Podstawową funkcją komórek nabłonka jelitowego jest ochrona przed przedostawaniem się zawartości światła, takiej jak chorobotwórcze bakterie i toksyny1,2. Aby pełnić taką funkcję, jelitowe komórki macierzyste stale namnażają się i różnicują w różne komórki nabłonkowe, w tym enterocyty i komórki wydzielnicze, które tworzą barierę, tworząc ścisłe połączenia3. Szybka odnowa komórek nabłonka jelitowego wymaga ścisłej koordynacji proliferacji komórek, różnicowania komórek i śmierci komórki4,5. Zmniejszona proliferacja komórek lub nadmierna śmierć komórek prowadzi do uszkodzenia nabłonka i upośledzenia funkcji bariery1,6. Dysfunkcja bariery jelitowej jest związana z chorobami zapalnymi jelit7,8.
Metoda hodowli krypt jelitowych została już wcześniej opracowana. Korzystając z tej techniki, izolowane krypty myszy wyrastają na organoidy jelitowe (enteroidy), które mają struktury przypominające kosmki kryptowe i zawierają całą linię komórek nabłonka jelitowego9,10. 5-etynylo-2'-deoksyurydyna (EdU) jest analogiem tymidyny, który jest zdolny do zastąpienia tyminy (T) w DNA przechodzącym replikację podczas proliferacji komórek. Komórki proliferacyjne można szybko i dokładnie oznaczyć za pomocą barwienia EdU. Jodek propidyny (PI) jest analogiem bromku etydyny, który uwalnia czerwoną fluorescencję po wprowadzeniu do dwuniciowego DNA. PI specyficznie wykrywa martwe komórki, ponieważ przechodzi tylko przez uszkodzoną błonę komórkową.
W tym protokole najpierw opisujemy, jak wyizolować krypty z mysiego jelita cienkiego, a następnie hodować je jako enteroidy in vitro. Następnie opisujemy, jak analizować komórki proliferacyjne i martwe w enteroidach za pomocą inkorporacji EdU i PI oraz cytometrii przepływowej.