W tej pracy opisujemy nową metodę badania interakcji białko-białko za pomocą konduktometrycznego biosensora opartego na technologii hybrydowej β-laktamazy. Metoda ta polega na uwalnianiu protonów w wyniku hydrolizy β-laktamów.
Artykuł metodologiczny
* These authors contributed equally
W tej pracy opisujemy nową metodę badania interakcji białko-białko za pomocą konduktometrycznego biosensora opartego na technologii hybrydowej β-laktamazy. Metoda ta polega na uwalnianiu protonów w wyniku hydrolizy β-laktamów.
Biosensory stają się coraz ważniejsze i wdrażane w różnych dziedzinach, takich jak wykrywanie patogenów, diagnostyka molekularna, monitorowanie środowiska i kontrola bezpieczeństwa żywności. W tym kontekście użyliśmy β-laktamaz jako skutecznych enzymów reporterowych w kilku badaniach interakcji białko-białko. Co więcej, ich zdolność do przyjmowania insercji peptydów lub strukturalnych białek/domen zdecydowanie zachęca do stosowania tych enzymów do generowania białek chimerycznych. W niedawnym badaniu wprowadziliśmy fragment przeciwciała z pojedynczą domeną do β-laktamazy Bacillus licheniformis BlaP. Te małe domeny, zwane również nanociałami, definiuje się jako domeny wiążące antygen jednołańcuchowych przeciwciał wielbłądowatych. Podobnie jak powszechne przeciwciała dwułańcuchowe, wykazują wysokie powinowactwo i swoistość dla swoich celów. Otrzymane w ten sposób chimeryczne białko wykazywało wysokie powinowactwo do celu, zachowując jednocześnie aktywność β-laktamazy. Sugeruje to, że ugrupowania nanonomy i β-laktamazy pozostają funkcjonalne. W niniejszej pracy przedstawiamy szczegółowy protokół, który łączy nasz hybrydowy system β-laktamazy z technologią biosensorów. Specyficzne wiązanie nanonika z jego celem można wykryć dzięki konduktometrycznemu pomiarowi protonów uwalnianych przez aktywność katalityczną enzymu.
Biosensory to urządzenia analityczne, które łączą interakcję biomolekularną z fizycznymi lub chemicznymi urządzeniami sygnalizacyjnymi określanymi jako przetworniki1. Zarejestrowane sygnały mogą być następnie interpretowane i przekształcane w celu monitorowania interakcji między unieruchomionymi i wolnymi partnerami. Większość biosensorów wykorzystuje przeciwciało do wykrywania analitów, takich jak hormony lub różne markery patogenów2. Można stosować różne formaty czujników, w tym bioczujniki masowe, magnetyczne, optyczne lub elektrochemiczne. Te ostatnie są jednymi z najczęściej używanych czujników, a ich działanie polega na przekształcaniu zdarzenia wiążącego w sygnał elektryczny. Wydajność i czułość wszystkich biosensorów opartych na przeciwciałach są silnie zależne zasadniczo od dwóch parametrów: i) jakości przeciwciała oraz ii) właściwości systemu używanego do generowania sygnału2.
