Opisujemy zastosowanie nieprzepuszczalnych barier zapobiegających tworzeniu się zawiązków kończyn w zarodku pisklęcia. Ta technika składa się z kilku krytycznych kroków. Po wstępnych eksperymentach stwierdziliśmy, że bariery w kształcie zawiasów zastosowane w 9, 10 pozostają na swoim miejscu w zarodku znacznie lepiej niż bariery proste. Dystalna płaska strona bariery przylega do błony witelinowej i utrzymuje barierę na miejscu (rysunek 2C'). Staranne przygotowanie barier w kształcie zawiasów z folii aluminiowej, jak opisano w kroku 1.6 protokołu, ma zasadnicze znaczenie dla powodzenia operacji. Drugim ważnym krokiem jest upewnienie się, że jaja nie są pozostawione poza inkubatorem zbyt długo po oknierzeniu i ocenie stopnia zaawansowania przed operacją na zarodku. Z naszego doświadczenia wynika, że zarodki lepiej przeżywają operację, jeśli w momencie przeprowadzania operacji znajdują się w temperaturze inkubacji lub w jej pobliżu. W związku z tym operacje powinny być przeprowadzane tak szybko, jak to możliwe, a jaja powinny być niezwłocznie ponownie zamykane, aby zapewnić dobre wskaźniki przeżycia. Wielu badaczy dodaje kroplę antybiotyków do zarodka po mikrooperacji przed powrotem jaj do inkubatora. Obecność cieczy uniemożliwiała dobre przyleganie barier na miejscu. Dodanie antybiotyku może również usunąć kulki po umieszczeniu. Dlatego zaleca się niestosowanie antybiotyków, szybkie operacje i dobrą czystość narzędzi, aby uniknąć infekcji. Wycieranie narzędzi 70% etanolem po każdym etapie operacji jest niezbędne, aby zapobiec lepkości narzędzi w kontakcie z membraną witelinową, co może powodować przyleganie zarówno barier, jak i kulek do kleszczy (patrz krok protokołu 3.1.2.2). Obie odmiany użytych koralików mogą wypaść na miejsce po operacji. Kiedy następnego dnia sprawdzono położenie bariery, nie było możliwe zajrzenie przez barierę, aby upewnić się, czy stopka pozostała na swoim miejscu, czy nie. W przypadkach, gdy koralik wypadł, wyrostek pąka skrzydłowego nie został uratowany (tab. 1). Unikanie przenoszenia płynu wraz ze stopką podczas ich implantacji oznacza, że koraliki łatwiej przyklejają się do przeciętej powierzchni LPM (patrz protokół 2.3.2.3). Wreszcie, zapewnienie, że zarodki zostaną utrwalone natychmiast po pobraniu, ma kluczowe znaczenie dla prawidłowej późniejszej analizy ekspresji genów (patrz krok 4.2 protokołu).
Protokół ten modyfikuje wcześniej opublikowane eksperymenty, w których wykorzystywano bariery zapobiegające inicjacji pąków kończyn, określa określone optymalne szerokości barier i wprowadza łączenie umieszczania barier i koralików, a następnie analizę ekspresji genów. Odkryliśmy, że użycie konwencjonalnej folii aluminiowej, która jest tania i łatwo dostępna we wszystkich laboratoriach, daje wyniki równe tym, które wcześniej stosowano przy użyciu folii tantalowej. Folię można pozostawić w zarodku podczas przeprowadzania hybrydyzacji in situ (ryc. 2C'), ale zwykle usuwamy ją, jeśli przetwarzany jest więcej niż jeden zarodek, aby zapobiec uszkodzeniu zarodków przez ostre krawędzie folii. Badania pilotażowe wykazały, że szczególnie ważna jest szerokość barier w obszarze nóg. Początkowo testowane bariery były zbyt krótkie, a wyrastanie pąków nóg nie zostało zapobieżone. 1,2-1,3 mm to optymalna szerokość, aby bariera całkowicie zablokowała wyrastanie pąków nóg. Najwęższe bariery na skrzydłach, które można dokładnie umieścić, aby zapobiec wyrastaniu pąków, zapewniają najlepsze wskaźniki przeżycia. Może to być nawet 0,5-0,7 mm. Jednak bariery, które są nieco szersze, z większym prawdopodobieństwem spowodują całkowite zablokowanie wyrastania pąków skrzydeł, ponieważ pozwalają na niewielką niedokładność umieszczenia (użyliśmy 0,7-1 mm). Unikanie naczyń krwionośnych podczas wykonywania nacięcia ma kluczowe znaczenie dla barier na poziomie pąków skrzydeł. Bariery półprzepuszczalne były wcześniej używane do przecinania pąka kończyn piskląt. MacCabe i Parker, 1976 i Summerbell, 1979 używali filtrów o wielkości porów 0,45 μm i 0,8 μm, odpowiednio 16, 17. Stwierdzili, że sygnały dyfuzyjne mogą przechodzić przez pory w filtrach i że wyniki uzyskane przy użyciu barier półprzepuszczalnych znajdowały się w połowie drogi między pąkiem kończyny bez bariery a pąkiem z nieprzepuszczalnej folii tantalowej. Protokół ten można dostosować do wykorzystania półprzepuszczalnych barier o różnej wielkości porów w celu różnicowania sygnałów kandydujących na podstawie rozmiaru lub modyfikowania dynamiki dyfuzji sygnału.
