Korzystając z darmowego, otwartego oprogramowania, opracowaliśmy analityczne podejście do ilościowego określania całkowitej i regionalnej objętości brunatnej tkanki tłuszczowej (BAT) oraz aktywności metabolicznej BAT przy użyciu 18F-FDG PET/CT.
Artykuł metodologiczny
Korzystając z darmowego, otwartego oprogramowania, opracowaliśmy analityczne podejście do ilościowego określania całkowitej i regionalnej objętości brunatnej tkanki tłuszczowej (BAT) oraz aktywności metabolicznej BAT przy użyciu 18F-FDG PET/CT.
U zwierząt endotermicznych, brunatna tkanka tłuszczowa (BAT) jest aktywowana do wytwarzania ciepła w celu obrony temperatury ciała w odpowiedzi na zimno. Zdolność BAT do wydatkowania energii sprawiła, że stał się on potencjalnym celem dla nowych terapii mających na celu złagodzenie otyłości i związanych z nią zaburzeń metabolicznych u ludzi. Chociaż tkanka ta została dobrze przebadana na małych zwierzętach, zdolność termogeniczna BAT u ludzi pozostaje w dużej mierze nieznana ze względu na trudności w pomiarze jej objętości, aktywności i dystrybucji. Identyfikacja i ilościowe określenie aktywnych BAT u człowieka jest zwykle przeprowadzane przy użyciu pozytonowej tomografii emisyjnej 18F-fluorodeoksyglukozy (18F-FDG) i tomografii komputerowej (PET/CT) po ekspozycji na zimno lub aktywacji farmakologicznej. W tym miejscu opisujemy szczegółowe podejście do analizy obrazu w celu ilościowego określenia BAT całego ciała człowieka na podstawie 18skanów PET/CT F-FDG przy użyciu oprogramowania typu open source. Demonstrujemy rysunek określonych przez użytkownika obszarów zainteresowania w celu identyfikacji metabolicznie aktywnej tkanki tłuszczowej przy jednoczesnym unikaniu typowych tkanek innych niż BAT, pomiaru objętości i aktywności BAT oraz dalszego scharakteryzowania jej anatomicznego rozmieszczenia. Chociaż to rygorystyczne podejście jest czasochłonne, wierzymy, że ostatecznie zapewni podstawę do opracowania przyszłych zautomatyzowanych algorytmów kwantyfikacji BAT.
Rosnące rozpowszechnienie otyłości na całym świecie1 skłoniło do zbadania nowych metod leczenia zapobiegającego i łagodzącego otyłość i związane z nią powikłania. Otyłość jest częściowo spowodowana nadmiarem energii zmagazynowanej w białej tkance tłuszczowej (WAT) w postaci trójglicerydów2. Brunatna tkanka tłuszczowa (BAT) różni się od WAT przede wszystkim wyższą zawartością mitochondriów, mniejszymi i wielopłatkowymi kropelkami lipidów, wyraźnym rozmieszczeniem anatomicznym, większym unerwieniem współczulnym i zdolnością wytwarzania ciepła. Chociaż kiedyś uważano, że BAT występuje tylko u małych ssaków i noworodków, obecność funkcjonalnego BAT została potwierdzona u dorosłych ludzi w 2009 roku3,4,5. Zdolność termogeniczna ludzkiego BAT nie jest jeszcze znana, ale szeroko zakrojone badania na małych zwierzętach wykazały, że termogeneza bez dreszczy może stanowić do 60% ich metabolizmu podczas ekspozycji na zimno6. W rezultacie, ludzki BAT jest obecnie badany jako cel w leczeniu i profilaktyce otyłości i powiązanych zaburzeń7. Kilka badań klinicznych wykazało, że termogeneza BAT koreluje ze zwiększonym wychwytem glukozy i wydatkiem energetycznym po aktywacji przez łagodną ekspozycję na zimno8,9,10. Jednak wkład BAT w termogenezę wywołaną zimnem pozostaje kontrowersyjny11,12,13,14, a wiele dyskusji koncentruje się wokół sposobu ilościowego określenia ludzkiego BAT15. Aby lepiej zrozumieć, czy termogenezę BAT można wykorzystać do walki z otyłością, kluczowe znaczenie ma dokładny pomiar jej objętości i aktywności metabolicznej.