Przeciwciała to wysokocząsteczkowe białka dimeryczne (150–160 kDa), które składają się z dwóch ciężkich łańcuchów i dwóch lekkich łańcuchów. Interakcja między łańcuchami lekkimi i ciężkimi jest w większości stabilizowana przez oddziaływania hydrofobowe, a także konserwatywne wiązanie dwusiarczkowe. Każdy łańcuch zawiera domenę zmienną, która oddziałuje z antygenem zasadniczo za pośrednictwem trzech hiperzmiennych regionów zwanych komplementarnymi regionami determinującymi (CDR1-2-3). Pomimo licznych postępów w tej dziedzinie, ekspresja na dużą skalę pełnowymiarowych przeciwciał za pomocą tanich systemów ekspresji (np. E. coli) często prowadzi do produkcji niestabilnych i zagregowanych białek. Z tego powodu opracowano różne fragmenty przeciwciał, takie jak jednołańcuchowe fragmenty zmienne3 (ScFvs ≈ 25 kDa). Składają się one ze zmiennych domen odpowiednio jednego ciężkiego i jednego lekkiego łańcucha, które są kowalencyjnie połączone syntetyczną sekwencją aminokwasów. Jednak fragmenty te często wykazują słabą stabilność i mają tendencję do agregacji, ponieważ wystawiają dużą część swoich hydrofobowych obszarów na działanie rozpuszczalnika4. W tym kontekście jednołańcuchowe fragmenty przeciwciał wielbłądowatych, określane jako nanociała lub VHH, wydają się być doskonałą alternatywą dla ScFvs. Domeny te odpowiadają domenom zmiennym jednołańcuchowych przeciwciał wielbłądowatych. W przeciwieństwie do konwencjonalnych przeciwciał, przeciwciała wielbłądowate są pozbawione łańcuchów lekkich i zawierają tylko dwa łańcuchy ciężkie5. Dlatego nanociała są najmniejszymi fragmentami przeciwciał monomerycznych (12 kDa) zdolnymi do wiązania się z antygenem o powinowactwie podobnym do powinowactwa konwencjonalnych przeciwciał6. Ponadto wykazują lepszą stabilność i rozpuszczalność w porównaniu z innymi przeciwciałami o pełnej długości lub fragmentami przeciwciał. Wreszcie, ich małe rozmiary i rozszerzone pętle CDR3 pozwalają im rozpoznawać tajemnicze epitopy i wiązać się z miejscami aktywnymi enzymów7,8. Obecnie dziedziny te cieszą się dużym zainteresowaniem i zostały połączone z technologią biosensorów. Na przykład Huang i wsp. opracowali bioczujnik oparty na nanociałach do wykrywania i ilościowego oznaczania ludzkiego antygenu swoistego dla prostaty (PSA)9.
Jak wspomniano powyżej, ważnym parametrem w testach biosensorów jest wydajność systemu używanego do generowania sygnału elektrycznego. Z tego powodu bioczujniki elektrochemiczne oparte na enzymach przyciągają coraz większą uwagę i są szeroko stosowane w różnych zastosowaniach, takich jak opieka zdrowotna, bezpieczeństwo żywności i monitorowanie środowiska. Te bioczujniki opierają się na katalitycznej hydrolizie substratu przez enzym w celu wygenerowania sygnału elektrycznego. W tym kontekście wykazano, że β-laktamazy są bardziej specyficzne, bardziej czułe i łatwiejsze do eksperymentalnego wdrożenia niż wiele innych enzymów, takich jak fosfataza alkaliczna czy peroksydaza chrzanowa10. β-laktamazy to enzymy, które są odpowiedzialne za oporność bakterii na antybiotyki β-laktamowe poprzez ich hydrolizę. Są monomeryczne, bardzo stabilne, wydajne i niewielkich rozmiarów. Co więcej, inserje domena/peptyd do β-laktamaz generują dwufunkcyjne białka chimeryczne, które okazały się skutecznymi narzędziami do badania interakcji białko-ligand. Rzeczywiście, ostatnie badania wykazały, że wprowadzenie zmiennych fragmentów przeciwciała do TEM1 β-laktamazy powoduje powstanie chimerycznego białka, które pozostaje w stanie wiązać się z wysokim powinowactwem do docelowego antygenu. Co ciekawe, wykazano, że wiązanie antygenu indukuje allosteryczne regulowanie aktywności katalitycznej TEM111,12. Ponadto wykazaliśmy w kilku badaniach, że insercja domeny białkowej do permisywnej pętli β-laktamazy Bacillus licheniformis BlaP generuje funkcjonalne białka chimeryczne, które dobrze nadają się do monitorowania interakcji białko-ligand13,14. Niedawno umieściliśmy nanociało o nazwie