ATAC wymaga pomyślnego wdrożenia kilku technik skutecznej neuromodulacji określonych obwodów neuronalnych, w tym dokładnego celowania pod kontrolą MRI, FUS-BBBO i histologicznej oceny ekspresji genów. Komponenty do druku 3D zostały opracowane, aby uprościć celowanie w małe struktury mózgu za pomocą FUS-BBBO sterowanego obrazowaniem.
Wykonywanie zogniskowanych ultradźwięków pod kontrolą rezonansu magnetycznego (MRIgFUS) wiąże się z szeregiem wyzwań. Po pierwsze, typowa cewka MRI ma ograniczoną przestrzeń, która jest zaprojektowana tak, aby pomieścić tylko próbkę, a nie sprzęt ultrasonograficzny. Większe otwory rezonansu magnetycznego zwiększają koszt sprzętu i obniżają jakość obrazu, ponieważ sygnał jest powiązany ze współczynnikiem wypełnienia cewki32. W związku z tym każdy sprzęt FUS umieszczony na obrazie zwierzęcia w rezonansie magnetycznym pogorszy jakość obrazowania. Po drugie, projektowanie urządzeń kompatybilnych z rezonansem magnetycznym jest trudne i kosztowne. Materiały kompatybilne z MRI muszą być diamagnetyczne, mieć niską skłonność do tworzenia prądów wirowych podczas napromieniowania o częstotliwości radiowej i mieć niską podatność magnetyczną w silnych polach magnetycznych. W każdym materiale przewodzącym powstawanie prądów wirowych lub jego podatność magnetyczna również negatywnie wpłynie na jakość obrazowania. Wreszcie, dostępne materiały kompatybilne z MRI mają niższe moduły Younga i trwałość niż metale zwykle używane do produkcji precyzyjnych maszyn celowniczych, np. ramek stereotaktycznych. Silniki używane do regulacji położenia muszą być kompatybilne z rezonansem magnetycznym i umieszczone poza otworem rezonansu magnetycznego ze względu na ich rozmiar. Silniki te muszą być podłączone w pewnej odległości od przetwornika wewnątrz otworu MRI przy użyciu materiałów kompatybilnych z MRI. Problemy z wypaczaniem się tworzywa sztucznego, brak wystarczającej ilości miejsca w otworze, aby zaimplementować elementy o solidnych rozmiarach oraz niewystarczająca ilość miejsca na zmianę pozycji celowania w całym mózgu, wpłynęły na dokładność celowania w poprzednich pracach.
Aby rozwiązać te problemy, podjęto decyzję o wykonaniu obrazowania w rezonansie magnetycznym i podawaniu FUS-BBBO poza skanerem. Aby umożliwić prowadzenie MRI, myszy umieszczono w wydrukowanym w 3D ograniczniku, który miał widoczny dla MRI przewodnik celowania, który można było wykorzystać do zlokalizowania struktur mózgu myszy zarówno w MRI, jak iw przestrzeni współrzędnych stereopodatkowych. Ponieważ zarówno czaszka myszy, jak i prowadnica celownicza są mocno przymocowane do uchwytów paska na uszy (rysunek 1a,b), prowadnica celowania może być użyta do skorelowania współrzędnych przestrzennych w obrazie MRI i wyzerowania instrumentów stereotaktycznych. Ogranicznik nie ma ruchomych części i nie zawiera przetwornika, co pozwoliło nam uczynić go zarówno wytrzymałym, jak i wystarczająco małym, aby zmieścić się w rezonansie magnetycznym i usunąć zakłócenia sygnału z elektroniki przetwornika. Przestrzeń wewnątrz prowadnicy celowania została wydrążona, ponieważ wydrukowane w 3D wsparcie dla niektórych materiałów jest widoczne w rezonansie magnetycznym (rysunek 1c). Otwory w zespole zostały wprowadzone, aby umożliwić kalibrację stereotax (rysunek 3). Przetwornik ultradźwiękowy podłączono do uchwytu elektrody stereotax, a celowanie przeprowadzono zgodnie z opisem w sekcji 4 (ryc. 1d). Przetwornik powinien być podparty na całej swojej długości przez obudowę listew usznych, zapobiegając wszelkim odchyleniom od płaszczyzny poziomu. Celowanie w kierunku grzbietowo-brzusznym można osiągnąć za pomocą przesunięć fazowych w układzie pierścieniowym.
