Po skonfigurowaniu odpowiednich odczynników, ustawień mikroskopu i eksperymentów kalibracyjnych metoda ta jest stosunkowo prosta do wykonania. Do krytycznych kroków należą: oznaczenie Candidy za pomocą S-1, aby upewnić się, że nie ma przeciążenia barwnika, kalibracja i analiza obrazu.
S-1 jest odczynnikiem odpowiednim do bardziej zasadowych środowisk pH, co jest szczególnie ważne w przypadku neutrofili21 , ale ogranicza jego zastosowanie w niektórych typach komórek. W przypadku bardziej kwaśnych środowisk, takich jak fagosomy makrofagów, SNARF-4 lub S-4 jest bardziej odpowiedni ze względu na niższe pKa22. Ponadto, aby uzyskać dokładniejsze odczyty cytoplazmatyczne, lepiej jest użyć S-4, ponieważ standardowa krzywa dla S-1 pokazuje, że współczynniki fluorescencji zaczynają stabilizować się poniżej pH 6 (ryc. 3). Inne barwniki, takie jak 2',7'-bis-(2-karboksyetylo)-5-(i-6)-karboksyfluoresceina (BCECF) lub czerwień pHrodo mogą być również bardziej odpowiednie w kontekście, który prawdopodobnie będzie kwaśny. Jednak barwienie cytoplazmą jest nadal konieczne do prawidłowej identyfikacji fagosomów zawierających Candida.
Ważną cechą fagosomalnego wskaźnika pH jest to, że nie jest on nieodwracalnie zmieniany przez reaktywne środowisko fagosomalne. S-1 wydaje się być odporny na środowisko neutrofili. Pokazują to Levine i wsp.5 (patrz film uzupełniający 4 w odnośniku5), które pokazują fagocytozę, a następnie uwalnianie cząstki Candida znakowanej S-1 przez neutrofile Hvcn1-/- . Po fagocytozy cząstka zmienia kolor z żółto-pomarańczowego na czerwony (pH obojętne do zasadowego), ale gdy cząstka jest uwalniana przez neutrofile, wraca do swojego pierwotnego koloru.
Należy wspomnieć o niektórych ograniczeniach związanych z używaniem S-1. Fakt, że barwnik ten ma dwa widma emisyjne umożliwiające pomiar ratiometryczny, jest zaletą, ale do pozyskiwania obrazów potrzebny jest specjalistyczny sprzęt; Mikroskop używany do eksperymentów musi być w stanie zarejestrować dwa obrazy jednocześnie lub z nieznacznym opóźnieniem czasowym. Autorzy zakładają, że badacz próbujący zastosować ten protokół ma doświadczenie w stosowaniu mikroskopii konfokalnej lub ma dostęp do przeszkolonego specjalisty. Nie możemy wymienić wszystkich konkretnych parametrów mikroskopu, ponieważ będą one różne dla każdego mikroskopu i muszą być zoptymalizowane przez badacza. Ester acetoksymetylowy sprzężony z S-1, który umożliwia dyfuzję barwnika do cytoplazmy komórki, jest degradowany przez niespecyficzne esterazy w cytoplazmie komórki, tworząc cząsteczkę fluorescencyjną. Esterazy, takie jak fosfataza alkaliczna, są obecne w surowicy ludzkiej i płodowej surowicy bydlęcej, które są stosowane do uzupełniania pożywek do hodowli komórkowych. W związku z tym pożywka, w której komórki są załadowane S-1-AM (sekcja 4.5), nie może zawierać surowicy. Może to okazać się trudne, jeśli używa się komórek, które wymagają bardziej bogatej w składniki odżywcze pożywki do ich podtrzymania niż zbilansowany roztwór soli stosowany w tym protokole. Podobnie inne składniki pożywki fluorescencyjnej, takie jak czerwień fenolowa, mogą zakłócać pomiary S-1.
Słupki błędów na rysunku 3 wskazują, że istnieją pewne różnice w pomiarach proporcji dla każdego pH. Odpowiednia liczba powtórzeń każdego eksperymentu (co najmniej n = 3) i tyle pojedynczych pomiarów w każdym pojedynczym eksperymencie jest potrzebna do przezwyciężenia zmienności międzywakuolarnej. Dlatego zaleca się zmierzenie pH co najmniej 100 fagosomów dla każdego stanu i tylu obszarów fagosomalnych, które wydają się zawierać tylko jedną Candida. Fagosomy, które mają być mierzone w celu oceny ilościowej, powinny być tymi, które całkowicie pochłonęły cząsteczkę Candida (tj. Tymi całkowicie otoczonymi przez cytoplazmę). Aby zapobiec niezamierzonym błędom systematycznym w doborze komórek/fagosomów do oceny ilościowej, wszystkie analizy powinny być wykonywane w ślepej oślepieniu na warunki eksperymentalne.