Uzyskanie precyzyjnych pomiarów BAT jest trudne ze względu na unikalny anatomiczny rozkład BAT u ludzi. BAT jest rozprowadzany w białych magazynach tłuszczowych na szyi, klatce piersiowej i brzuchu w miejscach niedostępnych dla nieskomplikowanych biopsji14. Autopsje zostały wykorzystane do scharakteryzowania BAT anatomicznie16, ale są niewykonalne dla większości laboratoriów badawczych przeprowadzających duże badania i nie mogą dostarczyć informacji podłużnych lub funkcjonalnych. Ponieważ BAT ma podobną gęstość do WAT i może występować w wąskich warstwach powięziowych lub w małych kieszeniach przeplatanych WAT16, trudno jest go zidentyfikować przy użyciu pojedynczej, konwencjonalnej techniki obrazowania. Ta niejednorodność sprawia również, że automatyczna kwantyfikacja BAT jest trudniejsza niż kwantyfikacja struktur jednorodnych, takich jak wątroba17.
Aby sprostać tym wyzwaniom, objętość i aktywność BAT są zwykle oznaczane ilościowo za pomocą sprzężenia tomografii komputerowej (CT) i pozytonowej tomografii emisyjnej (PET). Znakowany radioizotopowo analog glukozy 18F-fluourodeoksyglukoza (18F-FDG) jest najczęściej stosowanym znacznikiem do badania aktywności metabolicznej BAT18. Tkankę tłuszczową można odróżnić od innych tkanek i powietrza na podstawie informacji o gęstości dostarczonych przez obraz CT w jednostkach Hounsfielda (HU). Obrazy PET pokazują ilość 18F-FDG pobranych do objętości tkanki w jednostkach o standaryzowanych wartościach wychwytu (SUV). Aktywny BAT można oddzielić od tkanki o nieznacznym wychwycie znacznika, w tym WAT i nieaktywnego BAT, poprzez jednoczesną rejestrację obrazów PET z odpowiednimi skanami CT i wybór odpowiedniego progu SUV.
W tym artykule staramy się przedstawić krok po kroku podejście z filmem instruktażowym, który może być wykorzystany przez badaczy klinicznych do ilościowego określenia ludzkiego BAT za pomocą 18skanów F-FDG PET/CT. Ta technika analizy obrazu jest idealnie stosowana po wystawieniu osoby (osób) na działanie zimna lub leczeniu farmakologicznymi stymulantami BAT. W szczególności pokazujemy użytkownikom, jak konstruować obszary zainteresowania (ROI) przy jednoczesnej minimalizacji wyników fałszywie dodatnich za pomocą bezpłatnego oprogramowania do przetwarzania obrazów (ImageJ) o otwartym kodzie źródłowym ze specjalną wtyczką (petctviewer.org). Wynik tego podejścia może być wykorzystany do badania objętości BAT, aktywności (wychwytu glukozy) i rozkładu anatomicznego u poszczególnych badanych.
Wszystkie obrazy PET/CT pokazane w tym manuskrypcie zostały uzyskane od uczestników protokołu National Institutes of Health nr 12-DK-0097 (identyfikator ClinicalTrials.gov NCT01568671). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę, a wszystkie eksperymenty zostały zatwierdzone przez Instytucjonalną Komisję Rewizyjną Narodowego Instytutu Cukrzycy i Chorób Trawiennych i Nerek.
1. Instalacja oprogramowania
2. Wczytywanie obrazów PET/CT
3. Poruszanie się po wtyczce przeglądarki PET/CT
4. Kwantyfikacja BAT całego ciała
5. Zapewnienie jakości
6. Podział BAT na poszczególne magazyny
Uwaga: Poniższa sekcja skupia się tylko na ilościowym określaniu regionalnych składów BAT17. Kroki te nie są konieczne do uzyskania objętości i aktywności BAT całego ciała.
