W mózgu, systemy transportu błonowego odgrywają ważną rolę w regulacji funkcji neuronalnych, takich jak morfologia neuronów, plastyczność synaptyczna, przeżycie i komunikacja glejowa. Do tej pory liczne badania wykazały, że defekty w tych układach powodują różne choroby neuronalne. Tak więc zrozumienie mechanizmów leżących u podstaw dynamiki pęcherzyków może dostarczyć ważnych wskazówek, które mogą pomóc w leczeniu kilku zaburzeń neuronalnych. W tym miejscu opisujemy metodę ilościowego określania ruchliwości pęcherzyków, takich jak ruchliwość, odległość i szybkość ruchu, przy użyciu wtyczki programowej do platformy ImageJ. Aby uzyskać obrazy do kwantyfikacji, oznaczyliśmy neuronalne struktury endosomy-lizosomów białkami markerowymi pęcherzyków znakowanymi EGFP i obserwowaliśmy ruch pęcherzyków za pomocą mikroskopii poklatkowej. Metoda ta jest bardzo przydatna i upraszcza pomiar ruchliwości pęcherzyków w neurytach, takich jak aksony i dendryty, a także w somie zarówno neuronów, jak i komórek glejowych. Ponadto metoda ta może być stosowana do innych linii komórkowych, takich jak fibroblasty i komórki śródbłonka. Takie podejście może stanowić cenny postęp w naszej wiedzy na temat transportu błonowego.