Szczegółowy protokół jest tutaj dostępny do identyfikacji blaszek amyloidowych Aβ w sekcjach mózgu z mysich modeli choroby Alzheimera przed wstępnym wprowadzeniem barwienia immunologicznego (szczególnie dla zjonizowanej cząsteczki adaptera wiążącego wapń 1 (IBA1), białka wiążącego wapń wyrażonego przez mikroglej) i przetwarzania tkanek do mikroskopii elektronowej (EM). Methoxy-X04 to barwnik fluorescencyjny, który przenika przez barierę krew-mózg i selektywnie wiąże się z β-plisowanymi arkuszami znajdującymi się w gęstych blaszkach rdzeniowych Aβ. Wstrzyknięcie zwierzętom metoksy-X04 przed uśmierceniem i utrwaleniem mózgu pozwala na wstępne badanie przesiewowe i selekcję skrawków mózgu zawierających płytkę do dalszego przetwarzania przy użyciu czasochłonnych manipulacji. Jest to szczególnie pomocne podczas badania wczesnej patologii choroby Alzheimera w określonych obszarach lub warstwach mózgu, które mogą zawierać bardzo mało blaszek, obecnych tylko w niewielkiej części odcinków. Pośmiertne przetwarzanie skrawków tkanek za pomocą czerwieni Kongo, tioflawiny S i tioflawiny T (lub nawet metoksy-X04) może oznaczać arkusze plisowane β, ale wymaga intensywnego oczyszczania etanolem w celu usunięcia nadmiaru barwnika, a procedury te są niezgodne z konserwacją ultrastrukturalną. Nieefektywne byłoby również znakowanie Aβ (i innych markerów komórkowych, takich jak IBA1) na wszystkich odcinkach mózgu z regionów będących przedmiotem zainteresowania, tylko po to, aby uzyskać niewielką frakcję zawierającą blaszki Aβ we właściwym miejscu. Co ważne, blaszki Aβ są nadal widoczne po przetworzeniu tkanki pod kątem EM, co pozwala na precyzyjną identyfikację obszarów (zwykle z dokładnością do kilku milimetrów kwadratowych) do zbadania za pomocą mikroskopu elektronowego.