Komórki hodowane w CPF nie obserwują zmian w stężeniu tlenu lub dwutlenku węgla, gdy przemieszczają się z inkubatora do komory procesowej, do komory mikroskopowej i z powrotem. Bardzo ważne jest, aby warunki w każdej komorze były dopasowane do konkretnego inkubatora, w którym komórki są trzymane przed wyjęciem komórek z inkubatora. Atmosfera wewnątrz aparatu jest stale filtrowana przez HEPA i można ją dostosować pod względem stężenia tlenu i dwutlenku węgla. Komórki mogą być hodowane w stężeniach standardowych dla PSC lub NSC, odpowiednio 5% i 9%; lub alternatywne stężenia mogą być wybrane dla różnych typów komórek lub dla konkretnych eksperymentów. W ten sposób aparatura jest zasilana stałymi źródłami tlenu klasy medycznej, dwutlenku węgla i azotu (ryc. 4). Wszystkie trzy z tych gazów są dostarczane przez specyficzne dla gazu systemy kolektorów, które zapewniają stałe zasilanie. Aparat jest również dostarczany z mieszaniną gazów kalibracyjnych składającą się z 10% (± 0,01%) dwutlenku węgla w tlenie. Systemy kolektorów są umieszczone na zewnątrz zakładu produkcji ogniw, a gazy są doprowadzane do zakładu przez sufit. Gaz kalibracyjny znajduje się w obiekcie. Urządzenie jest dodatkowo zasilane odkurzaczem domowym, również przez sufit. Za pomocą elektronicznego systemu monitorowania i bezprzewodowych jednostek nadawczych stale monitorowane są ciśnienia wyjściowe wszystkich rozdzielaczy. W przypadku, gdy jakiekolwiek ciśnienie znajdzie się poza zakresem, operatorzy zakładów produkujących ogniwa są automatycznie wzywani do pracy telefonicznej i powiadamiani, aby można było podjąć odpowiednie działania.
Zapotrzebowanie na moc urządzenia jest zaspokajane przez sześć dedykowanych obwodów 120 V schodzących z sufitu i podłączonych do generatorów rezerwowych szpitala w celu zapewnienia stałego zasilania. Sterowanie pracą aparatury odbywa się za pomocą oprogramowania na komputerze PC zasilanym z zasilacza awaryjnego. Te układy zasilania i komputera zapewniają, że system działa w sposób ciągły nawet w przypadku awarii publicznego systemu zasilania. Oprogramowanie sterujące aparaturą posiada przyjazny dla użytkownika interfejs graficzny (rys. 1), który pozwala na kontrolę stężeń tlenu i dwutlenku węgla oraz temperatury, wilgotności i ciśnienia w komorze. Wartości wszystkich tych parametrów są rejestrowane w sposób ciągły, aby zapewnić bieżący zapis wszystkich parametrów aparatury. Kopia zapasowa tych danych jest tworzona na zdalnym serwerze każdej nocy w celu ochrony ich integralności. Użytkownicy administracyjni mogą uzyskać zdalny dostęp do komputera i oprogramowania w celu oceny i/lub zmiany dowolnego parametru. Dodatkowo, dostęp do komputera i oprogramowania jest możliwy zdalnie, co pozwala na interaktywną ocenę parametrów aparatury i rozwiązywanie problemów z lokalnymi użytkownikami. Dodatkowa jednostka wysyłająca alarmy jest podłączona do aparatury w taki sposób, że operatorzy zakładów produkujących komórki są powiadamiani o każdym stanie aparatury poza zakresem. Możliwości zdalnego dostępu umożliwiają logowanie i ocenę specyfiki stanu poza zasięgiem.
Aparatura została zaprojektowana jako system modułowy zarówno w skali makro, jak i mikro. Poszczególne moduły hodowli komórkowych, takie jak inkubatory i komory procesowe, można dostosować do indywidualnych potrzeb pod względem wymiarów i wymagań, a także pod względem siebie układu. Ponadto większość funkcji sterujących poszczególnych modułów jest sama w sobie modułowa, dzięki czemu na przykład poszczególne regulatory gazów atmosferycznych można łatwo wymienić bez znacznych zakłóceń w systemie.
