$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Małe niekodujące RNA odgrywają ważną rolę w regulacji genów komórkowych. Cząsteczki te składają się z 20-25 nukleotydów, które wiążą się z określonym docelowym mRNA, prowadząc do zablokowania translacji lub degradacji mRNA1,2. Proces regulacji genów zamierzany przez małe RNA, takie jak miRNA i siRNA, jest wysoce konserwatywnym mechanizmem, który został znaleziony u wielu różnych gatunków3. W szczególności cząsteczki miRNA mają kluczowe znaczenie dla różnych procesów fizjologicznych, w tym proliferacji, różnicowania i regeneracji4,5. Ponadto rozregulowanie ekspresji miRNA przypisuje się wielu zaburzeniom patologicznym. W związku z tym wykazano, że miRNA są odpowiednie jako biomarkery do diagnozy i jako środki terapeutyczne w terapii genowej6,7.
Połączenia szczelinowe (GJ) to wyspecjalizowane struktury białkowe w błonie plazmatycznej dwóch sąsiednich komórek, które umożliwiają dyfuzyjną wymianę cząsteczek o masie cząsteczkowej do 1 kD. Wykazano, że są one ważne dla rozwoju tkanek, różnicowania, śmierci komórek i zaburzeń patologicznych, takich jak rak lub choroby układu krążenia8,9,10. Kilka cząsteczek zostało opisanych jako zdolne do przekraczania kanałów GJ, w tym jony, metabolity i nukleotydy. Co ciekawe, odkryto również, że GJ zapewniają ścieżkę dla ruchu międzykomórkowego małych RNA11,12. W ten sposób miRNA mogą działać nie tylko w komórce, w której są wytwarzane, ale także w komórkach biorcy. Podkreśla to rolę miRNA w systemie transdukcji sygnału międzykomórkowego. Jednocześnie dane pokazują, że komunikacja międzykomórkowa w szczelinie jest ściśle związana z funkcją miRNA. Ze względu na znaczący wpływ miRNA i GJ na homeostazę, patologię i diagnostykę tkanek, kompleksowe zrozumienie funkcji miRNA i związanej z nią dynamiki międzykomórkowej miRNA pomoże wyjaśnić mechanizmy chorób opartych na miRNA i opracować nowe strategie terapii miRNA.
W zależności od stopnia sprzężenia szczelinowego, transfer cząsteczek miRNA między komórkami może być bardzo szybkim procesem. Dlatego wymagana jest metodologia, która umożliwia wizualizację i kwantyfikację szybkiego ruchu międzykomórkowego tych regulatorowych cząsteczek sygnałowych. Powszechnie cytometria przepływowa i techniki biologii molekularnej były stosowane w celu zademonstrowania przenoszenia małych RNA11,12,13,14. Jednak w przeciwieństwie do mikroskopii FRAP, podejścia te nie mają wysokiej rozdzielczości czasowej, która jest obowiązkowa przy analizie wymiany miRNA za pośrednictwem GJ. Co więcej, mikroskopia FRAP jest mniej inwazyjna, a zatem stanowi potężną i nowatorską technikę obrazowania żywych komórek do oceny zależnej od GJ wymiany cząsteczek w kilku typach komórek15,16,17.
Tutaj prezentujemy szczegółowy protokół opisujący zastosowanie 3D-FRAP do oceny przepływu miRNA między kardiomiocytami. W tym celu kardiomiocyty transfekowano fluorescencyjnie znakowanym miRNA. Komórka oznaczona tym miRNA została wybielona fotoblakiem, a ponowny napływ miRNA z sąsiednich komórek został zarejestrowany w sposób zależny od czasu. Wysoka rozdzielczość czasowa eksperymentów FRAP daje możliwość wykonywania badań kinetycznych w celu precyzyjnej oceny międzykomórkowego transferu miRNA i siRNA między żywymi komórkami. Co więcej, ponieważ małe RNA mogą być wymieniane za pomocą różnych mechanizmów o bardzo różnej kinetyce, mikroskopia FRAP może pomóc w wyjaśnieniu zakresu, w jakim GJ są zaangażowane w odpowiednie procesy przenoszenia18. Ponadto 3D-FRAP może być używany do badania fizjologicznych i patologicznych zmian przepuszczalności GJ i jej wpływu na transfer małego RNA15,19.