$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Wiele procesów komórkowych zostało dogłębnie zbadanych w 2 wymiarach, tworząc w ten sposób zbiorową wiedzę o podstawowych mechanizmach sygnalizacji komórkowej. Badania te zaniedbują jednak ważne wskazówki komórkowe otrzymane z właściwości strukturalnych i mechanicznych lokalnego mikrośrodowiska komórkowego i macierzy zewnątrzkomórkowej (ECM). Aby lepiej zrozumieć, w jaki sposób komórki oddziałują na siebie w kontekście fizjologicznym, ważne jest badanie ich w testach trójwymiarowych (3D). ECM dla tych testów 3D może być pochodzenia komórkowego lub odtworzony z oczyszczonych białek. Niezależnie od źródła ECM, testy matrycowe 3D okazały się nieocenione w zrozumieniu, w jaki sposób komórki poruszają się i wchodzą w interakcje w świecie fizjologicznym. Na przykład komórki hodowane w matrycach 3D wykazują różne tryby lokomocji, które zależą od mechanicznej natury otaczającego je ECM, które nie są obserwowane w eksperymentach 2D4-6. Co więcej, komórki hodowane w 3D mają również mniej i mniej wyraźnych włókien naprężeniowych i zrostów ogniskowych niż ich odpowiedniki hodowane na twardych powierzchniach, takich jak szkło lub plastik7.
Znaczenie kontekstowych testów 3D nie ogranicza się jednak do migracji komórek. Niektóre inne zdarzenia sygnalizacji komórkowej można zbadać tylko za pomocą testów 3D. Podczas różnicowania tkanek i komórek sztywność środowiska zewnątrzkomórkowego i ECM dostarcza sygnałów, które mogą wpływać na zdarzenia morfogenne. Na przykład kanalika nabłonkowe sutka występują tylko w matrycach 3D o niskiej sztywności, ale nie w matrycach sztywnych ani na podłożach2D 8,9. Podczas hodowli w sztywnych matrycach 3D, te same komórki nabłonkowe przyjmują nieprawidłowy fenotyp ze zwiększoną proliferacją i wypukłościami błony komórkowej napędzanymi przez zmienioną sygnalizację FAK i ERK10. Wiadomo, że na wiele innych szlaków sygnałowych i procesów komórkowych w podobny sposób wpływa sztywność lokalnego środowiska komórkowego, a te kaskady sygnałowe podkreślają znaczenie badania zdarzeń sygnalizacyjnych i fenotypu komórkowego w kontekście odpowiednich lokalnych właściwości mechanicznych ECM 3D.
Kolagen I jest szczególnie istotnym białkiem do wykorzystania w badaniach in vitro, ponieważ jest najobficiej występującym składnikiem ECM i odpowiada za wiele właściwości mechanicznych mikrośrodowiska komórkowego. Chociaż pierwotnie uważano je jedynie za białko strukturalne, obecnie wiadomo, że jego rola jest znacznie bardziej złożona. Skład włókien kolagenowych, architektura, orientacja, gęstość i sztywność zapewniają skoncentrowane środowisko informacji sygnalizacyjnych5. Podczas postępu niektórych chorób, takich jak przewlekłe zapalenie i nowotworzenie , sieć kolagenowa ulega dramatycznej przebudowie2,11. Mówiąc dokładniej, w przypadku raka piersi zwiększone odkładanie kolagenu i sztywność tkanek towarzyszą i prawdopodobnie przyczyniają się do progresji guza. W tych wczesnych nowotworach usztywniona sieć kolagenowa wydaje się napięta i bardziej wyrównana, tak że większość włókien otacza rosnący guz2. W miarę postępu guza kolagen kontynuuje reorganizację, a obszary sieci fibrylarnej orientują się prostopadle do granicy guza2,12. Ustawienie prostopadłe służy jako biomarker prognostyczny tam, gdzie ci pacjenci mają gorszą progresję choroby i przeżycie całkowite1. Jednym z wyjaśnień tej korelacji jest to, że słabe wyniki są konsekwencją zwiększonego rozprzestrzeniania się komórek nowotworowych poprzez trwałą migrację komórek w wyrównanych sieciach kolagenowych3.
Aby zrozumieć, jak komórki reagują na wyrównanie i organizację, które obserwuje się w progresji guza, konieczne jest wygenerowanie zarówno losowych, jak i wyrównanych matryc kolagenowych 3D do eksperymentów. Istnieją trzy podstawowe metodologie indukowania wyrównania w sieciach fibrylarnych. Pierwsza technika wykorzystuje urządzenie wywołujące napięcie, w którym kolagen między dwoma punktami jest kurczony lub rozciągany w celu wytworzenia wyrównania. Włókna równoległe do osi siły są naciągane, podczas gdy włókna prostopadłe do osi są ściskane i wyginane. Podczas gdy techniki wywołane naprężeniami zazwyczaj zapewniają doskonałe wyrównanie, takie podejście wymaga nieporęcznego sprzętu, którego nie można łatwo dostosować do wielu platform3,13. Alternatywnie, szczep indukowany komórkami można wytworzyć, umieszczając zlokalizowane czopy komórek, które następnie kurczą się i wyrównują kolagen13. Ta metoda ma problem z tym, że jest zmienna, ponieważ wiele parametrów może ulec zmianie. Druga metoda wykorzystuje kulki magnetyczne i pole magnetyczne podczas polimeryzacji w celu wywołania wyrównania kolagenu13,14. Dobre wyniki można uzyskać tą metodą przy użyciu niewyrafinowanego sprzętu, ale wymaga ona użycia przeciwciał lub innej metody namagnesowania polimeru. Dlatego może być nieco drogi w użyciu, a sztywność żelu kolagenowego jest potencjalnie modyfikowana przez zwiększone połączenia w sieci. Co więcej, kulki magnetyczne używane w tym procesie są często autofluorescencyjne, co jest problematyczne w eksperymentach obrazowych. Wreszcie, wyrównanie może być generowane przez kanały mikroprzepływowe PDMS3,15,16. W tej metodzie wyrównanie kolagenu uzyskuje się poprzez przepływ polimeryzującego kolagenu przez małe kanały mikroprzepływowe. Te kanały mikroprzepływowe mogą być wykonane w wielu wersjach i można je łatwo dostosować do wielu platform. Ponadto są bardzo ekonomiczne, ponieważ ze względu na ich niewielkie rozmiary stosuje się bardzo małe ilości kolagenu i innych odczynników.
Dostępny jest prosty protokół osadzania komórek w trójwymiarowym, fibrylarnym hydrożelu kolagenowym. Ponadto zapewniona jest również bardziej zaawansowana technika, w której kanały mikroprzepływowe PDMS są wykorzystywane do kontrolowania organizacji i wyrównania macierzy kolagenowej. Protokół ten można łatwo dostosować do wielu platform i może odtwarzalnie generować zarówno wyrównane, jak i losowe matryce kolagenowe do badania migracji komórek, podziału komórek i innych procesów komórkowych w trójwymiarowym, fizjologicznym mikrośrodowisku.