Praktyczna precyzja celowania zależy od ogniskowania ultradźwiękowego i tłumienia czaszki. Procedura FUS-BBBO została szczegółowo opisana dla szczurów11 i została wdrożona w szeregu innych organizmów modelowych 23,33,34 oraz u ludzi16,17. Zależność między wielkością ogniska ultradźwięków jest odwrotnie proporcjonalna do częstotliwości, gdzie wyższe częstotliwości mogą skutkować bardziej precyzyjnym dostarczaniem. Jednak tłumienie czaszki wzrasta wraz z częstotliwościami35, co może prowadzić do rozgrzania czaszki i uszkodzenia obszarów korowych. Dokładna strategia kierowania będzie zależeć od miejsca w mózgu. Miejsca, w których w tkance mózgowej mieści się połowa maksymalnego ciśnienia o pełnej szerokości, pozwalają na przewidywalne i bezpieczne otwarcie BBB w wielu strukturach mózgu, takich jak prążkowie, śródmózgowie i hipokamp. Regiony w pobliżu podstawy mózgu stanowią szczególne wyzwanie u myszy. Mózg myszy mierzy około 8-10 mm w kierunku grzbietowo-brzusznym, co jest porównywalne z połową maksymalnego rozmiaru na całej szerokości wielu dostępnych na rynku przetworników. W związku z tym celowanie w dno czaszki może prowadzić do odbicia ultradźwięków od kości i powietrza obecnego w kanałach słuchowych, jamie ustnej lub tchawicy, co może prowadzić do nieprzewidywalnych wzorców wysokiego i niskiego ciśnienia36. Niektóre z tych ciśnień mogą przekroczyć próg kawitacji bezwładnościowej, który, jak wykazano, powoduje krwawienie i uszkodzenie tkanek37. Aby celować w regiony, które znajdują się w pobliżu podstawy czaszki, może być lepsze użycie intersekcjonalnego ATAC7, gdzie genetyka intersekcjonalna38 jest stosowana w celu ograniczenia ekspresji genów do mniejszego obszaru niż ten, na który celuje się wiązką FUS. W opublikowanym przykładzie intersekcjonalnego ATAC, transgeniczne zwierzę wyrażające enzym edytujący geny (Cre38) w komórkach dopaminergicznych zostało poddane ultradźwiękom w podsekcji regionu zawierającego komórki dopaminergiczne. Wreszcie, obszary korowe mogą być celowane za pomocą FUS, ale może wystąpić dyfrakcja i odbicie ultradźwięków, co prowadzi do nierównych profili ciśnienia. Protokół ten nie obejmuje celowania w regiony kory mózgowej, ponieważ będzie to w dużym stopniu zależało od użytych gatunków; jednak zaobserwowano pewne celowanie w korę powyżej hipokampa7 (np. Ryc. 7), co wskazuje, że przynajmniej u myszy jest to możliwe.
Wybór aktywatora chemogenetycznego i dawkowanie będzie zależało od konkretnych potrzeb eksperymentalnych. W wielu badaniach, w tym w jednym z badań autorów7, nie wykazano istotnej odpowiedzi nieswoistej39,40, podczas gdy wyższe dawki (np. 10 mg/kg) mogą powodować działania niepożądane, przynajmniej w niektórych przypadkach41. Jednak, podobnie jak w przypadku wszystkich eksperymentów behawioralnych, odpowiednie kontrole31 są niezbędne ze względu na potencjalną nieukierunkowaną aktywność CNO i jego metabolitów42. Takie kontrole mogą obejmować podawanie CNO i kontroli soli fizjologicznej zwierzętom wykazującym ekspresję DREADD oraz podawanie CNO zwierzętom typu dzikiego lub, w niektórych szczególnych przypadkach, porównanie ipsi- i przeciwległych miejsc w mózgu, które odpowiednio wykazują i nie wykazują ekspresji receptorów chemogenetycznych. Dodatkowo, ostatnie badania ujawniły szereg nowych agonistów DREADD o ulepszonej swoistości 28,29,43. Inne receptory chemogenetyczne 5,25,44 mogą być również stosowane w połączeniu z procedurą ATAC.
Ocena histologiczna ekspresji genów jest konieczna post mortem dla każdego zwierzęcia. Niewielka część zwierząt wykazuje słabą ekspresję genów po FUS-BBBO7. Dodatkowo konieczne jest wykazanie dokładności przestrzennej i swoistości ekspresji genów, ponieważ możliwe jest błędne ukierunkowanie. Warto zauważyć, że niektóre AAV mogą wykazywać zdolność śledzenia wstecznego lub następczego45 i mogą powodować transfekcję daleko od miejsca, w którym znajdują się dane ultrasonograficzne, pomimo dokładnego celowania ultrasonograficznego. Jeśli wyrażony receptor chemogenetyczny jest połączony z fluoroforem lub ulega jego współekspresji, obrazowanie fluoroforu w skrawkach tkanki może być wystarczające do oceny lokalizacji i intensywności ekspresji. Jednak wiele białek fluorescencyjnych ulega uszkodzeniu w procesie utrwalania tkanek, a barwienie immunologiczne białka mCherry, które jest często stosowane z DREADDs, dało lepszy sygnał w poprzednich badaniach7. Wreszcie, ze względu na gęstość neuronów w niektórych częściach mózgu (np. ziarnista warstwa komórkowa w hipokampie), użycie fluoroforów zlokalizowanych jądrowo wyrażanych w IRES, w przeciwieństwie do fuzji, do przeprowadzenia liczenia komórek może być korzystne, ponieważ jądra można łatwo segmentować i przeciwbarwić za pomocą barwników jądrowych, takich jak DAPI lub TO-PRO-3. Aby ocenić neuromodulację przez barwienie c-Fos, konieczne jest wykonanie barwienia przeciwjądrowego i zliczenie jąder c-Fos dodatnich, a nie jakiegokolwiek sygnału fluorescencyjnego. W niektórych przypadkach szczątki komórkowe mogą wykazywać fluorescencję i zakłócać pomiary komórek dodatnich.
Ograniczenia w dostarczaniu leku i genów za pomocą FUS-BBBO obejmują niższą rozdzielczość niż w przypadku dostarczania za pomocą inwazyjnych wstrzyknięć wewnątrzczaszkowych oraz potrzebę większych ilości wstrzykiwanych leków lub wektorów wirusowych. Dodatkowo, podczas gdy bezpośrednie wstrzyknięcie do mózgu powoduje wyłączne dostarczenie do miejsca wstrzyknięcia, FUS-BBBO wykorzystuje drogę dożylną, co umożliwia dostarczenie do tkanek obwodowych. Ograniczenia stosowania chemogenetyki do neuromodulacji obejmują powolną skalę czasową, która może być nieadekwatna do niektórych protokołów behawioralnych, które wymagają szybkich zmian intensywności neuromodulacji.