Wszystkie procedury na zwierzętach zostały przeprowadzone za zgodą University of North Carolina w Chapel Hill Animal Care and Use Committee (IACUC).
1. Sekcja mózgu i hodowla pierwotnych astrocytów myszy
UWAGA: Poniższy protokół został zaadaptowany z opublikowanych metod, który jest zgodny z oryginalną procedurą opracowaną przez McCarthy'ego i deVellisa13,14,15. Mieszane hodowle komórkowe astrocytów McCarthy'ego / deVellisa (MD) przygotowuje się z kory myszy w 2-4 (P2-P4) po urodzeniu, traktuje czynnikiem antymitotycznym i oczyszcza w celu uzyskania końcowej wzbogaconej kultury astrocytów. Cztery korowe małżówki od młodych myszy obu płci wystarczą do wytworzenia jednej kultury w kolbie tkankowej T75.
- Pokryć dno kolb T75 (100% kątowy dostęp do szyjki, 0,22 μm hydrofobowa wentylowana nasadka filtra) poli-D-lizyną (1 mg/ml w 0,1 M buforze Tris, pH 8,5) i inkubować w temperaturze 37 °C przez 24 godziny przed rozpoczęciem rozbioru .
- Przed rozpoczęciem procedury preparacji należy ogrzać 30 ml pożywki do hodowli astrocytów (zmodyfikowana pożywka Eagle's [DMEM] firmy Dulbecco o wysokiej zawartości glukozy, 10% inaktywowanej termicznie płodowej surowicy bydlęcej, 1% penicyliny/streptomycyny) w temperaturze 37 °C i rozmrozić 5 ml podwielokrotności 2,5% trypsyny na lodzie. Przygotuj dwie naczynia do preparowania (średnica 60 mm) na lodzie wypełnionym 6 ml zbilansowanego roztworu soli Hanka (HBSS) bez Ca2+ lub Mg2+.
- Zdezynfekuj wszystkie narzędzia chirurgiczne (pęseta z cienką końcówką, nożyczki preparacyjne, proste nożyczki Vannas, kleszcze Graefe z zakrzywionymi końcówkami) w 70% etanolu przed i pomiędzy każdym rozwarstwieniem.
- Spryskaj głowę i szyję szczeniąt myszy P2-P4 70% etanolem, a następnie szybko poddaj je eutanazji przez ścięcie nożyczkami chirurgicznymi. Wykonaj nacięcie od tyłu do przodu linii środkowej wzdłuż skóry głowy, aby odsłonić czaszkę. Ostrożnie przeciąć czaszkę od szyi do nosa.
- Wykonaj dwa dodatkowe boczne nacięcia nad oczami. Za pomocą pęsety z cienką końcówką delikatnie odwróć klapki czaszki na bok. Usuń mózg i umieść go w pierwszym naczyniu preparacyjnym wypełnionym lodowatym HBSS bez Ca2+ lub Mg2+. Trzymaj naczynie na lodzie i kontynuuj zbieranie reszty mózgów.
UWAGA: Pozostałą część procedury preparacji należy wykonać w lunecie preparacyjnym.
- Usuń opuszki węchowe za pomocą nożyczek Vannas lub cienkiej pęsety (Rysunek 1Ai). Z zakrzywionymi kleszczami końcówkowymi na przecięciu szczelin poprzecznych i międzypółkulowych, delikatnie włóż drugą parę kleszczyków z zakrzywioną końcówką między korą a międzymózgowiem, powoli otwierając kleszcze, aby oddzielić półkule mózgowe od reszty mózgu (Rysunek 1Aii,Aiii). Usuń niechcianą tkankę (Rysunek 1Aiv).
- Dla każdej półkuli korowej ostrożnie usuń opony mózgowe pęsetą z cienką końcówką. Opcjonalnie usuń hipokamp z kory mózgowej. Przenieś wypreparowaną korę myszy do drugiego naczynia wypełnionego lodowatym HBSS bez Ca2+ lub Mg2+ i trzymaj je na lodzie podczas preparowania pozostałych mózgów.
UWAGA: Kolejne kroki należy wykonywać w warunkach aseptycznych w okapie z przepływem laminarnym.