W tym miejscu opisujemy izolację neutrofili przez sedymentację dekstranem krwi pełnej, a następnie odwirowanie warstwy osocza przez gradient gęstości. Używamy tej techniki, ponieważ szybko i skutecznie wytwarza czystą (>95%) populację neutrofili, chociaż dostępne są inne metody, takie jak odwirowanie krwi pełnej za pomocą innych wzorów gradientu gęstości lub negatywna selekcja neutrofili przy użyciu specjalistycznych zestawów z przeciwciałami lub kulkami magnetycznymi. Jednak to ostatnie może być zbyt kosztowne dla większości grup, które rutynowo izolują neutrofile. Ponadto używamy heparyny przeciwzakrzepowej w probówce do pobierania krwi, podczas gdy inni badacze mogą być bardziej przyzwyczajeni do stosowania kwasu etylenodiaminotetraoctowego (EDTA) lub kwaśnego cytrynianu sodu (ACD). Ponieważ istnieje wiele różnych metod do wyboru, zależy to od osobistych preferencji badacza.
Ponadto podczas izolowania i manipulowania neutrofilami należy obchodzić się z nimi z pewną ostrożnością, aby uniknąć nadmiernej aktywacji. Kroki ostrożności obejmują: używanie wyłącznie wyrobów z tworzyw sztucznych, bez szkła; przefiltrować i wysterylizować wszystkie w celu usunięcia wszelkich zanieczyszczających endotoksyn; Podczas wirowania neutrofili upewnij się, że wirówka jest dobrze wyważona, aby uniknąć nadmiernych wibracji; ograniczyć w jak największym stopniu czas, w którym neutrofile pozostają w osadzie po odwirowaniu; nie utrzymywać neutrofili w roztworze większym niż 5 x 106/ml; i przeprowadzić eksperyment tak szybko, jak to możliwe po izolacji.
Metodę tę można dostosować do pomiaru zmian pH i obszaru fagosomalnego w czasie przy użyciu podgrzewanego stolika ustawionego na 37 °C pod mikroskopem i wykonywania zdjęć raz na 30-60 s z tej samej pozycji, zgodnie z opisem dla etapów kalibracji. Teoretycznie można go również zaadaptować do eksperymentów o wyższej przepustowości, takich jak na płytkach 96-dołkowych, oraz do eksperymentów z cytometrią przepływową, gdzie S-1 może być używany jako wskaźnik pH23. Jednak w tych ustawieniach nacisk na aktywność poszczególnych komórek zostaje zastąpiony bardziej globalnym wpływem na populację komórek.
Metoda ta ma na celu zapewnienie stosunkowo prostej konfiguracji eksperymentalnej, na podstawie której poszczególni badacze mogą dostosować się do swojego obszaru zainteresowań. Naukowcy mogą chcieć zbadać pH i obszar fagosomalów neutrofili, jednocześnie mierząc ruch innych jonów, na przykład wewnątrzkomórkowe stężenie wapnia. Istnieje kilka fluorescencyjnych wskaźników Ca2 + łatwo dostępnych do mikroskopii konfokalnej, takich jak Indo-1, który ma również widma podwójnej emisji przy 400 i 475 nm24. Te długości fal emisyjnych nie pokrywają się z widmami emisyjnymi S-1, ale długość fali wzbudzenia znajduje się na końcu widma w ultrafiolecie (UV), co może być szkodliwe dla komórek, a laser UV nie jest powszechny we wszystkich mikroskopach. Kompleksowy przegląd różnych wskaźników do pomiaru wewnątrzkomórkowego przepływu wapnia jest omówiony przez Takahashi i wsp.25 oraz Hillson i wsp.Lokal mieszkalny 26.
Podsumowując, dostępne są inne metody pomiaru pH fagosomalnego przy użyciu różnych barwników fluorescencyjnych, takich jak Nunes i wsp. wykazałysię 13, a także inne grupy27,28. Inni badacze również używali S-1 do pomiaru cytozolowego pH29 lub phagosomalnegopH 14. Jednak protokół ten jest unikalny w jednoczesnym pomiarze pH zarówno cytozolu, jak i fagosomu, co daje możliwość obserwowania zmian w obszarze przekroju poprzecznego fagosomalnego i rozróżnienia między neutrofilami typu dzikiego i Hvcn1-/- myszy oraz neutrofiliami ludzkimi z działającą oksydazą NADPH i bez niej.