Tkankę tłuszczową brunatną (BAT) kwantyfikuje się poprzez serię kroków przetwarzania obrazu po jego akwizycji, co przedstawiono na Rysunku 1. Progi PET i CT są wykorzystywane do identyfikacji wokseli, które są metabolicznie aktywne i wykazują gęstość charakterystyczną dla tkanki tłuszczowej. Jednak niektóre woksele spełniające te kryteria mogą występować w lokalizacjach anatomicznych, w których prawdopodobnie nie znajduje się BAT. Aby uniknąć takich wyników fałszywie dodatnich, podczas wyznaczania obszarów zainteresowania (ROI) należy brać pod uwagę informacje z PET, CT oraz dane anatomiczne (Rysunek 2). Na Rysunku 2 przedstawiono kilka typowych obszarów, które należy uwzględnić lub pominąć podczas kwantyfikacji BAT w całym organizmie u osób poddanych stymulacji zimnem, takich jak metabolicznie aktywna BAT szyjna vs. ślinianki, struny głosowe i tarczyca (Rysunek 2A i 2B); BAT nadobojczykowa vs. drżące mięśnie w pobliżu granic między powietrzem a tkanką stałą (np. mięśnie międzyżebrowe) (Rysunek 2C) oraz BAT brzuszna vs. kielichy nerkowe podczas usuwania znakowanej glukozy (Rysunek 2D). Po zestawieniu ROI dla każdego przekroju osiowego, depozyty BAT mogą zostać podzielone w płaszczyźnie strzałkowej w celu zbadania wewnątrz- i międzyindywidualnych różnic w regionalnej aktywacji BAT (Rysunek 3).

Rycina 1. Schematyczny przebieg etapów przetwarzania obrazu. W pierwszej kolejności obrazy PET oraz odpowiadające im obrazy CT są przesyłane do wtyczki PET/CT (A). Po wyznaczeniu osiowych ROI na każdym przekroju PET/CT (B), każdy woxel spełniający kryteria zarówno PET, jak i CT zostaje zidentyfikowany w kolorze niebieskim (C). Z tych zidentyfikowanych w BAT wokseli generowana jest maska (D), która zastępuje oryginalny skorygowany skan PET (E), a następnie w widoku strzałkowym następuje segmentacja depot (F). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rysunek 2. Wybór obszaru zainteresowania (ROI) w osiowej projekcji BAT oraz obszary, których należy unikać w przypadku wielu depot BAT. Przekroje osiowe z połączonego obrazu PET/CT (kolumny 1 i 2) oraz obraz maksymalnej projekcji intensywności (MIP, kolumna 3) z zielonymi liniami wyznaczającymi wysokość przekroju z badania wykonanego po stymulacji zimnem. W kolumnach 1 i 2 zielone obszary ROI wyznaczono wokół obszarów o gęstości tkanki tłuszczowej, wysokim wychwycie FDG i lokalizacji anatomicznej, w której prawdopodobnie znajduje się aktywna BAT. Obszary anatomiczne, w których prawdopodobne nie jest występowanie BAT, zaznaczono na czerwono w kolumnie 2. Voksele spełniające kryteria PET i CT dla BAT zostały potwierdzone za pomocą programu ImageJ i zaznaczone na niebiesko. Przykłady pochodzą z: (A) przedniego depotu szyjnego, (B) depotu szyjnego na poziomie tarczycy, (C) depotu nadobojczykowego/pachowego w pobliżu drgających mięśni szkieletowych (t. j. (C) mięśnie międzyżebrowe oraz (D) depot brzuszny na poziomie moczowodów nerek. Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej figury.

