$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Hematopoetyczne komórki macierzyste (HSC) to samoodnawiające się komórki, które mogą dać początek wszystkim liniom krwi. Są to stosunkowo rzadkie komórki w szpiku kostnym, co utrudnia analizy biochemiczne. Podejścia odpowiednie do analizy rzadkich komórek, takie jak cytometria przepływowa, okazały się niezwykle przydatne do ilościowego określania względnych ilości markerów powierzchniowych komórek i białek wewnątrzkomórkowych. Jednak analiza białek wewnątrzkomórkowych wymaga zastosowania procedur przenikania komórek, aby umożliwić dostęp przeciwciał, a nie wszystkie epitopy na powierzchni komórki przeżywają te procedury1,2. Ponadto przeciwciała, które rozróżniają różne izoformy białek lub produkty rozszczepienia, nie są często dostępne dla cytometrii przepływowej, dlatego badacze nadal polegają na Western blot w niektórych rodzajach analiz.
Analiza Western blot lizatów komórkowych jest rutynową procedurą w większości laboratoriów. Komórki mogą być oczyszczane w natywnych warunkach, które zachowują epitopy cząsteczek powierzchniowych komórek, a następnie lizaty komórkowe mogą być przygotowywane i analizowane. Jednak analiza białek w rzadkich pierwotnych populacjach komórek za pomocą Western blot może wymagać eutanazji dużej liczby zwierząt w celu uzyskania wystarczającej liczby komórek. Dokonując niewielkich korekt w kilku etapach, konwencjonalny protokół Western blotting był w stanie wykryć białka w stosunkowo niewielkiej liczbie HSC (500 - 15 000, w zależności od białka będącego przedmiotem zainteresowania). Regulacje obejmują dokładne zliczanie komórek, ostrożne obchodzenie się z osadem komórkowym, zmniejszanie transferów komórek między probówkami w celu zminimalizowania utraty komórek oraz lizę określonej liczby komórek za pomocą skoncentrowanego buforu ładującego zawierającego inhibitory proteasomu i fosfatazy. Wiele opublikowanych raportów zawiera Western blot uzyskane z 20 000 lub więcej HSCs3,4,5,6,7; Ta prosta procedura zmniejszy liczbę komórek i zwierząt doświadczalnych potrzebnych do uzyskania równoważnych danych od 4 do 40 razy. Protokół ma na celu normalizację wyników na podstawie każdej komórki, a nie kontroli wewnętrznej. Umożliwia to wykrycie ogólnych spadków poziomu białka, które można przeoczyć, jeśli dane są znormalizowane do kontroli wewnętrznej. Znaczenie normalizacji na podstawie komórki zostało opisane w analizie danych dotyczących ekspresji genów8, a ta sama zasada dotyczy ilościowego oznaczania białek za pomocą Western blot. Ten zoptymalizowany protokół powinien być przydatny dla każdego, kto musi analizować niewielką liczbę komórek.