Nasze doświadczenia z tym protokołem w ciągu ostatnich 10 lat doprowadziły do zidentyfikowania krytycznych problemów metodologicznych. Po pierwsze, szybka sekcja mózgu na szalce Petriego na kruszonym lodzie jest ważna dla utrzymania jakości przygotowania. Po drugie, należy zdać sobie sprawę, że sonikacja tkanek jest krótsza w przypadku ciała migdałowatego mózgu w porównaniu z innymi typami tkanek, takimi jak serce (10 sekund) lub nerki (20 sekund). Po trzecie, należy zachować szczególną ostrożność, aby dokładnie wymieszać podłoże przed dodaniem go do próbek. Napotkaliśmy zmienne sygnały, gdy sekwencja mieszania była nieodpowiednia. Po czwarte, podczas odczytu próbek w komórce kwarcowej nie powinno być żadnych pęcherzyków. W przeciwnym razie sygnał może zostać zmieniony.
W ciągu ostatnich kilku lat wprowadziliśmy zmianę, aby zwiększyć powtarzalność wyników: zwiększyliśmy objętość substratu, aby uniknąć objętości mniejszej niż 1 μl. Mimo to mogą wystąpić niewielkie różnice między kolejnymi testami, a do kontroli zmian należy użyć co najmniej 3 próbek kontrolnych. Pomiary fluorescencji tych kontroli są uśredniane, a średnia jest ustalana na 100%. Pomiary fluorescencji w próbkach eksperymentalnych są przekształcane w procentach próbek kontrolnych.
Innym ograniczeniem tej techniki jest to, że wykorzystywana jest tylko część tkanki, a zatem aktywność kaspazy-3 może być niedoszacowana. Rzeczywiście, okno czasowe apoptozy jest krótkie w każdej komórce i może zostać pominięte, nawet jeśli występuje w sąsiednich obszarach w momencie pobieraniapróbek 1,4,15. Możliwa jest również sytuacja odwrotna: apoptoza może być szczególnie intensywna w częściach tkanki, powodując przeszacowanie aktywności kaspazy-3. Zalecamy wykorzystanie pozostałych tkanek (ciała migdałowatego) do technik uzupełniających, takich jak testy TUNEL lub stosunek Bax/Bcl2 (patrz Wprowadzenie).
Spektrofluorometria ma co najmniej dwie zalety w porównaniu z Western blot. Po pierwsze, bezpośrednio generuje dane ilościowe. Po drugie, mierzy samą aktywność enzymatyczną, a nie ekspresję białka lub RNA, które mogą być niepowiązane, i wiadomo, że ekspresja białka może być zwiększona bez żadnych zmian w aktywności enzymatycznej. Co więcej, spektrofluorometria może być wykonywana na innych tkankach lub na różnych gatunkach zwierząt i może być dostosowana do innych podtypów kaspazy, z różnymi substratami, dzięki czemu można dokonać bezpiecznych porównań.
Podsumowując, dokument ten demonstruje zastosowanie spektrofluorometrii do pomiaru aktywności kaspazy-3 w ciele migdałowatym, dostarczając dowodów na to, że apoptoza występuje w tym regionie układu limbicznego 3 dni po zawale mięśnia sercowego.