cAb-Lys3 w tym dopuszczalnym miejscu insercji BlaP15. Wykazano, że ten nanobody wiąże się z lizozymem białka jaja kurzego (HEWL) i hamuje jego aktywność enzymatyczną16. Wykazaliśmy, że wygenerowane białko hybrydowe, nazwane BlaP-cAb-Lys3, zachowało wysoką specyficzność / powinowactwo do HEWL, podczas gdy aktywność β-laktamazy pozostała niezmieniona. Następnie z powodzeniem połączyliśmy hybrydową technologię β-laktamazy z biosensorem elektrochemicznym i wykazaliśmy, że ilość generowanego sygnału elektrycznego jest zależna od interakcji między BlaP-cAb-Lys3 a HEWL unieruchomionym na elektrodzie. Rzeczywiście, hydroliza antybiotyków β-laktamowych przez BlaP indukuje uwalnianie protonów, które można przekształcić w ilościowy sygnał elektryczny. To połączenie hybrydowej technologii β-laktamazy z biosensorem elektrochemicznym jest szybkie, czułe, ilościowe i umożliwia pomiar generowanego sygnału w czasie rzeczywistym. Metodologia ta została opisana w niniejszym dokumencie.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
1. Przygotowanie próbki białka
2. Testy biosensorów
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Projektowanie i inżynieria białka chimerycznego BlaP-cAb-Lys3
Rysunek 1 przedstawia wprowadzenie cAb-Lys3 do pętli permisywnej BalP klasy A β-laktamazy z Bacillus licheniformis. Insercję przeprowadzono między pozostałościami Asp198 i Lys199. Miejsce rozszczepienia trombiny wprowadzono po obu stronach cAb-Lys3. Komórki przekształcone za pomocą konstytutywnego plazmidu ekspresyjnego kodującego chimeryczne białko BlaP-cAb-Lys...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
W niniejszej pracy przedstawiono metodę funkcjonalizacji nanocząsteczki z wykorzystaniem β-laktamazy BlaP jako białka nośnikowego i pokazujemy, że możemy z powodzeniem zaimplementować powstałe białko hybrydowe w potencjometrycznym teście sensorycznym. Głównym innowacyjnym aspektem naszej pracy w porównaniu z innymi testami biosensorów jest kowalencyjne sprzężenie części przeciwciała z aktywnością enzymatyczną, która generuje sygnał elektryczny. Ta tak zwana technologia insercji białek ma zalety i ograniczenia, które będą...
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Autorzy nie mają nic do ujawnienia.
Autorzy dziękują Regionowi Walonii Belgii w ramach projektów badawczych SENSOTEM i NANOTIC, a także Narodowym Funduszom Badań Naukowych (F.R.S.-F.N.R.S) za ich wsparcie finansowe.
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Odczynniki | |||
| KH2PO4 | Sigma-Aldricht | V000225 | |
| K2HPO4 | Sigma-Aldricht | 1551128 | |
| NaCl | Sigma-Aldricht | S7653 | |
| Tris– HCl | Roche | 10812846001 | |
| EDTA | Sigma-Aldricht | E9884 | |
| KCl | Sigma-Aldricht | P9541 | |
| Na2HPO4 | Sigma-Aldricht | NIST2186II | |
| 2-merkaptoetanol | Sigma-Aldricht | M6250 | |
| alanina | Sigma-Aldricht | A7627 | |
| HClO4 | Fluka | 34288 | 1M roztwór HClO4, dystrybutor: hydrolizat |
| kazeiny | Sigma-Aldricht Sigma-Aldricht | 22090 | |
| sól sodowa penicyliny benzylowej | Sigma-Aldricht | B0900000 | |
| lizozym z białka jaja kurzego | Roche | 10837059001 | |
| heptan | Sigma-Aldricht | 246654 | |
| metanol | Sigma-Aldricht | 322415 | |
| roztwór wodorotlenku amonu | Sigma-Aldricht 380539 | 28% NH3 w H2O, oczyszczone przez podwójną destylację (zagęszczone?) | |
| Materiały eksploatacyjne laboratoryjne | |||
| płytka 6-dołkowa | Greiner Bio-One | 657165 | CELLSTAR 6-dołkowa płytka |
| sprzęt | |||
| pHmetr | WTW | 1AA110 | Laboratoryjny pH-metr inoLab System |
| próżniowy i filtracji | Nalgene | NALG300-4100 | Uchwyty filtrów z odbiornikiem, dystrybutorem : |
| Układy | produkowane przez firmę Yunus i koledzy (ref 16) | ||
| PGSTAT30 Autolab | Metrohm Autolab | wycofany, następca Multimetr cyfrowy Autolab PGSTAT302N | |
| , METRAHit 22M | Gossen Metrawatt | wycofany, następca Metrahit Base |
Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.
Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE
Poproś o pozwolenie