- Wypreparowaną korę mózgową pokrój na małe kawałki (około 2−4 mm) za pomocą sterylnych ostrych nożyczek chirurgicznych lub skalpela. Przenieś wypreparowaną tkankę do stożkowej probówki o pojemności 50 ml zawierającej roztwór enzymu (22,5 ml HBSS bez Ca2+ lub Mg2+, 2,5 ml 2,5% trypsyny). Inkubować w temperaturze 37 °C przez 30 minut z łagodną inwersją co 10 minut.
- Zebrać strawioną tkankę przez odwirowanie przy 300 x g przez 5 minut i usunąć roztwór enzymu przez dekantację (nie używać aspiratora próżniowego). Dodać 10 ml pożywki do hodowli astrocytów i zdysocjować tkankę na pojedyncze komórki, pipetując roztwór 20−30x za pomocą pipety serologicznej o pojemności 10 ml.
- Przefiltruj zawiesinę komórkową przez sitko o wielkości 70 μm, aby zminimalizować grudki komórek i niestrawioną tkankę. Zebrać filtrat w czystej stożkowej probówce o pojemności 50 ml i dostosować całkowitą objętość do 20 ml za pomocą pożywki do hodowli astrocytów. W tym momencie oceń skuteczność dysocjacji korowej, mieszając 10 μl zawiesiny komórek z 10 μl błękitu trypanowego i licząc komórki za pomocą hemocytometru.
UWAGA: Jeden preparat z czterech kory myszy P2−P4 daje 10−15 x 106 pojedynczych komórek.
- Odessać roztwór powlekający poli-D-lizyną z kolb hodowlanych T75 i przemyć dwukrotnie sterylną wodą. Umieścić zawiesinę komórek o objętości 20 ml i inkubować w temperaturze 37 °C i 5% CO2 .
2. Oczyszczanie i utrzymanie kultur astrocytów
UWAGA: Wykonaj wszystkie zmiany mediów w warunkach aseptycznych w okapie z przepływem laminarnym, używając sterylnego, przefiltrowanego (0,22 μm membrany filtrującej) pożywki astrocytowej podgrzanej do 37 °C.
- Wymień pożywkę komórkową 48 godzin po posiewie (dzień in vitro 2, DIV2).
- W DIV5 zastąp pożywkę świeżą pożywką do hodowli astrocytów uzupełnioną 10 μM arabinozydem cytozyny (AraC).
UWAGA: Ten krok ułatwia usuwanie komórek zanieczyszczających, w tym fibroblastów i innych komórek glejowych. Ważne jest, aby traktować kultury AraC nie dłużej niż 48 godzin, ponieważ dłuższy czas inkubacji zmniejszy żywotność astrocytów.
- W DIV7 zmień pożywkę na pożywkę do hodowli astrocytów bez AraC i zacznij codziennie sprawdzać konfluencję hodowli. Gdy komórki osiągną 80% zbieżności, pokryć dwie kolby T75 dla każdej nieoczyszczonej kolby hodowli astrocytów poli-D-lizyną i inkubować w temperaturze 37 °C przez co najmniej 8 godzin do nocy.
- Następnego dnia należy rozpocząć oczyszczanie astrocytów od wytrząsania kolb hodowlanych z prędkością 180 obr./min przez 30 minut w inkubatorze do wytrząsania orbitalnego o temperaturze 37 °C. Usuń pożywkę i zastąp ją świeżą pożywką do hodowli astrocytów. Wytrząsać komórki z prędkością 240 obr./min przez 6 godzin w inkubatorze z wytrząsaniem orbitalnym o temperaturze 37 °C. Podgrzej 1x sól fizjologiczną buforowaną fosforanami (PBS), pożywkę do hodowli astrocytów i 0,25% trypsyny-EDTA do 37 °C 20−30 minut przed końcem okresu wytrząsania.
UWAGA: Inkubacja CO2 nie jest wymagana podczas etapów wytrząsania. W razie potrzeby pożywki zebrane po 30-minutowym i 6-godzinnym etapie wytrząsania można wykorzystać do hodowli odpowiednio mikrogleju i oligodendrocytów. Traktowanie mieszanej kultury AraC zmniejszy jednak liczebność innych komórek glejowych.