Protokół ten ma różne ograniczenia, związane głównie z samym organizmem modelowym. Takie techniki mogą być wykorzystane do zbadania dalszych pytań dotyczących rozwoju kończyn, a także innych kwestii związanych z embriogenezą kręgowców. Zastrzeżenie jest takie, że dany narząd/obszar powinien się rozwijać, gdy zarodek pisklęcia jest dostępny do interwencji. Obecność dużych naczyń krwionośnych w obszarze, w którym należy umieścić barierę, sprawia, że umieszczenie bariery później niż na etapie 13 lub 14 jest technicznie trudne. Jeśli duże naczynia krwionośne zostaną przecięte podczas umieszczania bariery, może to spowodować śmiertelność zarodków. Nasze badanie tego, kiedy czynniki transkrypcyjne Tbx5 i Tbx4 są po raz pierwszy indukowane w LPM, było ograniczone przez najwcześniejszy etap, na którym mogliśmy umieścić barierę, która później znalazłaby się naprzeciwko odpowiednio pąka skrzydła lub nogi. Pouczająca może być próba zablokowania indukcji genu Tbx na wcześniejszych etapach, bliżej gastrulacji. Najwcześniej udało się umieścić barierę w przypuszczalnym obszarze skrzydła w stadium 8, a w obszarze nóg w stadium 10. Protokół ten prawdopodobnie nie nadaje się do badania ekspresji genów poza stadiami zawiązków kończyn, ponieważ późniejszy szybki wzrost spowodowałby przemieszczenie bariery, a wyniki odnosiłyby się tylko do początkowej pozycji bariery.
Odnosząc się w tym kontekście do ograniczeń zarodka pisklęcia, można stwierdzić, że jego zalety w porównaniu z innymi modelowymi organizmami kręgowców są liczne. Zarodek pisklęcia jest bardzo odpowiednim modelem zwierzęcym do tego typu fizycznej interwencji w zarodku kręgowców. Zarodki są stosunkowo duże i łatwo dostępne przez skorupkę jaja. Można wrócić do zarodka w celu dalszych eksperymentów (np. usunięcia koralika 18 lub nawet bariery) lub sprawdzić postępy, po prostu usuwając okienko taśmy. Możliwy jest zakres obrazowania na żywo lub obrazowania poklatkowego. Opisujemy metodę okienkowania jaj kurzych, która jest szczególnie odpowiednia do operacji na zarodkach we wczesnym stadium. W przypadku badań kończyn bardzo ważne i pomocne jest, aby dla każdego eksperymentu istniała przeciwległa kończyna kontrolna, która służy jako idealna kontrola wewnętrzna dla każdej repliki biologicznej.
Połączenie stosowania nieprzepuszczalnych barier zapobiegających rozrastaniu się kończyn i koralików nasączonych cząsteczkami sygnałowymi nie zostało wcześniej zgłoszone. Nasza analiza ekspresji mRNA po takich interwencjach jest również nowatorska. Techniki te pozwoliły nam przeanalizować trudny problem, kiedy czynniki transkrypcyjne specyficzne dla kończyn Tbx5 i Tbx4 są indukowane w LPM, a także wykazać, że później, przed inicjacją zawiązków kończyn, obecność tych genów Tbx w LPM nie jest wystarczająca do aktywacji transkrypcji Fgf10 i rozpoczęcia wzrostu pąków kończyn. Rysunki 2G, 2D i 2E dobrze ilustrują te ustalenia. Brak ekspresji Tbx4 po wstawieniu bariery na etapie 10 na rysunku 2G jest w wyraźnym kontraście z jej obecnością w 2D i 2E po indukcji bariery na etapie 15, po indukcji Tbx4. Implantacja kulek nasączonych RZS ułatwiła uratowanie inicjacji zawiązków kończyn po wprowadzeniu bariery, a zatem wskazuje na to, że RZS z somitów jest niezbędne w LPM, zanim zacznie się wyrastanie pąków kończyn. Takie techniki mogą być wykorzystane do rozwiązania dalszych problemów związanych z rozwojem kończyn, ale także innych kwestii związanych z embriogenezą kręgowców. Obszary mózgu, oka i tułowia mogą być odpowiednie.