Zapalenie wywołane przez inflammasomy jest kluczowym elementem obrony przed organizmami chorobotwórczymi1, ale także leży u podstaw etiologii wielu chorób2. Odpowiedź zapalna na szeroki zakres infekcji jest wywoływana przez cytozolowe wykrywanie wzorców molekularnych związanych z patogenami (PAMP) lub wzorców molekularnych związanych z uszkodzeniem (DAMP). Receptory rozpoznawania wzorców (PRR), w tym członkowie rodziny receptorów podobnych do NOD (NLR), oligomeryzują się po wykryciu tych PAMP i DAMP. Powoduje to tworzenie wielobiałkowego kompleksu zwanego inflamasomem, który zawiera PRR, białko adaptorowe podobne do plamki związane z apoptozą, zawierające C-końcową domenę rekrutacji kaspazy (CARD) (ASC) oraz pro-formę kaspazy-13,4. Kompleks ten umożliwia indukowaną bliskością automatyczną aktywację kaspazy-1. Aktywna kaspaza-1 prowadzi następnie do zestawu zdarzeń, które są charakterystyczne dla piroptozy szlaku śmierci komórki stanu zapalnego. Zdarzenia te obejmują: rozszczepienie i uwolnienie cytokin zapalnych IL-1β i IL-18, egzocytozę lizosomów z uwolnieniem zawartości lizosomalnej do przestrzeni zewnątrzkomórkowej, kondensację jądrową oraz rozszczepienie gasderminy D. Uwolniona N-końcowa domena gasderminy D wstawia się do błony plazmatycznej, tworząc pory, które powodują pęknięcie błony plazmatycznej i uwolnienie treści zapalnej, a także zabierają niszę ochronną dla replikacji patogenu5,6,7.
Tutaj skupiamy się na dobrze zbadanym inflamasomie NLRP3. Aktywacja inflamasomu NLRP3 zachodzi w dwuetapowym procesie8. Pierwszy etap "torowania" następuje poprzez rozpoznanie produktu drobnoustrojowego przez receptory Toll-podobne (TLR). Jest to replikowane w warunkach laboratoryjnych za pomocą LPS do stymulacji TLR4. Ta stymulacja zwiększa poziom NLRP3 i pro-IL-1β poprzez sygnalizację NF-kB. Gruntowanie dodatkowo licencjonuje NLRP3 poprzez mechanizmy nietranskrypcyjne poprzez indukowanie jego deubikwitynacji9,10 oraz fosforylacji lub defosforylacji określonych reszt11,12.
Uważa się, że drugi sygnał aktywacji NLRP3 obejmuje czynniki mitochondrialne, reaktywne formy tlenu, wypływ potasu i sygnalizację wapnia, chociaż mechanizm jednoczący dla aktywacji NLRP3 pozostaje nieuchwytny8. Aktywowany NLRP3 oligomeryzuje poprzez interakcje między swoimi domenami NACHT i rekrutuje ASC poprzez wiązanie domen pyryny (PYD) 13. W każdej komórce te kompleksy makromolekularne tworzą pojedyncze mikroskopijnie widoczne ognisko. ASC zostało pierwotnie zidentyfikowane jako białko 22 KDa, które tworzy "plamkę" podczas apoptozy ludzkich komórek białaczkowych i nazwane białkowym białaczką związaną z apoptozą zawierającą klasę CARD14. Później ustalono, że ASC rekrutuje pro-kaspazę-1 poprzez interakcję CARD ASC z CARD pro-kaspazy-1, tworząc klasę inflammasome15.
Nie wszystkie NLR-y wymagają obecności ASC do wywołania aktywacji kaspazy-1. W przeciwieństwie do NLRP3, NLRC4 i NLRP1b mają domeny CARD i mogą bezpośrednio rekrutować pro-kaspazę-1 poprzez interakcje CARD-CARD w celu wywołania aktywacji kaspazy-1. W przypadku braku ASC, aktywna kaspaza-1 pozostaje rozproszona w całym cytozolu i nie tworzy pojedynczego ogniska. Ta rozproszona aktywna kaspaza-1 jest wystarczająca do wywołania pyroptotycznej śmierci komórki, ale nie jest w stanie przetworzyć pro-IL-1β13,16.
W tym manuskrypcie omówimy dwa sposoby oceny aktywacji inflamasomu. Pierwszy z nich wykorzystuje sondę aktywności fluorescencyjnej FAM-YVAD-FMK, która wiąże rodzinę proteaz kaspazy-1. Do tej rodziny zalicza się kaspazę-1, ale także kaspazę myszą-11 oraz kaspazę ludzką-4 i kaspazę-5. Wykorzystując makrofagi od myszy z niedoborem kaspazy-1/11 we wszystkich eksperymentach, zajmiemy się specyfiką tej sondy. Metodę tę można połączyć z znakowaniem przeciwciałami składników inflamasomu, które również opiszemy. Wizualizacja mikroskopowa pozwala na identyfikację pojedynczych komórek zawierających aktywną kaspazę-1 i oligomeryzowany ASC. Korzystając z tej metody, naukowcy będą w stanie określić, w którym momencie tworzenia inflamasomu ich manipulacje komórką gospodarza lub badanym organizmem chorobotwórczym mają wpływ. Na przykład, można rozróżnić, czy dana interwencja zapobiega rekrutacji ASC do kompleksu NLRP3, czy też ma na celu późniejszą rekrutację i aktywację kaspazy-117. Badanie wyników aktywacji kaspazy-1, takich jak wydzielanie IL-1β, nie byłoby w stanie rozróżnić tych dwóch możliwości. Ponadto, wydzielanie IL-1β może być zmienione bez zmiany zdolności komórek do aktywacji kaspazy-1 i ulegania pyroptotycznej śmierci komórki16.
Druga metoda mierzy uwalnianie dehydrogenazy mleczanowej (LDH) do supernatantu komórki, co następuje podczas lizy makrofagów piroptotycznych po aktywacji kaspazy-1, jak opisano powyżej. Ta druga metoda jest podejściem populacyjnym, ponieważ mierzy się uwalnianie LDH w całym dołku. To proste podejście pozwala na szybką analizę (30 minut czasu inkubacji) próbek w celu określenia, czy śmierć komórki za pośrednictwem kaspazy 1 i może być przeprowadzona w formacie 96-dołkowej płytki.
Te metody są komplementarne, każda z innymi zaletami i obie łatwo poddają się modyfikacjom. Na przykład leczenie makrofagami ukierunkowanymi związkami o małej masie cząsteczkowej przed stymulacją inflamasomu można zastosować do zbadania roli, jaką niektóre białka mogą odgrywać w kontrolowaniu odpowiedzi zapalnych.