$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
W ciągu ostatniego stulecia, dwuwymiarowa (2D) hodowla tkanek stała się integralnym zestawem narzędzi do badania podstawowej biologii komórki in vitro. Ponadto stosunkowo tanie i proste protokoły hodowli komórek 2D doprowadziły do jej przyjęcia w wielu dyscyplinach biologicznych i medycznych. Jednak wcześniejsze badania wykazały, że tradycyjne platformy 2D mogą prowadzić do wyników, które znacznie odbiegają od tych zebranych in vivo, powodując marnowanie cennego czasu i funduszy na badania kliniczne1,2,3. My i inni stawiamy hipotezę, że ta rozbieżność może być przypisana brakowi natywnych sygnałów biochemicznych i biofizycznych dostarczanych komórkom hodowanym na powierzchniach 2D, które mogą być niezbędne do optymalnej proliferacji i dojrzewania różnych typów komórek.
Aby rozwiązać te problemy i pomóc wypełnić lukę między badaniami 2D in vitro i in vivo, naukowcy opracowali trójwymiarowe (3D) platformy hydrożelowe do enkapsulacji komórek1,4,5,6. Hydrożele są idealnymi materiałami do rekapitulacji endogennego mikrośrodowiska macierzy zewnątrzkomórkowej (ECM) in vivo ze względu na ich tkankowe właściwości mechaniczne i spuchniętą od wody strukturę, która umożliwia szybki transport składników odżywczych i czynników sygnałowych7,8. Co więcej, hydrożele 3D mogą być zaprojektowane tak, aby miały niezależną kontrolę nad właściwościami mechanicznymi i biochemicznymi rusztowania. Zarówno mechanika macierzy9,10,11,12 oraz ligandy adhezyjne komórek13,14,15 są dobrze znane z wpływania na zachowanie komórek in vitro i in vivo. W ten sposób hydrożele 3D o przestrajalnych właściwościach stanowią platformę do badania związków przyczynowo-skutkowych między komórkami a ich mikrośrodowiskiem. Kryteria idealnej matrycy hydrożelowej 3D obejmują prostą, niecytotoksyczną enkapsulację komórek, a także niezależną możliwość dostrajania fizjologicznie istotnych właściwości mechanicznych i naśladowanie natywnych motywów adhezyjnych komórek.
Zarówno syntetyczne (np. glikol polietylenowy, kwas polimlekowy, poli(kwas glikolowy)) jak i pochodzenia naturalnego (np. alginian, kolagen, Matrigel) hydrożele mają przewagę nad platformami do hodowli 2D in vitro; jednak mają również istotne wady, które ograniczają ich zastosowanie. Po pierwsze, wiele platform syntetycznych i pochodzenia naturalnego wymaga trudnych warunków sieciowania, które mogą być potencjalnie toksyczne dla komórek ssaków, prowadząc do zmniejszenia żywotności komórek7. Ponadto wiele platform syntetycznych nie ma natywnej bioaktywności i musi być funkcjonalizowanych poprzez wtórne reakcje chemiczne, co może zwiększyć koszty i złożoność16. Wreszcie, podczas gdy materiały pochodzenia naturalnego zazwyczaj zawierają wewnętrzne domeny bioaktywne, często są one nękane dużą zmiennością między partiami i często ograniczają się do tworzenia stosunkowo słabych żeli7,17.
Inżynieria białek rekombinowanych prezentuje unikalny zestaw narzędzi do projektowania materiałów, umożliwiając wyraźną kontrolę nad sekwencją białek, a co za tym idzie, potencjalnymi właściwościami mechanicznymi i biochemicznymi końcowego rusztowania hydrożelowego18. Ponadto, dzięki wykorzystaniu dobrze znanej maszynerii biologicznej Escherichia coli (E. coli) do ekspresji białek, materiały mogą być produkowane w sposób ekonomiczny i spójny przy ograniczonej zmienności między i wewnątrz partii. Przedstawione tutaj białko podobne do elastyny (ELP) ma trzy zmodyfikowane domeny: (1) znacznik T7 i His6, który umożliwia znakowanie za pomocą fluorescencyjnie znakowanych przeciwciał, (2) region "podobny do elastyny", który nadaje elastyczne właściwości mechaniczne i umożliwia chemiczne sieciowanie, oraz (3) region "bioaktywny", który koduje motywy adhezyjne komórek.