Rycina 3. Regionalna segmentacja siedmiu obszarów BAT w widoku strzałkowym. Po wygenerowaniu obrazu „maski BAT”, zawierającego wyłącznie woksele PET wcześniej zidentyfikowane jako aktywna tkanka brunatna (BAT), można wydzielić następujące obszary za pomocą obszarów zainteresowania (ROI) wyrysowanych w płaszczyźnie strzałkowej: (A) szyjny (C3-C7), (B) nadobojczykowy (C7-T3, z wyłączeniem kręgów), (C) pachowy (T3-T7, z wyłączeniem kręgów), (D) śródpiersia (przednia część śródpiersia), (E) przykręgowy (T1-T12, od przedniej krawędzi kręgów do wyrostków kolczystych), (F) brzuszny (T12-L3, zaotrzewnowy) oraz (G) grzbietowo-szyjny (depozyt tłuszczowy odrębny od depozytu przykręgowego i położony za nim; w pobliżu obszaru szyjnego). Obraz złożony obejmujący wszystkie obszary przedstawiono w (H). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
Od czasu potwierdzenia funkcjonalnego BAT u dorosłych ludzi istnieje duże zainteresowanie zrozumieniem roli BAT w fizjologii człowieka. Ponieważ jednak ta termogeniczna tkanka często znajduje się w wąskich płaszczyznach powięziowych, przeplatana białym tłuszczem i otaczająca inne narządy, trudno jest określić ilościowo. W 2016 r. międzynarodowy panel ekspertów BAT opublikował dokument konsensusu z zaleceniami dotyczącymi zgłaszania istotnych cech uczestników, kryteriami przygotowania uczestników oraz protokołem pozyskiwania obrazów PET/CT21. Zespół stwierdził również potrzebę większej spójności w przetwarzaniu PET/CT na potrzeby oznaczania ilościowego BAT, zauważając, że metody identyfikacji BAT są bardzo zróżnicowane i w większości przypadków przedstawiono jedynie ograniczone szczegóły procedury kwantyfikacji BAT. W rezultacie, podczas gdy doniesienia o odtwarzalności w badaniu są wysokie 22,23,24, znacznie różna objętość i aktywność BAT została zgłoszona przez grupy stosujące różne metody kwantyfikacji, nawet jeśli uczestnicy są w podobnym wieku, płci i BMI 25,26. Te niespójności utrudniają porównywanie wyników i doprowadziły do kontrowersji dotyczących ilości BAT u dorosłego człowieka15.
Nieodłącznym ograniczeniem przetwarzania obrazów PET/CT jest włączenie wokseli, które spełniają zarówno kryteria PET, jak i CT, ale znajdują się w lokalizacjach anatomicznych odpowiadających strukturom innym niż BAT. Idealna jednoczesna rejestracja obrazów PET i CT jest prawie niemożliwa ze względu na różnice w rozdzielczości i ruchu obiektu podczas skanowania. W związku z tym struktury graniczące z powietrzem lub kośćmi oraz obszary o wysokim wychwycie znaczników są często błędnie identyfikowane jako aktywne BAT. Aby ograniczyć włączanie fałszywie dodatnich wokseli, należy stosować kryteria PET i CT tylko w ramach ROI konstruowanych przez użytkowników. Jednak obecne podejścia do ilościowego określania BAT za pomocą określonych przez użytkownika zwrotów z inwestycji lub zautomatyzowanych analiz różnią się pod względem zaangażowania użytkowników i wymaganej wiedzy. Wykazaliśmy, że użycie pojedynczego, dwuwymiarowego, zdefiniowanego przez użytkownika koronalnego zwrotu z inwestycji zastosowanego do całego stosu obrazów może być bardziej podatne na uwzględnianie obszarów fałszywie dodatnich19. Kilka grup opracowało zautomatyzowane metody ilościowego określania BAT, które są w stanie szybko przetwarzać duże zbiory danych bez większego udziału użytkownika. Jednak metody te albo nie uwzględniają wszystkich potencjalnych regionów zawierających BAT, w szczególności w dolnej części ciała27, albo powodują stosunkowo wysoki odsetek wyników fałszywie dodatnich28 i fałszywie ujemnych26. Ponieważ objętość BAT u człowieka jest na ogół niska (<600 ml, czyli <2 % całkowitej masy ciała), małe błędy bezwzględne w oznaczaniu ilościowym mogą prowadzić do dużych różnic względnych.
Bardziej rygorystyczne podejście opisane w tym badaniu, polegające na rysowaniu ROI na każdym osiowym wycinku PET-CT, pozwala na wykrycie BAT w wąskich warstwach powięziowych, zapewniając jednocześnie większą pewność, że wyniki fałszywie dodatnie zostały wykluczone. W ten sposób uzyskuje się szczegółową kwantyfikację w odniesieniu do każdej jednostki, a nie binarną ocenę występowania lub braku BAT29. W związku z tym może być bardziej odpowiedni do kontrolowanych eksperymentów na małych próbach mających na celu zbadanie fizjologii BAT lub skutków interwencji. Co więcej, możliwość zdefiniowania składów BAT specyficznych dla danego regionu może zapewnić lepszy wgląd w znaczenie funkcjonalne BAT i pochodzenie rozwojowe. Uważamy, że te miary ilościowe są ważne nie tylko dla porównań w całej dziedzinie, ale także dla lepszego oszacowania wkładu BAT w metabolizm energetyczny i termoregulację u dorosłych ludzi.
