Jelito jest domem dla największej liczby komórek odpornościowych w organizmie. Układ odpornościowy jelita cienkiego i grubego kontroluje ekspozycję na antygeny egzogenne i moduluje odpowiedzi na silne bodźce immunologiczne pochodzenia mikrobiologicznego. Z tego powodu jelito jest głównym miejscem docelowym rozregulowania układu odpornościowego i stanu zapalnego w wielu chorobach, w tym między innymi w chorobach zapalnych jelit, takich jak choroba Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejące zapalenie jelita grubego, choroba przeszczep przeciwko gospodarzowi (GVHD) po przeszczepie szpiku kostnego (BMT) oraz wiele stanów alergicznych i zakaźnych. Mysie modele zapalenia przewodu pokarmowego i zapalenia jelita grubego są intensywnie wykorzystywane do badania powikłań przewodu pokarmowego oraz do przedklinicznej optymalizacji strategii zapobiegania i leczenia. Dane zebrane z tych modeli poprzez izolację i analizę fenotypową komórek odpornościowych z jelita mają kluczowe znaczenie dla dalszego zrozumienia układu odpornościowego, które można zastosować do poprawy zaburzeń zapalnych przewodu pokarmowego i układowego. W niniejszym raporcie opisano wysoce skuteczny protokół izolacji komórek jednojądrzastych (MNC) z jelita grubego przy użyciu mieszanego gradientu gęstości opartego na krzemionce. Metoda ta w powtarzalny sposób izoluje znaczną liczbę żywotnych leukocytów, jednocześnie minimalizując zanieczyszczenia zanieczyszczeń, umożliwiając późniejsze fenotypowanie immunologiczne za pomocą cytometrii przepływowej lub innych metod.