- Wyjąć kolby hodowlane z wytrząsarki i natychmiast zastąpić pożywkę 10 ml ciepłego 1x PBS na kolbę. Usunąć PBS i dodać 3 ml 0,25% trypsyny-EDTA na kolbę. Inkubować w temperaturze 37 °C i 5% CO2 , sprawdzając co 5 minut, czy nie doszło do oderwania.
- Po odłączeniu komórek od kolby należy zatrzymać trypsynizację, dodając 10 ml pożywki do hodowli astrocytów. Przenieść oderwane astrocyty do stożkowej probówki o pojemności 50 ml i komórek osadu przez odwirowanie przy 300 x g przez 5 minut. Odessać supernatant i ponownie zawiesić komórki w 40 ml pożywki do hodowli astrocytów.
- Kolby T75 pokryte poli-D-lizyną przemyć dwukrotnie sterylną wodą i rozlać na płytkę 20 ml oczyszczonej zawiesiny astrocytów. Wrócić do inkubatora o temperaturze 37 °C i 5% CO2 . Zmieniaj pożywkę do hodowli astrocytów co dwa dni przez dodatkowe 10 dni, aż astrocyty dojrzeją.
UWAGA: Każda kolba T75 oczyszczonych astrocytów powinna wystarczyć do wytworzenia 2 nowych kolb T75 z 3 x 105 komórek każda podczas posiewu.
- Powtórz kroki 2,5−2,7 dla kolejnych przejść lub dla płytki astrocytów do mikroskopii.
UWAGA: Czystość kultur astrocytów po dodaniu AraC i po oczyszczeniu można ocenić jakościowo za pomocą mikroskopii jasnego pola, a dokładniej przez ilościowe określenie procentu komórek dodatnich pod względem białka kwasu fibrylarnego glejowego (GFAP) w polu widzenia na obrazach fluorescencyjnych (Rysunek 1B,C).
3. Transfekcja fluorescencyjnie znakowanych plazmidów
- Dzień przed transfekcją lub etykietowaniem wysiewaj astrocyty o pożądanej gęstości do obrazowania 24−48 godzin po transfekcji. Zalecana gęstość dla płytek 24-dołkowych lub studzienek ze szklanym dnem o średnicy 14 mm wynosi 2 x 104 komórek/dołek.
UWAGA: Ten protokół jest zoptymalizowany pod kątem transfekcji astrocytów posianych na 12-milimetrowych szklanych szkiełkach nakrywkowych na 24-dołkowych płytkach lub 14-milimetrowych szklanych dołkach dolnych przy użyciu metody opartej na lipofekcji. Odczynniki powinny być skalowane w zależności od wielkości naczynia hodowlanego, w którym rosną astrocyty.
- Rozcieńczyć odczynnik do lipofekcji (tabela materiałów) w pożywce o zredukowanej surowicy (tabela materiałów). Aby zoptymalizować stosunek odczynnika do lipofekcji do DNA, należy przetestować szereg odpowiednich rozcieńczeń. Na przykład, jeśli używasz odczynnika zastosowanego w tym protokole (Tabela materiałów), rozcieńczyć 2, 3, 4 i 5 μl odczynnika do lipofekcji w 50 μl pożywki o obniżonej surowicy.
- Rozcieńczyć 5 μg DNA o wysokiej czystości w 250 μl pożywki o zredukowanej surowicy. Dodać 5 μl odczynnika wzmacniającego lipofekcję (tabela materiałów). Połączyć probówkę zawierającą odczynnik do lipofekcji z równą objętością mieszaniny wzmacniacza DNA i lipofekcji. Mieszać pipetując i inkubować w temperaturze pokojowej (RT) przez 15 minut.
- Usuń pożywkę do hodowli astrocytów i dodaj mieszaninę transfekcyjną (krok 3.3) do komórek kroplami. Po 6-godzinnej inkubacji w temperaturze 37 °C i 5% CO2 należy zastąpić kompleks transfekcji odpowiednią ilością pożywki do hodowli astrocytów (2 ml dla naczyń ze szklanym dnem o średnicy 14 mm). Inkubuj przez dodatkowe 24−72 godziny przed przystąpieniem do akwizycji obrazu. Ściśle monitoruj czas trwania etapu inkubacji, aby osiągnąć najlepszą równowagę między ekspresją białka a żywotnością komórek.
