Bariera krew-mózg (BBB) to dynamiczna tkanka barierowa, która reaguje na różne bodźce patofizjologiczne i farmakologiczne. Takie zmiany wynikające z tych bodźców mogą znacznie modulować dostarczanie leków do mózgu, a co za tym idzie, powodować znaczne wyzwania w leczeniu chorób ośrodkowego układu nerwowego (OUN). Wiele zmian bariery krew-mózg, które wpływają na farmakoterapię, dotyczy białek, które są zlokalizowane i ulegają ekspresji na poziomie komórek śródbłonka. Rzeczywiście, taka wiedza na temat fizjologii BBB w zdrowiu i chorobie wzbudziła znaczne zainteresowanie badaniami nad tymi białkami błonowymi. Z punktu widzenia badań podstawowych oznacza to zapotrzebowanie na prostą, ale solidną i powtarzalną metodę izolacji mikronaczyń krwionośnych z tkanki mózgowej pobranej od zwierząt doświadczalnych. W celu przygotowania próbek błonowych ze świeżo wyizolowanych mikronaczyń konieczne jest, aby preparaty próbek były wzbogacone w komórki śródbłonka, ale ograniczone w obecności innych typów komórek jednostki nerwowo-naczyniowej (tj. astrocytów, mikrogleju, neuronów, perycytów). Dodatkową korzyścią jest możliwość przygotowania próbek od pojedynczych zwierząt w celu uchwycenia prawdziwej zmienności ekspresji białek w populacji eksperymentalnej. W tym manuskrypcie przedstawiono szczegółowe informacje dotyczące metody stosowanej do izolacji mikronaczyń mózgowych szczurów i przygotowania próbek błonowych. Wzbogacanie mikronaczyń z otrzymanych próbek uzyskuje się poprzez zastosowanie czterech etapów wirowania, w których dekstran jest zawarty w buforze próbki. Protokół ten może być łatwo dostosowany przez inne laboratoria do ich własnych specyficznych zastosowań. Wykazano, że próbki wygenerowane za pomocą tego protokołu dostarczają solidnych danych eksperymentalnych z eksperymentów analizy białek, które mogą znacznie pomóc w zrozumieniu odpowiedzi BBB na bodźce fizjologiczne, patofizjologiczne i farmakologiczne.