Kilka cech anatomicznych BAT pomoże użytkownikom naszej metody ograniczyć włączenie fałszywie dodatnich wokseli. BAT zwykle występuje w ciągłych i symetrycznych warstwach powięziowych. W związku z tym, podczas rysowania i udoskonalania zwrotu z inwestycji, badanie górnych i dolnych warstw osiowych pod kątem ciągłości i symetrii wybranej tkanki tłuszczowej może pomóc użytkownikom zmaksymalizować włączenie tkanki tłuszczowej, jednocześnie minimalizując włączenie mięśni szkieletowych, kości i innych oczywistych struktur innych niż BAT. Aktywny BAT jest również rzadko obecny w podskórnych magazynach tłuszczu, dlatego zalecamy użytkownikom unikanie tych obszarów podczas konstruowania ROI. Jak zauważono w protokole, BAT jest rozmieszczony w kilku odrębnych regionach anatomicznych, w tym w odcinku szyjnym, grzbietowo-szyjnym, nadobojczykowym, pachowym, śródpiersiowym, przykręgosłupowym i brzusznym. Magazyny te są rozmieszczone w taki sposób, że jeden wycinek osiowy może zawierać więcej niż BAT z wielu magazynów. Na przykład wycinek osiowy w okolicy klatki piersiowej może zawierać BAT z magazynu śródpiersia (proksymalnego i przedniego), zajezdnia przykręgosłupowego (bliższego i tylnego, wzdłuż kręgosłupa) i zajezdni pachowej (bocznej i w pobliżu środkowej linii przednio-tylnej). Wiedza o tych magazynach zawartości może pomóc użytkownikom w tworzeniu zwrotów z inwestycji w różnych regionach ciała, ponieważ występują one we wcześniej opisanych lokalizacjach, które są w dużej mierze ciągłe, jak opisano w naszym protokole. Ponieważ jednak zachęcamy użytkowników do rysowania tylko jednego zwrotu z inwestycji na wycinek, aby uniknąć nakładania się zwrotów z inwestycji, wymagane są dodatkowe kroki generowania maski BAT i rysowania strzałkowych zwrotów z inwestycji w celu rozdzielenia wcześniej zidentyfikowanych wokseli BAT na odrębne regionalne magazyny, jeśli pożądane są informacje o dystrybucji BAT, tj. oddzielenie BAT śródśrodkowej, przykręgosłupowej i pachowej wykrytych w tym samym osiowym ROI na magazyny na podstawie lokalizacji strzałkowej (rysunek 3).
Oprogramowanie przeglądarki PET/CT może być również wykorzystywane do ilościowego określania aktywności tkanek innych niż BAT, na przykład drżących mięśni szkieletowych, które również odgrywają główną rolę w termogenezie indukowanej zimnem19 lub różnych obszarów mózgu lub wątroby, które zostały zasugerowane jako tkanki referencyjne do analizy PET/CT21. Jednak tkanki te będą miały gęstości i rozkłady anatomiczne, które różnią się od BAT i nie są przedmiotem naszego obecnego protokołu. Odsyłamy czytelników do dokumentu konsensusu w celu uzyskania bardziej szczegółowych informacji na te tematy21. Na koniec radzimy wszystkim użytkownikom, aby stale aktualizowali ImageJ i odwiedzali petctviewer.org w celu aktualizacji wtyczek i pomocy w zakresie oprogramowania.