4. Znakowanie późnych endosomów/lizosomów za pomocą sond fluorescencyjnych
UWAGA: Niektóre ładunki mogą być oznaczone barwnikami fluorescencyjnymi o wysokim powinowactwie do białek specyficznych dla ładunku. Poniższy przykład pozwala na znakowanie późnych endosomów/lizosomów za pomocą fluorescencyjnej sondy acidotropowej.
- Rozcieńczyć sondę znakującą lizosomami (tabela materiałów) w 200 μl pożywki do hodowli astrocytów do stężenia roboczego 1 μM i zastosować do astrocytów z kroku 3.1 o gęstości 2 x 104 komórki/basenik. Inkubować przez 30 minut w temperaturze 37 °C.
- Umyj komórki raz ciepłym podłożem do hodowli astrocytów i zastąp je pożywką do obrazowania (tabela materiałów). Natychmiast przejdź do obrazowania na żywo.
5. Akwizycja obrazu za pomocą systemu obrazowania poklatkowego
UWAGA: Obrazowanie na żywo w trybie poklatkowym powinno być wykonywane przy użyciu mikroskopu fluorescencyjnego wyposażonego w szybką kamerę, określoną ostrość, komorę inkubacyjną i obiektyw olejowy o powiększonej aperturze 40x (np. Plan-Apochromat 1.4NA). Dostępnych jest wiele programów do akwizycji obrazów poklatkowych. Wybór systemu mikroskopowego i oprogramowania do akwizycji powinien opierać się na ich dostępności i przydatności do celów konkretnego badania. Poniżej znajduje się kilka ogólnych wskazówek.
- Umieść komorę lub naczynie hodowlane w odpowiednim adapterze na stoliku mikroskopu. Używając światła epifluorescencyjnego, wybierz komórkę (komórki), które wyrażają białka fluorescencyjne lub sondę do nagrania. Dostosuj oświetlenie próbki fluorescencyjnej, aby zobrazować wybrane komórki za pomocą aparatu cyfrowego. Unikaj używania wysokiego oświetlenia, które może powodować fotowybielanie i fototoksyczność. Dostosuj ostrość i powiększenie.
- Rejestruj pojedyncze serie poklatkowe ze stosem Z z częstotliwością 1 klatki co 2 s w odstępach czasu od 300 s do 500 s za pomocą funkcji zoomu i określonego ostrości.
UWAGA: Dynamika transportu (prędkość, częstotliwość ruchu itp.) będzie się różnić w zależności od białka będącego przedmiotem zainteresowania, dlatego przebieg akwizycji w czasie może wymagać korekty. Na przykład mitochondria są mniej ruchliwe niż lizosomy i wykazują częste przerwy. W tym przypadku bardziej odpowiednie jest ustawienie parametrów akwizycji na 1 klatkę co 5 s przez 800 s.
- Zapisuj obrazy poklatkowe i eksportuj je jako pliki stosu AVI lub TIFF.
6. Analiza obrazu
UWAGA: Analiza obrazu została przeprowadzona przy użyciu wtyczki KymoToolBox dla ImageJ/Fiji16. Szczegółowe instrukcje krok po kroku są dostępne online17. Poniższe skrócone kroki powinny wystarczyć do stworzenia kimografów i wyodrębnienia parametrów transportu cząstek.
- Otwórz sekwencję zdjęć poklatkowych w oprogramowaniu ImageJ/Fiji. Importuj obrazy z menu Plik jako pliki stosu AVI lub TIFF. Przekonwertuj obrazy na 8- lub 16-bitowe, wybierając jeden z tych typów obrazów za pomocą narzędzia Tekst z menu Obraz. W przypadku pracy z plikami RGB podziel kanały za pomocą narzędzia Podziel kanał dostępnego w sekcji Kolor w menu Obraz.