Nasz region podobny do elastyny jest oparty na kanonicznej sekwencji elastyny (Val-Pro-Gly-Xaa-Gly)5, gdzie cztery z miejsc aminokwasowych 'Xaa' to izoleucyna (Ile), ale mogą być zaprojektowane tak, aby były dowolnymi aminokwasami z wyjątkiem proliny. Ta sekwencja nadaje rekombinowanym ELP zachowanie niższej temperatury roztworu krytycznego (LCST), które można wykorzystać do prostego oczyszczania po ekspresji za pomocą cykli termicznych19,20. Tę właściwość LCST można dostroić tak, aby agregowała termicznie w różnych temperaturach, modyfikując pozostałość gościa 'Xaa' class21,22.
Tutaj pozycja 'Xaa' na jednym z pięciu powtórzeń podobnych do elastyny została zastąpiona aminokwasem lizyny (Lys), który jest używany do sieciowania hydrożelowego. Nasze poprzednie prace wykazały niecytotoksyczne i odporne sieciowanie poprzez reakcję z aminowo-reaktywnym środkiem sieciującym tetrakis(hydroksymetylo)fosfonium chlorek (THPC)23. Różnicując ogólną zawartość białka i stężenie środka sieciującego, jesteśmy w stanie wyprodukować hydrożele, które można dostroić tak, aby obejmowały fizjologicznie istotny zakres sztywności (~0,5-50 kPa)9,23,24. Oprócz dostrajania właściwości mechanicznych, adhezja komórek w hydrożelu wynika z integracji kanonicznych domen adhezyjnych komórek w szkielecie białka ELP. Na przykład włączenie rozszerzonej sekwencji aminokwasowej "RGDS" pochodzącej z fibronektyny pozwala na adhezję komórek i elastyczność konformacyjną, podczas gdy zaszyfrowany, niewiążący wariant "RDGS" ogranicza adhezję macierzy komórkowej24. Modulując stosunek białek adhezyjnych do nieadhezyjnych, a także całkowite stężenie białka, jesteśmy w stanie skutecznie wytwarzać hydrożele, które obejmują szeroki zakres stężeń ligandów. W rezultacie opracowaliśmy platformę hydrożelową o rozłącznych właściwościach biochemicznych i biofizycznych, którą można niezależnie dostroić w celu uzyskania optymalnej hodowli 3D różnych typów komórek.
Oprócz sztywności matrycy i możliwości przestrajania ligandów adhezyjnych, rekombinowane hydrożele oferują możliwość projektowania określonych profili degradacji materiału, co jest niezbędne do rozprzestrzeniania się komórek, proliferacji i migracji w kontekście 3D4,9. Degradacja ta jest spowodowana wydzielaniem przez komórki proteaz, które są specyficznie ukierunkowane na rozszerzony 'RGDS'9 lub sekwencję podobną do elastyny25. Wykazano również, że hydrożele ELP wspierają późniejsze testy biochemiczne, które są niezbędne do badania żywotności i funkcji komórek, w tym immunocytochemii, a także ekstrakcji DNA/RNA/białka w ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją (qRT-PCR) i Western blot9. Warianty ELP były również stosowane w wielu modelach in vivo i wiadomo, że są dobrze tolerowane przez układ odpornościowy26.
Podsumowując, ELP jako platforma materiałowa do badań nad enkapsulacją komórek oferuje szeroki wachlarz korzyści w porównaniu do platform materiałów syntetycznych lub pochodzenia naturalnego, które często nie mają tego samego stopnia biochemicznej i biofizycznej przestrajania i odtwarzalności. Dodatkowo, proste i niecytotoksyczne zastosowanie ELP z szeroką gamą typów komórek (np. zwoje korzenia grzbietowego piskląt14,24, mysie neuronalne komórki progenitorowe9, ludzkie mezenchymalne komórki macierzyste27, chondrocyty noworodków bydła28, ludzkie komórki śródbłonka29,30) pozwala na opracowanie bardziej fizjologicznie istotnego modelu endogennego ECM 3D w porównaniu z hodowlą komórkową 2D. W niniejszym artykule przedstawiamy protokół ekspresji rekombinowanych ELP do stosowania jako przestrajalna platforma hydrożelowa do enkapsulacji komórek 3D. W dalszej części przedstawiamy metodologię znakowania fluorescencyjnego i mikroskopii konfokalnej komórek otorbionych.