Chociaż uważamy, że ta rygorystyczna metoda jest bardziej precyzyjna niż metody zautomatyzowane26,28 i metody, które wykorzystują uproszczony, pojedynczy zwrot z inwestycji do oszacowania całkowitej wielkości BATna poziomie 9,30, nie jest ona pozbawiona ograniczeń. Nie ma idealnej metody nieinwazyjnego ilościowego określania BAT u ludzi, a 18F-FDG reprezentuje jedynie wychwyt glukozy, który nie jest tym samym, co metabolizm glukozy11. Jednakże, mimo że zastosowano inne znaczniki promieniotwórcze 31,32,33, 18F-FDG jest najbardziej znanym znacznikiem używanym do badania ludzkich BAT. W związku z tym opracowanie ustandaryzowanych metod analizy 18obrazów PET/CT F-FDG PET/CT będzie nadal miało wpływ na badania nad fizjologią ludzkich BAT w dającej się przewidzieć przyszłości.
Proponowana przez nas metoda, polegająca na tworzeniu zwrotu z inwestycji na każdym wycinku osiowym zawierającym BAT przy jednoczesnym unikaniu typowych obszarów problemowych, jest pracochłonna i wymaga od użytkownika pewnej wiedzy na temat anatomii podłoża. Możliwe jest również, że rygorystyczna selekcja ROI może prowadzić do wyników fałszywie ujemnych, ponieważ można uniknąć niektórych magazynów zawierających BAT. Rysowanie ROI na każdym osiowym wycinku stopionego obrazu PET/CT pozwala na dokładne rozróżnienie między tkanką tłuszczową a sąsiednimi tkankami metabolicznie aktywnymi i/lub regionami dotkniętymi rozlaniem i częściowymi efektami objętości34. Jednak czas potrzebny na pełną analizę pojedynczego skanu może wynosić od trzech do ośmiu godzin, z możliwością skrócenia ram czasowych wraz z praktyką i doświadczeniem. Różne podejścia do uczenia maszynowego mogą być w stanie zmniejszyć nakład pracy i wiedzę specjalistyczną wymaganą do wykonania tego zadania. Jednak stworzenie bardziej zautomatyzowanej metody, która może dokładnie wykrywać BAT i jest odporna na wyniki fałszywie dodatnie spowodowane obecnymi ograniczeniami obrazowania, będzie wymagało dużego zestawu danych z osobnikami o zróżnicowanym składzie ciała i rozmieszczeniu BAT. Mamy nadzieję, że metoda ta może zostać wykorzystana do stworzenia szczegółowego atlasu BAT, który może posłużyć jako szablon dla bardziej wyrafinowanych podejść do dużych zbiorów danych.
Podsumowując, zademonstrowaliśmy podejście do analizy obrazu krok po kroku w celu ilościowego określenia objętości, aktywności i dystrybucji ludzkiej brunatnej tkanki tłuszczowej za pomocą skanów PET / CT wywołanych zimnem FDG. Kluczowe etapy obejmują: 1) ciągłą i sekwencyjną analizę osiowych zwrotów z inwestycji oraz 2) ocenę odpowiednich magazynów BAT na podstawie ich anatomicznego położenia, przy jednoczesnym unikaniu innych metabolicznie aktywnych tkanek. To rygorystyczne podejście do kwantyfikacji może być wykorzystywane przez badaczy w tej dziedzinie do badania fizjologii BAT i służyć jako standard odniesienia do opracowywania zautomatyzowanych podejść do kwantyfikacji BAT u ludzi w przyszłości.
Autorzy nie mają nic do ujawnienia.
Chcielibyśmy podziękować wszystkim ochotnikom, personelowi pielęgniarskiemu i klinicznemu oraz dietetykom z Centrum Klinicznego NIH za ich udział w naszych badaniach nad ekspozycją na zimno i opiekę zapewnioną podczas pobytów w szpitalu. Chcielibyśmy również podziękować dr Billowi Dieckmannowi za całą jego pomoc w pozyskiwaniu i dystrybucji obrazów PET-CT do naszych badań. Praca ta była wspierana przez Intramural Research Program of the National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases Grants Z01 DK071014 (dla K.Y.C.) i DK075116-02 (dla A.M.C.).
| Nazwa | Firma | Numer katalogowy | Komentarze |
|---|---|---|---|
| Oprogramowanie ImageJ/Fiji | ImageJ | https://imagej.net/Fiji/Downloads | Oprogramowanie Open Source |