Stwardnienie rozsiane (MS) jest chorobą autoimmunologiczną ośrodkowego układu nerwowego (OUN) spowodowaną kombinacją czynników środowiskowych i podatnego podłoża genetycznego. Eksperymentalne autoimmunologiczne zapalenie mózgu i rdzenia kręgowego (EAE) jest typowym modelem chorobowym stwardnienia rozsianego, szeroko stosowanym do badania patogenezy, w której limfocyty T specyficzne dla antygenów mielinowych inicjują reakcję zapalną w OUN. Bardzo ważna jest ocena, w jaki sposób limfocyty w OUN regulują rozwój choroby. Jednak podejście do pomiaru ilości i jakości naciekanych limfocytów w OUN jest bardzo ograniczone ze względu na trudności w izolowaniu i wykrywaniu naciekanych limfocytów z mózgu. Niniejszy manuskrypt przedstawia protokół, który jest przydatny do izolacji, identyfikacji i charakterystyki naciekających limfocytów z OUN i będzie pomocny w zrozumieniu, w jaki sposób limfocyty są zaangażowane w rozwój choroby autoimmunologicznej OUN.