Bariera nabłonkowa przewodu pokarmowego to powierzchnia błony śluzowej szacowana na 400m2 u dorosłego człowieka. W związku z tym jest stale narażony na wyzwania ze strony drobnoustrojów, spożywanych leków, składników odżywczych i toksyn bakteryjnych. Gospodarz musi nie tylko odróżniać tolerowane bakterie komensalne od potencjalnych patogenów, ale także zapobiegać przenikaniu tych gatunków i wydzielanych przez nie cząsteczek przez barierę nabłonkową, jednocześnie umożliwiając wchłanianie składników odżywczych. Tak więc rolą nabłonka jelitowego jest działanie jako selektywna bariera dla zawartości światła 1. Osiąga się to częściowo dzięki wrodzonemu nabłonkowi obronnemu błony śluzowej, który działa poprzez responsywny system biologiczny składający się z mechanizmów konstytutywnych i indukowalnych 2.
Utrata funkcji bariery nabłonkowej jest patologią charakterystyczną dla wielu chorób przewodu pokarmowego. Badanie in vivo funkcji bariery nabłonkowej można ocenić poprzez doustne zgłębnik cząsteczki znacznikowej, a następnie analizę surowicy 3. Jednak ta technika nie daje żadnych wskazówek co do miejsca dysfunkcji bariery. Ocena in vitro i ex vivo oporności przeznabłonkowej przy użyciu odpowiednio systemów Transwell3 i komór Ussinga 4,5 jest powszechnie stosowana jako zastępcze markery funkcji bariery nabłonkowej, ale brakuje fizjologii choroby przyczyniającej się do jej występowania w modelach zwierzęcych 6. W niniejszym protokole opisujemy model przygotowania tkanek ex vivo, który umożliwia bezpośrednią i miejscową ocenę integralności jelit i który może być wykorzystany do oceny funkcji bariery śluzówkowej na wielu poziomach. Co ważne, technika ta może być stosowana do zwierzęcych modeli choroby lub może być manipulowana farmakologicznie, aby umożliwić dogłębne badanie dysfunkcji bariery śluzówkowej.