Beaverton, OR, Stany Zjednoczone | TDS3014B | Do monitorowania napięcia wyjściowego przez wzmacniacz RF | |
| MatLab | Mathworks, Natick, MA, USA | R2014a Oprogramowanie interfejsu sterownika | |
| do integracji kamery fotometrycznej z oprogramowaniem LabVIEW | R Cubed Software, Lawrenceville, NJ, USA | SITK | |
| Tween 20 | Sigma Aldrich, St. Lousi, MO, USA | P9416 | |
| Dragon Green Fluorescent 5.76 lub 7.32 &mikro; m Beads | Bangs Laboratory, IN, USA | FS06F | |
| Dodatkowe materiały wymagane do kroku 5: Automatyczne | |||
| rozdzielanie zaworów wieloportowych | VICI, Houston, TX, USA | C25Z-3180EUHA | W obecnej konfiguracji potrzebne są 4 zawory |
| Czujniki przepływu | Sensirion, Westlake Village, CA, USA | SLI-1000 | |
| Rurki fluoropolimerowe, .01 i .03" ID | IDEX, Dąb Harbor, WA, USA | 1902L i 1912L | Preferowana nakrętka PFA o wysokiej czystości |
| VICI, Houston, TX, USA | ZN1PK-10 | Używana z tulejką do wykonywania połączeń między rurkami a zaworami. Alternatywne numery części: MZN1PK-10, LZN1PK-10 | |
| Tuleja | VICI, Houston, TX, USA | ZGF1PK-10 | Używana z nakrętką do wykonywania połączeń między rurkami a zaworami. |
| LabVIEW | National Instruments, Austin, Teksas, Stany Zjednoczone | System rozwoju zawodowego LabVIEW | Oprogramowanie do automatyzacji laboratoriów |
| PBS | Teknova, Hollister, CA, USA | P0200 | |
| Raji Cells | ATTC, Manassas, VA, USA | ||
| Uprzejmie dostarczone przez Laboratorium DeRisi w UCSF | |||
| Uprzejmie dostarczone przez Laboratorium DeRisi na UCSF | |||
| DENV | Uprzejmie dostarczone przez Jose Pena w LLNL | ||
| Coulter Counter Z2 | Beckman Coulter, Brea, CA, USA | Hemacytometr Z2 | |
| Fisher Scientific, Waltman, MA, USA | 0267151B | ||