Specjalistyczne komory obróbcze, takie jak jedna do mikroskopowej wizualizacji i manipulacji kulturami komórkowymi, można łatwo dostosować do systemu. Zarówno mikroskop kontrastu fazowego, jak i mikroskop fluorescencyjny znajdują się wewnątrz systemu (ryc. 6), dzięki czemu komórki mogą być barwione na żywo, a kolonie mogą być preparowane w tych samych warunkach atmosferycznych, co wewnątrz inkubatorów. Prowadzenie kabli przez szczelne przepusty w bocznych ścianach komory przetwarzania pozwala na przechowywanie urządzeń, takich jak zasilacze i komputery, na zewnątrz aparatury, zwykle na wózku (ilustracja 6).
Komory obróbcze w zakładzie produkcji ogniw mają inny wzór przepływu powietrza niż konwencjonalne BSC. W konwencjonalnych BSC przepływ powietrza spływa w dół z centralnego otworu wentylacyjnego i rozdziela się na dwa oddzielne strumienie, które są następnie odbierane przez dwa różne otwory wlotowe w przedniej i tylnej części podłogi szafy. Natomiast CPF ma pojedynczy otwór wentylacyjny w przedniej części sufitu. Powietrze przepływa w dół i w kierunku tylnej części komory, skąd jest następnie zasysane w górę do otworu wlotowego. Chociaż CPF jest z natury bardzo czysty, ten unikalny wzór przepływu powietrza oznacza, że technicy muszą nieznacznie dostosować swoją technikę, aby zmniejszyć ryzyko zanieczyszczenia. Podobnie jak w przypadku konwencjonalnego BSC, pracownik laboratorium powinien unikać umieszczania rąk przed płytkami do hodowli komórkowych i butelkami z pożywką. Kierunek, który jest w górę rzeki, został jednak zmieniony w CPF
Samo laboratorium w zakładzie produkcji komórek jest dość standardowe i jest wyposażone w zamrażarkę o temperaturze -20 °C, zamrażarkę o temperaturze -80 °C, lodówkę o temperaturze 4 °C, wirówkę i łaźnię wodną. W laboratorium znajduje się również zlew ze sterownikami nożnymi do wygodnej obsługi bez użycia rąk. Aby jednak laboratorium to stało się funkcjonalnym zakładem klinicznej produkcji komórek, konieczne jest jeszcze wprowadzenie kilku dodatkowych modyfikacji. Po pierwsze, sama aparatura musi zostać zmodernizowana, aby mogła monitorować lotne związki organiczne, cząstki stałe i stężenia dwutlenku chloru, który jest używany do odkażania. Po drugie, komora procesowa zawierająca maszynę FACS może być umieszczona i połączona z resztą aparatury za pomocą modułu buforowego. Pozwoli to na sortowanie komórek i oczyszczanie populacji komórek nadających się do przeszczepu w odpowiednich warunkach środowiskowych. Wreszcie, całe urządzenie musi być umieszczone w czystym pomieszczeniu o miękkich ścianach. Zapewnia to środowisko klasy 8 Międzynarodowej Organizacji Normalizacyjnej (ISO) dla aparatury5.
Wysoka sterylność i sterowany komputerowo charakter CPF sprawiają, że jest to idealny system do przyszłych zastosowań w terapii komórkowej i dobrych procesach produkcyjnych. Ryzyko zanieczyszczenia jest znacznie ograniczone, ale co ważniejsze, warunki ekspansji komórek są automatycznie rejestrowane i archiwizowane przez system komputerowy. Odchylenia w stężeniach gazów, temperaturze, wilgotności i wszystkie zdarzenia związane z dostępem do systemu są rygorystycznie dokumentowane. Może to być bardzo pomocne podczas badania problemów z jakością produktu. Jednak nadal istnieją ograniczenia. Użycie wszelkich odczynników i materiałów eksploatacyjnych (np. składników pożyw, pipet, płytek) musi być udokumentowane oddzielnie. Ponadto istnieje wiele potencjalnych problemów (w tym wiele form błędu ludzkiego), które mogą się pojawić, a które są całkowicie niezwiązane ze zmiennymi udokumentowanymi przez system monitorowania CPF. W związku z tym nadal istnieje zapotrzebowanie na wysoko wykwalifikowany personel i szczegółową ręczną dokumentację zadań.