- Aby wygenerować kimograf (reprezentacja trajektorii cząstek w pozycji i czasie), narysuj każdą ścieżkę, po której poruszają się cząstki, śledząc linię wzdłuż trajektorii cząstek za pomocą narzędzia do podziału na segmenty. Aby poprawnie przypisać kierunkowość ruchu, narysuj polilinię, używając tej samej żądanej konwencji kierunkowej dla wszystkich filmów, tak aby polaryzacja była spójna we wszystkich badanych komórkach i we wszystkich nich. Na przykład narysuj polilinię od środka komórki w kierunku obrzeża lub odwrotnie. Dostosuj szerokość linii, aby dopasować ją do grubości ścieżki, klikając dwukrotnie narzędzie Linia.
- Uruchom makro Draw Kymo wtyczki KymoToolBox, używając linii o szerokości 10. Pojawi się monit z prośbą o kalibrację obrazu w czasie (liczba klatek, liczba klatek na sekundę) i przestrzeni (rozdzielczość x,y). Po kalibracji kimografy są generowane i mogą być zapisywane jako pliki TIFF w celu prezentacji danych lub dalszej analizy cząstek.
- Przypisz trajektorie cząstek, ręcznie śledząc każdą cząstkę w kimografie za pomocą narzędzia do segmentacji liniowej przez cały czas trwania akwizycji. Rejestruj trajektorię każdej cząstki jako obszar zainteresowania (ROI) za pomocą narzędzia do zarządzania zwrotem z inwestycji, które znajduje się w menu Analizuj/Narzędzia. Zapisz wszystkie ROI dla każdego filmu poklatkowego do dalszej analizy.
UWAGA: Bardzo ważne jest przypisanie prawidłowej trajektorii dla poszczególnych cząstek na kimografie, aby uzyskać jak najdokładniejsze obliczenia parametrów transportu.
- Uruchom makro Analyze Kymo wtyczki KymoToolBox. Otworzy się okno z prośbą o zdefiniowanie "na zewnątrz" kierunku ruchu cząstek (od lewej do prawej lub odwrotnie) z rozwijanego menu. Wybór ten zależy od położenia zobrazowanych ładunków fluorescencyjnych względem jądra lub obrzeża komórki, jak ustalono w kroku 6.2. Na przykład, jeśli jądro znajduje się na lewo od ładunku, a polilinia w kroku 6.2 została odciągnięta od jądra, zdefiniuj ruch cząstek na zewnątrz jako "od lewej do prawej".
- Zdefiniuj prędkość graniczną (minimalną prędkość, przy której ładunek jest uważany za ruchliwy) w oknie Analizuj Kymo. W przypadku ładunków, które poruszają się z dużą prędkością transportu wewnątrzkomórkowego, 0,1 μm/sekundę jest odpowiednim wyborem. Zmodyfikuj tę wartość, aby dostosować czułość oprogramowania do każdego interesującego ładunku. Dostosuj szerokość linii, aby dopasować ją do grubości trajektorii każdej cząstki.
- Wybierz opcje Rejestruj wszystkie dane i Rejestruj ekstrapolowane współrzędne w oknie Analizuj kymo. Pozwoli to obliczyć różne parametry transportu ładunku, w tym prędkość średnią, prędkość wewnętrzną, prędkość zewnętrzną, łączną przebytą odległość, odległość przebytą w kierunku wewnętrznym lub zewnętrznym, liczbę przełączników dla każdej cząstki, procent czasu poruszającego się w każdym kierunku lub zatrzymanego itp. Dane obliczone dla poszczególnych ścieżek są następnie łączone według kimografu i zapisywane w plikach tekstowych specyficznych dla każdego obrazu.
UWAGA: Opcja Pokaż kolorowe Kymo makra Analizuj Kymo generuje oznaczoną kolorami nakładkę ścieżki na oryginalny kimograf. Cząstki poruszające się na zewnątrz są pokolorowane na zielono, do wewnątrz na czerwono, a cząstki stacjonarne na niebiesko. Opcja Współrzędne raportu na oryginalnym stosie makra Analizuj Kymo generuje oznaczoną kolorami nakładkę położenia ekstrapolowanego obiektu na oryginalnym filmie poklatkowym i kimografie.